src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   4 import jalview.analysis.AlignmentUtils.MappingResult;
   5 import jalview.api.ViewStyleI;
   6 import jalview.bin.JalviewLite;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
   9
  10 import java.awt.BorderLayout;
  11 import java.awt.Dimension;
  12 import java.awt.GridLayout;
  13 import java.awt.Panel;
  14
  15 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  16 {
  17   private static final long serialVersionUID = 1L;
  18
  19   private AlignFrame topFrame;
  20
  21   private AlignFrame bottomFrame;
  22
  23   private Panel outermost;
  24
  25   /**
  26    * Constructor
  27    */
  28   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  29   {
  30     topFrame = af1;
  31     bottomFrame = af2;
  32     init();
  33   }
  34
  35   /**
  36    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  37    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  38    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  39    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  40    */
  41   public void init()
  42   {
  43     constructSplit();
  44
  45     /*
  46      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  47      */
  48     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  49     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  50     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  51     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  52     AlignViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  53             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  54     AlignViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  55             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  56
  57     MappingResult mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  58             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  59     if (mapped != MappingResult.NotMapped)
  60     {
  61       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  62               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  63       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  64       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  65       ssm.addCommandListener(cdna);
  66       ssm.addCommandListener(protein);
  67     }
  68
  69     adjustLayout();
  70   }
  71
  72   /**
  73    *
  74    */
  75   protected void constructSplit()
  76   {
  77     setMenuBar(null);
  78     outermost = new Panel(new GridLayout(2, 1));
  79
  80     Panel topPanel = new Panel();
  81     Panel bottomPanel = new Panel();
  82     outermost.add(topPanel);
  83     outermost.add(bottomPanel);
  84
  85     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  86     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Make any adjustments to the layout
  91    */
  92   protected void adjustLayout()
  93   {
  94     AlignViewport cdna = topFrame.getAlignViewport().getAlignment()
  95             .isNucleotide() ? topFrame.viewport : bottomFrame.viewport;
  96     AlignViewport protein = cdna == topFrame.viewport ? bottomFrame.viewport
  97             : topFrame.viewport;
  98
  99     /*
 100      * Ensure sequence ids are the same width for good alignment.
 101      */
 102     // TODO should do this via av.getViewStyle/setViewStyle
 103     // however at present av.viewStyle is not set in IdPanel.fontChanged
 104     int w1 = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 105     int w2 = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 106     int w3 = Math.max(w1, w2);
 107     if (w1 != w3)
 108     {
 109       Dimension d = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 110       topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 111               d.height));
 112     }
 113     if (w2 != w3)
 114     {
 115       Dimension d = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 116       bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 117               d.height));
 118     }
 119
 120     /*
 121      * Expand protein to 3 times character width of dna
 122      */
 123     if (protein != null && cdna != null)
 124     {
 125       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 126       vs.setCharWidth(3 * vs.getCharWidth());
 127       protein.setViewStyle(vs);
 128     }
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
 133    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
 134    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
 135    *
 136    * @param af
 137    * @param panel
 138    */
 139   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
 140   {
 141     panel.setLayout(new BorderLayout());
 142     Panel menuPanel = af
 143             .makeEmbeddedPopupMenu(af.getMenuBar(), true, false);
 144     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 145     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 146     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 151    *
 152    * @param embedded
 153    * @param applet
 154    */
 155   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 156   {
 157     createSplitFrameWindow(embedded, applet);
 158     validate();
 159     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 160     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 161     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 162     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 167    * embed=true) add it to the applet container instead.
 168    *
 169    * @param embed
 170    * @param applet
 171    */
 172   protected void createSplitFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 173   {
 174     if (embed)
 175     {
 176       applet.add(outermost);
 177       applet.validate();
 178     }
 179     else
 180     {
 181       this.add(outermost);
 182       int width = Math.max(topFrame.DEFAULT_WIDTH,
 183               bottomFrame.DEFAULT_WIDTH);
 184       int height = topFrame.DEFAULT_HEIGHT + bottomFrame.DEFAULT_HEIGHT;
 185       jalview.bin.JalviewLite
 186               .addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 187     }
 188   }
 189 }