src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   SequenceI[] seq;\r
  34   String type;\r
  35   String pwtype;\r
  36   int start;\r
  37   int end;\r
  38   TreeCanvas treeCanvas;\r
  39   NJTree tree;\r
  40   AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   public NJTree getTree()\r
  43   {\r
  44     return tree;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   /**\r
  48    * Creates a new TreePanel object.\r
  49    *\r
  50    * @param av DOCUMENT ME!\r
  51    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  52    * @param type DOCUMENT ME!\r
  53    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  54    * @param s DOCUMENT ME!\r
  55    * @param e DOCUMENT ME!\r
  56    */\r
  57   public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)\r
  58   {\r
  59     try\r
  60     {\r
  61       jbInit();\r
  62       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  63     }\r
  64     catch (Exception ex)\r
  65     {\r
  66       ex.printStackTrace();\r
  67     }\r
  68 \r
  69     initTreePanel(av, type, pwtype, null);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /**\r
  73    * Creates a new TreePanel object.\r
  74    *\r
  75    * @param av DOCUMENT ME!\r
  76    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  77    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  78    * @param type DOCUMENT ME!\r
  79    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  80    */\r
  81   public TreePanel(AlignViewport av,\r
  82                    String type,\r
  83                    String pwtype,\r
  84                    NewickFile newtree)\r
  85   {\r
  86     try\r
  87     {\r
  88       jbInit();\r
  89       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  90     }\r
  91     catch (Exception e)\r
  92     {\r
  93       e.printStackTrace();\r
  94     }\r
  95 \r
  96     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);\r
  97   }\r
  98 \r
  99 \r
 100   void initTreePanel(AlignViewport av,\r
 101                      String type,\r
 102                      String pwtype,\r
 103                      NewickFile newTree)\r
 104   {\r
 105 \r
 106     this.av = av;\r
 107     this.type = type;\r
 108     this.pwtype = pwtype;\r
 109 \r
 110     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 111     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 112 \r
 113 \r
 114     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 115     tl.start();\r
 116 \r
 117   }\r
 118 \r
 119   void showOriginalData()\r
 120   {\r
 121     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to warrant a new window to be created\r
 122     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions yields unaligned seqs)\r
 123     // or create a selection box around columns in alignment view\r
 124     // test Alignment(SeqCigar[])\r
 125     if(tree.seqData!=null)\r
 126     {\r
 127       Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(av.\r
 128           getGapCharacter());\r
 129 \r
 130       if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)\r
 131       {\r
 132         Alignment al = new Alignment( (SequenceI[]) alAndColsel[0]);\r
 133         AlignFrame af = new AlignFrame(al,\r
 134                                        av.applet,\r
 135                                        "Original Data for Tree",\r
 136                                        false);\r
 137 \r
 138         af.viewport.setHiddenColumns( (ColumnSelection) alAndColsel[1]);\r
 139       }\r
 140     }\r
 141     else\r
 142       System.out.println("Original Tree Data not available");\r
 143   }\r
 144 \r
 145   class TreeLoader extends Thread\r
 146   {\r
 147     NewickFile newtree;\r
 148     jalview.datamodel.AlignmentView odata=null;\r
 149 \r
 150     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 151     {\r
 152       this.newtree = newtree;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     public void run()\r
 156     {\r
 157       if(newtree!=null)\r
 158       {\r
 159         if (odata == null)\r
 160           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(),\r
 161                             newtree);\r
 162         else\r
 163           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(), odata, newtree);\r
 164 \r
 165         }\r
 166         else\r
 167         {\r
 168           int start, end;\r
 169           SequenceI [] seqs;\r
 170           AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(av.getSelectionGroup()!=null);\r
 171           if(av.getSelectionGroup()==null)\r
 172           {\r
 173             start = 0;\r
 174             end = av.alignment.getWidth();\r
 175             seqs = av.alignment.getSequencesArray();\r
 176           }\r
 177           else\r
 178           {\r
 179             start = av.getSelectionGroup().getStartRes();\r
 180             end = av.getSelectionGroup().getEndRes()+1;\r
 181             seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);\r
 182           }\r
 183 \r
 184           tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);\r
 185         }\r
 186 \r
 187       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 188       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 189       treeCanvas.setTree(tree);\r
 190       if(newtree!=null)\r
 191       {\r
 192         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 193         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 194         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 195         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 196       }\r
 197 \r
 198 \r
 199       treeCanvas.repaint();\r
 200 \r
 201       av.setCurrentTree(tree);\r
 202 \r
 203     }\r
 204   }\r
 205 \r
 206   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 207   {\r
 208     if(evt.getSource()==newickOutput)\r
 209       newickOutput_actionPerformed();\r
 210     else if(evt.getSource()==fontSize)\r
 211       fontSize_actionPerformed();\r
 212     else if(evt.getSource()==inputData)\r
 213       showOriginalData();\r
 214   }\r
 215 \r
 216   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 217   {\r
 218     if(evt.getSource()==fitToWindow)\r
 219       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 220 \r
 221     else if(evt.getSource()==distanceMenu)\r
 222       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 223 \r
 224     else if(evt.getSource()==bootstrapMenu)\r
 225       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 226 \r
 227     else if(evt.getSource()==placeholdersMenu)\r
 228       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 229 \r
 230     treeCanvas.repaint();\r
 231   }\r
 232 \r
 233 \r
 234   public void newickOutput_actionPerformed()\r
 235   {\r
 236     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 237     String output = fout.print(false, true);\r
 238     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 239     cap.setText(output);\r
 240     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 241     frame.add(cap);\r
 242     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 243   }\r
 244 \r
 245   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 246   {\r
 247     return treeCanvas.font;\r
 248   }\r
 249 \r
 250   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 251   {\r
 252     treeCanvas.font = font;\r
 253     treeCanvas.repaint();\r
 254   }\r
 255 \r
 256   protected void fontSize_actionPerformed()\r
 257   {\r
 258      if( treeCanvas==null )\r
 259         return;\r
 260 \r
 261     new FontChooser(this);\r
 262   }\r
 263 \r
 264 \r
 265 \r
 266 \r
 267   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 268   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 269   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 270   Menu jMenu2 = new Menu();\r
 271   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
 272   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 273   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 274   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 275   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
 276   Menu fileMenu = new Menu();\r
 277   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
 278   MenuItem inputData = new MenuItem();\r
 279 \r
 280   private void jbInit() throws Exception {\r
 281       setLayout(borderLayout1);\r
 282       this.setBackground(Color.white);\r
 283       this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 284       jMenu2.setLabel("View");\r
 285       fontSize.setLabel("Font...");\r
 286       fontSize.addActionListener(this);\r
 287       bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
 288       bootstrapMenu.addItemListener(this);\r
 289       distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
 290       distanceMenu.addItemListener(this);\r
 291       placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
 292       placeholdersMenu.addItemListener(this);\r
 293       fitToWindow.setState(true);\r
 294       fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
 295       fitToWindow.addItemListener(this);\r
 296       fileMenu.setLabel("File");\r
 297       newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
 298       newickOutput.addActionListener(this);\r
 299     inputData.setLabel("Input Data...");\r
 300 \r
 301     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 302       jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 303       jMenuBar1.add(jMenu2);\r
 304       jMenu2.add(fitToWindow);\r
 305       jMenu2.add(fontSize);\r
 306       jMenu2.add(distanceMenu);\r
 307       jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
 308       jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
 309     fileMenu.add(newickOutput);\r
 310     fileMenu.add(inputData);\r
 311     inputData.addActionListener(this);\r
 312   }\r
 313 \r
 314 }\r