src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 import jalview.jbappletgui.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel\r
  32     extends GTreePanel\r
  33 {\r
  34   SequenceI[] seq;\r
  35   String type;\r
  36   String pwtype;\r
  37   AlignViewport av;\r
  38   int start;\r
  39   int end;\r
  40   TreeCanvas treeCanvas;\r
  41   NJTree tree;\r
  42 \r
  43   public NJTree getTree()\r
  44   {\r
  45     return tree;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  49                    String pwtype, int s, int e)\r
  50   {\r
  51     super();\r
  52 \r
  53     this.type = type;\r
  54     this.pwtype = pwtype;\r
  55 \r
  56     start = s;\r
  57     end = e;\r
  58 \r
  59     String longestName = "";\r
  60     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  61     for (int i = 0; i < seqVector.size(); i++)\r
  62     {\r
  63       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  64       if (seq[i].getName().length() > longestName.length())\r
  65       {\r
  66         longestName = seq[i].getName();\r
  67       }\r
  68     }\r
  69 \r
  70     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  71 \r
  72     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  73 \r
  74     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  75     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  76     scrollPane.add(treeCanvas);\r
  77 \r
  78   }\r
  79 \r
  80   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  81                    String type, String pwtype)\r
  82   {\r
  83     super();\r
  84     // These are probably only  arbitrary strings reflecting source of tree\r
  85     this.type = type;\r
  86     this.pwtype = pwtype;\r
  87 \r
  88     start = 0;\r
  89     end = seqVector.size();\r
  90 \r
  91     String longestName = "";\r
  92     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  93     for (int i = 0; i < seqVector.size(); i++)\r
  94     {\r
  95       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  96     }\r
  97     // This constructor matches sequence names to treenodes and sets up the tree layouts.\r
  98     tree = new NJTree(seq, newtree);\r
  99     // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 100     Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 101 \r
 102     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 103     {\r
 104       if (longestName.length() <\r
 105           ( (Sequence) ( (SequenceNode) leaves.elementAt(i)).element()).getName().\r
 106           length())\r
 107       {\r
 108         longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER +\r
 109             ( (Sequence) ( (SequenceNode) leaves.elementAt(i)).element()).\r
 110             getName();\r
 111       }\r
 112     }\r
 113 \r
 114     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 115     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 116 \r
 117     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
 118     treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 119     treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 120     distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 121     bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 122     if (true) // JBPNote TODO: preference for always marking placeholders in new associated tree\r
 123     {\r
 124       placeholdersMenu.setState(treeCanvas.markPlaceholders);\r
 125     }\r
 126     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 127 \r
 128   }\r
 129 \r
 130   public String getText(String format)\r
 131   {\r
 132     return null;\r
 133   }\r
 134 \r
 135   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 136   {\r
 137     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 138     repaint();\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void newickOutput_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 142   {\r
 143     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 144     String output = fout.print(false, true);\r
 145     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false);\r
 146     cap.setText(output);\r
 147     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 148     frame.add(cap);\r
 149     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 150   }\r
 151 \r
 152   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 153   {\r
 154     /*   if( treeCanvas==null )\r
 155         return;\r
 156 \r
 157       String size = fontSize.getLabel().substring( fontSize.getLabel().indexOf("-")+1);\r
 158 \r
 159       Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 160                                   "Select font size",\r
 161                                   "Font size",\r
 162                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 163      null, new String[]{"1","2","4","6","8","10","12","14","16","18","20"}\r
 164                                   ,"Font Size - "+size);\r
 165       if(selection!=null)\r
 166       {\r
 167         fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 168 \r
 169         int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 170         treeCanvas.setFontSize(i);\r
 171       }\r
 172        scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 173      */\r
 174   }\r
 175 \r
 176   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 177   {\r
 178     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 179   }\r
 180 \r
 181   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 182   {\r
 183     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 184   }\r
 185 \r
 186   protected void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 187   {\r
 188     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 189   }\r
 190 \r
 191 }\r