Destroy Alignment when closing frame
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / TreePanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 \r
25 import jalview.analysis.*;\r
26 import jalview.datamodel.*;\r
27 import jalview.io.*;\r
28 \r
29 public class TreePanel\r
30     extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
31 {\r
32   SequenceI[] seq;\r
33   String type;\r
34   String pwtype;\r
35   int start;\r
36   int end;\r
37   TreeCanvas treeCanvas;\r
38   NJTree tree;\r
39   AlignViewport av;\r
40 \r
41   public NJTree getTree()\r
42   {\r
43     return tree;\r
44   }\r
45 \r
46   /**\r
47    * Creates a new TreePanel object.\r
48    *\r
49    * @param av DOCUMENT ME!\r
50    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
51    * @param type DOCUMENT ME!\r
52    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
53    * @param s DOCUMENT ME!\r
54    * @param e DOCUMENT ME!\r
55    */\r
56   public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)\r
57   {\r
58     try\r
59     {\r
60       jbInit();\r
61       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
62     }\r
63     catch (Exception ex)\r
64     {\r
65       ex.printStackTrace();\r
66     }\r
67 \r
68     initTreePanel(av, type, pwtype, null);\r
69   }\r
70 \r
71   /**\r
72    * Creates a new TreePanel object.\r
73    *\r
74    * @param av DOCUMENT ME!\r
75    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
76    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
77    * @param type DOCUMENT ME!\r
78    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
79    */\r
80   public TreePanel(AlignViewport av,\r
81                    String type,\r
82                    String pwtype,\r
83                    NewickFile newtree)\r
84   {\r
85     try\r
86     {\r
87       jbInit();\r
88       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
89     }\r
90     catch (Exception e)\r
91     {\r
92       e.printStackTrace();\r
93     }\r
94 \r
95     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);\r
96   }\r
97 \r
98   void initTreePanel(AlignViewport av,\r
99                      String type,\r
100                      String pwtype,\r
101                      NewickFile newTree)\r
102   {\r
103 \r
104     this.av = av;\r
105     this.type = type;\r
106     this.pwtype = pwtype;\r
107 \r
108     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
109     scrollPane.add(treeCanvas);\r
110 \r
111     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
112     tl.start();\r
113 \r
114   }\r
115 \r
116   void showOriginalData()\r
117   {\r
118     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to warrant a new window to be created\r
119     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions yields unaligned seqs)\r
120     // or create a selection box around columns in alignment view\r
121     // test Alignment(SeqCigar[])\r
122     if (tree.seqData != null)\r
123     {\r
124       Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(av.\r
125           getGapCharacter());\r
126 \r
127       if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)\r
128       {\r
129         Alignment al = new Alignment( (SequenceI[]) alAndColsel[0]);\r
130         AlignFrame af = new AlignFrame(al,\r
131                                        av.applet,\r
132                                        "Original Data for Tree",\r
133                                        false);\r
134 \r
135         af.viewport.setHiddenColumns( (ColumnSelection) alAndColsel[1]);\r
136       }\r
137     }\r
138     else\r
139     {\r
140       System.out.println("Original Tree Data not available");\r
141     }\r
142   }\r
143 \r
144   class TreeLoader\r
145       extends Thread\r
146   {\r
147     NewickFile newtree;\r
148     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;\r
149 \r
150     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
151     {\r
152       this.newtree = newtree;\r
153     }\r
154 \r
155     public void run()\r
156     {\r
157       if (newtree != null)\r
158       {\r
159         if (odata == null)\r
160         {\r
161           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(),\r
162                             newtree);\r
163         }\r
164         else\r
165         {\r
166           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(), odata, newtree);\r
167         }\r
168 \r
169       }\r
170       else\r
171       {\r
172         int start, end;\r
173         SequenceI[] seqs;\r
174         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(av.getSelectionGroup() != null);\r
175         if (av.getSelectionGroup() == null)\r
176         {\r
177           start = 0;\r
178           end = av.alignment.getWidth();\r
179           seqs = av.alignment.getSequencesArray();\r
180         }\r
181         else\r
182         {\r
183           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();\r
184           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;\r
185           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);\r
186         }\r
187 \r
188         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);\r
189       }\r
190 \r
191       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
192       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
193       treeCanvas.setTree(tree);\r
194       if (newtree != null)\r
195       {\r
196         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
197         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
198         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
199         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
200       }\r
201 \r
202       treeCanvas.repaint();\r
203 \r
204       av.setCurrentTree(tree);\r
205 \r
206     }\r
207   }\r
208 \r
209   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
210   {\r
211     if (evt.getSource() == newickOutput)\r
212     {\r
213       newickOutput_actionPerformed();\r
214     }\r
215     else if (evt.getSource() == fontSize)\r
216     {\r
217       fontSize_actionPerformed();\r
218     }\r
219     else if (evt.getSource() == inputData)\r
220     {\r
221       showOriginalData();\r
222     }\r
223   }\r
224 \r
225   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
226   {\r
227     if (evt.getSource() == fitToWindow)\r
228     {\r
229       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
230     }\r
231 \r
232     else if (evt.getSource() == distanceMenu)\r
233     {\r
234       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
235     }\r
236 \r
237     else if (evt.getSource() == bootstrapMenu)\r
238     {\r
239       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
240     }\r
241 \r
242     else if (evt.getSource() == placeholdersMenu)\r
243     {\r
244       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
245     }\r
246 \r
247     treeCanvas.repaint();\r
248   }\r
249 \r
250   public void newickOutput_actionPerformed()\r
251   {\r
252     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
253     String output = fout.print(false, true);\r
254     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
255     cap.setText(output);\r
256     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
257     frame.add(cap);\r
258     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
259   }\r
260 \r
261   public java.awt.Font getTreeFont()\r
262   {\r
263     return treeCanvas.font;\r
264   }\r
265 \r
266   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
267   {\r
268     treeCanvas.font = font;\r
269     treeCanvas.repaint();\r
270   }\r
271 \r
272   protected void fontSize_actionPerformed()\r
273   {\r
274     if (treeCanvas == null)\r
275     {\r
276       return;\r
277     }\r
278 \r
279     new FontChooser(this);\r
280   }\r
281 \r
282   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
283   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
284   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
285   Menu jMenu2 = new Menu();\r
286   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
287   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
288   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
289   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
290   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
291   Menu fileMenu = new Menu();\r
292   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
293   MenuItem inputData = new MenuItem();\r
294 \r
295   private void jbInit()\r
296       throws Exception\r
297   {\r
298     setLayout(borderLayout1);\r
299     this.setBackground(Color.white);\r
300     this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
301     jMenu2.setLabel("View");\r
302     fontSize.setLabel("Font...");\r
303     fontSize.addActionListener(this);\r
304     bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
305     bootstrapMenu.addItemListener(this);\r
306     distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
307     distanceMenu.addItemListener(this);\r
308     placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
309     placeholdersMenu.addItemListener(this);\r
310     fitToWindow.setState(true);\r
311     fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
312     fitToWindow.addItemListener(this);\r
313     fileMenu.setLabel("File");\r
314     newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
315     newickOutput.addActionListener(this);\r
316     inputData.setLabel("Input Data...");\r
317 \r
318     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
319     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
320     jMenuBar1.add(jMenu2);\r
321     jMenu2.add(fitToWindow);\r
322     jMenu2.add(fontSize);\r
323     jMenu2.add(distanceMenu);\r
324     jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
325     jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
326     fileMenu.add(newickOutput);\r
327     fileMenu.add(inputData);\r
328     inputData.addActionListener(this);\r
329   }\r
330 \r
331 }\r