src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   SequenceI[] seq;\r
  34   String type;\r
  35   String pwtype;\r
  36   int start;\r
  37   int end;\r
  38   TreeCanvas treeCanvas;\r
  39   NJTree tree;\r
  40   AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   public NJTree getTree()\r
  43   {\r
  44     return tree;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   /**\r
  48    * Creates a new TreePanel object.\r
  49    *\r
  50    * @param av DOCUMENT ME!\r
  51    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  52    * @param type DOCUMENT ME!\r
  53    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  54    * @param s DOCUMENT ME!\r
  55    * @param e DOCUMENT ME!\r
  56    */\r
  57   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  58                    String pwtype, int s, int e)\r
  59   {\r
  60     try\r
  61     {\r
  62       jbInit();\r
  63       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  64     }\r
  65     catch (Exception ex)\r
  66     {\r
  67       ex.printStackTrace();\r
  68     }\r
  69 \r
  70     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, s, e, null);\r
  71   }\r
  72 \r
  73   /**\r
  74    * Creates a new TreePanel object.\r
  75    *\r
  76    * @param av DOCUMENT ME!\r
  77    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  78    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  79    * @param type DOCUMENT ME!\r
  80    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  81    */\r
  82   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  83                    String type, String pwtype)\r
  84   {\r
  85     try\r
  86     {\r
  87       jbInit();\r
  88       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  89     }\r
  90     catch (Exception e)\r
  91     {\r
  92       e.printStackTrace();\r
  93     }\r
  94 \r
  95     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, 0, seqVector.size(), newtree);\r
  96   }\r
  97 \r
  98 \r
  99   void initTreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
 100                      String pwtype, int s, int e, NewickFile newTree)\r
 101   {\r
 102 \r
 103     this.av = av;\r
 104     this.type = type;\r
 105     this.pwtype = pwtype;\r
 106 \r
 107     start = s;\r
 108     end = e;\r
 109 \r
 110     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
 111     for(int i=0; i<seqVector.size(); i++)\r
 112       seq[i] = (SequenceI)seqVector.elementAt(i);\r
 113 \r
 114 \r
 115     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 116     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 117 \r
 118 \r
 119     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 120     tl.start();\r
 121 \r
 122   }\r
 123 \r
 124   class TreeLoader extends Thread\r
 125   {\r
 126     NewickFile newtree;\r
 127 \r
 128     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 129     {\r
 130       this.newtree = newtree;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     public void run()\r
 134     {\r
 135       if(newtree!=null)\r
 136         tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 137       else\r
 138         tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
 139 \r
 140       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 141       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 142       treeCanvas.setTree(tree);\r
 143       if(newtree!=null)\r
 144       {\r
 145         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 146         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 147         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 148         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 149       }\r
 150 \r
 151 \r
 152       treeCanvas.repaint();\r
 153 \r
 154       av.setCurrentTree(tree);\r
 155 \r
 156     }\r
 157   }\r
 158 \r
 159   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 160   {\r
 161     if(evt.getSource()==newickOutput)\r
 162       newickOutput_actionPerformed();\r
 163     else if(evt.getSource()==fontSize)\r
 164       fontSize_actionPerformed();\r
 165   }\r
 166 \r
 167   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 168   {\r
 169     if(evt.getSource()==fitToWindow)\r
 170       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 171 \r
 172     else if(evt.getSource()==distanceMenu)\r
 173       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 174 \r
 175     else if(evt.getSource()==bootstrapMenu)\r
 176       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 177 \r
 178     else if(evt.getSource()==placeholdersMenu)\r
 179       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 180 \r
 181     treeCanvas.repaint();\r
 182   }\r
 183 \r
 184 \r
 185   public void newickOutput_actionPerformed()\r
 186   {\r
 187     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 188     String output = fout.print(false, true);\r
 189     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 190     cap.setText(output);\r
 191     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 192     frame.add(cap);\r
 193     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 194   }\r
 195 \r
 196   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 197   {\r
 198     return treeCanvas.font;\r
 199   }\r
 200 \r
 201   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 202   {\r
 203     treeCanvas.font = font;\r
 204     treeCanvas.repaint();\r
 205   }\r
 206 \r
 207   protected void fontSize_actionPerformed()\r
 208   {\r
 209      if( treeCanvas==null )\r
 210         return;\r
 211 \r
 212     new FontChooser(this);\r
 213   }\r
 214 \r
 215 \r
 216   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 217   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 218   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 219   Menu jMenu2 = new Menu();\r
 220   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
 221   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 222   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 223   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 224   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
 225   Menu fileMenu = new Menu();\r
 226   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
 227 \r
 228   private void jbInit() throws Exception {\r
 229       setLayout(borderLayout1);\r
 230       this.setBackground(Color.white);\r
 231       this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 232       jMenu2.setLabel("View");\r
 233       fontSize.setLabel("Font...");\r
 234       fontSize.addActionListener(this);\r
 235       bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
 236       bootstrapMenu.addItemListener(this);\r
 237       distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
 238       distanceMenu.addItemListener(this);\r
 239       placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
 240       placeholdersMenu.addItemListener(this);\r
 241       fitToWindow.setState(true);\r
 242       fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
 243       fitToWindow.addItemListener(this);\r
 244       fileMenu.setLabel("File");\r
 245       newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
 246       newickOutput.addActionListener(this);\r
 247 \r
 248     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 249       jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 250       jMenuBar1.add(jMenu2);\r
 251       jMenu2.add(fitToWindow);\r
 252       jMenu2.add(fontSize);\r
 253       jMenu2.add(distanceMenu);\r
 254       jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
 255       jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
 256     fileMenu.add(newickOutput);\r
 257   }\r
 258 \r
 259 }\r