src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AverageDistanceTree;
  24 import jalview.analysis.NJTree;
  25 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  26 import jalview.analysis.TreeModel;
  27 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  28 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  29 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  30 import jalview.datamodel.Alignment;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.NewickFile;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35
  36 import java.awt.BorderLayout;
  37 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Menu;
  40 import java.awt.MenuBar;
  41 import java.awt.MenuItem;
  42 import java.awt.ScrollPane;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.ActionListener;
  45 import java.awt.event.ItemEvent;
  46 import java.awt.event.ItemListener;
  47
  48 public class TreePanel extends EmbmenuFrame
  49         implements ActionListener, ItemListener
  50 {
  51   SequenceI[] seq;
  52
  53   String type;
  54
  55   String pwtype;
  56
  57   int start;
  58
  59   int end;
  60
  61   TreeCanvas treeCanvas;
  62
  63   TreeModel tree;
  64
  65   AlignmentPanel ap;
  66
  67   AlignViewport av;
  68
  69   public TreeModel getTree()
  70   {
  71     return tree;
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public void finalize() throws Throwable
  76   {
  77     ap = null;
  78     av = null;
  79     super.finalize();
  80   }
  81
  82   /**
  83    * Creates a new TreePanel object.
  84    */
  85   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, String type, String pwtype)
  86   {
  87     try
  88     {
  89       jbInit();
  90       this.setMenuBar(jMenuBar1);
  91     } catch (Exception ex)
  92     {
  93       ex.printStackTrace();
  94     }
  95
  96     initTreePanel(alignPanel, type, pwtype, null);
  97   }
  98
  99   /**
 100    * Creates a new TreePanel object.
 101    *
 102    */
 103   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 104           NewickFile newtree)
 105   {
 106     try
 107     {
 108       jbInit();
 109       this.setMenuBar(jMenuBar1);
 110     } catch (Exception e)
 111     {
 112       e.printStackTrace();
 113     }
 114
 115     initTreePanel(ap, type, pwtype, newtree);
 116   }
 117
 118   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 119           NewickFile newTree)
 120   {
 121
 122     this.ap = ap;
 123     this.av = ap.av;
 124     this.type = type;
 125     this.pwtype = pwtype;
 126
 127     treeCanvas = new TreeCanvas(ap, scrollPane);
 128     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 129     tl.start();
 130     embedMenuIfNeeded(treeCanvas);
 131     scrollPane.add(treeCanvas, BorderLayout.CENTER);
 132   }
 133
 134   void showOriginalData()
 135   {
 136     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 137     // warrant a new window to be created
 138     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 139     // yields unaligned seqs)
 140     // or create a selection box around columns in alignment view
 141     // test Alignment(SeqCigar[])
 142     if (tree.getOriginalData() != null)
 143     {
 144       char gc = '-';
 145       try
 146       {
 147         // we try to get the associated view's gap character
 148         // but this may fail if the view was closed...
 149         gc = av.getGapCharacter();
 150       } catch (Exception ex)
 151       {
 152       }
 153
 154       Object[] alAndColsel = tree.getOriginalData()
 155               .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 156
 157       if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 158       {
 159         Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 160         AlignFrame af = new AlignFrame(al, av.applet,
 161                 "Original Data for Tree", false);
 162
 163         af.viewport.getAlignment()
 164                 .setHiddenColumns((HiddenColumns) alAndColsel[1]);
 165       }
 166     }
 167     else
 168     {
 169       System.out.println("Original Tree Data not available");
 170     }
 171   }
 172
 173   class TreeLoader extends Thread
 174   {
 175     NewickFile newtree;
 176
 177     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 178
 179     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 180     {
 181       this.newtree = newtree;
 182     }
 183
 184     @Override
 185     public void run()
 186     {
 187       if (newtree != null)
 188       {
 189         tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 190                 newtree);
 191       }
 192       else
 193       {
 194         ScoreModelI sm1 = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(pwtype,
 195                 treeCanvas.ap);
 196         ScoreModelI sm = sm1;
 197         TreeBuilder njtree = type.equals(TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING)
 198                 ? new NJTree(av, sm, SimilarityParams.Jalview)
 199                 : new AverageDistanceTree(av, sm, SimilarityParams.Jalview);
 200         tree = new TreeModel(njtree);
 201       }
 202
 203       tree.reCount(tree.getTopNode());
 204       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 205       treeCanvas.setTree(tree);
 206       if (newtree != null)
 207       {
 208         // Set default view, paying lip service to any overriding tree view
 209         // parameter settings
 210         boolean showDist = newtree.HasDistances()
 211                 && av.applet.getDefaultParameter("showTreeDistances",
 212                         newtree.HasDistances());
 213         boolean showBoots = newtree.HasBootstrap()
 214                 && av.applet.getDefaultParameter("showTreeBootstraps",
 215                         newtree.HasBootstrap());
 216         distanceMenu.setState(showDist);
 217         bootstrapMenu.setState(showBoots);
 218         treeCanvas.setShowBootstrap(showBoots);
 219         treeCanvas.setShowDistances(showDist);
 220         treeCanvas.setMarkPlaceholders(av.applet
 221                 .getDefaultParameter("showUnlinkedTreeNodes", false));
 222       }
 223
 224       treeCanvas.repaint();
 225
 226       av.setCurrentTree(tree);
 227
 228     }
 229   }
 230
 231   @Override
 232   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 233   {
 234     if (evt.getSource() == newickOutput)
 235     {
 236       newickOutput_actionPerformed();
 237     }
 238     else if (evt.getSource() == fontSize)
 239     {
 240       fontSize_actionPerformed();
 241     }
 242     else if (evt.getSource() == inputData)
 243     {
 244       showOriginalData();
 245     }
 246   }
 247
 248   @Override
 249   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 250   {
 251     if (evt.getSource() == fitToWindow)
 252     {
 253       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();
 254     }
 255
 256     else if (evt.getSource() == distanceMenu)
 257     {
 258       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());
 259     }
 260
 261     else if (evt.getSource() == bootstrapMenu)
 262     {
 263       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());
 264     }
 265
 266     else if (evt.getSource() == placeholdersMenu)
 267     {
 268       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());
 269     }
 270
 271     treeCanvas.repaint();
 272   }
 273
 274   public void newickOutput_actionPerformed()
 275   {
 276     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 277             tree.getTopNode());
 278     String output = fout.print(false, true);
 279     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
 280     cap.setText(output);
 281     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();
 282     frame.add(cap);
 283     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);
 284   }
 285
 286   public java.awt.Font getTreeFont()
 287   {
 288     return treeCanvas.font;
 289   }
 290
 291   public void setTreeFont(java.awt.Font font)
 292   {
 293     treeCanvas.font = font;
 294     treeCanvas.repaint();
 295   }
 296
 297   protected void fontSize_actionPerformed()
 298   {
 299     if (treeCanvas == null)
 300     {
 301       return;
 302     }
 303
 304     new FontChooser(this);
 305   }
 306
 307   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 308
 309   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 310
 311   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 312
 313   Menu jMenu2 = new Menu();
 314
 315   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();
 316
 317   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();
 318
 319   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();
 320
 321   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();
 322
 323   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();
 324
 325   Menu fileMenu = new Menu();
 326
 327   MenuItem newickOutput = new MenuItem();
 328
 329   MenuItem inputData = new MenuItem();
 330
 331   private void jbInit() throws Exception
 332   {
 333     setLayout(borderLayout1);
 334     this.setBackground(Color.white);
 335     this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 336     jMenu2.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 337     fontSize.setLabel(MessageManager.getString("action.font"));
 338     fontSize.addActionListener(this);
 339     bootstrapMenu.setLabel(
 340             MessageManager.getString("label.show_bootstrap_values"));
 341     bootstrapMenu.addItemListener(this);
 342     distanceMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.show_distances"));
 343     distanceMenu.addItemListener(this);
 344     placeholdersMenu.setLabel(
 345             MessageManager.getString("label.mark_unassociated_leaves"));
 346     placeholdersMenu.addItemListener(this);
 347     fitToWindow.setState(true);
 348     fitToWindow.setLabel(MessageManager.getString("label.fit_to_window"));
 349     fitToWindow.addItemListener(this);
 350     fileMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 351     newickOutput.setLabel(MessageManager.getString("label.newick_format"));
 352     newickOutput.addActionListener(this);
 353     inputData.setLabel(MessageManager.getString("label.input_data"));
 354
 355     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 356     jMenuBar1.add(fileMenu);
 357     jMenuBar1.add(jMenu2);
 358     jMenu2.add(fitToWindow);
 359     jMenu2.add(fontSize);
 360     jMenu2.add(distanceMenu);
 361     jMenu2.add(bootstrapMenu);
 362     jMenu2.add(placeholdersMenu);
 363     fileMenu.add(newickOutput);
 364     fileMenu.add(inputData);
 365     inputData.addActionListener(this);
 366   }
 367
 368 }