src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24 import java.util.Hashtable;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 public class TreePanel
  31     extends EmbmenuFrame implements ActionListener, ItemListener
  32 {
  33   SequenceI[] seq;
  34   String type;
  35   String pwtype;
  36   int start;
  37   int end;
  38   TreeCanvas treeCanvas;
  39   NJTree tree;
  40   AlignViewport av;
  41
  42   public NJTree getTree()
  43   {
  44     return tree;
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Creates a new TreePanel object.
  49    *
  50    * @param av DOCUMENT ME!
  51    * @param seqVector DOCUMENT ME!
  52    * @param type DOCUMENT ME!
  53    * @param pwtype DOCUMENT ME!
  54    * @param s DOCUMENT ME!
  55    * @param e DOCUMENT ME!
  56    */
  57   public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)
  58   {
  59     try
  60     {
  61       jbInit();
  62       this.setMenuBar(jMenuBar1);
  63     }
  64     catch (Exception ex)
  65     {
  66       ex.printStackTrace();
  67     }
  68
  69     initTreePanel(av, type, pwtype, null);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Creates a new TreePanel object.
  74    *
  75    * @param av DOCUMENT ME!
  76    * @param seqVector DOCUMENT ME!
  77    * @param newtree DOCUMENT ME!
  78    * @param type DOCUMENT ME!
  79    * @param pwtype DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public TreePanel(AlignViewport av,
  82                    String type,
  83                    String pwtype,
  84                    NewickFile newtree)
  85   {
  86     try
  87     {
  88       jbInit();
  89       this.setMenuBar(jMenuBar1);
  90     }
  91     catch (Exception e)
  92     {
  93       e.printStackTrace();
  94     }
  95
  96     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);
  97   }
  98   void initTreePanel(AlignViewport av,
  99                      String type,
 100                      String pwtype,
 101                      NewickFile newTree)
 102   {
 103
 104     this.av = av;
 105     this.type = type;
 106     this.pwtype = pwtype;
 107
 108
 109     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);
 110     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 111     tl.start();
 112     embedMenuIfNeeded(treeCanvas);
 113     scrollPane.add(treeCanvas, BorderLayout.CENTER);
 114   }
 115   void showOriginalData()
 116   {
 117     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to warrant a new window to be created
 118     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions yields unaligned seqs)
 119     // or create a selection box around columns in alignment view
 120     // test Alignment(SeqCigar[])
 121     if (tree.seqData != null)
 122     {
 123       char gc = '-';
 124       try {
 125         // we try to get the associated view's gap character
 126         // but this may fail if the view was closed...
 127         gc = av.
 128         getGapCharacter();
 129       } catch (Exception ex) {};
 130       Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 131
 132       if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 133       {
 134         Alignment al = new Alignment( (SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 135         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 136                                        av.applet,
 137                                        "Original Data for Tree",
 138                                        false);
 139
 140         af.viewport.setHiddenColumns( (ColumnSelection) alAndColsel[1]);
 141       }
 142     }
 143     else
 144     {
 145       System.out.println("Original Tree Data not available");
 146     }
 147   }
 148
 149   class TreeLoader
 150       extends Thread
 151   {
 152     NewickFile newtree;
 153     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 154
 155     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 156     {
 157       this.newtree = newtree;
 158     }
 159
 160     public void run()
 161     {
 162       if (newtree != null)
 163       {
 164         if (odata == null)
 165         {
 166           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(),
 167                             newtree);
 168         }
 169         else
 170         {
 171           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(), odata, newtree);
 172         }
 173
 174       }
 175       else
 176       {
 177         int start, end;
 178         SequenceI[] seqs;
 179         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(av.getSelectionGroup() != null);
 180         if (av.getSelectionGroup() == null)
 181         {
 182           start = 0;
 183           end = av.alignment.getWidth();
 184           seqs = av.alignment.getSequencesArray();
 185         }
 186         else
 187         {
 188           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 189           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;
 190           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);
 191         }
 192
 193         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);
 194       }
 195
 196       tree.reCount(tree.getTopNode());
 197       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 198       treeCanvas.setTree(tree);
 199       if (newtree != null)
 200       {
 201         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());
 202         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());
 203         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 204         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());
 205       }
 206
 207       treeCanvas.repaint();
 208
 209       av.setCurrentTree(tree);
 210
 211     }
 212   }
 213
 214   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 215   {
 216     if (evt.getSource() == newickOutput)
 217     {
 218       newickOutput_actionPerformed();
 219     }
 220     else if (evt.getSource() == fontSize)
 221     {
 222       fontSize_actionPerformed();
 223     }
 224     else if (evt.getSource() == inputData)
 225     {
 226       showOriginalData();
 227     }
 228   }
 229
 230   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 231   {
 232     if (evt.getSource() == fitToWindow)
 233     {
 234       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();
 235     }
 236
 237     else if (evt.getSource() == distanceMenu)
 238     {
 239       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());
 240     }
 241
 242     else if (evt.getSource() == bootstrapMenu)
 243     {
 244       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());
 245     }
 246
 247     else if (evt.getSource() == placeholdersMenu)
 248     {
 249       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());
 250     }
 251
 252     treeCanvas.repaint();
 253   }
 254
 255   public void newickOutput_actionPerformed()
 256   {
 257     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());
 258     String output = fout.print(false, true);
 259     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
 260     cap.setText(output);
 261     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();
 262     frame.add(cap);
 263     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);
 264   }
 265
 266   public java.awt.Font getTreeFont()
 267   {
 268     return treeCanvas.font;
 269   }
 270
 271   public void setTreeFont(java.awt.Font font)
 272   {
 273     treeCanvas.font = font;
 274     treeCanvas.repaint();
 275   }
 276
 277   protected void fontSize_actionPerformed()
 278   {
 279     if (treeCanvas == null)
 280     {
 281       return;
 282     }
 283
 284     new FontChooser(this);
 285   }
 286
 287   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 288   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 289   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 290   Menu jMenu2 = new Menu();
 291   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();
 292   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();
 293   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();
 294   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();
 295   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();
 296   Menu fileMenu = new Menu();
 297   MenuItem newickOutput = new MenuItem();
 298   MenuItem inputData = new MenuItem();
 299
 300   private void jbInit()
 301       throws Exception
 302   {
 303     setLayout(borderLayout1);
 304     this.setBackground(Color.white);
 305     this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 306     jMenu2.setLabel("View");
 307     fontSize.setLabel("Font...");
 308     fontSize.addActionListener(this);
 309     bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");
 310     bootstrapMenu.addItemListener(this);
 311     distanceMenu.setLabel("Show Distances");
 312     distanceMenu.addItemListener(this);
 313     placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");
 314     placeholdersMenu.addItemListener(this);
 315     fitToWindow.setState(true);
 316     fitToWindow.setLabel("Fit To Window");
 317     fitToWindow.addItemListener(this);
 318     fileMenu.setLabel("File");
 319     newickOutput.setLabel("Newick Format");
 320     newickOutput.addActionListener(this);
 321     inputData.setLabel("Input Data...");
 322
 323     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 324     jMenuBar1.add(fileMenu);
 325     jMenuBar1.add(jMenu2);
 326     jMenu2.add(fitToWindow);
 327     jMenu2.add(fontSize);
 328     jMenu2.add(distanceMenu);
 329     jMenu2.add(bootstrapMenu);
 330     jMenu2.add(placeholdersMenu);
 331     fileMenu.add(newickOutput);
 332     fileMenu.add(inputData);
 333     inputData.addActionListener(this);
 334   }
 335
 336 }