src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel extends Frame\r
  32 {\r
  33   SequenceI[] seq;\r
  34   String type;\r
  35   String pwtype;\r
  36   int start;\r
  37   int end;\r
  38   TreeCanvas treeCanvas;\r
  39   NJTree tree;\r
  40 \r
  41   public NJTree getTree()\r
  42   {\r
  43     return tree;\r
  44   }\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * Creates a new TreePanel object.\r
  48    *\r
  49    * @param av DOCUMENT ME!\r
  50    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  51    * @param type DOCUMENT ME!\r
  52    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  53    * @param s DOCUMENT ME!\r
  54    * @param e DOCUMENT ME!\r
  55    */\r
  56   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  57                    String pwtype, int s, int e)\r
  58   {\r
  59     try\r
  60     {\r
  61       jbInit();\r
  62       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  63     }\r
  64     catch (Exception ex)\r
  65     {\r
  66       ex.printStackTrace();\r
  67     }\r
  68 \r
  69     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, s, e, null);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /**\r
  73    * Creates a new TreePanel object.\r
  74    *\r
  75    * @param av DOCUMENT ME!\r
  76    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  77    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  78    * @param type DOCUMENT ME!\r
  79    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  80    */\r
  81   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  82                    String type, String pwtype)\r
  83   {\r
  84     try\r
  85     {\r
  86       jbInit();\r
  87       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  88     }\r
  89     catch (Exception e)\r
  90     {\r
  91       e.printStackTrace();\r
  92     }\r
  93 \r
  94     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, 0, seqVector.size(), newtree);\r
  95   }\r
  96 \r
  97 \r
  98   void initTreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  99                      String pwtype, int s, int e, NewickFile newTree)\r
 100   {\r
 101 \r
 102     this.type = type;\r
 103     this.pwtype = pwtype;\r
 104 \r
 105     start = s;\r
 106     end = e;\r
 107 \r
 108     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
 109     for(int i=0; i<seqVector.size(); i++)\r
 110       seq[i] = (SequenceI)seqVector.elementAt(i);\r
 111 \r
 112 \r
 113     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 114     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 115 \r
 116 \r
 117     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 118     tl.start();\r
 119 \r
 120   }\r
 121 \r
 122   class TreeLoader extends Thread\r
 123   {\r
 124     NewickFile newtree;\r
 125 \r
 126     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 127     {\r
 128       this.newtree = newtree;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     public void run()\r
 132     {\r
 133       if(newtree!=null)\r
 134         tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 135       else\r
 136         tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
 137 \r
 138       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 139       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 140       treeCanvas.setTree(tree);\r
 141       if(newtree!=null)\r
 142       {\r
 143         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 144         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 145         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 146         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 147       }\r
 148 \r
 149 \r
 150       treeCanvas.repaint();\r
 151 \r
 152     }\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public String getText(String format)\r
 156   {\r
 157     return null;\r
 158   }\r
 159 \r
 160   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 161   {\r
 162     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 163     treeCanvas.repaint();\r
 164   }\r
 165 \r
 166   public void newickOutput_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 167   {\r
 168     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 169     String output = fout.print(false, true);\r
 170     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 171     cap.setText(output);\r
 172     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 173     frame.add(cap);\r
 174     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 175   }\r
 176 \r
 177   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 178   {\r
 179     return treeCanvas.font;\r
 180   }\r
 181 \r
 182   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 183   {\r
 184     treeCanvas.font = font;\r
 185     treeCanvas.repaint();\r
 186   }\r
 187 \r
 188   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 189   {\r
 190      if( treeCanvas==null )\r
 191         return;\r
 192 \r
 193     new FontChooser(this);\r
 194   }\r
 195 \r
 196   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 197   {\r
 198     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 199   }\r
 200 \r
 201   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 202   {\r
 203     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 204   }\r
 205 \r
 206   protected void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 207   {\r
 208     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 209   }\r
 210 \r
 211   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 212   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 213   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 214   Menu jMenu2 = new Menu();\r
 215   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
 216   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 217   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 218   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 219   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
 220   Menu fileMenu = new Menu();\r
 221   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
 222 \r
 223   private void jbInit() throws Exception {\r
 224       setLayout(borderLayout1);\r
 225       this.setBackground(Color.white);\r
 226       this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 227       jMenu2.setLabel("View");\r
 228       fontSize.setLabel("Font...");\r
 229       fontSize.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {\r
 230               public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 231                   fontSize_actionPerformed(e);\r
 232               }\r
 233           });\r
 234       bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
 235       bootstrapMenu.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener() {\r
 236               public void itemStateChanged(ItemEvent e) {\r
 237                   bootstrapMenu_actionPerformed(null);\r
 238               }\r
 239           });\r
 240       distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
 241       distanceMenu.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener() {\r
 242               public void itemStateChanged(ItemEvent e) {\r
 243                   distanceMenu_actionPerformed(null);\r
 244               }\r
 245           });\r
 246       placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
 247       placeholdersMenu.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener() {\r
 248               public void itemStateChanged(ItemEvent e) {\r
 249                   placeholdersMenu_actionPerformed(null);\r
 250               }\r
 251           });\r
 252       fitToWindow.setState(true);\r
 253       fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
 254       fitToWindow.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener() {\r
 255               public void itemStateChanged(ItemEvent e) {\r
 256                   fitToWindow_actionPerformed(null);\r
 257               }\r
 258           });\r
 259       fileMenu.setLabel("File");\r
 260       newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
 261       newickOutput.addActionListener(new ActionListener() {\r
 262               public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent) {\r
 263                   newickOutput_actionPerformed(actionEvent);\r
 264               }\r
 265           });\r
 266 \r
 267     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 268       jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 269       jMenuBar1.add(jMenu2);\r
 270       jMenu2.add(fitToWindow);\r
 271       jMenu2.add(fontSize);\r
 272       jMenu2.add(distanceMenu);\r
 273       jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
 274       jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
 275     fileMenu.add(newickOutput);\r
 276   }\r
 277 \r
 278 }\r