src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 import jalview.jbappletgui.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel\r
  32     extends GTreePanel\r
  33 {\r
  34   SequenceI[] seq;\r
  35   String type;\r
  36   String pwtype;\r
  37   AlignmentPanel ap;\r
  38   int start;\r
  39   int end;\r
  40   TreeCanvas treeCanvas;\r
  41   NJTree tree;\r
  42 \r
  43   public NJTree getTree()\r
  44   {\r
  45     return tree;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public TreePanel(AlignmentPanel ap, Vector seqVector, String type,\r
  49                    String pwtype, int s, int e)\r
  50   {\r
  51     super();\r
  52 \r
  53     this.ap = ap;\r
  54     this.type = type;\r
  55     this.pwtype = pwtype;\r
  56 \r
  57     start = s;\r
  58     end = e;\r
  59 \r
  60     String longestName = "";\r
  61     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  62     for (int i = 0; i < seqVector.size(); i++)\r
  63     {\r
  64       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  65       if (seq[i].getName().length() > longestName.length())\r
  66       {\r
  67         longestName = seq[i].getName();\r
  68       }\r
  69     }\r
  70 \r
  71     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  72 \r
  73     treeCanvas = new TreeCanvas(ap.av, tree, scrollPane, longestName);\r
  74 \r
  75     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  76     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  77     scrollPane.add(treeCanvas);\r
  78 \r
  79   }\r
  80 \r
  81   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  82                    String type, String pwtype)\r
  83   {\r
  84     super();\r
  85     // These are probably only  arbitrary strings reflecting source of tree\r
  86     this.type = type;\r
  87     this.pwtype = pwtype;\r
  88 \r
  89     start = 0;\r
  90     end = seqVector.size();\r
  91 \r
  92     String longestName = "";\r
  93     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  94     for (int i = 0; i < seqVector.size(); i++)\r
  95     {\r
  96       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  97     }\r
  98     // This constructor matches sequence names to treenodes and sets up the tree layouts.\r
  99     tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 100     // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 101     Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 102 \r
 103     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 104     {\r
 105       if (longestName.length() <\r
 106           ( (Sequence) ( (SequenceNode) leaves.elementAt(i)).element()).getName().\r
 107           length())\r
 108       {\r
 109         longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER +\r
 110             ( (Sequence) ( (SequenceNode) leaves.elementAt(i)).element()).\r
 111             getName();\r
 112       }\r
 113     }\r
 114 \r
 115     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 116     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 117 \r
 118     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
 119     treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 120     treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 121     distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 122     bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 123     if (true) // JBPNote TODO: preference for always marking placeholders in new associated tree\r
 124     {\r
 125       placeholdersMenu.setState(treeCanvas.markPlaceholders);\r
 126     }\r
 127     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 128 \r
 129   }\r
 130 \r
 131   public String getText(String format)\r
 132   {\r
 133     return null;\r
 134   }\r
 135 \r
 136   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 137   {\r
 138     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 139     repaint();\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void newickOutput_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 143   {\r
 144     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 145     String output = fout.print(false, true);\r
 146     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame.applet);\r
 147     cap.setText(output);\r
 148     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 149     frame.add(cap);\r
 150     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 151   }\r
 152 \r
 153   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 154   {\r
 155     /*   if( treeCanvas==null )\r
 156         return;\r
 157 \r
 158       String size = fontSize.getLabel().substring( fontSize.getLabel().indexOf("-")+1);\r
 159 \r
 160       Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 161                                   "Select font size",\r
 162                                   "Font size",\r
 163                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 164      null, new String[]{"1","2","4","6","8","10","12","14","16","18","20"}\r
 165                                   ,"Font Size - "+size);\r
 166       if(selection!=null)\r
 167       {\r
 168         fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 169 \r
 170         int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 171         treeCanvas.setFontSize(i);\r
 172       }\r
 173        scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 174      */\r
 175   }\r
 176 \r
 177   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 178   {\r
 179     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 180   }\r
 181 \r
 182   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 183   {\r
 184     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 185   }\r
 186 \r
 187   protected void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 188   {\r
 189     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 190   }\r
 191 \r
 192 }\r