src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   SequenceI[] seq;\r
  34   String type;\r
  35   String pwtype;\r
  36   int start;\r
  37   int end;\r
  38   TreeCanvas treeCanvas;\r
  39   NJTree tree;\r
  40 \r
  41   public NJTree getTree()\r
  42   {\r
  43     return tree;\r
  44   }\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * Creates a new TreePanel object.\r
  48    *\r
  49    * @param av DOCUMENT ME!\r
  50    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  51    * @param type DOCUMENT ME!\r
  52    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  53    * @param s DOCUMENT ME!\r
  54    * @param e DOCUMENT ME!\r
  55    */\r
  56   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  57                    String pwtype, int s, int e)\r
  58   {\r
  59     try\r
  60     {\r
  61       jbInit();\r
  62       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  63     }\r
  64     catch (Exception ex)\r
  65     {\r
  66       ex.printStackTrace();\r
  67     }\r
  68 \r
  69     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, s, e, null);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /**\r
  73    * Creates a new TreePanel object.\r
  74    *\r
  75    * @param av DOCUMENT ME!\r
  76    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  77    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  78    * @param type DOCUMENT ME!\r
  79    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  80    */\r
  81   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  82                    String type, String pwtype)\r
  83   {\r
  84     try\r
  85     {\r
  86       jbInit();\r
  87       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  88     }\r
  89     catch (Exception e)\r
  90     {\r
  91       e.printStackTrace();\r
  92     }\r
  93 \r
  94     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, 0, seqVector.size(), newtree);\r
  95   }\r
  96 \r
  97 \r
  98   void initTreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  99                      String pwtype, int s, int e, NewickFile newTree)\r
 100   {\r
 101 \r
 102     this.type = type;\r
 103     this.pwtype = pwtype;\r
 104 \r
 105     start = s;\r
 106     end = e;\r
 107 \r
 108     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
 109     for(int i=0; i<seqVector.size(); i++)\r
 110       seq[i] = (SequenceI)seqVector.elementAt(i);\r
 111 \r
 112 \r
 113     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 114     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 115 \r
 116 \r
 117     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 118     tl.start();\r
 119 \r
 120   }\r
 121 \r
 122   class TreeLoader extends Thread\r
 123   {\r
 124     NewickFile newtree;\r
 125 \r
 126     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 127     {\r
 128       this.newtree = newtree;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     public void run()\r
 132     {\r
 133       if(newtree!=null)\r
 134         tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 135       else\r
 136         tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
 137 \r
 138       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 139       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 140       treeCanvas.setTree(tree);\r
 141       if(newtree!=null)\r
 142       {\r
 143         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 144         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 145         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 146         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 147       }\r
 148 \r
 149 \r
 150       treeCanvas.repaint();\r
 151 \r
 152     }\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 156   {\r
 157     if(evt.getSource()==newickOutput)\r
 158       newickOutput_actionPerformed();\r
 159     else if(evt.getSource()==fontSize)\r
 160       fontSize_actionPerformed();\r
 161   }\r
 162 \r
 163   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 164   {\r
 165     if(evt.getSource()==fitToWindow)\r
 166       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 167 \r
 168     else if(evt.getSource()==distanceMenu)\r
 169       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 170 \r
 171     else if(evt.getSource()==bootstrapMenu)\r
 172       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 173 \r
 174     else if(evt.getSource()==placeholdersMenu)\r
 175       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 176 \r
 177     treeCanvas.repaint();\r
 178   }\r
 179 \r
 180 \r
 181   public void newickOutput_actionPerformed()\r
 182   {\r
 183     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 184     String output = fout.print(false, true);\r
 185     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 186     cap.setText(output);\r
 187     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 188     frame.add(cap);\r
 189     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 190   }\r
 191 \r
 192   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 193   {\r
 194     return treeCanvas.font;\r
 195   }\r
 196 \r
 197   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 198   {\r
 199     treeCanvas.font = font;\r
 200     treeCanvas.repaint();\r
 201   }\r
 202 \r
 203   protected void fontSize_actionPerformed()\r
 204   {\r
 205      if( treeCanvas==null )\r
 206         return;\r
 207 \r
 208     new FontChooser(this);\r
 209   }\r
 210 \r
 211 \r
 212   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 213   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 214   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 215   Menu jMenu2 = new Menu();\r
 216   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
 217   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 218   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 219   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 220   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
 221   Menu fileMenu = new Menu();\r
 222   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
 223 \r
 224   private void jbInit() throws Exception {\r
 225       setLayout(borderLayout1);\r
 226       this.setBackground(Color.white);\r
 227       this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 228       jMenu2.setLabel("View");\r
 229       fontSize.setLabel("Font...");\r
 230       fontSize.addActionListener(this);\r
 231       bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
 232       bootstrapMenu.addItemListener(this);\r
 233       distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
 234       distanceMenu.addItemListener(this);\r
 235       placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
 236       placeholdersMenu.addItemListener(this);\r
 237       fitToWindow.setState(true);\r
 238       fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
 239       fitToWindow.addItemListener(this);\r
 240       fileMenu.setLabel("File");\r
 241       newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
 242       newickOutput.addActionListener(this);\r
 243 \r
 244     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 245       jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 246       jMenuBar1.add(jMenu2);\r
 247       jMenu2.add(fitToWindow);\r
 248       jMenu2.add(fontSize);\r
 249       jMenu2.add(distanceMenu);\r
 250       jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
 251       jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
 252     fileMenu.add(newickOutput);\r
 253   }\r
 254 \r
 255 }\r