src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.event.*;
  25 import java.awt.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30
  31 public class TreePanel extends Frame implements ActionListener, ItemListener
  32 {
  33   SequenceI[] seq;
  34   String type;
  35   String pwtype;
  36   int start;
  37   int end;
  38   TreeCanvas treeCanvas;
  39   NJTree tree;
  40   AlignViewport av;
  41
  42   public NJTree getTree()
  43   {
  44     return tree;
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Creates a new TreePanel object.
  49    *
  50    * @param av DOCUMENT ME!
  51    * @param seqVector DOCUMENT ME!
  52    * @param type DOCUMENT ME!
  53    * @param pwtype DOCUMENT ME!
  54    * @param s DOCUMENT ME!
  55    * @param e DOCUMENT ME!
  56    */
  57   public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)
  58   {
  59     try
  60     {
  61       jbInit();
  62       this.setMenuBar(jMenuBar1);
  63     }
  64     catch (Exception ex)
  65     {
  66       ex.printStackTrace();
  67     }
  68
  69     initTreePanel(av, type, pwtype, null);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Creates a new TreePanel object.
  74    *
  75    * @param av DOCUMENT ME!
  76    * @param seqVector DOCUMENT ME!
  77    * @param newtree DOCUMENT ME!
  78    * @param type DOCUMENT ME!
  79    * @param pwtype DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public TreePanel(AlignViewport av,
  82                    String type,
  83                    String pwtype,
  84                    NewickFile newtree)
  85   {
  86     try
  87     {
  88       jbInit();
  89       this.setMenuBar(jMenuBar1);
  90     }
  91     catch (Exception e)
  92     {
  93       e.printStackTrace();
  94     }
  95
  96     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);
  97   }
  98
  99
 100   void initTreePanel(AlignViewport av,
 101                      String type,
 102                      String pwtype,
 103                      NewickFile newTree)
 104   {
 105
 106     this.av = av;
 107     this.type = type;
 108     this.pwtype = pwtype;
 109
 110     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);
 111     scrollPane.add(treeCanvas);
 112
 113
 114     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 115     tl.start();
 116
 117   }
 118
 119   void showOriginalData()
 120   {
 121     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to warrant a new window to be created
 122     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions yields unaligned seqs)
 123     // or create a selection box around columns in alignment view
 124     // test Alignment(SeqCigar[])
 125     if(tree.seqData!=null)
 126     {
 127       Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(av.
 128           getGapCharacter());
 129
 130       if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 131       {
 132         Alignment al = new Alignment( (SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 133         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 134                                        av.applet,
 135                                        "Original Data for Tree",
 136                                        false);
 137
 138         af.viewport.setHiddenColumns( (ColumnSelection) alAndColsel[1]);
 139       }
 140     }
 141     else
 142       System.out.println("Original Tree Data not available");
 143   }
 144
 145   class TreeLoader extends Thread
 146   {
 147     NewickFile newtree;
 148     jalview.datamodel.AlignmentView odata=null;
 149
 150     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 151     {
 152       this.newtree = newtree;
 153     }
 154
 155     public void run()
 156     {
 157       if(newtree!=null)
 158       {
 159         if (odata == null)
 160           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(),
 161                             newtree);
 162         else
 163           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(), odata, newtree);
 164
 165         }
 166         else
 167         {
 168           int start, end;
 169           SequenceI [] seqs;
 170           AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(av.getSelectionGroup()!=null);
 171           if(av.getSelectionGroup()==null)
 172           {
 173             start = 0;
 174             end = av.alignment.getWidth();
 175             seqs = av.alignment.getSequencesArray();
 176           }
 177           else
 178           {
 179             start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 180             end = av.getSelectionGroup().getEndRes()+1;
 181             seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);
 182           }
 183
 184           tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);
 185         }
 186
 187       tree.reCount(tree.getTopNode());
 188       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 189       treeCanvas.setTree(tree);
 190       if(newtree!=null)
 191       {
 192         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());
 193         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());
 194         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 195         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());
 196       }
 197
 198
 199       treeCanvas.repaint();
 200
 201       av.setCurrentTree(tree);
 202
 203     }
 204   }
 205
 206   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 207   {
 208     if(evt.getSource()==newickOutput)
 209       newickOutput_actionPerformed();
 210     else if(evt.getSource()==fontSize)
 211       fontSize_actionPerformed();
 212     else if(evt.getSource()==inputData)
 213       showOriginalData();
 214   }
 215
 216   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 217   {
 218     if(evt.getSource()==fitToWindow)
 219       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();
 220
 221     else if(evt.getSource()==distanceMenu)
 222       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());
 223
 224     else if(evt.getSource()==bootstrapMenu)
 225       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());
 226
 227     else if(evt.getSource()==placeholdersMenu)
 228       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());
 229
 230     treeCanvas.repaint();
 231   }
 232
 233
 234   public void newickOutput_actionPerformed()
 235   {
 236     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());
 237     String output = fout.print(false, true);
 238     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
 239     cap.setText(output);
 240     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();
 241     frame.add(cap);
 242     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);
 243   }
 244
 245   public java.awt.Font getTreeFont()
 246   {
 247     return treeCanvas.font;
 248   }
 249
 250   public void setTreeFont(java.awt.Font font)
 251   {
 252     treeCanvas.font = font;
 253     treeCanvas.repaint();
 254   }
 255
 256   protected void fontSize_actionPerformed()
 257   {
 258      if( treeCanvas==null )
 259         return;
 260
 261     new FontChooser(this);
 262   }
 263
 264
 265
 266
 267   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 268   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 269   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 270   Menu jMenu2 = new Menu();
 271   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();
 272   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();
 273   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();
 274   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();
 275   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();
 276   Menu fileMenu = new Menu();
 277   MenuItem newickOutput = new MenuItem();
 278   MenuItem inputData = new MenuItem();
 279
 280   private void jbInit() throws Exception {
 281       setLayout(borderLayout1);
 282       this.setBackground(Color.white);
 283       this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 284       jMenu2.setLabel("View");
 285       fontSize.setLabel("Font...");
 286       fontSize.addActionListener(this);
 287       bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");
 288       bootstrapMenu.addItemListener(this);
 289       distanceMenu.setLabel("Show Distances");
 290       distanceMenu.addItemListener(this);
 291       placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");
 292       placeholdersMenu.addItemListener(this);
 293       fitToWindow.setState(true);
 294       fitToWindow.setLabel("Fit To Window");
 295       fitToWindow.addItemListener(this);
 296       fileMenu.setLabel("File");
 297       newickOutput.setLabel("Newick Format");
 298       newickOutput.addActionListener(this);
 299     inputData.setLabel("Input Data...");
 300
 301     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 302       jMenuBar1.add(fileMenu);
 303       jMenuBar1.add(jMenu2);
 304       jMenu2.add(fitToWindow);
 305       jMenu2.add(fontSize);
 306       jMenu2.add(distanceMenu);
 307       jMenu2.add(bootstrapMenu);
 308       jMenu2.add(placeholdersMenu);
 309     fileMenu.add(newickOutput);
 310     fileMenu.add(inputData);
 311     inputData.addActionListener(this);
 312   }
 313
 314 }