src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 public class UserDefinedColours extends Panel implements ActionListener,
  29         AdjustmentListener
  30 {
  31
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   SequenceGroup seqGroup;
  35
  36   Button selectedButton;
  37
  38   Vector oldColours = new Vector();
  39
  40   ColourSchemeI oldColourScheme;
  41
  42   Frame frame;
  43
  44   MCview.AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  45
  46   AppletJmol jmol;
  47
  48   Dialog dialog;
  49
  50   Object caller;
  51
  52   String originalLabel;
  53
  54   Object originalColour;
  55
  56   int R = 0, G = 0, B = 0;
  57
  58   public ColourSchemeI loadDefaultColours()
  59   {
  60     // NOT IMPLEMENTED YET IN APPLET VERSION
  61     return null;
  62   }
  63
  64   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  65   {
  66     this.ap = ap;
  67     seqGroup = sg;
  68
  69     if (seqGroup != null)
  70     {
  71       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  72     }
  73     else
  74     {
  75       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  76     }
  77
  78     init();
  79   }
  80
  81   public UserDefinedColours(MCview.AppletPDBCanvas pdb)
  82   {
  83     this.pdbcanvas = pdb;
  84     init();
  85   }
  86
  87   public UserDefinedColours(AppletJmol jmol)
  88   {
  89     this.jmol = jmol;
  90     init();
  91   }
  92
  93   public UserDefinedColours(FeatureRenderer fr, Frame alignframe)
  94   {
  95     caller = fr;
  96     originalColour = fr.colourPanel.getBackground();
  97     originalLabel = "Feature Colour";
  98     setForDialog("Select Feature Colour", alignframe);
  99     setTargetColour(fr.colourPanel.getBackground());
 100     dialog.setVisible(true);
 101   }
 102
 103   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe)
 104   {
 105     this(caller, col1, alignframe, "Select Colour");
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Makes a dialog to choose the colour
 110    *
 111    * @param caller
 112    *          - handles events
 113    * @param col1
 114    *          - original colour
 115    * @param alignframe
 116    *          - the parent Frame for the dialog
 117    * @param title
 118    *          - window title
 119    */
 120   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe,
 121           String title)
 122   {
 123     this.caller = caller;
 124     originalColour = col1;
 125     originalLabel = title;
 126     setForDialog(title, alignframe);
 127     setTargetColour(col1);
 128     dialog.setVisible(true);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * feature colour chooser
 133    *
 134    * @param caller
 135    * @param label
 136    * @param colour
 137    */
 138   public UserDefinedColours(Object caller, String label, Color colour)
 139   {
 140     this(caller, label, colour, colour);
 141   }
 142
 143   /**
 144    * feature colour chooser when changing style to single color
 145    *
 146    * @param me
 147    * @param type
 148    * @param graduatedColor
 149    */
 150   public UserDefinedColours(FeatureSettings me, String type,
 151           GraduatedColor graduatedColor)
 152   {
 153     this(me, type, graduatedColor, graduatedColor.getMaxColor());
 154   }
 155
 156   private UserDefinedColours(Object caller, String label, Object ocolour,
 157           Color colour)
 158   {
 159     this.caller = caller;
 160     originalColour = ocolour;
 161     originalLabel = label;
 162     init();
 163     remove(buttonPanel);
 164
 165     setTargetColour(colour);
 166
 167     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 113, 400, 35));
 168     frame.setTitle("User Defined Colours - " + label);
 169     frame.setSize(420, 200);
 170   }
 171
 172   void setForDialog(String title, Container alignframe)
 173   {
 174     init();
 175     frame.setVisible(false);
 176     remove(buttonPanel);
 177     if (alignframe instanceof Frame)
 178     {
 179       dialog = new Dialog((Frame) alignframe, title, true);
 180     }
 181     else
 182     {
 183       // if (alignframe instanceof JVDialog){
 184       // // not 1.1 compatible!
 185       // dialog = new Dialog(((JVDialog)alignframe), title, true);
 186       // } else {
 187       throw new Error("Unsupported owner for User Colour scheme dialog.");
 188     }
 189
 190     dialog.add(this);
 191     this.setSize(400, 123);
 192     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 35));
 193     int height = 160 + alignframe.getInsets().top + getInsets().bottom;
 194     int width = 400;
 195
 196     dialog.setBounds(alignframe.getBounds().x
 197             + (alignframe.getSize().width - width) / 2,
 198             alignframe.getBounds().y
 199                     + (alignframe.getSize().height - height) / 2, width,
 200             height);
 201
 202   }
 203
 204   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 205   {
 206     if (evt.getSource() == okButton)
 207     {
 208       okButton_actionPerformed();
 209     }
 210     else if (evt.getSource() == applyButton)
 211     {
 212       applyButton_actionPerformed();
 213     }
 214     else if (evt.getSource() == cancelButton)
 215     {
 216       cancelButton_actionPerformed();
 217     }
 218     else if (evt.getSource() == rText)
 219     {
 220       rText_actionPerformed();
 221     }
 222     else if (evt.getSource() == gText)
 223     {
 224       gText_actionPerformed();
 225     }
 226     else if (evt.getSource() == bText)
 227     {
 228       bText_actionPerformed();
 229     }
 230   }
 231
 232   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 233   {
 234     if (evt.getSource() == rScroller)
 235     {
 236       rScroller_adjustmentValueChanged();
 237     }
 238     else if (evt.getSource() == gScroller)
 239     {
 240       gScroller_adjustmentValueChanged();
 241     }
 242     else if (evt.getSource() == bScroller)
 243     {
 244       bScroller_adjustmentValueChanged();
 245     }
 246   }
 247
 248   void init()
 249   {
 250     try
 251     {
 252       jbInit();
 253     } catch (Exception e)
 254     {
 255       e.printStackTrace();
 256     }
 257     frame = new Frame();
 258     frame.add(this);
 259     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "User defined colours", 420,
 260             345);
 261
 262     if (seqGroup != null)
 263     {
 264       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 265     }
 266
 267     for (int i = 0; i < 20; i++)
 268     {
 269       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 270               + "", ResidueProperties.aa[i]);
 271     }
 272
 273     makeButton("B", "B");
 274     makeButton("Z", "Z");
 275     makeButton("X", "X");
 276     makeButton("Gap", "'.','-',' '");
 277
 278     validate();
 279   }
 280
 281   protected void rText_actionPerformed()
 282   {
 283     try
 284     {
 285       int i = Integer.parseInt(rText.getText());
 286       rScroller.setValue(i);
 287       rScroller_adjustmentValueChanged();
 288     } catch (NumberFormatException ex)
 289     {
 290     }
 291   }
 292
 293   protected void gText_actionPerformed()
 294   {
 295     try
 296     {
 297       int i = Integer.parseInt(gText.getText());
 298       gScroller.setValue(i);
 299       gScroller_adjustmentValueChanged();
 300     } catch (NumberFormatException ex)
 301     {
 302     }
 303
 304   }
 305
 306   protected void bText_actionPerformed()
 307   {
 308     try
 309     {
 310       int i = Integer.parseInt(bText.getText());
 311       bScroller.setValue(i);
 312       bScroller_adjustmentValueChanged();
 313     } catch (NumberFormatException ex)
 314     {
 315     }
 316
 317   }
 318
 319   protected void rScroller_adjustmentValueChanged()
 320   {
 321     R = rScroller.getValue();
 322     rText.setText(R + "");
 323     colourChanged();
 324   }
 325
 326   protected void gScroller_adjustmentValueChanged()
 327   {
 328     G = gScroller.getValue();
 329     gText.setText(G + "");
 330     colourChanged();
 331   }
 332
 333   protected void bScroller_adjustmentValueChanged()
 334   {
 335     B = bScroller.getValue();
 336     bText.setText(B + "");
 337     colourChanged();
 338   }
 339
 340   public void colourChanged()
 341   {
 342     Color col = new Color(R, G, B);
 343     target.setBackground(col);
 344     target.repaint();
 345
 346     if (selectedButton != null)
 347     {
 348       selectedButton.setBackground(col);
 349       selectedButton.repaint();
 350     }
 351   }
 352
 353   void setTargetColour(Color col)
 354   {
 355     R = col.getRed();
 356     G = col.getGreen();
 357     B = col.getBlue();
 358
 359     rScroller.setValue(R);
 360     gScroller.setValue(G);
 361     bScroller.setValue(B);
 362     rText.setText(R + "");
 363     gText.setText(G + "");
 364     bText.setText(B + "");
 365     colourChanged();
 366   }
 367
 368   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 369   {
 370     selectedButton = (Button) e.getSource();
 371     setTargetColour(selectedButton.getBackground());
 372   }
 373
 374   void makeButton(String label, String aa)
 375   {
 376     final Button button = new Button();
 377     Color col = Color.white;
 378     if (oldColourScheme != null)
 379     {
 380       try
 381       {
 382         col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 383       } catch (Exception ex)
 384       {
 385       }
 386     }
 387     button.setBackground(col);
 388     oldColours.addElement(col);
 389     button.setLabel(label);
 390     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 391     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));
 392     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 393     {
 394       public void mousePressed(MouseEvent e)
 395       {
 396         colourButtonPressed(e);
 397       }
 398     });
 399
 400     buttonPanel.add(button, null);
 401   }
 402
 403   protected void okButton_actionPerformed()
 404   {
 405     applyButton_actionPerformed();
 406     if (dialog != null)
 407       dialog.setVisible(false);
 408
 409     frame.setVisible(false);
 410   }
 411
 412   public Color getColor()
 413   {
 414     return new Color(R, G, B);
 415   }
 416
 417   protected void applyButton_actionPerformed()
 418   {
 419     if (caller != null)
 420     {
 421       if (caller instanceof FeatureSettings)
 422       {
 423         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel, getColor());
 424       }
 425       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 426       {
 427         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 428         {
 429           ((AnnotationColourChooser) caller)
 430                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 431         }
 432         else
 433         {
 434           ((AnnotationColourChooser) caller)
 435                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 436         }
 437       }
 438       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 439       {
 440         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(getColor());
 441       }
 442       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 443       {
 444         if (originalLabel.indexOf("inimum") > -1)
 445         {
 446           ((FeatureColourChooser) caller)
 447                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 448         }
 449         else
 450         {
 451           ((FeatureColourChooser) caller)
 452                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 453         }
 454       }
 455
 456       return;
 457     }
 458
 459     Color[] newColours = new Color[24];
 460     for (int i = 0; i < 24; i++)
 461     {
 462       Button button = (Button) buttonPanel.getComponent(i);
 463       newColours[i] = button.getBackground();
 464     }
 465
 466     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 467     if (ap != null)
 468     {
 469       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 470     }
 471
 472     if (ap != null)
 473     {
 474       if (seqGroup != null)
 475       {
 476         seqGroup.cs = ucs;
 477       }
 478       else
 479       {
 480         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 481       }
 482       ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;
 483       ap.paintAlignment(true);
 484     }
 485     else if (jmol != null)
 486     {
 487       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 488     }
 489     else if (pdbcanvas != null)
 490     {
 491       pdbcanvas.setColours(ucs);
 492     }
 493   }
 494
 495   protected void cancelButton_actionPerformed()
 496   {
 497     if (caller != null)
 498     {
 499       if (caller instanceof FeatureSettings)
 500       {
 501         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel,
 502                 originalColour);
 503       }
 504       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 505       {
 506         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 507         {
 508           ((AnnotationColourChooser) caller)
 509                   .minColour_actionPerformed((Color) originalColour);
 510         }
 511         else
 512         {
 513           ((AnnotationColourChooser) caller)
 514                   .maxColour_actionPerformed((Color) originalColour);
 515         }
 516       }
 517       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 518       {
 519         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(originalColour);
 520
 521       }
 522
 523       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 524       {
 525         if (originalLabel.indexOf("inimum") > -1)
 526         {
 527           ((FeatureColourChooser) caller)
 528                   .minColour_actionPerformed((Color) originalColour);
 529         }
 530         else
 531         {
 532           ((FeatureColourChooser) caller)
 533                   .maxColour_actionPerformed((Color) originalColour);
 534         }
 535       }
 536       if (dialog != null)
 537         dialog.setVisible(false);
 538
 539       frame.setVisible(false);
 540       return;
 541     }
 542
 543     Color[] newColours = new Color[24];
 544     for (int i = 0; i < 24; i++)
 545     {
 546       newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);
 547       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);
 548     }
 549
 550     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 551
 552     if (ap != null)
 553     {
 554       if (seqGroup != null)
 555       {
 556         seqGroup.cs = ucs;
 557       }
 558       else
 559       {
 560         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 561       }
 562       ap.paintAlignment(true);
 563     }
 564     else if (jmol != null)
 565     {
 566       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 567     }
 568     else if (pdbcanvas != null)
 569     {
 570       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);
 571     }
 572
 573     frame.setVisible(false);
 574   }
 575
 576   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 577
 578   protected GridLayout gridLayout = new GridLayout();
 579
 580   Panel okcancelPanel = new Panel();
 581
 582   protected Button okButton = new Button();
 583
 584   protected Button applyButton = new Button();
 585
 586   protected Button cancelButton = new Button();
 587
 588   protected Scrollbar rScroller = new Scrollbar();
 589
 590   Label label1 = new Label();
 591
 592   protected TextField rText = new TextField();
 593
 594   Label label4 = new Label();
 595
 596   protected Scrollbar gScroller = new Scrollbar();
 597
 598   protected TextField gText = new TextField();
 599
 600   Label label5 = new Label();
 601
 602   protected Scrollbar bScroller = new Scrollbar();
 603
 604   protected TextField bText = new TextField();
 605
 606   protected Panel target = new Panel();
 607
 608   private void jbInit() throws Exception
 609   {
 610     this.setLayout(null);
 611     buttonPanel.setLayout(gridLayout);
 612     gridLayout.setColumns(6);
 613     gridLayout.setRows(4);
 614     okButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 615     okButton.setLabel("OK");
 616     okButton.addActionListener(this);
 617     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 618     applyButton.setLabel("Apply");
 619     applyButton.addActionListener(this);
 620     cancelButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 621     cancelButton.setLabel("Cancel");
 622     cancelButton.addActionListener(this);
 623     this.setBackground(new Color(212, 208, 223));
 624     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 265, 400, 35));
 625     buttonPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 142));
 626     rScroller.setMaximum(256);
 627     rScroller.setMinimum(0);
 628     rScroller.setOrientation(0);
 629     rScroller.setUnitIncrement(1);
 630     rScroller.setVisibleAmount(1);
 631     rScroller.setBounds(new Rectangle(36, 27, 119, 19));
 632     rScroller.addAdjustmentListener(this);
 633     label1.setAlignment(Label.RIGHT);
 634     label1.setText("R");
 635     label1.setBounds(new Rectangle(19, 30, 16, 15));
 636     rText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 637     rText.setText("0        ");
 638     rText.setBounds(new Rectangle(156, 27, 53, 19));
 639     rText.addActionListener(this);
 640     label4.setAlignment(Label.RIGHT);
 641     label4.setText("G");
 642     label4.setBounds(new Rectangle(15, 56, 20, 15));
 643     gScroller.setMaximum(256);
 644     gScroller.setMinimum(0);
 645     gScroller.setOrientation(0);
 646     gScroller.setUnitIncrement(1);
 647     gScroller.setVisibleAmount(1);
 648     gScroller.setBounds(new Rectangle(35, 52, 120, 20));
 649     gScroller.addAdjustmentListener(this);
 650     gText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 651     gText.setText("0        ");
 652     gText.setBounds(new Rectangle(156, 52, 53, 20));
 653     gText.addActionListener(this);
 654     label5.setAlignment(Label.RIGHT);
 655     label5.setText("B");
 656     label5.setBounds(new Rectangle(14, 82, 20, 15));
 657     bScroller.setMaximum(256);
 658     bScroller.setMinimum(0);
 659     bScroller.setOrientation(0);
 660     bScroller.setUnitIncrement(1);
 661     bScroller.setVisibleAmount(1);
 662     bScroller.setBounds(new Rectangle(35, 78, 120, 20));
 663     bScroller.addAdjustmentListener(this);
 664     bText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 665     bText.setText("0        ");
 666     bText.setBounds(new Rectangle(157, 78, 52, 20));
 667     bText.addActionListener(this);
 668     target.setBackground(Color.black);
 669     target.setBounds(new Rectangle(229, 26, 134, 79));
 670     this.add(okcancelPanel, null);
 671     okcancelPanel.add(okButton, null);
 672     okcancelPanel.add(applyButton, null);
 673     okcancelPanel.add(cancelButton, null);
 674     this.add(buttonPanel, null);
 675     this.add(target, null);
 676     this.add(gScroller);
 677     this.add(rScroller);
 678     this.add(bScroller);
 679     this.add(label5);
 680     this.add(label4);
 681     this.add(label1);
 682     this.add(gText);
 683     this.add(rText);
 684     this.add(bText);
 685   }
 686
 687 }