src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28
  29 public class UserDefinedColours extends Panel implements ActionListener,
  30         AdjustmentListener
  31 {
  32
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   SequenceGroup seqGroup;
  36
  37   Button selectedButton;
  38
  39   Vector oldColours = new Vector();
  40
  41   ColourSchemeI oldColourScheme;
  42
  43   Frame frame;
  44
  45   MCview.AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  46
  47   AppletJmol jmol;
  48
  49   Dialog dialog;
  50
  51   Object caller;
  52
  53   String originalLabel;
  54
  55   Color originalColour;
  56
  57   int R = 0, G = 0, B = 0;
  58
  59   public ColourSchemeI loadDefaultColours()
  60   {
  61     // NOT IMPLEMENTED YET IN APPLET VERSION
  62     return null;
  63   }
  64
  65   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  66   {
  67     this.ap = ap;
  68     seqGroup = sg;
  69
  70     if (seqGroup != null)
  71     {
  72       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  73     }
  74     else
  75     {
  76       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  77     }
  78
  79     init();
  80   }
  81
  82   public UserDefinedColours(MCview.AppletPDBCanvas pdb)
  83   {
  84     this.pdbcanvas = pdb;
  85     init();
  86   }
  87
  88   public UserDefinedColours(AppletJmol jmol)
  89   {
  90     this.jmol = jmol;
  91     init();
  92   }
  93
  94   public UserDefinedColours(FeatureRenderer fr, Frame alignframe)
  95   {
  96     caller = fr;
  97     originalColour = fr.colourPanel.getBackground();
  98     originalLabel = "Feature Colour";
  99     setForDialog("Select Feature Colour", alignframe);
 100     setTargetColour(fr.colourPanel.getBackground());
 101     dialog.setVisible(true);
 102   }
 103
 104   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe)
 105   {
 106     this.caller = caller;
 107     originalColour = col1;
 108     originalLabel = "Select Colour";
 109     setForDialog("Select Colour", alignframe);
 110     setTargetColour(col1);
 111     dialog.setVisible(true);
 112   }
 113
 114   public UserDefinedColours(Object caller, String label, Color colour)
 115   {
 116     this.caller = caller;
 117     originalColour = colour;
 118     originalLabel = label;
 119     init();
 120     remove(buttonPanel);
 121
 122     setTargetColour(colour);
 123
 124     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 113, 400, 35));
 125     frame.setTitle("User Defined Colours - " + label);
 126     frame.setSize(420, 200);
 127   }
 128
 129   void setForDialog(String title, Frame alignframe)
 130   {
 131     init();
 132     frame.setVisible(false);
 133     remove(buttonPanel);
 134     dialog = new Dialog(alignframe, title, true);
 135
 136     dialog.add(this);
 137     this.setSize(400, 123);
 138     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 35));
 139     int height = 160 + alignframe.getInsets().top + getInsets().bottom;
 140     int width = 400;
 141
 142     dialog.setBounds(alignframe.getBounds().x
 143             + (alignframe.getSize().width - width) / 2, alignframe
 144             .getBounds().y
 145             + (alignframe.getSize().height - height) / 2, width, height);
 146
 147   }
 148
 149   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 150   {
 151     if (evt.getSource() == okButton)
 152     {
 153       okButton_actionPerformed();
 154     }
 155     else if (evt.getSource() == applyButton)
 156     {
 157       applyButton_actionPerformed();
 158     }
 159     else if (evt.getSource() == cancelButton)
 160     {
 161       cancelButton_actionPerformed();
 162     }
 163     else if (evt.getSource() == rText)
 164     {
 165       rText_actionPerformed();
 166     }
 167     else if (evt.getSource() == gText)
 168     {
 169       gText_actionPerformed();
 170     }
 171     else if (evt.getSource() == bText)
 172     {
 173       bText_actionPerformed();
 174     }
 175   }
 176
 177   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 178   {
 179     if (evt.getSource() == rScroller)
 180     {
 181       rScroller_adjustmentValueChanged();
 182     }
 183     else if (evt.getSource() == gScroller)
 184     {
 185       gScroller_adjustmentValueChanged();
 186     }
 187     else if (evt.getSource() == bScroller)
 188     {
 189       bScroller_adjustmentValueChanged();
 190     }
 191   }
 192
 193   void init()
 194   {
 195     try
 196     {
 197       jbInit();
 198     } catch (Exception e)
 199     {
 200       e.printStackTrace();
 201     }
 202     frame = new Frame();
 203     frame.add(this);
 204     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "User defined colours", 420,
 205             345);
 206
 207     if (seqGroup != null)
 208     {
 209       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 210     }
 211
 212     for (int i = 0; i < 20; i++)
 213     {
 214       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 215               + "", ResidueProperties.aa[i]);
 216     }
 217
 218     makeButton("B", "B");
 219     makeButton("Z", "Z");
 220     makeButton("X", "X");
 221     makeButton("Gap", "'.','-',' '");
 222
 223     validate();
 224   }
 225
 226   protected void rText_actionPerformed()
 227   {
 228     try
 229     {
 230       int i = Integer.parseInt(rText.getText());
 231       rScroller.setValue(i);
 232       rScroller_adjustmentValueChanged();
 233     } catch (NumberFormatException ex)
 234     {
 235     }
 236   }
 237
 238   protected void gText_actionPerformed()
 239   {
 240     try
 241     {
 242       int i = Integer.parseInt(gText.getText());
 243       gScroller.setValue(i);
 244       gScroller_adjustmentValueChanged();
 245     } catch (NumberFormatException ex)
 246     {
 247     }
 248
 249   }
 250
 251   protected void bText_actionPerformed()
 252   {
 253     try
 254     {
 255       int i = Integer.parseInt(bText.getText());
 256       bScroller.setValue(i);
 257       bScroller_adjustmentValueChanged();
 258     } catch (NumberFormatException ex)
 259     {
 260     }
 261
 262   }
 263
 264   protected void rScroller_adjustmentValueChanged()
 265   {
 266     R = rScroller.getValue();
 267     rText.setText(R + "");
 268     colourChanged();
 269   }
 270
 271   protected void gScroller_adjustmentValueChanged()
 272   {
 273     G = gScroller.getValue();
 274     gText.setText(G + "");
 275     colourChanged();
 276   }
 277
 278   protected void bScroller_adjustmentValueChanged()
 279   {
 280     B = bScroller.getValue();
 281     bText.setText(B + "");
 282     colourChanged();
 283   }
 284
 285   public void colourChanged()
 286   {
 287     Color col = new Color(R, G, B);
 288     target.setBackground(col);
 289     target.repaint();
 290
 291     if (selectedButton != null)
 292     {
 293       selectedButton.setBackground(col);
 294       selectedButton.repaint();
 295     }
 296   }
 297
 298   void setTargetColour(Color col)
 299   {
 300     R = col.getRed();
 301     G = col.getGreen();
 302     B = col.getBlue();
 303
 304     rScroller.setValue(R);
 305     gScroller.setValue(G);
 306     bScroller.setValue(B);
 307     rText.setText(R + "");
 308     gText.setText(G + "");
 309     bText.setText(B + "");
 310     colourChanged();
 311   }
 312
 313   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 314   {
 315     selectedButton = (Button) e.getSource();
 316     setTargetColour(selectedButton.getBackground());
 317   }
 318
 319   void makeButton(String label, String aa)
 320   {
 321     final Button button = new Button();
 322     Color col = Color.white;
 323
 324     try
 325     {
 326       col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 327     } catch (Exception ex)
 328     {
 329     }
 330
 331     button.setBackground(col);
 332     oldColours.addElement(col);
 333     button.setLabel(label);
 334     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 335     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));
 336     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 337     {
 338       public void mousePressed(MouseEvent e)
 339       {
 340         colourButtonPressed(e);
 341       }
 342     });
 343
 344     buttonPanel.add(button, null);
 345   }
 346
 347   protected void okButton_actionPerformed()
 348   {
 349     applyButton_actionPerformed();
 350     if (dialog != null)
 351       dialog.setVisible(false);
 352
 353     frame.setVisible(false);
 354   }
 355
 356   public Color getColor()
 357   {
 358     return new Color(R, G, B);
 359   }
 360
 361   protected void applyButton_actionPerformed()
 362   {
 363     if (caller != null)
 364     {
 365       if (caller instanceof FeatureSettings)
 366       {
 367         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel, getColor());
 368       }
 369       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 370       {
 371         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 372         {
 373           ((AnnotationColourChooser) caller)
 374                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 375         }
 376         else
 377         {
 378           ((AnnotationColourChooser) caller)
 379                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 380         }
 381       }
 382       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 383       {
 384         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.setBackground(getColor());
 385       }
 386       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 387       {
 388         if (originalLabel.indexOf("inimum")>-1)
 389         {
 390           ((FeatureColourChooser) caller).minColour_actionPerformed(getColor());
 391         } else {
 392           ((FeatureColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed(getColor());
 393         }
 394       }
 395
 396       return;
 397     }
 398
 399     Color[] newColours = new Color[24];
 400     for (int i = 0; i < 24; i++)
 401     {
 402       Button button = (Button) buttonPanel.getComponent(i);
 403       newColours[i] = button.getBackground();
 404     }
 405
 406     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 407     if (ap != null)
 408     {
 409       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 410     }
 411
 412     if (ap != null)
 413     {
 414       if (seqGroup != null)
 415       {
 416         seqGroup.cs = ucs;
 417       }
 418       else
 419       {
 420         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 421       }
 422       ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;
 423       ap.paintAlignment(true);
 424     }
 425     else if (jmol != null)
 426     {
 427       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 428     }
 429     else if (pdbcanvas != null)
 430     {
 431       pdbcanvas.setColours(ucs);
 432     }
 433   }
 434
 435   protected void cancelButton_actionPerformed()
 436   {
 437     if (caller != null)
 438     {
 439       if (caller instanceof FeatureSettings)
 440       {
 441         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel,
 442                 originalColour);
 443       }
 444       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 445       {
 446         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 447         {
 448           ((AnnotationColourChooser) caller)
 449                   .minColour_actionPerformed(originalColour);
 450         }
 451         else
 452         {
 453           ((AnnotationColourChooser) caller)
 454                   .maxColour_actionPerformed(originalColour);
 455         }
 456       }
 457       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 458       {
 459         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel
 460                 .setBackground(originalColour);
 461
 462       }
 463
 464       if (dialog != null)
 465         dialog.setVisible(false);
 466
 467       frame.setVisible(false);
 468       return;
 469     }
 470
 471     Color[] newColours = new Color[24];
 472     for (int i = 0; i < 24; i++)
 473     {
 474       newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);
 475       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);
 476     }
 477
 478     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 479
 480     if (ap != null)
 481     {
 482       if (seqGroup != null)
 483       {
 484         seqGroup.cs = ucs;
 485       }
 486       else
 487       {
 488         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 489       }
 490       ap.paintAlignment(true);
 491     }
 492     else if (jmol != null)
 493     {
 494       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 495     }
 496     else if (pdbcanvas != null)
 497     {
 498       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);
 499     }
 500
 501     frame.setVisible(false);
 502   }
 503
 504   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 505
 506   protected GridLayout gridLayout = new GridLayout();
 507
 508   Panel okcancelPanel = new Panel();
 509
 510   protected Button okButton = new Button();
 511
 512   protected Button applyButton = new Button();
 513
 514   protected Button cancelButton = new Button();
 515
 516   protected Scrollbar rScroller = new Scrollbar();
 517
 518   Label label1 = new Label();
 519
 520   protected TextField rText = new TextField();
 521
 522   Label label4 = new Label();
 523
 524   protected Scrollbar gScroller = new Scrollbar();
 525
 526   protected TextField gText = new TextField();
 527
 528   Label label5 = new Label();
 529
 530   protected Scrollbar bScroller = new Scrollbar();
 531
 532   protected TextField bText = new TextField();
 533
 534   protected Panel target = new Panel();
 535
 536   private void jbInit() throws Exception
 537   {
 538     this.setLayout(null);
 539     buttonPanel.setLayout(gridLayout);
 540     gridLayout.setColumns(6);
 541     gridLayout.setRows(4);
 542     okButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 543     okButton.setLabel("OK");
 544     okButton.addActionListener(this);
 545     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 546     applyButton.setLabel("Apply");
 547     applyButton.addActionListener(this);
 548     cancelButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 549     cancelButton.setLabel("Cancel");
 550     cancelButton.addActionListener(this);
 551     this.setBackground(new Color(212, 208, 223));
 552     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 265, 400, 35));
 553     buttonPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 142));
 554     rScroller.setMaximum(256);
 555     rScroller.setMinimum(0);
 556     rScroller.setOrientation(0);
 557     rScroller.setUnitIncrement(1);
 558     rScroller.setVisibleAmount(1);
 559     rScroller.setBounds(new Rectangle(36, 27, 119, 19));
 560     rScroller.addAdjustmentListener(this);
 561     label1.setAlignment(Label.RIGHT);
 562     label1.setText("R");
 563     label1.setBounds(new Rectangle(19, 30, 16, 15));
 564     rText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 565     rText.setText("0        ");
 566     rText.setBounds(new Rectangle(156, 27, 53, 19));
 567     rText.addActionListener(this);
 568     label4.setAlignment(Label.RIGHT);
 569     label4.setText("G");
 570     label4.setBounds(new Rectangle(15, 56, 20, 15));
 571     gScroller.setMaximum(256);
 572     gScroller.setMinimum(0);
 573     gScroller.setOrientation(0);
 574     gScroller.setUnitIncrement(1);
 575     gScroller.setVisibleAmount(1);
 576     gScroller.setBounds(new Rectangle(35, 52, 120, 20));
 577     gScroller.addAdjustmentListener(this);
 578     gText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 579     gText.setText("0        ");
 580     gText.setBounds(new Rectangle(156, 52, 53, 20));
 581     gText.addActionListener(this);
 582     label5.setAlignment(Label.RIGHT);
 583     label5.setText("B");
 584     label5.setBounds(new Rectangle(14, 82, 20, 15));
 585     bScroller.setMaximum(256);
 586     bScroller.setMinimum(0);
 587     bScroller.setOrientation(0);
 588     bScroller.setUnitIncrement(1);
 589     bScroller.setVisibleAmount(1);
 590     bScroller.setBounds(new Rectangle(35, 78, 120, 20));
 591     bScroller.addAdjustmentListener(this);
 592     bText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 593     bText.setText("0        ");
 594     bText.setBounds(new Rectangle(157, 78, 52, 20));
 595     bText.addActionListener(this);
 596     target.setBackground(Color.black);
 597     target.setBounds(new Rectangle(229, 26, 134, 79));
 598     this.add(okcancelPanel, null);
 599     okcancelPanel.add(okButton, null);
 600     okcancelPanel.add(applyButton, null);
 601     okcancelPanel.add(cancelButton, null);
 602     this.add(buttonPanel, null);
 603     this.add(target, null);
 604     this.add(gScroller);
 605     this.add(rScroller);
 606     this.add(bScroller);
 607     this.add(label5);
 608     this.add(label4);
 609     this.add(label1);
 610     this.add(gText);
 611     this.add(rText);
 612     this.add(bText);
 613   }
 614
 615 }