src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class UserDefinedColours\r
  31     extends Panel implements ActionListener, AdjustmentListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   SequenceGroup seqGroup;\r
  36   Button selectedButton;\r
  37   Vector oldColours = new Vector();\r
  38   ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  39   Frame frame;\r
  40   MCview.AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  41   AppletJmol jmol;\r
  42 \r
  43   Object caller;\r
  44   String originalLabel;\r
  45   Color originalColour;\r
  46 \r
  47   int R = 0, G = 0, B = 0;\r
  48 \r
  49   public ColourSchemeI loadDefaultColours()\r
  50   {\r
  51     // NOT IMPLEMENTED YET IN APPLET VERSION\r
  52     return null;\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  56   {\r
  57     this.ap = ap;\r
  58     seqGroup = sg;\r
  59 \r
  60     if (seqGroup != null)\r
  61     {\r
  62       oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  63     }\r
  64     else\r
  65     {\r
  66       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  67     }\r
  68 \r
  69     init();\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public UserDefinedColours(MCview.AppletPDBCanvas pdb)\r
  73   {\r
  74     this.pdbcanvas = pdb;\r
  75     init();\r
  76   }\r
  77 \r
  78   public UserDefinedColours(AppletJmol jmol)\r
  79   {\r
  80     this.jmol = jmol;\r
  81     init();\r
  82   }\r
  83 \r
  84   public UserDefinedColours(Object caller,\r
  85                             String label,\r
  86                             Color colour)\r
  87   {\r
  88     this.caller = caller;\r
  89     originalColour = colour;\r
  90     originalLabel = label;\r
  91     init();\r
  92     remove(buttonPanel);\r
  93 \r
  94     setTargetColour(colour);\r
  95 \r
  96     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 113, 400, 35));\r
  97     frame.setTitle("User Defined Colours - " + label);\r
  98     frame.setSize(420, 200);\r
  99   }\r
 100 \r
 101   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 102   {\r
 103     if (evt.getSource() == okButton)\r
 104     {\r
 105       okButton_actionPerformed();\r
 106     }\r
 107     else if (evt.getSource() == applyButton)\r
 108     {\r
 109       applyButton_actionPerformed();\r
 110     }\r
 111     else if (evt.getSource() == cancelButton)\r
 112     {\r
 113       cancelButton_actionPerformed();\r
 114     }\r
 115     else if (evt.getSource() == rText)\r
 116     {\r
 117       rText_actionPerformed();\r
 118     }\r
 119     else if (evt.getSource() == gText)\r
 120     {\r
 121       gText_actionPerformed();\r
 122     }\r
 123     else if (evt.getSource() == bText)\r
 124     {\r
 125       bText_actionPerformed();\r
 126     }\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 130   {\r
 131     if (evt.getSource() == rScroller)\r
 132     {\r
 133       rScroller_adjustmentValueChanged();\r
 134     }\r
 135     else if (evt.getSource() == gScroller)\r
 136     {\r
 137       gScroller_adjustmentValueChanged();\r
 138     }\r
 139     else if (evt.getSource() == bScroller)\r
 140     {\r
 141       bScroller_adjustmentValueChanged();\r
 142     }\r
 143   }\r
 144 \r
 145   void init()\r
 146   {\r
 147     try\r
 148     {\r
 149       jbInit();\r
 150     }\r
 151     catch (Exception e)\r
 152     {\r
 153       e.printStackTrace();\r
 154     }\r
 155     frame = new Frame();\r
 156     frame.add(this);\r
 157     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "User defined colours", 420, 345);\r
 158 \r
 159     if (seqGroup != null)\r
 160     {\r
 161       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");\r
 162     }\r
 163 \r
 164     for (int i = 0; i < 20; i++)\r
 165     {\r
 166       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i]) +\r
 167                  "", ResidueProperties.aa[i]);\r
 168     }\r
 169 \r
 170     makeButton("B", "B");\r
 171     makeButton("Z", "Z");\r
 172     makeButton("X", "X");\r
 173     makeButton("Gap", "'.','-',' '");\r
 174 \r
 175     validate();\r
 176   }\r
 177 \r
 178   protected void rText_actionPerformed()\r
 179   {\r
 180     try\r
 181     {\r
 182       int i = Integer.parseInt(rText.getText());\r
 183       rScroller.setValue(i);\r
 184       rScroller_adjustmentValueChanged();\r
 185     }\r
 186     catch (NumberFormatException ex)\r
 187     {}\r
 188   }\r
 189 \r
 190   protected void gText_actionPerformed()\r
 191   {\r
 192     try\r
 193     {\r
 194       int i = Integer.parseInt(gText.getText());\r
 195       gScroller.setValue(i);\r
 196       gScroller_adjustmentValueChanged();\r
 197     }\r
 198     catch (NumberFormatException ex)\r
 199     {}\r
 200 \r
 201   }\r
 202 \r
 203   protected void bText_actionPerformed()\r
 204   {\r
 205     try\r
 206     {\r
 207       int i = Integer.parseInt(bText.getText());\r
 208       bScroller.setValue(i);\r
 209       bScroller_adjustmentValueChanged();\r
 210     }\r
 211     catch (NumberFormatException ex)\r
 212     {}\r
 213 \r
 214   }\r
 215 \r
 216   protected void rScroller_adjustmentValueChanged()\r
 217   {\r
 218     R = rScroller.getValue();\r
 219     rText.setText(R + "");\r
 220     colourChanged();\r
 221   }\r
 222 \r
 223   protected void gScroller_adjustmentValueChanged()\r
 224   {\r
 225     G = gScroller.getValue();\r
 226     gText.setText(G + "");\r
 227     colourChanged();\r
 228   }\r
 229 \r
 230   protected void bScroller_adjustmentValueChanged()\r
 231   {\r
 232     B = bScroller.getValue();\r
 233     bText.setText(B + "");\r
 234     colourChanged();\r
 235   }\r
 236 \r
 237   public void colourChanged()\r
 238   {\r
 239     Color col = new Color(R, G, B);\r
 240     target.setBackground(col);\r
 241     target.repaint();\r
 242 \r
 243     if (selectedButton != null)\r
 244     {\r
 245       selectedButton.setBackground(col);\r
 246       selectedButton.repaint();\r
 247     }\r
 248   }\r
 249 \r
 250   void setTargetColour(Color col)\r
 251   {\r
 252     R = col.getRed();\r
 253     G = col.getGreen();\r
 254     B = col.getBlue();\r
 255     rScroller.setValue(R);\r
 256     gScroller.setValue(G);\r
 257     bScroller.setValue(B);\r
 258     rText.setText(R + "");\r
 259     gText.setText(G + "");\r
 260     bText.setText(B + "");\r
 261     colourChanged();\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
 265   {\r
 266     selectedButton = (Button) e.getSource();\r
 267     setTargetColour(selectedButton.getBackground());\r
 268   }\r
 269 \r
 270   void makeButton(String label, String aa)\r
 271   {\r
 272     final Button button = new Button();\r
 273     Color col = Color.white;\r
 274 \r
 275     try\r
 276     {\r
 277       col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);\r
 278     }\r
 279     catch (Exception ex)\r
 280     {}\r
 281 \r
 282     button.setBackground(col);\r
 283     oldColours.addElement(col);\r
 284     button.setLabel(label);\r
 285     button.setForeground(col.darker().darker().darker());\r
 286     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));\r
 287     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 288     {\r
 289       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 290       {\r
 291         colourButtonPressed(e);\r
 292       }\r
 293     });\r
 294 \r
 295     buttonPanel.add(button, null);\r
 296   }\r
 297 \r
 298   protected void okButton_actionPerformed()\r
 299   {\r
 300     applyButton_actionPerformed();\r
 301     frame.setVisible(false);\r
 302   }\r
 303 \r
 304   protected void applyButton_actionPerformed()\r
 305   {\r
 306     if (caller != null)\r
 307     {\r
 308       if (caller instanceof FeatureSettings)\r
 309       {\r
 310         ( (FeatureSettings) caller).setUserColour\r
 311             (originalLabel, new Color(R, G, B));\r
 312       }\r
 313       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)\r
 314       {\r
 315         if (originalLabel.equals("Min Colour"))\r
 316         {\r
 317           ( (AnnotationColourChooser) caller).minColour_actionPerformed\r
 318               (new Color(R, G, B));\r
 319         }\r
 320         else\r
 321         {\r
 322           ( (AnnotationColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed\r
 323               (new Color(R, G, B));\r
 324         }\r
 325       }\r
 326       return;\r
 327     }\r
 328 \r
 329     Color[] newColours = new Color[24];\r
 330     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 331     {\r
 332       Button button = (Button) buttonPanel.getComponent(i);\r
 333       newColours[i] = button.getBackground();\r
 334     }\r
 335 \r
 336     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 337     if (ap != null)\r
 338     {\r
 339       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 340     }\r
 341 \r
 342     if (ap != null)\r
 343     {\r
 344       if (seqGroup != null)\r
 345       {\r
 346         seqGroup.cs = ucs;\r
 347       }\r
 348       else\r
 349       {\r
 350         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);\r
 351       }\r
 352       ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 353       ap.paintAlignment(true);\r
 354     }\r
 355     else if(jmol!=null)\r
 356     {\r
 357       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);\r
 358     }\r
 359     else if (pdbcanvas != null)\r
 360     {\r
 361       pdbcanvas.setColours(ucs);\r
 362     }\r
 363   }\r
 364 \r
 365   protected void cancelButton_actionPerformed()\r
 366   {\r
 367     if (caller != null)\r
 368     {\r
 369       if (caller instanceof FeatureSettings)\r
 370       {\r
 371         ( (FeatureSettings) caller).setUserColour\r
 372             (originalLabel, originalColour);\r
 373       }\r
 374       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)\r
 375       {\r
 376         if (originalLabel.equals("Min Colour"))\r
 377         {\r
 378           ( (AnnotationColourChooser) caller).minColour_actionPerformed\r
 379               (originalColour);\r
 380         }\r
 381         else\r
 382         {\r
 383           ( (AnnotationColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed\r
 384               (originalColour);\r
 385         }\r
 386       }\r
 387       frame.setVisible(false);\r
 388       return;\r
 389     }\r
 390 \r
 391     Color[] newColours = new Color[24];\r
 392     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 393     {\r
 394       newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);\r
 395       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);\r
 396     }\r
 397 \r
 398     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 399 \r
 400     if (ap != null)\r
 401     {\r
 402       if (seqGroup != null)\r
 403       {\r
 404         seqGroup.cs = ucs;\r
 405       }\r
 406       else\r
 407       {\r
 408         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);\r
 409       }\r
 410       ap.paintAlignment(true);\r
 411     }\r
 412     else if(jmol !=null)\r
 413     {\r
 414       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);\r
 415     }\r
 416     else if (pdbcanvas != null)\r
 417     {\r
 418       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);\r
 419     }\r
 420 \r
 421     frame.setVisible(false);\r
 422   }\r
 423 \r
 424   protected Panel buttonPanel = new Panel();\r
 425   protected GridLayout gridLayout = new GridLayout();\r
 426   Panel okcancelPanel = new Panel();\r
 427   protected Button okButton = new Button();\r
 428   protected Button applyButton = new Button();\r
 429   protected Button cancelButton = new Button();\r
 430   protected Scrollbar rScroller = new Scrollbar();\r
 431   Label label1 = new Label();\r
 432   protected TextField rText = new TextField();\r
 433   Label label4 = new Label();\r
 434   protected Scrollbar gScroller = new Scrollbar();\r
 435   protected TextField gText = new TextField();\r
 436   Label label5 = new Label();\r
 437   protected Scrollbar bScroller = new Scrollbar();\r
 438   protected TextField bText = new TextField();\r
 439   protected Panel target = new Panel();\r
 440 \r
 441   private void jbInit()\r
 442       throws Exception\r
 443   {\r
 444     this.setLayout(null);\r
 445     buttonPanel.setLayout(gridLayout);\r
 446     gridLayout.setColumns(6);\r
 447     gridLayout.setRows(4);\r
 448     okButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 449     okButton.setLabel("OK");\r
 450     okButton.addActionListener(this);\r
 451     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 452     applyButton.setLabel("Apply");\r
 453     applyButton.addActionListener(this);\r
 454     cancelButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 455     cancelButton.setLabel("Cancel");\r
 456     cancelButton.addActionListener(this);\r
 457     this.setBackground(new Color(212, 208, 223));\r
 458     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 265, 400, 35));\r
 459     buttonPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 142));\r
 460     rScroller.setMaximum(256);\r
 461     rScroller.setMinimum(0);\r
 462     rScroller.setOrientation(0);\r
 463     rScroller.setUnitIncrement(1);\r
 464     rScroller.setVisibleAmount(1);\r
 465     rScroller.setBounds(new Rectangle(36, 27, 119, 19));\r
 466     rScroller.addAdjustmentListener(this);\r
 467     label1.setAlignment(Label.RIGHT);\r
 468     label1.setText("R");\r
 469     label1.setBounds(new Rectangle(19, 30, 16, 15));\r
 470     rText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));\r
 471     rText.setText("0        ");\r
 472     rText.setBounds(new Rectangle(156, 27, 53, 19));\r
 473     rText.addActionListener(this);\r
 474     label4.setAlignment(Label.RIGHT);\r
 475     label4.setText("G");\r
 476     label4.setBounds(new Rectangle(15, 56, 20, 15));\r
 477     gScroller.setMaximum(256);\r
 478     gScroller.setMinimum(0);\r
 479     gScroller.setOrientation(0);\r
 480     gScroller.setUnitIncrement(1);\r
 481     gScroller.setVisibleAmount(1);\r
 482     gScroller.setBounds(new Rectangle(35, 52, 120, 20));\r
 483     gScroller.addAdjustmentListener(this);\r
 484     gText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));\r
 485     gText.setText("0        ");\r
 486     gText.setBounds(new Rectangle(156, 52, 53, 20));\r
 487     gText.addActionListener(this);\r
 488     label5.setAlignment(Label.RIGHT);\r
 489     label5.setText("B");\r
 490     label5.setBounds(new Rectangle(14, 82, 20, 15));\r
 491     bScroller.setMaximum(256);\r
 492     bScroller.setMinimum(0);\r
 493     bScroller.setOrientation(0);\r
 494     bScroller.setUnitIncrement(1);\r
 495     bScroller.setVisibleAmount(1);\r
 496     bScroller.setBounds(new Rectangle(35, 78, 120, 20));\r
 497     bScroller.addAdjustmentListener(this);\r
 498     bText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));\r
 499     bText.setText("0        ");\r
 500     bText.setBounds(new Rectangle(157, 78, 52, 20));\r
 501     bText.addActionListener(this);\r
 502     target.setBackground(Color.black);\r
 503     target.setBounds(new Rectangle(229, 26, 134, 79));\r
 504     this.add(okcancelPanel, null);\r
 505     okcancelPanel.add(okButton, null);\r
 506     okcancelPanel.add(applyButton, null);\r
 507     okcancelPanel.add(cancelButton, null);\r
 508     this.add(buttonPanel, null);\r
 509     this.add(target, null);\r
 510     this.add(gScroller);\r
 511     this.add(rScroller);\r
 512     this.add(bScroller);\r
 513     this.add(label5);\r
 514     this.add(label4);\r
 515     this.add(label1);\r
 516     this.add(gText);\r
 517     this.add(rText);\r
 518     this.add(bText);\r
 519   }\r
 520 \r
 521 }\r