formatting
[jalview.git] / src / jalview / bin / Cache.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.bin;
19
20 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
21 import jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSourceRegistry;
22
23 import java.awt.Color;
24 import java.io.*;
25 import java.text.DateFormat;
26 import java.text.SimpleDateFormat;
27 import java.util.*;
28
29 import org.apache.log4j.*;
30
31 /**
32  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
33  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
34  * are alternative values for a tag. <br>
35  * <br>
36  * Current properties include:
37  * <ul>
38  * <br>
39  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
40  * logging level for axis (used for web services) <br>
41  * </li>
42  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
43  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
44  * </li>
45  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
46  * </li>
47  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
48  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
49  * <li>SCREEN_Y=285</li>
50  * <li>SCREEN_X=371</li>
51  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
52  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
53  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
54  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
55  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
56  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
57  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
58  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
59  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
60  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
61  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
62  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
63  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
64  * annotation row</li>
65  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
66  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
67  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
68  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
69  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
70  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
71  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
72  * www.jalview.org</li>
73  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
74  * descriptions</li>
75  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
76  * suffix to file</li>
77  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
78  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
79  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
80  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
81  * <li>PROXY_PORT</li>
82  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
83  * service</li>
84  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
85  * service</li>
86  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
87  * collecting usage statistics</li>
88  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
89  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
90  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
91  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
92  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
93  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
94  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
95  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
96  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
97  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
98  * style check</li>
99  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
100  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
101  * $SEQUENCE_ID$</li>
102  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
103  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
104  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
105  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
106  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
107  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
108  * (false)</li>
109  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
110  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
111  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
112  * ID tooltip</li>
113  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
114  * ID tooltip</li>
115  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
116  * displayed as '.'</li>
117  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
118  * order of a newly displayed tree</li>
119  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
120  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
121  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
122  * alignment.</li>
123  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
124  * in the alignment.</li>
125  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
126  * histogram.</li>
127  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
128  * logo.</li>
129  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
130  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
131  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
132  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
133  * </li>
134  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
135  * warning dialog box is displayed.</li>
136  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation when shading by annotation</li>
137  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation when shading by annotation</li>
138  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
139  * 
140  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation label.</li>
141  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true will override this).</li>
142  * <li></li>
143  * 
144  * </ul>
145  * Deprecated settings:
146  * <ul>
147  *  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
148  * startup (JWS1 services only)</li>
149  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints. (JWS1 services only)</li>
150  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2 services in the desktop GUI</li>
151  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing panel in web service preferences</li> 
152  * </ul>
153  * @author $author$
154  * @version $Revision$
155  */
156 public class Cache
157 {
158   /**
159    * property giving log4j level for CASTOR loggers
160    */
161   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
162
163   /**
164    * property giving log4j level for AXIS loggers
165    */
166   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
167
168   /**
169    * property giving log4j level for Jalview Log
170    */
171   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
172
173   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
174
175   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
176
177   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
178
179   /**
180    * Initialises the Jalview Application Log
181    */
182   public static Logger log;
183
184   /** Jalview Properties */
185   public static Properties applicationProperties = new Properties();
186
187   /** Default file is ~/.jalview_properties */
188   static String propertiesFile;
189
190   private static boolean propsAreReadOnly=false;
191
192   public static void initLogger()
193   {
194     if (log != null)
195     {
196       return;
197     }
198     try
199     {
200       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
201       // the log
202
203       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
204               "System.err");
205       ap.setName("JalviewLogger");
206       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
207       // log output
208       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
209       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
210       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
211
212       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
213               Level.INFO.toString())));
214       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
215               Level.INFO.toString())));
216       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
217       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
218               Level.INFO.toString())));
219       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
220       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
221       // Level.INFO.toString())));
222       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
223               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
224       // laxis.addAppender(ap);
225       // lcastor.addAppender(ap);
226       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
227       // Tell the user that debug is enabled
228       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
229     } catch (Exception ex)
230     {
231       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
232       ex.printStackTrace(System.err);
233     }
234   }
235
236   /** Called when Jalview is started */
237   public static void loadProperties(String propsFile)
238   {
239     propertiesFile = propsFile;
240     if (propsFile == null)
241     {
242       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
243               + ".jalview_properties";
244     } else {
245       // don't corrupt the file we've been given.
246       propsAreReadOnly = true;
247     }
248
249     try
250     {
251       InputStream fis;
252       try
253       {
254         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
255         System.out.println("Loading jalview properties from : "
256                 + propertiesFile);
257         System.out
258                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
259         propsAreReadOnly = true;
260
261       } catch (Exception ex)
262       {
263         fis = null;
264       }
265       if (fis == null)
266       {
267         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
268       }
269       applicationProperties.load(fis);
270       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
271       applicationProperties.remove("VERSION");
272       fis.close();
273     } catch (Exception ex)
274     {
275       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
276     }
277
278     if (getDefault("USE_PROXY", false))
279     {
280       System.out.println("Using proxyServer: "
281               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
282               + getDefault("PROXY_PORT", null));
283       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
284       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
285     }
286
287     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
288     try
289     {
290       String authorDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
291               .getCodeSource().getLocation().toString()
292               .concat("!/authors.props"));
293
294       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
295
296       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
297       applicationProperties.load(in);
298       in.close();
299     } catch (Exception ex)
300     {
301       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
302       applicationProperties.remove("AUTHORS");
303       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
304       applicationProperties.remove("YEAR");
305     }
306
307     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
308     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
309     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
310     try
311     {
312       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
313               .getCodeSource().getLocation().toString()
314               .concat("!/.build_properties"));
315
316       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
317
318       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
319       applicationProperties.load(in);
320       in.close();
321     } catch (Exception ex)
322     {
323       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
324       applicationProperties.remove("VERSION");
325     }
326
327     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
328     String codeVersion = getProperty("VERSION");
329
330     if (codeVersion == null)
331     {
332       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
333       codeVersion = "Test";
334       jnlpVersion = "Test";
335     }
336
337     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
338
339     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
340     // Dont do this check if running in headless mode
341     if (jnlpVersion == null
342             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
343             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
344                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
345     {
346
347       class VersionChecker extends Thread
348       {
349         public void run()
350         {
351           String orgtimeout = System
352                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
353           if (orgtimeout == null)
354           {
355             orgtimeout = "30";
356             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
357                     + orgtimeout + " seconds.");
358           }
359           String jnlpVersion = null;
360           try
361           {
362             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
363                     "5000");
364             java.net.URL url = new java.net.URL(
365                     Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")+"/webstart/jalview.jnlp");
366             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
367                     url.openStream()));
368             String line = null;
369             while ((line = in.readLine()) != null)
370             {
371               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
372               {
373                 continue;
374               }
375
376               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
377               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
378               jnlpVersion = line;
379               break;
380             }
381           } catch (Exception ex)
382           {
383             System.out
384                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
385             System.out.println(ex);
386             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
387           }
388           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
389                   orgtimeout);
390
391           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
392         }
393       }
394
395       VersionChecker vc = new VersionChecker();
396       vc.start();
397     }
398     else
399     {
400       if (jnlpVersion != null)
401       {
402         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
403       }
404       else
405       {
406         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
407       }
408     }
409
410     setProperty("VERSION", codeVersion);
411
412     // LOAD USERDEFINED COLOURS
413     jalview.gui.UserDefinedColours
414             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
415     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
416             false);
417   }
418
419   /**
420    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
421    * found
422    * 
423    * @param key
424    *          Name of property
425    * 
426    * @return Property value
427    */
428   public static String getProperty(String key)
429   {
430     return applicationProperties.getProperty(key);
431   }
432
433   /**
434    * These methods are used when checking if the saved preference is different
435    * to the default setting
436    */
437
438   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
439   {
440     String string = getProperty(property);
441     if (string != null)
442     {
443       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
444     }
445
446     return def;
447   }
448
449   /**
450    * These methods are used when checking if the saved preference is different
451    * to the default setting
452    */
453   public static String getDefault(String property, String def)
454   {
455     String string = getProperty(property);
456     if (string != null)
457     {
458       return string;
459     }
460
461     return def;
462   }
463
464   /**
465    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
466    * 
467    * @param key
468    *          Name of object
469    * @param obj
470    *          String value of property
471    * 
472    * @return String value of property
473    */
474   public static String setProperty(String key, String obj)
475   {
476
477     try
478     {
479       applicationProperties.setProperty(key, obj);
480       if (!propsAreReadOnly)
481       {
482         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
483         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
484         out.close();
485       }
486     } catch (Exception ex)
487     {
488       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
489               + "\n" + ex);
490     }
491     return obj;
492   }
493
494   /**
495    * remove the specified property from the jalview properties file
496    * 
497    * @param string
498    */
499   public static void removeProperty(String string)
500   {
501     applicationProperties.remove(string);
502     saveProperties();
503   }
504
505   /**
506    * save the properties to the jalview properties path
507    */
508   public static void saveProperties()
509   {
510     if (!propsAreReadOnly)
511     {
512       try
513       {
514         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
515         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
516         out.close();
517       } catch (Exception ex)
518       {
519         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
520       }
521     }
522   }
523
524   /**
525    * internal vamsas class discovery state
526    */
527   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
528
529   /**
530    * Searches for vamsas client classes on class path.
531    * 
532    * @return true if vamsas client is present on classpath
533    */
534   public static boolean vamsasJarsPresent()
535   {
536     if (vamsasJarsArePresent == -1)
537     {
538       try
539       {
540         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
541                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
542         {
543           jalview.bin.Cache.log
544                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
545           vamsasJarsArePresent = 1;
546           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
547           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
548                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
549
550           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
551           // Tell the user that debug is enabled
552           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
553         }
554       } catch (Exception e)
555       {
556         vamsasJarsArePresent = 0;
557         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
558       }
559     }
560     return (vamsasJarsArePresent > 0);
561   }
562
563   /**
564    * internal vamsas class discovery state
565    */
566   private static int groovyJarsArePresent = -1;
567
568   /**
569    * Searches for vamsas client classes on class path.
570    * 
571    * @return true if vamsas client is present on classpath
572    */
573   public static boolean groovyJarsPresent()
574   {
575     if (groovyJarsArePresent == -1)
576     {
577       try
578       {
579         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
580                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
581         {
582           jalview.bin.Cache.log
583                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
584           groovyJarsArePresent = 1;
585           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
586           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
587                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
588
589           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
590           // Tell the user that debug is enabled
591           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
592         }
593       } catch (Error e)
594       {
595         groovyJarsArePresent = 0;
596         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
597       } catch (Exception e)
598       {
599         groovyJarsArePresent = 0;
600         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
601       }
602     }
603     return (groovyJarsArePresent > 0);
604   }
605
606   /**
607    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
608    * enabled.
609    */
610   protected static Object tracker = null;
611
612   protected static Class trackerfocus = null;
613
614   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
615
616   /**
617    * Initialise the google tracker if it is not done already.
618    */
619   public static void initGoogleTracker()
620   {
621     if (tracker == null)
622     {
623       if (jgoogleanalyticstracker == null)
624       {
625         // try to get the tracker class
626         try
627         {
628           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
629                   .getClassLoader()
630                   .loadClass(
631                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
632           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
633                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
634         } catch (Exception e)
635         {
636           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
637           tracker = null;
638           jgoogleanalyticstracker = null;
639           trackerfocus = null;
640           return;
641         }
642       }
643       // now initialise tracker
644       Exception re = null, ex = null;
645       Error err = null;
646       String vrs = "No Version Accessible";
647       try
648       {
649         // Google analytics tracking code for Library Finder
650         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
651         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
652                 new Object[]
653                 {
654                     "Jalview Desktop",
655                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
656                             + "_"
657                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
658                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
659         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
660                 new Class[]
661                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
662         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
663         { String.class }).newInstance(new Object[]
664         { "Application Started." }) });
665       } catch (RuntimeException e)
666       {
667         re = e;
668       } catch (Exception e)
669       {
670         ex = e;
671       } catch (Error e)
672       {
673         err = e;
674       }
675       if (re != null || ex != null || err != null)
676       {
677         if (log != null)
678         {
679           if (re != null)
680             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
681           if (ex != null)
682             log.warn(
683                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
684                             + vrs, ex);
685           if (err != null)
686             log.error(
687                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
688                             + vrs, err);
689         }
690         else
691         {
692           if (re != null)
693           {
694             System.err
695                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
696                             + vrs);
697             re.printStackTrace();
698           }
699           if (ex != null)
700           {
701             System.err
702                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
703                             + vrs);
704             ex.printStackTrace();
705           }
706
707           if (err != null)
708           {
709             System.err
710                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
711                             + vrs);
712             err.printStackTrace();
713           }
714         }
715       }
716       else
717       {
718         log.debug("Successfully initialised tracker.");
719       }
720     }
721   }
722
723   /**
724    * get the user's default colour if available
725    * @param property
726    * @param defcolour
727    * @return
728    */
729   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
730   {
731     String colprop = getProperty(property);
732     if (colprop==null) {
733       return defcolour;
734     }
735     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colprop);
736     if (col==null)
737     {
738       try {
739         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
740       } catch (Exception ex)
741       {
742         log.warn("Couldn't parse '"+colprop+"' as a colour for "+property);
743         col=null;
744       }
745     }
746     return (col==null) ? defcolour: col;
747   }
748
749   /**
750    * store a colour as a Jalview user default property
751    * @param property
752    * @param colour     
753    */
754   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
755   {
756     setProperty(property, jalview.util.Format
757           .getHexString(colour));
758   }
759
760   public static final DateFormat  date_format = SimpleDateFormat.getDateTimeInstance();
761
762   /**
763    * store a date in a jalview property
764    * @param string
765    * @param time
766    */
767   public static void setDateProperty(String property, Date time)
768   {
769     setProperty(property, date_format.format(time));
770   }
771   /**
772    * read a date stored in a jalview property
773    * @param property
774    * @return valid date as stored by setDateProperty, or null
775    * 
776    */
777   public static Date getDateProperty(String property)
778   {
779     String val = getProperty(property);
780     if (val!=null)
781     {
782       try {
783         return date_format.parse(val);
784       } catch (Exception ex)
785       {
786         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"+property+"' : value was '"+val+"'");
787       }
788     }
789     return null;
790   }
791
792   /**
793    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to System.err
794    * @param property
795    * @return null or Integer
796    */
797   public static Integer getIntegerProperty(String property)
798   {
799     String val=getProperty(property);
800     if (val!=null && (val=val.trim()).length()>0)
801     {
802       try {
803         return Integer.valueOf(val);
804       } catch (NumberFormatException x)
805       {
806         System.err.println("Invalid integer in property '"+property+"' (value was '"+val+"')");
807       }
808     }
809     return null;
810   }
811
812   private static DasSourceRegistryI sourceRegistry=null;
813   /**
814    * initialise and ..
815    * @return instance of the das source registry
816    */
817   public static DasSourceRegistryI getDasSourceRegistry()
818   {
819     if (sourceRegistry==null)
820     {
821       sourceRegistry = new DasSourceRegistry();
822     }
823     return sourceRegistry;
824   }
825 }