src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import org.apache.log4j.*;
  25 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  26
  27 /**
  28  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  29  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  30  * are alternative values for a tag. <br>
  31  * <br>
  32  * Current properties include:
  33  * <ul>
  34  * <br>
  35  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  36  * logging level for axis (used for web services) <br>
  37  * </li>
  38  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  39  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  40  * </li>
  41  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  42  * </li>
  43  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  44  * startup</li>
  45  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  46  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  47  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  48  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  49  * <li>SCREEN_X=371</li>
  50  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  51  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  52  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  53  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  54  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  55  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  56  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  57  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  58  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  59  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  60  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  61  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  62  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  63  * annotation row</li>
  64  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  65  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  66  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  67  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  68  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  69  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  70  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  71  * www.jalview.org</li>
  72  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  73  * descriptions</li>
  74  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  75  * suffix to file</li>
  76  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  77  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  78  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  79  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  80  * <li>PROXY_PORT</li>
  81  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  82  * service</li>
  83  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  84  * service</li>
  85  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for collecting usage
  86  * statistics</li>
  87  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  88  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  89  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  90  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  91  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  92  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  93  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  94  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  95  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  96  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  97  * style check</li>
  98  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  99  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 100  * $SEQUENCE_ID$</li>
 101  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 102  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 103  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 104  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 105  * (false)</li>
 106  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from www.jalview.org</li>
 107  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 108  * ID tooltip</li>
 109  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 112  * displayed as '.'</li>
 113  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 114  * order of a newly displayed tree</li>
 115  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 116  * <li>
 117  * </li>
 118  *
 119  * <li></li>
 120  *
 121  * </ul>
 122  *
 123  * @author $author$
 124  * @version $Revision$
 125  */
 126 public class Cache
 127 {
 128   /**
 129    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 130    */
 131   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 132
 133   /**
 134    * property giving log4j level for AXIS loggers
 135    */
 136   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 137
 138   /**
 139    * property giving log4j level for Jalview Log
 140    */
 141   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 142
 143   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 144
 145   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 146
 147   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 148
 149   /**
 150    * Initialises the Jalview Application Log
 151    */
 152   public static Logger log;
 153
 154   /** Jalview Properties */
 155   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 156
 157   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 158   static String propertiesFile;
 159
 160   public static void initLogger()
 161   {
 162     try
 163     {
 164       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of the log
 165
 166       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 167               "System.err");
 168       ap.setName("JalviewLogger");
 169       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 170       // log output
 171       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 172       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 173       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 174
 175       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 176               Level.INFO.toString())));
 177       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 178               Level.INFO.toString())));
 179       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 180       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 181               Level.INFO.toString())));
 182       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 183       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 184       // Level.INFO.toString())));
 185       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 186               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 187       // laxis.addAppender(ap);
 188       // lcastor.addAppender(ap);
 189       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 190       // Tell the user that debug is enabled
 191       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 192     } catch (Exception ex)
 193     {
 194       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 195       ex.printStackTrace(System.err);
 196     }
 197   }
 198
 199   /** Called when Jalview is started */
 200   public static void loadProperties(String propsFile)
 201   {
 202     propertiesFile = propsFile;
 203     if (propsFile == null)
 204     {
 205       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 206               + ".jalview_properties";
 207     }
 208
 209     try
 210     {
 211       FileInputStream fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 212       applicationProperties.load(fis);
 213       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 214       applicationProperties.remove("VERSION");
 215       fis.close();
 216     } catch (Exception ex)
 217     {
 218       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 219     }
 220
 221     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 222     {
 223       System.out.println("Using proxyServer: "
 224               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 225               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 226       System
 227               .setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER",
 228                       null));
 229       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 230     }
 231
 232     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 233     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 234     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 235     try
 236     {
 237       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 238               .getCodeSource().getLocation().toString().concat(
 239                       "!/.build_properties"));
 240
 241       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 242
 243       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 244       applicationProperties.load(in);
 245       in.close();
 246     } catch (Exception ex)
 247     {
 248       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 249       applicationProperties.remove("VERSION");
 250     }
 251
 252     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 253     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 254
 255     if (codeVersion == null)
 256     {
 257       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 258       codeVersion = "Test";
 259       jnlpVersion = "Test";
 260     }
 261
 262     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 263
 264     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 265     // Dont do this check if running in headless mode
 266     if (jnlpVersion == null
 267             && getDefault("VERSION_CHECK",true)
 268             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 269                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 270     {
 271
 272       class VersionChecker extends Thread
 273       {
 274         public void run()
 275         {
 276           String orgtimeout = System
 277                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 278           if (orgtimeout == null)
 279           {
 280             orgtimeout = "30";
 281             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 282                     + orgtimeout + " seconds.");
 283           }
 284           String jnlpVersion = null;
 285           try
 286           {
 287             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 288                     "5000");
 289             java.net.URL url = new java.net.URL(
 290                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 291             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 292                     url.openStream()));
 293             String line = null;
 294             while ((line = in.readLine()) != null)
 295             {
 296               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 297               {
 298                 continue;
 299               }
 300
 301               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 302               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 303               jnlpVersion = line;
 304               break;
 305             }
 306           } catch (Exception ex)
 307           {
 308             System.out
 309                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 310             System.out.println(ex);
 311             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 312           }
 313           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 314                   orgtimeout);
 315
 316           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 317         }
 318       }
 319
 320       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 321       vc.start();
 322     }
 323     else
 324     {
 325       if (jnlpVersion != null)
 326       {
 327         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 328       }
 329       else
 330       {
 331         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 332       }
 333     }
 334
 335     setProperty("VERSION", codeVersion);
 336
 337     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 338     jalview.gui.UserDefinedColours
 339             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 340     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 341             false);
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 346    * found
 347    *
 348    * @param key
 349    *          Name of property
 350    *
 351    * @return Property value
 352    */
 353   public static String getProperty(String key)
 354   {
 355     return applicationProperties.getProperty(key);
 356   }
 357
 358   /**
 359    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 360    * to the default setting
 361    */
 362
 363   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 364   {
 365     String string = getProperty(property);
 366     if (string != null)
 367     {
 368       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 369     }
 370
 371     return def;
 372   }
 373
 374   /**
 375    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 376    * to the default setting
 377    */
 378   public static String getDefault(String property, String def)
 379   {
 380     String string = getProperty(property);
 381     if (string != null)
 382     {
 383       return string;
 384     }
 385
 386     return def;
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 391    *
 392    * @param key
 393    *          Name of object
 394    * @param obj
 395    *          String value of property
 396    *
 397    * @return String value of property
 398    */
 399   public static String setProperty(String key, String obj)
 400   {
 401     try
 402     {
 403       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 404       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 405       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 406       out.close();
 407     } catch (Exception ex)
 408     {
 409       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 410               + "\n" + ex);
 411     }
 412     return obj;
 413   }
 414   /**
 415    * remove the specified property from the jalview properties file
 416    * @param string
 417    */
 418   public static void removeProperty(String string)
 419   {
 420     applicationProperties.remove(string);
 421     saveProperties();
 422   }
 423   /**
 424    * save the properties to the jalview properties path
 425    */
 426   public static void saveProperties()
 427   {
 428     try
 429     {
 430       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 431       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 432       out.close();
 433     } catch (Exception ex)
 434     {
 435       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 436     }
 437   }
 438
 439   /**
 440    * internal vamsas class discovery state
 441    */
 442   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 443
 444   /**
 445    * Searches for vamsas client classes on class path.
 446    *
 447    * @return true if vamsas client is present on classpath
 448    */
 449   public static boolean vamsasJarsPresent()
 450   {
 451     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 452     {
 453       try
 454       {
 455         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 456                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 457         {
 458           jalview.bin.Cache.log
 459                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 460           vamsasJarsArePresent = 1;
 461           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 462           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 463                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 464
 465           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 466           // Tell the user that debug is enabled
 467           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 468         }
 469       } catch (Exception e)
 470       {
 471         vamsasJarsArePresent = 0;
 472         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 473       }
 474     }
 475     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 476   }
 477
 478   /**
 479    * internal vamsas class discovery state
 480    */
 481   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 482
 483   /**
 484    * Searches for vamsas client classes on class path.
 485    *
 486    * @return true if vamsas client is present on classpath
 487    */
 488   public static boolean groovyJarsPresent()
 489   {
 490     if (groovyJarsArePresent == -1)
 491     {
 492       try
 493       {
 494         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 495                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 496         {
 497           jalview.bin.Cache.log
 498                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 499           groovyJarsArePresent = 1;
 500           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 501           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 502                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 503
 504           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 505           // Tell the user that debug is enabled
 506           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 507         }
 508       } catch (Error e) {
 509         groovyJarsArePresent = 0;
 510         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present",e);
 511       }catch (Exception e)
 512       {
 513         groovyJarsArePresent = 0;
 514         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 515       }
 516     }
 517     return (groovyJarsArePresent > 0);
 518   }
 519   /**
 520    * generate Das1Sources from the local das source list
 521    *
 522    * @return Vector of Das1Sources
 523    */
 524   public static Vector getLocalDasSources()
 525   {
 526     Vector localSources = new Vector();
 527     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 528     if (local != null)
 529     {
 530       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 531       while (st.hasMoreTokens())
 532       {
 533         String token = st.nextToken();
 534         int bar = token.indexOf("|");
 535         Das1Source source = new Das1Source();
 536         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 537         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 538         {
 539           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 540           // this source also serves sequences as well as features
 541           source.setCapabilities(new String[]
 542           { "sequence", "features" });
 543         }
 544         else
 545         {
 546           // default is that all user added sources serve features
 547           source.setCapabilities(new String[]
 548           { "features" });
 549         }
 550
 551         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 552
 553         localSources.addElement(source);
 554       }
 555     }
 556     return localSources;
 557   }
 558
 559   /**
 560    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not enabled.
 561    */
 562   protected static Object tracker = null;
 563   protected static Class trackerfocus = null;
 564   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 565
 566   /**
 567    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 568    */
 569   public static void initGoogleTracker()
 570   {
 571     if (tracker == null)
 572     {
 573       if (jgoogleanalyticstracker==null)
 574       {
 575         // try to get the tracker class
 576         try {
 577           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 578           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 579           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 580           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 581         } catch (Exception e)
 582         {
 583           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 584           tracker = null;
 585           jgoogleanalyticstracker=null;
 586           trackerfocus=null;
 587           return;
 588         }
 589       }
 590       // now initialise tracker
 591       Exception re = null, ex = null;
 592       Error err = null;
 593       String vrs = "No Version Accessible";
 594       try
 595       {
 596         // Google analytics tracking code for Library Finder
 597         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[] { String.class,String.class,String.class}).newInstance(new Object[] { "Jalview Desktop",
 598                 (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 599                         + "_"
 600                         + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 601                                 "unknown")), "UA-9060947-1"});
 602         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously", new Class[] { trackerfocus })
 603         .invoke(tracker, new Object[] { trackerfocus.getConstructor(
 604                 new Class[] { String.class}).newInstance(new Object[] { "Application Started." })});
 605       } catch (RuntimeException e)
 606       {
 607         re = e;
 608       } catch (Exception e)
 609       {
 610         ex = e;
 611       } catch (Error e)
 612       {
 613         err = e;
 614       }
 615       if (re != null || ex != null || err != null)
 616       {
 617         if (log != null)
 618         {
 619           if (re != null)
 620             log
 621                     .debug(
 622                             "Caught runtime exception in googletracker init:",
 623                             re);
 624           if (ex != null)
 625             log.warn(
 626                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 627                             + vrs, ex);
 628           if (err != null)
 629             log.error(
 630                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 631                             + vrs, err);
 632         }
 633         else
 634         {
 635           if (re != null)
 636           {
 637             System.err
 638                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 639                             + vrs);
 640             re.printStackTrace();
 641           }
 642           if (ex != null)
 643           {
 644             System.err
 645                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 646                             + vrs);
 647             ex.printStackTrace();
 648           }
 649
 650           if (err != null)
 651           {
 652             System.err
 653                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 654                             + vrs);
 655             err.printStackTrace();
 656           }
 657         }
 658       }
 659       else
 660       {
 661         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 662       }
 663     }
 664   }
 665
 666 }