src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import org.apache.log4j.*;
  24 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  25
  26 /**
  27  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  28  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  29  * are alternative values for a tag. <br>
  30  * <br>
  31  * Current properties include:
  32  * <ul>
  33  * <br>
  34  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  35  * logging level for axis (used for web services) <br>
  36  * </li>
  37  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  38  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  41  * </li>
  42  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  43  * startup</li>
  44  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 128  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 129  * </li>
 130  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 131  * warning dialog box is displayed.</li>
 132  *
 133  * <li></li>
 134  *
 135  * <li></li>
 136  *
 137  * </ul>
 138  *
 139  * @author $author$
 140  * @version $Revision$
 141  */
 142 public class Cache
 143 {
 144   /**
 145    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 146    */
 147   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 148
 149   /**
 150    * property giving log4j level for AXIS loggers
 151    */
 152   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 153
 154   /**
 155    * property giving log4j level for Jalview Log
 156    */
 157   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 158
 159   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 160
 161   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 162
 163   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 164
 165   /**
 166    * Initialises the Jalview Application Log
 167    */
 168   public static Logger log;
 169
 170   /** Jalview Properties */
 171   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 172
 173   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 174   static String propertiesFile;
 175
 176   public static void initLogger()
 177   {
 178     if (log != null)
 179     {
 180       return;
 181     }
 182     try
 183     {
 184       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 185       // the log
 186
 187       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 188               "System.err");
 189       ap.setName("JalviewLogger");
 190       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 191       // log output
 192       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 193       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 194       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 195
 196       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 197               Level.INFO.toString())));
 198       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 199               Level.INFO.toString())));
 200       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 201       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 202               Level.INFO.toString())));
 203       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 204       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 205       // Level.INFO.toString())));
 206       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 207               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 208       // laxis.addAppender(ap);
 209       // lcastor.addAppender(ap);
 210       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 211       // Tell the user that debug is enabled
 212       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 213     } catch (Exception ex)
 214     {
 215       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 216       ex.printStackTrace(System.err);
 217     }
 218   }
 219
 220   /** Called when Jalview is started */
 221   public static void loadProperties(String propsFile)
 222   {
 223     propertiesFile = propsFile;
 224     if (propsFile == null)
 225     {
 226       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 227               + ".jalview_properties";
 228     }
 229
 230     try
 231     {
 232       InputStream fis;
 233       try {
 234         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 235         System.out.println("Loading jalview properties from : "+propertiesFile);
 236       } catch (Exception ex) {fis=null;}
 237       if (fis==null) {
 238         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 239       }
 240       applicationProperties.load(fis);
 241       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 242       applicationProperties.remove("VERSION");
 243       fis.close();
 244     } catch (Exception ex)
 245     {
 246       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 247     }
 248
 249     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 250     {
 251       System.out.println("Using proxyServer: "
 252               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 253               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 254       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 255       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 256     }
 257
 258     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 259     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 260     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 261     try
 262     {
 263       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 264               .getCodeSource().getLocation().toString()
 265               .concat("!/.build_properties"));
 266
 267       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 268
 269       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 270       applicationProperties.load(in);
 271       in.close();
 272     } catch (Exception ex)
 273     {
 274       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 275       applicationProperties.remove("VERSION");
 276     }
 277
 278     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 279     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 280
 281     if (codeVersion == null)
 282     {
 283       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 284       codeVersion = "Test";
 285       jnlpVersion = "Test";
 286     }
 287
 288     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 289
 290     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 291     // Dont do this check if running in headless mode
 292     if (jnlpVersion == null
 293             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 294             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 295                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 296     {
 297
 298       class VersionChecker extends Thread
 299       {
 300         public void run()
 301         {
 302           String orgtimeout = System
 303                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 304           if (orgtimeout == null)
 305           {
 306             orgtimeout = "30";
 307             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 308                     + orgtimeout + " seconds.");
 309           }
 310           String jnlpVersion = null;
 311           try
 312           {
 313             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 314                     "5000");
 315             java.net.URL url = new java.net.URL(
 316                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 317             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 318                     url.openStream()));
 319             String line = null;
 320             while ((line = in.readLine()) != null)
 321             {
 322               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 323               {
 324                 continue;
 325               }
 326
 327               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 328               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 329               jnlpVersion = line;
 330               break;
 331             }
 332           } catch (Exception ex)
 333           {
 334             System.out
 335                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 336             System.out.println(ex);
 337             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 338           }
 339           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 340                   orgtimeout);
 341
 342           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 343         }
 344       }
 345
 346       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 347       vc.start();
 348     }
 349     else
 350     {
 351       if (jnlpVersion != null)
 352       {
 353         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 354       }
 355       else
 356       {
 357         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 358       }
 359     }
 360
 361     setProperty("VERSION", codeVersion);
 362
 363     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 364     jalview.gui.UserDefinedColours
 365             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 366     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 367             false);
 368   }
 369
 370   /**
 371    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 372    * found
 373    *
 374    * @param key
 375    *          Name of property
 376    *
 377    * @return Property value
 378    */
 379   public static String getProperty(String key)
 380   {
 381     return applicationProperties.getProperty(key);
 382   }
 383
 384   /**
 385    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 386    * to the default setting
 387    */
 388
 389   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 390   {
 391     String string = getProperty(property);
 392     if (string != null)
 393     {
 394       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 395     }
 396
 397     return def;
 398   }
 399
 400   /**
 401    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 402    * to the default setting
 403    */
 404   public static String getDefault(String property, String def)
 405   {
 406     String string = getProperty(property);
 407     if (string != null)
 408     {
 409       return string;
 410     }
 411
 412     return def;
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 417    *
 418    * @param key
 419    *          Name of object
 420    * @param obj
 421    *          String value of property
 422    *
 423    * @return String value of property
 424    */
 425   public static String setProperty(String key, String obj)
 426   {
 427     try
 428     {
 429       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 430       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 431       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 432       out.close();
 433     } catch (Exception ex)
 434     {
 435       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 436               + "\n" + ex);
 437     }
 438     return obj;
 439   }
 440
 441   /**
 442    * remove the specified property from the jalview properties file
 443    *
 444    * @param string
 445    */
 446   public static void removeProperty(String string)
 447   {
 448     applicationProperties.remove(string);
 449     saveProperties();
 450   }
 451
 452   /**
 453    * save the properties to the jalview properties path
 454    */
 455   public static void saveProperties()
 456   {
 457     try
 458     {
 459       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 460       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 461       out.close();
 462     } catch (Exception ex)
 463     {
 464       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 465     }
 466   }
 467
 468   /**
 469    * internal vamsas class discovery state
 470    */
 471   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 472
 473   /**
 474    * Searches for vamsas client classes on class path.
 475    *
 476    * @return true if vamsas client is present on classpath
 477    */
 478   public static boolean vamsasJarsPresent()
 479   {
 480     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 481     {
 482       try
 483       {
 484         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 485                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 486         {
 487           jalview.bin.Cache.log
 488                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 489           vamsasJarsArePresent = 1;
 490           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 491           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 492                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 493
 494           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 495           // Tell the user that debug is enabled
 496           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 497         }
 498       } catch (Exception e)
 499       {
 500         vamsasJarsArePresent = 0;
 501         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 502       }
 503     }
 504     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 505   }
 506
 507   /**
 508    * internal vamsas class discovery state
 509    */
 510   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 511
 512   /**
 513    * Searches for vamsas client classes on class path.
 514    *
 515    * @return true if vamsas client is present on classpath
 516    */
 517   public static boolean groovyJarsPresent()
 518   {
 519     if (groovyJarsArePresent == -1)
 520     {
 521       try
 522       {
 523         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 524                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 525         {
 526           jalview.bin.Cache.log
 527                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 528           groovyJarsArePresent = 1;
 529           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 530           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 531                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 532
 533           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 534           // Tell the user that debug is enabled
 535           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 536         }
 537       } catch (Error e)
 538       {
 539         groovyJarsArePresent = 0;
 540         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 541       } catch (Exception e)
 542       {
 543         groovyJarsArePresent = 0;
 544         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 545       }
 546     }
 547     return (groovyJarsArePresent > 0);
 548   }
 549
 550   /**
 551    * generate Das1Sources from the local das source list
 552    *
 553    * @return Vector of Das1Sources
 554    */
 555   public static Vector getLocalDasSources()
 556   {
 557     Vector localSources = new Vector();
 558     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 559     if (local != null)
 560     {
 561       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 562       while (st.hasMoreTokens())
 563       {
 564         String token = st.nextToken();
 565         int bar = token.indexOf("|");
 566         Das1Source source = new Das1Source();
 567         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 568         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 569         {
 570           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 571           // this source also serves sequences as well as features
 572           source.setCapabilities(new String[]
 573           { "sequence", "features" });
 574         }
 575         else
 576         {
 577           // default is that all user added sources serve features
 578           source.setCapabilities(new String[]
 579           { "features" });
 580         }
 581
 582         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 583
 584         localSources.addElement(source);
 585       }
 586     }
 587     return localSources;
 588   }
 589
 590   /**
 591    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 592    * enabled.
 593    */
 594   protected static Object tracker = null;
 595
 596   protected static Class trackerfocus = null;
 597
 598   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 599
 600   /**
 601    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 602    */
 603   public static void initGoogleTracker()
 604   {
 605     if (tracker == null)
 606     {
 607       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 608       {
 609         // try to get the tracker class
 610         try
 611         {
 612           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 613                   .getClassLoader()
 614                   .loadClass(
 615                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 616           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 617                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 618         } catch (Exception e)
 619         {
 620           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 621           tracker = null;
 622           jgoogleanalyticstracker = null;
 623           trackerfocus = null;
 624           return;
 625         }
 626       }
 627       // now initialise tracker
 628       Exception re = null, ex = null;
 629       Error err = null;
 630       String vrs = "No Version Accessible";
 631       try
 632       {
 633         // Google analytics tracking code for Library Finder
 634         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 635         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 636                 new Object[]
 637                 {
 638                     "Jalview Desktop",
 639                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 640                             + "_"
 641                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 642                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 643         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 644                 new Class[]
 645                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 646         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 647         { String.class }).newInstance(new Object[]
 648         { "Application Started." }) });
 649       } catch (RuntimeException e)
 650       {
 651         re = e;
 652       } catch (Exception e)
 653       {
 654         ex = e;
 655       } catch (Error e)
 656       {
 657         err = e;
 658       }
 659       if (re != null || ex != null || err != null)
 660       {
 661         if (log != null)
 662         {
 663           if (re != null)
 664             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 665           if (ex != null)
 666             log.warn(
 667                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 668                             + vrs, ex);
 669           if (err != null)
 670             log.error(
 671                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 672                             + vrs, err);
 673         }
 674         else
 675         {
 676           if (re != null)
 677           {
 678             System.err
 679                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 680                             + vrs);
 681             re.printStackTrace();
 682           }
 683           if (ex != null)
 684           {
 685             System.err
 686                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 687                             + vrs);
 688             ex.printStackTrace();
 689           }
 690
 691           if (err != null)
 692           {
 693             System.err
 694                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 695                             + vrs);
 696             err.printStackTrace();
 697           }
 698         }
 699       }
 700       else
 701       {
 702         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 703       }
 704     }
 705   }
 706
 707 }