src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import org.apache.log4j.*;
  25 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  26
  27 /**
  28  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  29  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  30  * are alternative values for a tag. <br>
  31  * <br>
  32  * Current properties include:
  33  * <ul>
  34  * <br>
  35  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  36  * logging level for axis (used for web services) <br>
  37  * </li>
  38  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  39  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  40  * </li>
  41  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  42  * </li>
  43  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  44  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  45  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  46  * <li>SCREEN_X=371</li>
  47  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  48  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  49  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  50  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  51  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  52  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  53  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  54  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  55  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  56  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  57  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  58  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  59  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  60  * annotation row</li>
  61  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  62  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  63  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  64  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  65  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  66  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  67  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  68  * www.jalview.org</li>
  69  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  70  * descriptions</li>
  71  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  72  * suffix to file</li>
  73  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  74  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  75  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  76  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  77  * <li>PROXY_PORT</li>
  78  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  79  * service</li>
  80  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  83  * collecting usage statistics</li>
  84  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  85  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  86  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  87  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  88  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  89  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  90  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  91  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  92  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  93  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  94  * style check</li>
  95  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  96  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  97  * $SEQUENCE_ID$</li>
  98  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
  99  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 100  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 101  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 102  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 103  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 104  * (false)</li>
 105  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 106  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 107  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 108  * ID tooltip</li>
 109  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 112  * displayed as '.'</li>
 113  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 114  * order of a newly displayed tree</li>
 115  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 116  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 117  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 118  * alignment.</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 120  * in the alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 122  * histogram.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 124  * logo.</li>
 125  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 126  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 127  * </li>
 128  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 129  * warning dialog box is displayed.</li>
 130  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation when shading by annotation</li>
 131  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation when shading by annotation</li>
 132  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 133  *
 134  * <li></li>
 135  *
 136  * </ul>
 137  * Deprecated settings:
 138  * <ul>
 139  *  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 140  * startup (JWS1 services only)</li>
 141  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints. (JWS1 services only)</li>
 142  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2 services in the desktop GUI
 143  * </ul>
 144  * @author $author$
 145  * @version $Revision$
 146  */
 147 public class Cache
 148 {
 149   /**
 150    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 151    */
 152   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 153
 154   /**
 155    * property giving log4j level for AXIS loggers
 156    */
 157   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 158
 159   /**
 160    * property giving log4j level for Jalview Log
 161    */
 162   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 163
 164   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 165
 166   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 167
 168   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 169
 170   /**
 171    * Initialises the Jalview Application Log
 172    */
 173   public static Logger log;
 174
 175   /** Jalview Properties */
 176   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 177
 178   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 179   static String propertiesFile;
 180
 181   private static boolean propsAreReadOnly=false;
 182
 183   public static void initLogger()
 184   {
 185     if (log != null)
 186     {
 187       return;
 188     }
 189     try
 190     {
 191       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 192       // the log
 193
 194       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 195               "System.err");
 196       ap.setName("JalviewLogger");
 197       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 198       // log output
 199       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 200       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 201       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 202
 203       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 204               Level.INFO.toString())));
 205       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 206               Level.INFO.toString())));
 207       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 208       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 209               Level.INFO.toString())));
 210       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 211       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 212       // Level.INFO.toString())));
 213       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 214               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 215       // laxis.addAppender(ap);
 216       // lcastor.addAppender(ap);
 217       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 218       // Tell the user that debug is enabled
 219       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 220     } catch (Exception ex)
 221     {
 222       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 223       ex.printStackTrace(System.err);
 224     }
 225   }
 226
 227   /** Called when Jalview is started */
 228   public static void loadProperties(String propsFile)
 229   {
 230     propertiesFile = propsFile;
 231     if (propsFile == null)
 232     {
 233       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 234               + ".jalview_properties";
 235     } else {
 236       // don't corrupt the file we've been given.
 237       propsAreReadOnly = true;
 238     }
 239
 240     try
 241     {
 242       InputStream fis;
 243       try
 244       {
 245         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 246         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 247                 + propertiesFile);
 248         System.out
 249                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 250         propsAreReadOnly = true;
 251
 252       } catch (Exception ex)
 253       {
 254         fis = null;
 255       }
 256       if (fis == null)
 257       {
 258         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 259       }
 260       applicationProperties.load(fis);
 261       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 262       applicationProperties.remove("VERSION");
 263       fis.close();
 264     } catch (Exception ex)
 265     {
 266       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 267     }
 268
 269     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 270     {
 271       System.out.println("Using proxyServer: "
 272               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 273               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 274       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 275       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 276     }
 277
 278     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 279     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 280     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 281     try
 282     {
 283       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 284               .getCodeSource().getLocation().toString()
 285               .concat("!/.build_properties"));
 286
 287       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 288
 289       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 290       applicationProperties.load(in);
 291       in.close();
 292     } catch (Exception ex)
 293     {
 294       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 295       applicationProperties.remove("VERSION");
 296     }
 297
 298     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 299     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 300
 301     if (codeVersion == null)
 302     {
 303       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 304       codeVersion = "Test";
 305       jnlpVersion = "Test";
 306     }
 307
 308     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 309
 310     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 311     // Dont do this check if running in headless mode
 312     if (jnlpVersion == null
 313             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 314             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 315                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 316     {
 317
 318       class VersionChecker extends Thread
 319       {
 320         public void run()
 321         {
 322           String orgtimeout = System
 323                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 324           if (orgtimeout == null)
 325           {
 326             orgtimeout = "30";
 327             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 328                     + orgtimeout + " seconds.");
 329           }
 330           String jnlpVersion = null;
 331           try
 332           {
 333             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 334                     "5000");
 335             java.net.URL url = new java.net.URL(
 336                     Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")+"/webstart/jalview.jnlp");
 337             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 338                     url.openStream()));
 339             String line = null;
 340             while ((line = in.readLine()) != null)
 341             {
 342               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 343               {
 344                 continue;
 345               }
 346
 347               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 348               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 349               jnlpVersion = line;
 350               break;
 351             }
 352           } catch (Exception ex)
 353           {
 354             System.out
 355                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 356             System.out.println(ex);
 357             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 358           }
 359           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 360                   orgtimeout);
 361
 362           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 363         }
 364       }
 365
 366       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 367       vc.start();
 368     }
 369     else
 370     {
 371       if (jnlpVersion != null)
 372       {
 373         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 374       }
 375       else
 376       {
 377         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 378       }
 379     }
 380
 381     setProperty("VERSION", codeVersion);
 382
 383     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 384     jalview.gui.UserDefinedColours
 385             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 386     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 387             false);
 388   }
 389
 390   /**
 391    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 392    * found
 393    *
 394    * @param key
 395    *          Name of property
 396    *
 397    * @return Property value
 398    */
 399   public static String getProperty(String key)
 400   {
 401     return applicationProperties.getProperty(key);
 402   }
 403
 404   /**
 405    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 406    * to the default setting
 407    */
 408
 409   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 410   {
 411     String string = getProperty(property);
 412     if (string != null)
 413     {
 414       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 415     }
 416
 417     return def;
 418   }
 419
 420   /**
 421    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 422    * to the default setting
 423    */
 424   public static String getDefault(String property, String def)
 425   {
 426     String string = getProperty(property);
 427     if (string != null)
 428     {
 429       return string;
 430     }
 431
 432     return def;
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 437    *
 438    * @param key
 439    *          Name of object
 440    * @param obj
 441    *          String value of property
 442    *
 443    * @return String value of property
 444    */
 445   public static String setProperty(String key, String obj)
 446   {
 447
 448     try
 449     {
 450       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 451       if (!propsAreReadOnly)
 452       {
 453         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 454         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 455         out.close();
 456       }
 457     } catch (Exception ex)
 458     {
 459       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 460               + "\n" + ex);
 461     }
 462     return obj;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * remove the specified property from the jalview properties file
 467    *
 468    * @param string
 469    */
 470   public static void removeProperty(String string)
 471   {
 472     applicationProperties.remove(string);
 473     saveProperties();
 474   }
 475
 476   /**
 477    * save the properties to the jalview properties path
 478    */
 479   public static void saveProperties()
 480   {
 481     if (!propsAreReadOnly)
 482     {
 483       try
 484       {
 485         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 486         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 487         out.close();
 488       } catch (Exception ex)
 489       {
 490         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 491       }
 492     }
 493   }
 494
 495   /**
 496    * internal vamsas class discovery state
 497    */
 498   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 499
 500   /**
 501    * Searches for vamsas client classes on class path.
 502    *
 503    * @return true if vamsas client is present on classpath
 504    */
 505   public static boolean vamsasJarsPresent()
 506   {
 507     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 508     {
 509       try
 510       {
 511         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 512                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 513         {
 514           jalview.bin.Cache.log
 515                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 516           vamsasJarsArePresent = 1;
 517           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 518           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 519                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 520
 521           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 522           // Tell the user that debug is enabled
 523           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 524         }
 525       } catch (Exception e)
 526       {
 527         vamsasJarsArePresent = 0;
 528         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 529       }
 530     }
 531     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 532   }
 533
 534   /**
 535    * internal vamsas class discovery state
 536    */
 537   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 538
 539   /**
 540    * Searches for vamsas client classes on class path.
 541    *
 542    * @return true if vamsas client is present on classpath
 543    */
 544   public static boolean groovyJarsPresent()
 545   {
 546     if (groovyJarsArePresent == -1)
 547     {
 548       try
 549       {
 550         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 551                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 552         {
 553           jalview.bin.Cache.log
 554                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 555           groovyJarsArePresent = 1;
 556           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 557           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 558                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 559
 560           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 561           // Tell the user that debug is enabled
 562           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 563         }
 564       } catch (Error e)
 565       {
 566         groovyJarsArePresent = 0;
 567         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 568       } catch (Exception e)
 569       {
 570         groovyJarsArePresent = 0;
 571         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 572       }
 573     }
 574     return (groovyJarsArePresent > 0);
 575   }
 576
 577   /**
 578    * generate Das1Sources from the local das source list
 579    *
 580    * @return Vector of Das1Sources
 581    */
 582   public static Vector getLocalDasSources()
 583   {
 584     Vector localSources = new Vector();
 585     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 586     if (local != null)
 587     {
 588       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 589       while (st.hasMoreTokens())
 590       {
 591         String token = st.nextToken();
 592         int bar = token.indexOf("|");
 593         Das1Source source = new Das1Source();
 594         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 595         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 596         {
 597           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 598           // this source also serves sequences as well as features
 599           source.setCapabilities(new String[]
 600           { "sequence", "features" });
 601         }
 602         else
 603         {
 604           // default is that all user added sources serve features
 605           source.setCapabilities(new String[]
 606           { "features" });
 607         }
 608
 609         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 610
 611         localSources.addElement(source);
 612       }
 613     }
 614     return localSources;
 615   }
 616
 617   /**
 618    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 619    * enabled.
 620    */
 621   protected static Object tracker = null;
 622
 623   protected static Class trackerfocus = null;
 624
 625   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 626
 627   /**
 628    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 629    */
 630   public static void initGoogleTracker()
 631   {
 632     if (tracker == null)
 633     {
 634       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 635       {
 636         // try to get the tracker class
 637         try
 638         {
 639           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 640                   .getClassLoader()
 641                   .loadClass(
 642                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 643           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 644                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 645         } catch (Exception e)
 646         {
 647           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 648           tracker = null;
 649           jgoogleanalyticstracker = null;
 650           trackerfocus = null;
 651           return;
 652         }
 653       }
 654       // now initialise tracker
 655       Exception re = null, ex = null;
 656       Error err = null;
 657       String vrs = "No Version Accessible";
 658       try
 659       {
 660         // Google analytics tracking code for Library Finder
 661         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 662         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 663                 new Object[]
 664                 {
 665                     "Jalview Desktop",
 666                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 667                             + "_"
 668                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 669                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 670         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 671                 new Class[]
 672                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 673         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 674         { String.class }).newInstance(new Object[]
 675         { "Application Started." }) });
 676       } catch (RuntimeException e)
 677       {
 678         re = e;
 679       } catch (Exception e)
 680       {
 681         ex = e;
 682       } catch (Error e)
 683       {
 684         err = e;
 685       }
 686       if (re != null || ex != null || err != null)
 687       {
 688         if (log != null)
 689         {
 690           if (re != null)
 691             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 692           if (ex != null)
 693             log.warn(
 694                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 695                             + vrs, ex);
 696           if (err != null)
 697             log.error(
 698                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 699                             + vrs, err);
 700         }
 701         else
 702         {
 703           if (re != null)
 704           {
 705             System.err
 706                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 707                             + vrs);
 708             re.printStackTrace();
 709           }
 710           if (ex != null)
 711           {
 712             System.err
 713                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 714                             + vrs);
 715             ex.printStackTrace();
 716           }
 717
 718           if (err != null)
 719           {
 720             System.err
 721                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 722                             + vrs);
 723             err.printStackTrace();
 724           }
 725         }
 726       }
 727       else
 728       {
 729         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 730       }
 731     }
 732   }
 733
 734   /**
 735    * get the user's default colour if available
 736    * @param property
 737    * @param defcolour
 738    * @return
 739    */
 740   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 741   {
 742     String colprop = getProperty(property);
 743     if (colprop==null) {
 744       return defcolour;
 745     }
 746     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colprop);
 747     if (col==null)
 748     {
 749       try {
 750         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 751       } catch (Exception ex)
 752       {
 753         log.warn("Couldn't parse '"+colprop+"' as a colour for "+property);
 754         col=null;
 755       }
 756     }
 757     return (col==null) ? defcolour: col;
 758   }
 759
 760   /**
 761    * store a colour as a Jalview user default property
 762    * @param property
 763    * @param colour
 764    */
 765   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 766   {
 767     setProperty(property, jalview.util.Format
 768           .getHexString(colour));
 769   }
 770 }