src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import org.apache.log4j.*;
  24 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  25
  26 /**
  27  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  28  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  29  * are alternative values for a tag. <br>
  30  * <br>
  31  * Current properties include:
  32  * <ul>
  33  * <br>
  34  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  35  * logging level for axis (used for web services) <br>
  36  * </li>
  37  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  38  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  41  * </li>
  42  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  43  * startup</li>
  44  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 128  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 129  * </li>
 130  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 131  * warning dialog box is displayed.</li>
 132  *
 133  * <li></li>
 134  *
 135  * <li></li>
 136  *
 137  * </ul>
 138  *
 139  * @author $author$
 140  * @version $Revision$
 141  */
 142 public class Cache
 143 {
 144   /**
 145    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 146    */
 147   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 148
 149   /**
 150    * property giving log4j level for AXIS loggers
 151    */
 152   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 153
 154   /**
 155    * property giving log4j level for Jalview Log
 156    */
 157   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 158
 159   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 160
 161   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 162
 163   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 164
 165   /**
 166    * Initialises the Jalview Application Log
 167    */
 168   public static Logger log;
 169
 170   /** Jalview Properties */
 171   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 172
 173   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 174   static String propertiesFile;
 175
 176   public static void initLogger()
 177   {
 178     if (log != null)
 179     {
 180       return;
 181     }
 182     try
 183     {
 184       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 185       // the log
 186
 187       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 188               "System.err");
 189       ap.setName("JalviewLogger");
 190       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 191       // log output
 192       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 193       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 194       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 195
 196       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 197               Level.INFO.toString())));
 198       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 199               Level.INFO.toString())));
 200       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 201       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 202               Level.INFO.toString())));
 203       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 204       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 205       // Level.INFO.toString())));
 206       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 207               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 208       // laxis.addAppender(ap);
 209       // lcastor.addAppender(ap);
 210       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 211       // Tell the user that debug is enabled
 212       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 213     } catch (Exception ex)
 214     {
 215       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 216       ex.printStackTrace(System.err);
 217     }
 218   }
 219
 220   /** Called when Jalview is started */
 221   public static void loadProperties(String propsFile)
 222   {
 223     propertiesFile = propsFile;
 224     if (propsFile == null)
 225     {
 226       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 227               + ".jalview_properties";
 228     }
 229
 230     try
 231     {
 232       FileInputStream fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 233       applicationProperties.load(fis);
 234       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 235       applicationProperties.remove("VERSION");
 236       fis.close();
 237     } catch (Exception ex)
 238     {
 239       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 240     }
 241
 242     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 243     {
 244       System.out.println("Using proxyServer: "
 245               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 246               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 247       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 248       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 249     }
 250
 251     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 252     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 253     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 254     try
 255     {
 256       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 257               .getCodeSource().getLocation().toString()
 258               .concat("!/.build_properties"));
 259
 260       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 261
 262       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 263       applicationProperties.load(in);
 264       in.close();
 265     } catch (Exception ex)
 266     {
 267       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 268       applicationProperties.remove("VERSION");
 269     }
 270
 271     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 272     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 273
 274     if (codeVersion == null)
 275     {
 276       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 277       codeVersion = "Test";
 278       jnlpVersion = "Test";
 279     }
 280
 281     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 282
 283     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 284     // Dont do this check if running in headless mode
 285     if (jnlpVersion == null
 286             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 287             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 288                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 289     {
 290
 291       class VersionChecker extends Thread
 292       {
 293         public void run()
 294         {
 295           String orgtimeout = System
 296                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 297           if (orgtimeout == null)
 298           {
 299             orgtimeout = "30";
 300             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 301                     + orgtimeout + " seconds.");
 302           }
 303           String jnlpVersion = null;
 304           try
 305           {
 306             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 307                     "5000");
 308             java.net.URL url = new java.net.URL(
 309                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 310             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 311                     url.openStream()));
 312             String line = null;
 313             while ((line = in.readLine()) != null)
 314             {
 315               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 316               {
 317                 continue;
 318               }
 319
 320               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 321               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 322               jnlpVersion = line;
 323               break;
 324             }
 325           } catch (Exception ex)
 326           {
 327             System.out
 328                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 329             System.out.println(ex);
 330             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 331           }
 332           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 333                   orgtimeout);
 334
 335           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 336         }
 337       }
 338
 339       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 340       vc.start();
 341     }
 342     else
 343     {
 344       if (jnlpVersion != null)
 345       {
 346         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 347       }
 348       else
 349       {
 350         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 351       }
 352     }
 353
 354     setProperty("VERSION", codeVersion);
 355
 356     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 357     jalview.gui.UserDefinedColours
 358             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 359     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 360             false);
 361   }
 362
 363   /**
 364    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 365    * found
 366    *
 367    * @param key
 368    *          Name of property
 369    *
 370    * @return Property value
 371    */
 372   public static String getProperty(String key)
 373   {
 374     return applicationProperties.getProperty(key);
 375   }
 376
 377   /**
 378    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 379    * to the default setting
 380    */
 381
 382   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 383   {
 384     String string = getProperty(property);
 385     if (string != null)
 386     {
 387       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 388     }
 389
 390     return def;
 391   }
 392
 393   /**
 394    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 395    * to the default setting
 396    */
 397   public static String getDefault(String property, String def)
 398   {
 399     String string = getProperty(property);
 400     if (string != null)
 401     {
 402       return string;
 403     }
 404
 405     return def;
 406   }
 407
 408   /**
 409    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 410    *
 411    * @param key
 412    *          Name of object
 413    * @param obj
 414    *          String value of property
 415    *
 416    * @return String value of property
 417    */
 418   public static String setProperty(String key, String obj)
 419   {
 420     try
 421     {
 422       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 423       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 424       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 425       out.close();
 426     } catch (Exception ex)
 427     {
 428       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 429               + "\n" + ex);
 430     }
 431     return obj;
 432   }
 433
 434   /**
 435    * remove the specified property from the jalview properties file
 436    *
 437    * @param string
 438    */
 439   public static void removeProperty(String string)
 440   {
 441     applicationProperties.remove(string);
 442     saveProperties();
 443   }
 444
 445   /**
 446    * save the properties to the jalview properties path
 447    */
 448   public static void saveProperties()
 449   {
 450     try
 451     {
 452       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 453       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 454       out.close();
 455     } catch (Exception ex)
 456     {
 457       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 458     }
 459   }
 460
 461   /**
 462    * internal vamsas class discovery state
 463    */
 464   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 465
 466   /**
 467    * Searches for vamsas client classes on class path.
 468    *
 469    * @return true if vamsas client is present on classpath
 470    */
 471   public static boolean vamsasJarsPresent()
 472   {
 473     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 474     {
 475       try
 476       {
 477         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 478                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 479         {
 480           jalview.bin.Cache.log
 481                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 482           vamsasJarsArePresent = 1;
 483           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 484           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 485                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 486
 487           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 488           // Tell the user that debug is enabled
 489           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 490         }
 491       } catch (Exception e)
 492       {
 493         vamsasJarsArePresent = 0;
 494         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 495       }
 496     }
 497     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 498   }
 499
 500   /**
 501    * internal vamsas class discovery state
 502    */
 503   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 504
 505   /**
 506    * Searches for vamsas client classes on class path.
 507    *
 508    * @return true if vamsas client is present on classpath
 509    */
 510   public static boolean groovyJarsPresent()
 511   {
 512     if (groovyJarsArePresent == -1)
 513     {
 514       try
 515       {
 516         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 517                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 518         {
 519           jalview.bin.Cache.log
 520                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 521           groovyJarsArePresent = 1;
 522           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 523           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 524                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 525
 526           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 527           // Tell the user that debug is enabled
 528           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 529         }
 530       } catch (Error e)
 531       {
 532         groovyJarsArePresent = 0;
 533         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 534       } catch (Exception e)
 535       {
 536         groovyJarsArePresent = 0;
 537         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 538       }
 539     }
 540     return (groovyJarsArePresent > 0);
 541   }
 542
 543   /**
 544    * generate Das1Sources from the local das source list
 545    *
 546    * @return Vector of Das1Sources
 547    */
 548   public static Vector getLocalDasSources()
 549   {
 550     Vector localSources = new Vector();
 551     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 552     if (local != null)
 553     {
 554       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 555       while (st.hasMoreTokens())
 556       {
 557         String token = st.nextToken();
 558         int bar = token.indexOf("|");
 559         Das1Source source = new Das1Source();
 560         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 561         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 562         {
 563           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 564           // this source also serves sequences as well as features
 565           source.setCapabilities(new String[]
 566           { "sequence", "features" });
 567         }
 568         else
 569         {
 570           // default is that all user added sources serve features
 571           source.setCapabilities(new String[]
 572           { "features" });
 573         }
 574
 575         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 576
 577         localSources.addElement(source);
 578       }
 579     }
 580     return localSources;
 581   }
 582
 583   /**
 584    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 585    * enabled.
 586    */
 587   protected static Object tracker = null;
 588
 589   protected static Class trackerfocus = null;
 590
 591   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 592
 593   /**
 594    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 595    */
 596   public static void initGoogleTracker()
 597   {
 598     if (tracker == null)
 599     {
 600       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 601       {
 602         // try to get the tracker class
 603         try
 604         {
 605           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 606                   .getClassLoader()
 607                   .loadClass(
 608                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 609           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 610                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 611         } catch (Exception e)
 612         {
 613           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 614           tracker = null;
 615           jgoogleanalyticstracker = null;
 616           trackerfocus = null;
 617           return;
 618         }
 619       }
 620       // now initialise tracker
 621       Exception re = null, ex = null;
 622       Error err = null;
 623       String vrs = "No Version Accessible";
 624       try
 625       {
 626         // Google analytics tracking code for Library Finder
 627         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 628         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 629                 new Object[]
 630                 {
 631                     "Jalview Desktop",
 632                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 633                             + "_"
 634                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 635                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 636         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 637                 new Class[]
 638                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 639         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 640         { String.class }).newInstance(new Object[]
 641         { "Application Started." }) });
 642       } catch (RuntimeException e)
 643       {
 644         re = e;
 645       } catch (Exception e)
 646       {
 647         ex = e;
 648       } catch (Error e)
 649       {
 650         err = e;
 651       }
 652       if (re != null || ex != null || err != null)
 653       {
 654         if (log != null)
 655         {
 656           if (re != null)
 657             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 658           if (ex != null)
 659             log.warn(
 660                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 661                             + vrs, ex);
 662           if (err != null)
 663             log.error(
 664                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 665                             + vrs, err);
 666         }
 667         else
 668         {
 669           if (re != null)
 670           {
 671             System.err
 672                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 673                             + vrs);
 674             re.printStackTrace();
 675           }
 676           if (ex != null)
 677           {
 678             System.err
 679                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 680                             + vrs);
 681             ex.printStackTrace();
 682           }
 683
 684           if (err != null)
 685           {
 686             System.err
 687                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 688                             + vrs);
 689             err.printStackTrace();
 690           }
 691         }
 692       }
 693       else
 694       {
 695         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 696       }
 697     }
 698   }
 699
 700 }