src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import org.apache.log4j.*;
  24 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  25
  26 /**
  27  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  28  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  29  * are alternative values for a tag. <br>
  30  * <br>
  31  * Current properties include:
  32  * <ul>
  33  * <br>
  34  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  35  * logging level for axis (used for web services) <br>
  36  * </li>
  37  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  38  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  41  * </li>
  42  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  43  * startup</li>
  44  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 128  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 129  * </li>
 130  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 131  * warning dialog box is displayed.</li>
 132  *
 133  * <li></li>
 134  *
 135  * <li></li>
 136  *
 137  * </ul>
 138  *
 139  * @author $author$
 140  * @version $Revision$
 141  */
 142 public class Cache
 143 {
 144   /**
 145    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 146    */
 147   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 148
 149   /**
 150    * property giving log4j level for AXIS loggers
 151    */
 152   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 153
 154   /**
 155    * property giving log4j level for Jalview Log
 156    */
 157   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 158
 159   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 160
 161   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 162
 163   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 164
 165   /**
 166    * Initialises the Jalview Application Log
 167    */
 168   public static Logger log;
 169
 170   /** Jalview Properties */
 171   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 172
 173   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 174   static String propertiesFile;
 175
 176   private static boolean propsAreReadOnly=false;
 177
 178   public static void initLogger()
 179   {
 180     if (log != null)
 181     {
 182       return;
 183     }
 184     try
 185     {
 186       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 187       // the log
 188
 189       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 190               "System.err");
 191       ap.setName("JalviewLogger");
 192       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 193       // log output
 194       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 195       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 196       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 197
 198       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 199               Level.INFO.toString())));
 200       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 201               Level.INFO.toString())));
 202       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 203       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 204               Level.INFO.toString())));
 205       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 206       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 207       // Level.INFO.toString())));
 208       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 209               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 210       // laxis.addAppender(ap);
 211       // lcastor.addAppender(ap);
 212       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 213       // Tell the user that debug is enabled
 214       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 215     } catch (Exception ex)
 216     {
 217       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 218       ex.printStackTrace(System.err);
 219     }
 220   }
 221
 222   /** Called when Jalview is started */
 223   public static void loadProperties(String propsFile)
 224   {
 225     propertiesFile = propsFile;
 226     if (propsFile == null)
 227     {
 228       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 229               + ".jalview_properties";
 230     }
 231
 232     try
 233     {
 234       InputStream fis;
 235       try
 236       {
 237         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 238         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 239                 + propertiesFile);
 240         System.out
 241                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 242         propsAreReadOnly = true;
 243
 244       } catch (Exception ex)
 245       {
 246         fis = null;
 247       }
 248       if (fis == null)
 249       {
 250         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 251       }
 252       applicationProperties.load(fis);
 253       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 254       applicationProperties.remove("VERSION");
 255       fis.close();
 256     } catch (Exception ex)
 257     {
 258       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 259     }
 260
 261     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 262     {
 263       System.out.println("Using proxyServer: "
 264               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 265               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 266       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 267       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 268     }
 269
 270     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 271     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 272     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 273     try
 274     {
 275       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 276               .getCodeSource().getLocation().toString()
 277               .concat("!/.build_properties"));
 278
 279       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 280
 281       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 282       applicationProperties.load(in);
 283       in.close();
 284     } catch (Exception ex)
 285     {
 286       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 287       applicationProperties.remove("VERSION");
 288     }
 289
 290     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 291     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 292
 293     if (codeVersion == null)
 294     {
 295       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 296       codeVersion = "Test";
 297       jnlpVersion = "Test";
 298     }
 299
 300     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 301
 302     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 303     // Dont do this check if running in headless mode
 304     if (jnlpVersion == null
 305             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 306             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 307                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 308     {
 309
 310       class VersionChecker extends Thread
 311       {
 312         public void run()
 313         {
 314           String orgtimeout = System
 315                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 316           if (orgtimeout == null)
 317           {
 318             orgtimeout = "30";
 319             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 320                     + orgtimeout + " seconds.");
 321           }
 322           String jnlpVersion = null;
 323           try
 324           {
 325             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 326                     "5000");
 327             java.net.URL url = new java.net.URL(
 328                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 329             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 330                     url.openStream()));
 331             String line = null;
 332             while ((line = in.readLine()) != null)
 333             {
 334               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 335               {
 336                 continue;
 337               }
 338
 339               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 340               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 341               jnlpVersion = line;
 342               break;
 343             }
 344           } catch (Exception ex)
 345           {
 346             System.out
 347                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 348             System.out.println(ex);
 349             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 350           }
 351           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 352                   orgtimeout);
 353
 354           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 355         }
 356       }
 357
 358       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 359       vc.start();
 360     }
 361     else
 362     {
 363       if (jnlpVersion != null)
 364       {
 365         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 366       }
 367       else
 368       {
 369         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 370       }
 371     }
 372
 373     setProperty("VERSION", codeVersion);
 374
 375     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 376     jalview.gui.UserDefinedColours
 377             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 378     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 379             false);
 380   }
 381
 382   /**
 383    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 384    * found
 385    *
 386    * @param key
 387    *          Name of property
 388    *
 389    * @return Property value
 390    */
 391   public static String getProperty(String key)
 392   {
 393     return applicationProperties.getProperty(key);
 394   }
 395
 396   /**
 397    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 398    * to the default setting
 399    */
 400
 401   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 402   {
 403     String string = getProperty(property);
 404     if (string != null)
 405     {
 406       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 407     }
 408
 409     return def;
 410   }
 411
 412   /**
 413    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 414    * to the default setting
 415    */
 416   public static String getDefault(String property, String def)
 417   {
 418     String string = getProperty(property);
 419     if (string != null)
 420     {
 421       return string;
 422     }
 423
 424     return def;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 429    *
 430    * @param key
 431    *          Name of object
 432    * @param obj
 433    *          String value of property
 434    *
 435    * @return String value of property
 436    */
 437   public static String setProperty(String key, String obj)
 438   {
 439
 440     try
 441     {
 442       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 443       if (!propsAreReadOnly)
 444       {
 445         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 446         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 447         out.close();
 448       }
 449     } catch (Exception ex)
 450     {
 451       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 452               + "\n" + ex);
 453     }
 454     return obj;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * remove the specified property from the jalview properties file
 459    *
 460    * @param string
 461    */
 462   public static void removeProperty(String string)
 463   {
 464     applicationProperties.remove(string);
 465     saveProperties();
 466   }
 467
 468   /**
 469    * save the properties to the jalview properties path
 470    */
 471   public static void saveProperties()
 472   {
 473     if (!propsAreReadOnly)
 474     {
 475       try
 476       {
 477         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 478         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 479         out.close();
 480       } catch (Exception ex)
 481       {
 482         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 483       }
 484     }
 485   }
 486
 487   /**
 488    * internal vamsas class discovery state
 489    */
 490   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 491
 492   /**
 493    * Searches for vamsas client classes on class path.
 494    *
 495    * @return true if vamsas client is present on classpath
 496    */
 497   public static boolean vamsasJarsPresent()
 498   {
 499     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 500     {
 501       try
 502       {
 503         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 504                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 505         {
 506           jalview.bin.Cache.log
 507                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 508           vamsasJarsArePresent = 1;
 509           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 510           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 511                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 512
 513           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 514           // Tell the user that debug is enabled
 515           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 516         }
 517       } catch (Exception e)
 518       {
 519         vamsasJarsArePresent = 0;
 520         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 521       }
 522     }
 523     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 524   }
 525
 526   /**
 527    * internal vamsas class discovery state
 528    */
 529   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 530
 531   /**
 532    * Searches for vamsas client classes on class path.
 533    *
 534    * @return true if vamsas client is present on classpath
 535    */
 536   public static boolean groovyJarsPresent()
 537   {
 538     if (groovyJarsArePresent == -1)
 539     {
 540       try
 541       {
 542         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 543                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 544         {
 545           jalview.bin.Cache.log
 546                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 547           groovyJarsArePresent = 1;
 548           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 549           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 550                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 551
 552           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 553           // Tell the user that debug is enabled
 554           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 555         }
 556       } catch (Error e)
 557       {
 558         groovyJarsArePresent = 0;
 559         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 560       } catch (Exception e)
 561       {
 562         groovyJarsArePresent = 0;
 563         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 564       }
 565     }
 566     return (groovyJarsArePresent > 0);
 567   }
 568
 569   /**
 570    * generate Das1Sources from the local das source list
 571    *
 572    * @return Vector of Das1Sources
 573    */
 574   public static Vector getLocalDasSources()
 575   {
 576     Vector localSources = new Vector();
 577     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 578     if (local != null)
 579     {
 580       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 581       while (st.hasMoreTokens())
 582       {
 583         String token = st.nextToken();
 584         int bar = token.indexOf("|");
 585         Das1Source source = new Das1Source();
 586         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 587         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 588         {
 589           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 590           // this source also serves sequences as well as features
 591           source.setCapabilities(new String[]
 592           { "sequence", "features" });
 593         }
 594         else
 595         {
 596           // default is that all user added sources serve features
 597           source.setCapabilities(new String[]
 598           { "features" });
 599         }
 600
 601         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 602
 603         localSources.addElement(source);
 604       }
 605     }
 606     return localSources;
 607   }
 608
 609   /**
 610    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 611    * enabled.
 612    */
 613   protected static Object tracker = null;
 614
 615   protected static Class trackerfocus = null;
 616
 617   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 618
 619   /**
 620    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 621    */
 622   public static void initGoogleTracker()
 623   {
 624     if (tracker == null)
 625     {
 626       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 627       {
 628         // try to get the tracker class
 629         try
 630         {
 631           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 632                   .getClassLoader()
 633                   .loadClass(
 634                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 635           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 636                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 637         } catch (Exception e)
 638         {
 639           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 640           tracker = null;
 641           jgoogleanalyticstracker = null;
 642           trackerfocus = null;
 643           return;
 644         }
 645       }
 646       // now initialise tracker
 647       Exception re = null, ex = null;
 648       Error err = null;
 649       String vrs = "No Version Accessible";
 650       try
 651       {
 652         // Google analytics tracking code for Library Finder
 653         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 654         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 655                 new Object[]
 656                 {
 657                     "Jalview Desktop",
 658                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 659                             + "_"
 660                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 661                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 662         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 663                 new Class[]
 664                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 665         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 666         { String.class }).newInstance(new Object[]
 667         { "Application Started." }) });
 668       } catch (RuntimeException e)
 669       {
 670         re = e;
 671       } catch (Exception e)
 672       {
 673         ex = e;
 674       } catch (Error e)
 675       {
 676         err = e;
 677       }
 678       if (re != null || ex != null || err != null)
 679       {
 680         if (log != null)
 681         {
 682           if (re != null)
 683             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 684           if (ex != null)
 685             log.warn(
 686                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 687                             + vrs, ex);
 688           if (err != null)
 689             log.error(
 690                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 691                             + vrs, err);
 692         }
 693         else
 694         {
 695           if (re != null)
 696           {
 697             System.err
 698                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 699                             + vrs);
 700             re.printStackTrace();
 701           }
 702           if (ex != null)
 703           {
 704             System.err
 705                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 706                             + vrs);
 707             ex.printStackTrace();
 708           }
 709
 710           if (err != null)
 711           {
 712             System.err
 713                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 714                             + vrs);
 715             err.printStackTrace();
 716           }
 717         }
 718       }
 719       else
 720       {
 721         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 722       }
 723     }
 724   }
 725
 726 }