src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import org.apache.log4j.*;
  25 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  26
  27 /**
  28  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  29  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  30  * are alternative values for a tag. <br>
  31  * <br>
  32  * Current properties include:
  33  * <ul>
  34  * <br>
  35  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  36  * logging level for axis (used for web services) <br>
  37  * </li>
  38  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  39  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  40  * </li>
  41  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  42  * </li>
  43  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  44  * startup</li>
  45  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  46  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  47  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  48  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  49  * <li>SCREEN_X=371</li>
  50  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  51  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  52  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  53  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  54  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  55  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  56  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  57  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  58  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  59  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  60  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  61  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  62  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  63  * annotation row</li>
  64  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  65  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  66  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  67  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  68  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  69  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  70  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  71  * www.jalview.org</li>
  72  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  73  * descriptions</li>
  74  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  75  * suffix to file</li>
  76  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  77  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  78  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  79  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  80  * <li>PROXY_PORT</li>
  81  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  82  * service</li>
  83  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  84  * service</li>
  85  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  86  * collecting usage statistics</li>
  87  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  88  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  89  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  90  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  91  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  92  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  93  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  94  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  95  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  96  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  97  * style check</li>
  98  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  99  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 100  * $SEQUENCE_ID$</li>
 101  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 102  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 103  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 104  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 105  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 106  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 107  * (false)</li>
 108  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 109  * www.jalview.org</li>
 110  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 111  * ID tooltip</li>
 112  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 113  * ID tooltip</li>
 114  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 115  * displayed as '.'</li>
 116  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 117  * order of a newly displayed tree</li>
 118  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 119  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 120  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 121  * alignment.</li>
 122  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 123  * in the alignment.</li>
 124  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 125  * histogram.</li>
 126  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 127  * logo.</li>
 128  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 129  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 130  * </li>
 131  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 132  * warning dialog box is displayed.</li>
 133  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation when shading by annotation</li>
 134  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation when shading by annotation</li>
 135  *
 136  * <li></li>
 137  *
 138  * <li></li>
 139  *
 140  * </ul>
 141  *
 142  * @author $author$
 143  * @version $Revision$
 144  */
 145 public class Cache
 146 {
 147   /**
 148    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 149    */
 150   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 151
 152   /**
 153    * property giving log4j level for AXIS loggers
 154    */
 155   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 156
 157   /**
 158    * property giving log4j level for Jalview Log
 159    */
 160   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 161
 162   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 163
 164   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 165
 166   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 167
 168   /**
 169    * Initialises the Jalview Application Log
 170    */
 171   public static Logger log;
 172
 173   /** Jalview Properties */
 174   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 175
 176   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 177   static String propertiesFile;
 178
 179   private static boolean propsAreReadOnly=false;
 180
 181   public static void initLogger()
 182   {
 183     if (log != null)
 184     {
 185       return;
 186     }
 187     try
 188     {
 189       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 190       // the log
 191
 192       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 193               "System.err");
 194       ap.setName("JalviewLogger");
 195       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 196       // log output
 197       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 198       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 199       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 200
 201       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 202               Level.INFO.toString())));
 203       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 204               Level.INFO.toString())));
 205       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 206       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 207               Level.INFO.toString())));
 208       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 209       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 210       // Level.INFO.toString())));
 211       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 212               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 213       // laxis.addAppender(ap);
 214       // lcastor.addAppender(ap);
 215       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 216       // Tell the user that debug is enabled
 217       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 218     } catch (Exception ex)
 219     {
 220       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 221       ex.printStackTrace(System.err);
 222     }
 223   }
 224
 225   /** Called when Jalview is started */
 226   public static void loadProperties(String propsFile)
 227   {
 228     propertiesFile = propsFile;
 229     if (propsFile == null)
 230     {
 231       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 232               + ".jalview_properties";
 233     } else {
 234       // don't corrupt the file we've been given.
 235       propsAreReadOnly = true;
 236     }
 237
 238     try
 239     {
 240       InputStream fis;
 241       try
 242       {
 243         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 244         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 245                 + propertiesFile);
 246         System.out
 247                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 248         propsAreReadOnly = true;
 249
 250       } catch (Exception ex)
 251       {
 252         fis = null;
 253       }
 254       if (fis == null)
 255       {
 256         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 257       }
 258       applicationProperties.load(fis);
 259       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 260       applicationProperties.remove("VERSION");
 261       fis.close();
 262     } catch (Exception ex)
 263     {
 264       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 265     }
 266
 267     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 268     {
 269       System.out.println("Using proxyServer: "
 270               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 271               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 272       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 273       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 274     }
 275
 276     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 277     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 278     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 279     try
 280     {
 281       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 282               .getCodeSource().getLocation().toString()
 283               .concat("!/.build_properties"));
 284
 285       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 286
 287       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 288       applicationProperties.load(in);
 289       in.close();
 290     } catch (Exception ex)
 291     {
 292       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 293       applicationProperties.remove("VERSION");
 294     }
 295
 296     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 297     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 298
 299     if (codeVersion == null)
 300     {
 301       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 302       codeVersion = "Test";
 303       jnlpVersion = "Test";
 304     }
 305
 306     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 307
 308     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 309     // Dont do this check if running in headless mode
 310     if (jnlpVersion == null
 311             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 312             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 313                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 314     {
 315
 316       class VersionChecker extends Thread
 317       {
 318         public void run()
 319         {
 320           String orgtimeout = System
 321                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 322           if (orgtimeout == null)
 323           {
 324             orgtimeout = "30";
 325             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 326                     + orgtimeout + " seconds.");
 327           }
 328           String jnlpVersion = null;
 329           try
 330           {
 331             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 332                     "5000");
 333             java.net.URL url = new java.net.URL(
 334                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 335             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 336                     url.openStream()));
 337             String line = null;
 338             while ((line = in.readLine()) != null)
 339             {
 340               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 341               {
 342                 continue;
 343               }
 344
 345               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 346               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 347               jnlpVersion = line;
 348               break;
 349             }
 350           } catch (Exception ex)
 351           {
 352             System.out
 353                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 354             System.out.println(ex);
 355             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 356           }
 357           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 358                   orgtimeout);
 359
 360           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 361         }
 362       }
 363
 364       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 365       vc.start();
 366     }
 367     else
 368     {
 369       if (jnlpVersion != null)
 370       {
 371         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 372       }
 373       else
 374       {
 375         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 376       }
 377     }
 378
 379     setProperty("VERSION", codeVersion);
 380
 381     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 382     jalview.gui.UserDefinedColours
 383             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 384     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 385             false);
 386   }
 387
 388   /**
 389    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 390    * found
 391    *
 392    * @param key
 393    *          Name of property
 394    *
 395    * @return Property value
 396    */
 397   public static String getProperty(String key)
 398   {
 399     return applicationProperties.getProperty(key);
 400   }
 401
 402   /**
 403    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 404    * to the default setting
 405    */
 406
 407   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 408   {
 409     String string = getProperty(property);
 410     if (string != null)
 411     {
 412       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 413     }
 414
 415     return def;
 416   }
 417
 418   /**
 419    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 420    * to the default setting
 421    */
 422   public static String getDefault(String property, String def)
 423   {
 424     String string = getProperty(property);
 425     if (string != null)
 426     {
 427       return string;
 428     }
 429
 430     return def;
 431   }
 432
 433   /**
 434    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 435    *
 436    * @param key
 437    *          Name of object
 438    * @param obj
 439    *          String value of property
 440    *
 441    * @return String value of property
 442    */
 443   public static String setProperty(String key, String obj)
 444   {
 445
 446     try
 447     {
 448       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 449       if (!propsAreReadOnly)
 450       {
 451         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 452         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 453         out.close();
 454       }
 455     } catch (Exception ex)
 456     {
 457       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 458               + "\n" + ex);
 459     }
 460     return obj;
 461   }
 462
 463   /**
 464    * remove the specified property from the jalview properties file
 465    *
 466    * @param string
 467    */
 468   public static void removeProperty(String string)
 469   {
 470     applicationProperties.remove(string);
 471     saveProperties();
 472   }
 473
 474   /**
 475    * save the properties to the jalview properties path
 476    */
 477   public static void saveProperties()
 478   {
 479     if (!propsAreReadOnly)
 480     {
 481       try
 482       {
 483         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 484         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 485         out.close();
 486       } catch (Exception ex)
 487       {
 488         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 489       }
 490     }
 491   }
 492
 493   /**
 494    * internal vamsas class discovery state
 495    */
 496   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 497
 498   /**
 499    * Searches for vamsas client classes on class path.
 500    *
 501    * @return true if vamsas client is present on classpath
 502    */
 503   public static boolean vamsasJarsPresent()
 504   {
 505     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 506     {
 507       try
 508       {
 509         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 510                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 511         {
 512           jalview.bin.Cache.log
 513                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 514           vamsasJarsArePresent = 1;
 515           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 516           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 517                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 518
 519           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 520           // Tell the user that debug is enabled
 521           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 522         }
 523       } catch (Exception e)
 524       {
 525         vamsasJarsArePresent = 0;
 526         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 527       }
 528     }
 529     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 530   }
 531
 532   /**
 533    * internal vamsas class discovery state
 534    */
 535   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 536
 537   /**
 538    * Searches for vamsas client classes on class path.
 539    *
 540    * @return true if vamsas client is present on classpath
 541    */
 542   public static boolean groovyJarsPresent()
 543   {
 544     if (groovyJarsArePresent == -1)
 545     {
 546       try
 547       {
 548         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 549                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 550         {
 551           jalview.bin.Cache.log
 552                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 553           groovyJarsArePresent = 1;
 554           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 555           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 556                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 557
 558           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 559           // Tell the user that debug is enabled
 560           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 561         }
 562       } catch (Error e)
 563       {
 564         groovyJarsArePresent = 0;
 565         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 566       } catch (Exception e)
 567       {
 568         groovyJarsArePresent = 0;
 569         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 570       }
 571     }
 572     return (groovyJarsArePresent > 0);
 573   }
 574
 575   /**
 576    * generate Das1Sources from the local das source list
 577    *
 578    * @return Vector of Das1Sources
 579    */
 580   public static Vector getLocalDasSources()
 581   {
 582     Vector localSources = new Vector();
 583     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 584     if (local != null)
 585     {
 586       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 587       while (st.hasMoreTokens())
 588       {
 589         String token = st.nextToken();
 590         int bar = token.indexOf("|");
 591         Das1Source source = new Das1Source();
 592         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 593         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 594         {
 595           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 596           // this source also serves sequences as well as features
 597           source.setCapabilities(new String[]
 598           { "sequence", "features" });
 599         }
 600         else
 601         {
 602           // default is that all user added sources serve features
 603           source.setCapabilities(new String[]
 604           { "features" });
 605         }
 606
 607         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 608
 609         localSources.addElement(source);
 610       }
 611     }
 612     return localSources;
 613   }
 614
 615   /**
 616    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 617    * enabled.
 618    */
 619   protected static Object tracker = null;
 620
 621   protected static Class trackerfocus = null;
 622
 623   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 624
 625   /**
 626    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 627    */
 628   public static void initGoogleTracker()
 629   {
 630     if (tracker == null)
 631     {
 632       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 633       {
 634         // try to get the tracker class
 635         try
 636         {
 637           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 638                   .getClassLoader()
 639                   .loadClass(
 640                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 641           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 642                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 643         } catch (Exception e)
 644         {
 645           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 646           tracker = null;
 647           jgoogleanalyticstracker = null;
 648           trackerfocus = null;
 649           return;
 650         }
 651       }
 652       // now initialise tracker
 653       Exception re = null, ex = null;
 654       Error err = null;
 655       String vrs = "No Version Accessible";
 656       try
 657       {
 658         // Google analytics tracking code for Library Finder
 659         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 660         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 661                 new Object[]
 662                 {
 663                     "Jalview Desktop",
 664                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 665                             + "_"
 666                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 667                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 668         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 669                 new Class[]
 670                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 671         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 672         { String.class }).newInstance(new Object[]
 673         { "Application Started." }) });
 674       } catch (RuntimeException e)
 675       {
 676         re = e;
 677       } catch (Exception e)
 678       {
 679         ex = e;
 680       } catch (Error e)
 681       {
 682         err = e;
 683       }
 684       if (re != null || ex != null || err != null)
 685       {
 686         if (log != null)
 687         {
 688           if (re != null)
 689             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 690           if (ex != null)
 691             log.warn(
 692                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 693                             + vrs, ex);
 694           if (err != null)
 695             log.error(
 696                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 697                             + vrs, err);
 698         }
 699         else
 700         {
 701           if (re != null)
 702           {
 703             System.err
 704                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 705                             + vrs);
 706             re.printStackTrace();
 707           }
 708           if (ex != null)
 709           {
 710             System.err
 711                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 712                             + vrs);
 713             ex.printStackTrace();
 714           }
 715
 716           if (err != null)
 717           {
 718             System.err
 719                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 720                             + vrs);
 721             err.printStackTrace();
 722           }
 723         }
 724       }
 725       else
 726       {
 727         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 728       }
 729     }
 730   }
 731
 732   /**
 733    * get the user's default colour if available
 734    * @param property
 735    * @param defcolour
 736    * @return
 737    */
 738   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 739   {
 740     String colprop = getProperty(property);
 741     if (colprop==null) {
 742       return defcolour;
 743     }
 744     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colprop);
 745     if (col==null)
 746     {
 747       try {
 748         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 749       } catch (Exception ex)
 750       {
 751         log.warn("Couldn't parse '"+colprop+"' as a colour for "+property);
 752         col=null;
 753       }
 754     }
 755     return (col==null) ? defcolour: col;
 756   }
 757 }