src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import org.apache.log4j.*;
  25 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  26
  27 /**
  28  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  29  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  30  * are alternative values for a tag. <br>
  31  * <br>
  32  * Current properties include:
  33  * <ul>
  34  * <br>
  35  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  36  * logging level for axis (used for web services) <br>
  37  * </li>
  38  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  39  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  40  * </li>
  41  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  42  * </li>
  43  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  44  * startup</li>
  45  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  46  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  47  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  48  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  49  * <li>SCREEN_X=371</li>
  50  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  51  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  52  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  53  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  54  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  55  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  56  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  57  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  58  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  59  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  60  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  61  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  62  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  63  * annotation row</li>
  64  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  65  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  66  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  67  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  68  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  69  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  70  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  71  * www.jalview.org</li>
  72  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  73  * descriptions</li>
  74  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  75  * suffix to file</li>
  76  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  77  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  78  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  79  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  80  * <li>PROXY_PORT</li>
  81  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  82  * service</li>
  83  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  84  * service</li>
  85  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for collecting usage
  86  * statistics</li>
  87  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  88  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  89  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  90  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  91  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  92  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  93  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  94  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  95  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  96  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  97  * style check</li>
  98  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  99  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 100  * $SEQUENCE_ID$</li>
 101  *  <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see jalview.utils.GroupURLLink for more info
 102  *  </li>
 103  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 104  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 105  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 106  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 107  * (false)</li>
 108  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 118  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the alignment.</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups in the alignment.</li>
 120  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's histogram.</li>
 121  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence logo.</li>
 122  *
 123  * <li></li>
 124  *
 125  * <li></li>
 126  *
 127  * </ul>
 128  *
 129  * @author $author$
 130  * @version $Revision$
 131  */
 132 public class Cache
 133 {
 134   /**
 135    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 136    */
 137   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 138
 139   /**
 140    * property giving log4j level for AXIS loggers
 141    */
 142   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 143
 144   /**
 145    * property giving log4j level for Jalview Log
 146    */
 147   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 148
 149   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 150
 151   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 152
 153   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 154
 155   /**
 156    * Initialises the Jalview Application Log
 157    */
 158   public static Logger log;
 159
 160   /** Jalview Properties */
 161   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 162
 163   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 164   static String propertiesFile;
 165
 166   public static void initLogger()
 167   {
 168     try
 169     {
 170       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of the log
 171
 172       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 173               "System.err");
 174       ap.setName("JalviewLogger");
 175       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 176       // log output
 177       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 178       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 179       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 180
 181       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 182               Level.INFO.toString())));
 183       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 184               Level.INFO.toString())));
 185       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 186       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 187               Level.INFO.toString())));
 188       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 189       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 190       // Level.INFO.toString())));
 191       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 192               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 193       // laxis.addAppender(ap);
 194       // lcastor.addAppender(ap);
 195       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 196       // Tell the user that debug is enabled
 197       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 198     } catch (Exception ex)
 199     {
 200       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 201       ex.printStackTrace(System.err);
 202     }
 203   }
 204
 205   /** Called when Jalview is started */
 206   public static void loadProperties(String propsFile)
 207   {
 208     propertiesFile = propsFile;
 209     if (propsFile == null)
 210     {
 211       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 212               + ".jalview_properties";
 213     }
 214
 215     try
 216     {
 217       FileInputStream fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 218       applicationProperties.load(fis);
 219       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 220       applicationProperties.remove("VERSION");
 221       fis.close();
 222     } catch (Exception ex)
 223     {
 224       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 225     }
 226
 227     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 228     {
 229       System.out.println("Using proxyServer: "
 230               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 231               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 232       System
 233               .setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER",
 234                       null));
 235       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 236     }
 237
 238     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 239     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 240     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 241     try
 242     {
 243       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 244               .getCodeSource().getLocation().toString().concat(
 245                       "!/.build_properties"));
 246
 247       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 248
 249       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 250       applicationProperties.load(in);
 251       in.close();
 252     } catch (Exception ex)
 253     {
 254       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 255       applicationProperties.remove("VERSION");
 256     }
 257
 258     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 259     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 260
 261     if (codeVersion == null)
 262     {
 263       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 264       codeVersion = "Test";
 265       jnlpVersion = "Test";
 266     }
 267
 268     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 269
 270     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 271     // Dont do this check if running in headless mode
 272     if (jnlpVersion == null
 273             && getDefault("VERSION_CHECK",true)
 274             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 275                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 276     {
 277
 278       class VersionChecker extends Thread
 279       {
 280         public void run()
 281         {
 282           String orgtimeout = System
 283                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 284           if (orgtimeout == null)
 285           {
 286             orgtimeout = "30";
 287             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 288                     + orgtimeout + " seconds.");
 289           }
 290           String jnlpVersion = null;
 291           try
 292           {
 293             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 294                     "5000");
 295             java.net.URL url = new java.net.URL(
 296                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 297             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 298                     url.openStream()));
 299             String line = null;
 300             while ((line = in.readLine()) != null)
 301             {
 302               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 303               {
 304                 continue;
 305               }
 306
 307               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 308               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 309               jnlpVersion = line;
 310               break;
 311             }
 312           } catch (Exception ex)
 313           {
 314             System.out
 315                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 316             System.out.println(ex);
 317             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 318           }
 319           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 320                   orgtimeout);
 321
 322           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 323         }
 324       }
 325
 326       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 327       vc.start();
 328     }
 329     else
 330     {
 331       if (jnlpVersion != null)
 332       {
 333         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 334       }
 335       else
 336       {
 337         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 338       }
 339     }
 340
 341     setProperty("VERSION", codeVersion);
 342
 343     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 344     jalview.gui.UserDefinedColours
 345             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 346     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 347             false);
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 352    * found
 353    *
 354    * @param key
 355    *          Name of property
 356    *
 357    * @return Property value
 358    */
 359   public static String getProperty(String key)
 360   {
 361     return applicationProperties.getProperty(key);
 362   }
 363
 364   /**
 365    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 366    * to the default setting
 367    */
 368
 369   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 370   {
 371     String string = getProperty(property);
 372     if (string != null)
 373     {
 374       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 375     }
 376
 377     return def;
 378   }
 379
 380   /**
 381    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 382    * to the default setting
 383    */
 384   public static String getDefault(String property, String def)
 385   {
 386     String string = getProperty(property);
 387     if (string != null)
 388     {
 389       return string;
 390     }
 391
 392     return def;
 393   }
 394
 395   /**
 396    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 397    *
 398    * @param key
 399    *          Name of object
 400    * @param obj
 401    *          String value of property
 402    *
 403    * @return String value of property
 404    */
 405   public static String setProperty(String key, String obj)
 406   {
 407     try
 408     {
 409       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 410       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 411       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 412       out.close();
 413     } catch (Exception ex)
 414     {
 415       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 416               + "\n" + ex);
 417     }
 418     return obj;
 419   }
 420   /**
 421    * remove the specified property from the jalview properties file
 422    * @param string
 423    */
 424   public static void removeProperty(String string)
 425   {
 426     applicationProperties.remove(string);
 427     saveProperties();
 428   }
 429   /**
 430    * save the properties to the jalview properties path
 431    */
 432   public static void saveProperties()
 433   {
 434     try
 435     {
 436       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 437       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 438       out.close();
 439     } catch (Exception ex)
 440     {
 441       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 442     }
 443   }
 444
 445   /**
 446    * internal vamsas class discovery state
 447    */
 448   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 449
 450   /**
 451    * Searches for vamsas client classes on class path.
 452    *
 453    * @return true if vamsas client is present on classpath
 454    */
 455   public static boolean vamsasJarsPresent()
 456   {
 457     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 458     {
 459       try
 460       {
 461         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 462                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 463         {
 464           jalview.bin.Cache.log
 465                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 466           vamsasJarsArePresent = 1;
 467           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 468           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 469                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 470
 471           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 472           // Tell the user that debug is enabled
 473           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 474         }
 475       } catch (Exception e)
 476       {
 477         vamsasJarsArePresent = 0;
 478         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 479       }
 480     }
 481     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 482   }
 483
 484   /**
 485    * internal vamsas class discovery state
 486    */
 487   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 488
 489   /**
 490    * Searches for vamsas client classes on class path.
 491    *
 492    * @return true if vamsas client is present on classpath
 493    */
 494   public static boolean groovyJarsPresent()
 495   {
 496     if (groovyJarsArePresent == -1)
 497     {
 498       try
 499       {
 500         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 501                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 502         {
 503           jalview.bin.Cache.log
 504                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 505           groovyJarsArePresent = 1;
 506           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 507           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 508                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 509
 510           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 511           // Tell the user that debug is enabled
 512           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 513         }
 514       } catch (Error e) {
 515         groovyJarsArePresent = 0;
 516         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present",e);
 517       }catch (Exception e)
 518       {
 519         groovyJarsArePresent = 0;
 520         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 521       }
 522     }
 523     return (groovyJarsArePresent > 0);
 524   }
 525   /**
 526    * generate Das1Sources from the local das source list
 527    *
 528    * @return Vector of Das1Sources
 529    */
 530   public static Vector getLocalDasSources()
 531   {
 532     Vector localSources = new Vector();
 533     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 534     if (local != null)
 535     {
 536       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 537       while (st.hasMoreTokens())
 538       {
 539         String token = st.nextToken();
 540         int bar = token.indexOf("|");
 541         Das1Source source = new Das1Source();
 542         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 543         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 544         {
 545           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 546           // this source also serves sequences as well as features
 547           source.setCapabilities(new String[]
 548           { "sequence", "features" });
 549         }
 550         else
 551         {
 552           // default is that all user added sources serve features
 553           source.setCapabilities(new String[]
 554           { "features" });
 555         }
 556
 557         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 558
 559         localSources.addElement(source);
 560       }
 561     }
 562     return localSources;
 563   }
 564
 565   /**
 566    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not enabled.
 567    */
 568   protected static Object tracker = null;
 569   protected static Class trackerfocus = null;
 570   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 571
 572   /**
 573    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 574    */
 575   public static void initGoogleTracker()
 576   {
 577     if (tracker == null)
 578     {
 579       if (jgoogleanalyticstracker==null)
 580       {
 581         // try to get the tracker class
 582         try {
 583           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 584           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 585           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 586           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 587         } catch (Exception e)
 588         {
 589           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 590           tracker = null;
 591           jgoogleanalyticstracker=null;
 592           trackerfocus=null;
 593           return;
 594         }
 595       }
 596       // now initialise tracker
 597       Exception re = null, ex = null;
 598       Error err = null;
 599       String vrs = "No Version Accessible";
 600       try
 601       {
 602         // Google analytics tracking code for Library Finder
 603         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[] { String.class,String.class,String.class}).newInstance(new Object[] { "Jalview Desktop",
 604                 (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 605                         + "_"
 606                         + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 607                                 "unknown")), "UA-9060947-1"});
 608         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously", new Class[] { trackerfocus })
 609         .invoke(tracker, new Object[] { trackerfocus.getConstructor(
 610                 new Class[] { String.class}).newInstance(new Object[] { "Application Started." })});
 611       } catch (RuntimeException e)
 612       {
 613         re = e;
 614       } catch (Exception e)
 615       {
 616         ex = e;
 617       } catch (Error e)
 618       {
 619         err = e;
 620       }
 621       if (re != null || ex != null || err != null)
 622       {
 623         if (log != null)
 624         {
 625           if (re != null)
 626             log
 627                     .debug(
 628                             "Caught runtime exception in googletracker init:",
 629                             re);
 630           if (ex != null)
 631             log.warn(
 632                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 633                             + vrs, ex);
 634           if (err != null)
 635             log.error(
 636                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 637                             + vrs, err);
 638         }
 639         else
 640         {
 641           if (re != null)
 642           {
 643             System.err
 644                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 645                             + vrs);
 646             re.printStackTrace();
 647           }
 648           if (ex != null)
 649           {
 650             System.err
 651                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 652                             + vrs);
 653             ex.printStackTrace();
 654           }
 655
 656           if (err != null)
 657           {
 658             System.err
 659                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 660                             + vrs);
 661             err.printStackTrace();
 662           }
 663         }
 664       }
 665       else
 666       {
 667         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 668       }
 669     }
 670   }
 671
 672 }