src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.Collections;
   8 import java.util.HashMap;
   9 import java.util.Iterator;
  10 import java.util.List;
  11 import java.util.Locale;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  15 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  16 import jalview.bin.ArgParser.Arg;
  17 import jalview.bin.ArgParser.ArgValue;
  18 import jalview.bin.ArgParser.ArgValuesMap;
  19 import jalview.bin.ArgParser.SubVals;
  20 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  21 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  22 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.AssociatePdbFileWithSeq;
  28 import jalview.gui.Desktop;
  29 import jalview.gui.Preferences;
  30 import jalview.gui.StructureChooser;
  31 import jalview.gui.StructureViewer;
  32 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.io.FileFormatException;
  35 import jalview.io.FileFormatI;
  36 import jalview.io.FileLoader;
  37 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  38 import jalview.io.IdentifyFile;
  39 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  40 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  41 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  42 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  43 import jalview.util.HttpUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46 import jalview.ws.dbsources.EBIAlfaFold;
  47 import mc_view.PDBChain;
  48
  49 public class Commands
  50 {
  51   Desktop desktop;
  52
  53   private boolean headless;
  54
  55   private ArgParser argParser;
  56
  57   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  58
  59   private boolean commandArgsProvided = false;
  60
  61   private boolean argsWereParsed = false;
  62
  63   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  64   {
  65     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  66   }
  67
  68   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  69   {
  70     argParser = argparser;
  71     headless = h;
  72     desktop = d;
  73     afMap = new HashMap<String, AlignFrame>();
  74     if (argparser != null)
  75     {
  76       processArgs(argparser, headless);
  77     }
  78   }
  79
  80   private boolean processArgs(ArgParser argparser, boolean h)
  81   {
  82     argParser = argparser;
  83     headless = h;
  84     boolean theseArgsWereParsed = false;
  85
  86     if (argParser != null && argParser.linkedIds() != null)
  87     {
  88       for (String id : argParser.linkedIds())
  89       {
  90         ArgValuesMap avm = argParser.linkedArgs(id);
  91         theseArgsWereParsed = true;
  92         if (id == null)
  93         {
  94           theseArgsWereParsed &= processUnlinked(id);
  95         }
  96         else
  97         {
  98           theseArgsWereParsed &= processLinked(id);
  99         }
 100         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
 101
 102         // close ap
 103         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 104         {
 105           AlignFrame af = afMap.get(id);
 106           if (af != null)
 107           {
 108             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 109           }
 110         }
 111
 112       }
 113
 114     }
 115     if (argParser.getBool(Arg.QUIT))
 116     {
 117       Jalview.getInstance().quit();
 118       return true;
 119     }
 120     // carry on with jalview.bin.Jalview
 121     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 122     return argsWereParsed;
 123   }
 124
 125   public boolean commandArgsProvided()
 126   {
 127     return commandArgsProvided;
 128   }
 129
 130   public boolean argsWereParsed()
 131   {
 132     return argsWereParsed;
 133   }
 134
 135   protected boolean processUnlinked(String id)
 136   {
 137     return processLinked(id);
 138   }
 139
 140   protected boolean processLinked(String id)
 141   {
 142     boolean theseArgsWereParsed = false;
 143     ArgValuesMap avm = argParser.linkedArgs(id);
 144     if (avm == null)
 145       return true;
 146
 147     /*
 148     // script to execute after all loading is completed one way or another
 149     String groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null
 150             : m.get(Arg.GROOVY).getValue();
 151     String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null
 152             : m.get(Arg.OPEN).getValue();
 153     String data = null;
 154     FileFormatI format = null;
 155     DataSourceType protocol = null;
 156     */
 157     if (avm.containsArg(Arg.OPEN))
 158     {
 159       commandArgsProvided = true;
 160       long progress = -1;
 161
 162       boolean first = true;
 163       boolean progressBarSet = false;
 164       AlignFrame af;
 165       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OPEN))
 166       {
 167         String openFile = av.getValue();
 168         if (openFile == null)
 169           continue;
 170
 171         theseArgsWereParsed = true;
 172         if (first)
 173         {
 174           first = false;
 175           if (!headless && desktop != null)
 176           {
 177             desktop.setProgressBar(
 178                     MessageManager.getString(
 179                             "status.processing_commandline_args"),
 180                     progress = System.currentTimeMillis());
 181             progressBarSet = true;
 182           }
 183         }
 184
 185         if (!Platform.isJS())
 186         /**
 187          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 188          *
 189          * @j2sIgnore
 190          */
 191         {
 192           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 193           {
 194             if (!(new File(openFile)).exists())
 195             {
 196               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 197             }
 198           }
 199         }
 200
 201         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 202                 .checkProtocol(openFile);
 203
 204         FileFormatI format = null;
 205         try
 206         {
 207           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 208         } catch (FileFormatException e1)
 209         {
 210           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 211         }
 212
 213         af = afMap.get(id);
 214         if (af == null)
 215         {
 216           /*
 217            * this approach isn't working yet
 218           // get default annotations before opening AlignFrame
 219           if (m.get(Arg.SSANNOTATION) != null)
 220           {
 221             Console.debug("***** SSANNOTATION="
 222                     + m.get(Arg.SSANNOTATION).getBoolean());
 223           }
 224           if (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null)
 225           {
 226             Console.debug(
 227                     "***** NOTEMPFAC=" + m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean());
 228           }
 229           boolean showSecondaryStructure = (m.get(Arg.SSANNOTATION) != null)
 230                   ? m.get(Arg.SSANNOTATION).getBoolean()
 231                   : false;
 232           boolean showTemperatureFactor = (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null)
 233                   ? !m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean()
 234                   : false;
 235           Console.debug("***** tempfac=" + showTemperatureFactor
 236                   + ", showSS=" + showSecondaryStructure);
 237           StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 238                   .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 239           if (ssm != null)
 240           {
 241             ssm.setAddTempFacAnnot(showTemperatureFactor);
 242             ssm.setProcessSecondaryStructure(showSecondaryStructure);
 243           }
 244            */
 245
 246           // get kind of temperature factor annotation
 247           StructureImportSettings.TFType tempfacType = TFType.DEFAULT;
 248           if ((!avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 249                   && avm.containsArg(Arg.TEMPFAC))
 250           {
 251             try
 252             {
 253               tempfacType = StructureImportSettings.TFType
 254                       .valueOf(avm.getArgValue(Arg.TEMPFAC).getValue()
 255                               .toUpperCase(Locale.ROOT));
 256               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '"
 257                       + tempfacType + "'");
 258             } catch (IllegalArgumentException e)
 259             {
 260               // Just an error message!
 261               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set --")
 262                       .append(Arg.TEMPFAC.getName()).append(" to '")
 263                       .append(tempfacType)
 264                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 265               Iterator<StructureImportSettings.TFType> it = Arrays
 266                       .stream(StructureImportSettings.TFType.values())
 267                       .iterator();
 268               while (it.hasNext())
 269               {
 270                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 271                 if (it.hasNext())
 272                   sb.append(", ");
 273               }
 274               Console.warn(sb.toString());
 275             }
 276           }
 277
 278           Console.debug(
 279                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 280           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 281
 282           StructureImportSettings.setTemperatureFactorType(tempfacType);
 283
 284           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 285                   format);
 286
 287           // wrap alignment?
 288           if (avm.getBoolean(Arg.WRAP))
 289           {
 290             af.getCurrentView().setWrapAlignment(true);
 291           }
 292
 293           // colour aligment?
 294           if (avm.containsArg(Arg.COLOUR))
 295           {
 296             af.changeColour_actionPerformed(avm.getValue(Arg.COLOUR));
 297           }
 298
 299           // change alignment frame title
 300           if (avm.containsArg(Arg.TITLE))
 301             af.setTitle(avm.getValue(Arg.TITLE));
 302
 303           /* hacky approach to hiding the annotations */
 304           // show secondary structure annotations?
 305           if (avm.getBoolean(Arg.SSANNOTATION))
 306           {
 307             // do this better (annotation types?)
 308             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 309                     af.getCurrentView().getAlignment(),
 310                     Collections.singleton("Secondary Structure"), null,
 311                     false, false);
 312           }
 313
 314           // show temperature factor annotations?
 315           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 316           {
 317             // do this better (annotation types?)
 318             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 319             hideThese.add("Temperature Factor");
 320             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 321             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 322                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 323                     false, false);
 324           }
 325           else
 326           /* comment out hacky approach up to here and add this line:
 327            if (showTemperatureFactor)
 328              */
 329           {
 330             if (avm.containsArg(Arg.TEMPFAC_LABEL))
 331             {
 332               AlignmentAnnotation aa = AlignmentUtils
 333                       .getFirstSequenceAnnotationOfType(
 334                               af.getCurrentView().getAlignment(),
 335                               AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH);
 336               String label = avm.getValue(Arg.TEMPFAC_LABEL);
 337               if (aa != null)
 338               {
 339                 aa.label = label;
 340               }
 341               else
 342               {
 343                 Console.info(
 344                         "Could not find annotation to apply tempfac_label '"
 345                                 + label);
 346               }
 347             }
 348           }
 349
 350           // store the AlignFrame for this id
 351           afMap.put(id, af);
 352
 353           // is it its own structure file?
 354           if (format.isStructureFile())
 355           {
 356             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 357                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 358             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 359             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 360                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null);
 361           }
 362         }
 363         else
 364         {
 365           Console.debug(
 366                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 367           af.getCurrentView().addFile(new File(openFile), format, false);
 368         }
 369
 370         Console.debug("Command " + Arg.OPEN + " executed successfully!");
 371
 372       }
 373       if (first) // first=true means nothing opened
 374       {
 375         if (headless)
 376         {
 377           Console.error("Could not open any files in headless mode");
 378           System.exit(1);
 379         }
 380         else
 381         {
 382           Console.warn("No more files to open");
 383         }
 384       }
 385       if (progressBarSet && desktop != null)
 386         desktop.setProgressBar(null, progress);
 387
 388     }
 389
 390     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 391     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 392     {
 393       AlignFrame af = afMap.get(id);
 394       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 395       {
 396         commandArgsProvided = true;
 397         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 398         {
 399           String val = av.getValue();
 400           SubVals subId = new SubVals(val);
 401           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, subId);
 402           if (seq == null)
 403           {
 404             Console.warn("Could not find sequence for argument --"
 405                     + Arg.STRUCTURE + "=" + val);
 406             // you probably want to continue here, not break
 407             // break;
 408             continue;
 409           }
 410           File structureFile = null;
 411           if (subId.getContent() != null
 412                   && subId.getContent().length() != 0)
 413           {
 414             structureFile = new File(subId.getContent());
 415             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 416                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 417           }
 418
 419           // TRY THIS
 420           /*
 421            PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 422                   .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName,
 423                           DataSourceType.FILE, selectedSequence, true,
 424                           Desktop.instance);
 425
 426            sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry },
 427                   ap, new SequenceI[]
 428                   { selectedSequence });
 429
 430            */
 431
 432           /* THIS DOESN'T WORK */
 433           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 434                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 435           {
 436             structureFile = new File(
 437                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 438             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 439                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 440           }
 441
 442           if (structureFile == null)
 443           {
 444             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 445             continue;
 446           }
 447
 448           if (!structureFile.exists())
 449           {
 450             Console.warn("Structure file '"
 451                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 452             continue;
 453           }
 454
 455           Console.debug("Using structure file "
 456                   + structureFile.getAbsolutePath());
 457
 458           PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 459                   .associatePdbWithSeq(structureFile.getAbsolutePath(),
 460                           DataSourceType.FILE, seq, true, Desktop.instance);
 461
 462           // open structure view
 463           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 464           if (headless)
 465           {
 466             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 467                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 468           }
 469
 470           // get tft, paeFilename, label?
 471           /*
 472           ArgValue tftAv = avm.getArgValuesReferringTo("structid", structId,
 473                   Arg.TEMPFAC);
 474            */
 475           StructureChooser.openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq,
 476                   false, structureFile.getAbsolutePath(), null, null); // tft,
 477                                                                        // paeFilename);
 478         }
 479       }
 480     }
 481
 482     // load a pAE file if given
 483     if (avm.containsArg(Arg.PAEMATRIX))
 484     {
 485       AlignFrame af = afMap.get(id);
 486       if (af != null)
 487       {
 488         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.PAEMATRIX))
 489         {
 490           String val = av.getValue();
 491           SubVals subVals = ArgParser.getSubVals(val);
 492           File paeFile = new File(subVals.getContent());
 493           String paePath = null;
 494           try
 495           {
 496             paePath = paeFile.getCanonicalPath();
 497           } catch (IOException e)
 498           {
 499             paePath = paeFile.getAbsolutePath();
 500             Console.warn(
 501                     "Problem with the PAE file path: '" + paePath + "'");
 502           }
 503           String structId = subVals.get("structid");
 504           if (subVals.notSet())
 505           {
 506             // take structid from pdbfilename
 507           }
 508           if (subVals.has("structfile"))
 509           {
 510             Console.info("***** Attaching paeFile '" + paePath + "' to "
 511                     + "structfile=" + subVals.get("structfile"));
 512             EBIAlfaFold.addAlphaFoldPAE(af.getCurrentView().getAlignment(),
 513                     paeFile, subVals.getIndex(), subVals.get("structfile"),
 514                     true, false);
 515           }
 516           else if (subVals.has("structid"))
 517           {
 518             Console.info("***** Attaching paeFile '" + paePath + "' to "
 519                     + "structid=" + subVals.get("structid"));
 520             EBIAlfaFold.addAlphaFoldPAE(af.getCurrentView().getAlignment(),
 521                     paeFile, subVals.getIndex(), subVals.get("structid"),
 522                     true, true);
 523           }
 524           else
 525           {
 526             Console.debug("***** Attaching paeFile '" + paePath
 527                     + "' to sequence index " + subVals.getIndex());
 528             EBIAlfaFold.addAlphaFoldPAE(af.getCurrentView().getAlignment(),
 529                     paeFile, subVals.getIndex(), null, false, false);
 530             // required to readjust the height and position of the pAE
 531             // annotation
 532           }
 533           for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
 534           {
 535             ap.adjustAnnotationHeight();
 536           }
 537         }
 538       }
 539     }
 540
 541     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 542     if (doShading)
 543     {
 544       AlignFrame af = afMap.get(id);
 545       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 546               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 547       {
 548         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 549                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 550         acg.setSeqAssociated(true);
 551         af.changeColour(acg);
 552         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 553       }
 554     }
 555
 556     return theseArgsWereParsed;
 557   }
 558
 559   protected boolean processImages(String id)
 560   {
 561     ArgValuesMap avm = argParser.linkedArgs(id);
 562     AlignFrame af = afMap.get(id);
 563
 564     if (af == null)
 565     {
 566       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 567       return false;
 568     }
 569
 570     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 571     {
 572       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 573       {
 574         String val = av.getValue();
 575         SubVals subVal = new SubVals(val);
 576         String type = "png"; // default
 577         String fileName = subVal.getContent();
 578         File file = new File(fileName);
 579         if (subVal.has("type"))
 580         {
 581           type = subVal.get("type");
 582         }
 583         else if (fileName != null)
 584         {
 585           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html" })
 586           {
 587             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 588             {
 589               type = ext;
 590             }
 591           }
 592         }
 593         // for moment we disable JSON export
 594         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 595         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 596
 597         switch (type)
 598         {
 599         case "svg":
 600           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 601           af.createSVG(file);
 602           break;
 603         case "png":
 604           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 605           af.createPNG(file);
 606           break;
 607         case "html":
 608           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 609           HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 610           htmlSVG.exportHTML(fileName);
 611           break;
 612         default:
 613           Console.warn("--image type '" + type + "' not known. Ignoring");
 614           break;
 615         }
 616       }
 617     }
 618     return true;
 619   }
 620
 621   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, SubVals subId)
 622   {
 623     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 624     if (-1 < subId.getIndex()
 625             && subId.getIndex() < al.getSequences().size())
 626     {
 627       return al.getSequenceAt(subId.getIndex());
 628     }
 629     else if (subId.has("seqid"))
 630     {
 631       return al.findName(subId.get("seqid"));
 632     }
 633     return null;
 634   }
 635 }