src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileOutputStream;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.io.InputStreamReader;
  29 import java.io.OutputStream;
  30 import java.io.OutputStreamWriter;
  31 import java.io.PrintStream;
  32 import java.io.PrintWriter;
  33 import java.net.MalformedURLException;
  34 import java.net.URI;
  35 import java.net.URISyntaxException;
  36 import java.net.URL;
  37 import java.security.AllPermission;
  38 import java.security.CodeSource;
  39 import java.security.PermissionCollection;
  40 import java.security.Permissions;
  41 import java.security.Policy;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.HashMap;
  44 import java.util.List;
  45 import java.util.Locale;
  46 import java.util.Map;
  47 import java.util.Properties;
  48 import java.util.Vector;
  49 import java.util.logging.ConsoleHandler;
  50 import java.util.logging.Level;
  51 import java.util.logging.Logger;
  52 import java.util.stream.Collectors;
  53
  54 import javax.swing.JDialog;
  55 import javax.swing.JFrame;
  56 import javax.swing.JInternalFrame;
  57 import javax.swing.JOptionPane;
  58 import javax.swing.SwingUtilities;
  59 import javax.swing.UIManager;
  60 import javax.swing.UIManager.LookAndFeelInfo;
  61 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
  62
  63 import com.formdev.flatlaf.FlatLightLaf;
  64 import com.formdev.flatlaf.themes.FlatMacLightLaf;
  65 import com.formdev.flatlaf.util.SystemInfo;
  66 import com.threerings.getdown.util.LaunchUtil;
  67
  68 //import edu.stanford.ejalbert.launching.IBrowserLaunching;
  69 import groovy.lang.Binding;
  70 import groovy.util.GroovyScriptEngine;
  71 import jalview.bin.argparser.Arg;
  72 import jalview.bin.argparser.Arg.Opt;
  73 import jalview.bin.argparser.Arg.Type;
  74 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  75 import jalview.bin.argparser.BootstrapArgs;
  76 import jalview.ext.so.SequenceOntology;
  77 import jalview.gui.AlignFrame;
  78 import jalview.gui.Desktop;
  79 import jalview.gui.PromptUserConfig;
  80 import jalview.gui.QuitHandler;
  81 import jalview.gui.QuitHandler.QResponse;
  82 import jalview.gui.StructureViewerBase;
  83 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  84 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  85 import jalview.io.DataSourceType;
  86 import jalview.io.FileFormat;
  87 import jalview.io.FileFormatException;
  88 import jalview.io.FileFormatI;
  89 import jalview.io.FileFormats;
  90 import jalview.io.FileLoader;
  91 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  92 import jalview.io.IdentifyFile;
  93 import jalview.io.NewickFile;
  94 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  95 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  96 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  97 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  98 import jalview.util.ChannelProperties;
  99 import jalview.util.HttpUtils;
 100 import jalview.util.LaunchUtils;
 101 import jalview.util.MessageManager;
 102 import jalview.util.Platform;
 103 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
 104
 105 /**
 106  * Main class for Jalview Application <br>
 107  * <br>
 108  * start with: java -classpath "$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$" \
 109  * jalview.bin.Jalview
 110  *
 111  * or on Windows: java -classpath "$PATH_TO_LIB$/*;$PATH_TO_CLASSES$" \
 112  * jalview.bin.Jalview jalview.bin.Jalview
 113  *
 114  * (ensure -classpath arg is quoted to avoid shell expansion of '*' and do not
 115  * embellish '*' to e.g. '*.jar')
 116  *
 117  * @author $author$
 118  * @version $Revision$
 119  */
 120 public class Jalview
 121 {
 122   static
 123   {
 124     Platform.getURLCommandArguments();
 125     Platform.addJ2SDirectDatabaseCall("https://www.jalview.org");
 126     Platform.addJ2SDirectDatabaseCall("http://www.jalview.org");
 127     Platform.addJ2SDirectDatabaseCall("http://www.compbio.dundee.ac.uk");
 128     Platform.addJ2SDirectDatabaseCall("https://www.compbio.dundee.ac.uk");
 129   }
 130
 131   /*
 132    * singleton instance of this class
 133    */
 134   private static Jalview instance;
 135
 136   private Desktop desktop;
 137
 138   protected Commands cmds;
 139
 140   public static AlignFrame currentAlignFrame;
 141
 142   public ArgParser argparser = null;
 143
 144   public BootstrapArgs bootstrapArgs = null;
 145
 146   private boolean QUIET = false;
 147
 148   public static boolean quiet()
 149   {
 150     return Jalview.getInstance() != null && Jalview.getInstance().QUIET;
 151   }
 152
 153   static
 154   {
 155     if (!Platform.isJS())
 156     /**
 157      * Java only
 158      *
 159      * @j2sIgnore
 160      */
 161     {
 162       // grab all the rights we can for the JVM
 163       Policy.setPolicy(new Policy()
 164       {
 165         @Override
 166         public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
 167         {
 168           Permissions perms = new Permissions();
 169           perms.add(new AllPermission());
 170           return (perms);
 171         }
 172
 173         @Override
 174         public void refresh()
 175         {
 176         }
 177       });
 178     }
 179   }
 180
 181   /**
 182    * keep track of feature fetching tasks.
 183    *
 184    * @author JimP
 185    *
 186    */
 187   class FeatureFetcher
 188   {
 189     /*
 190      * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch processing
 191      * events.
 192      */
 193
 194     private int queued = 0;
 195
 196     private int running = 0;
 197
 198     public FeatureFetcher()
 199     {
 200
 201     }
 202
 203     public void addFetcher(final AlignFrame af,
 204             final Vector<String> dasSources)
 205     {
 206       final long id = System.currentTimeMillis();
 207       queued++;
 208       final FeatureFetcher us = this;
 209       new Thread(new Runnable()
 210       {
 211
 212         @Override
 213         public void run()
 214         {
 215           synchronized (us)
 216           {
 217             queued--;
 218             running++;
 219           }
 220
 221           af.setProgressBar(MessageManager
 222                   .getString("status.das_features_being_retrived"), id);
 223           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 224           af.setProgressBar(null, id);
 225           synchronized (us)
 226           {
 227             running--;
 228           }
 229         }
 230       }).start();
 231     }
 232
 233     public synchronized boolean allFinished()
 234     {
 235       return queued == 0 && running == 0;
 236     }
 237
 238   }
 239
 240   public static Jalview getInstance()
 241   {
 242     return instance;
 243   }
 244
 245   /**
 246    * main class for Jalview application
 247    *
 248    * @param args
 249    *          open <em>filename</em>
 250    */
 251   public static void main(String[] args)
 252   {
 253     // setLogging(); // BH - for event debugging in JavaScript
 254     instance = new Jalview();
 255     instance.doMain(args);
 256   }
 257
 258   private static void logClass(String name)
 259   {
 260     // BH - for event debugging in JavaScript
 261     ConsoleHandler consoleHandler = new ConsoleHandler();
 262     consoleHandler.setLevel(Level.ALL);
 263     Logger logger = Logger.getLogger(name);
 264     logger.setLevel(Level.ALL);
 265     logger.addHandler(consoleHandler);
 266   }
 267
 268   @SuppressWarnings("unused")
 269   private static void setLogging()
 270   {
 271
 272     /**
 273      * @j2sIgnore
 274      *
 275      */
 276     {
 277       System.out.println("not in js");
 278     }
 279
 280     // BH - for event debugging in JavaScript (Java mode only)
 281     if (!Platform.isJS())
 282     /**
 283      * Java only
 284      *
 285      * @j2sIgnore
 286      */
 287     {
 288       Logger.getLogger("").setLevel(Level.ALL);
 289       logClass("java.awt.EventDispatchThread");
 290       logClass("java.awt.EventQueue");
 291       logClass("java.awt.Component");
 292       logClass("java.awt.focus.Component");
 293       logClass("java.awt.focus.DefaultKeyboardFocusManager");
 294     }
 295
 296   }
 297
 298   /**
 299    * @param args
 300    */
 301   void doMain(String[] args)
 302   {
 303     if (!Platform.isJS())
 304     {
 305       System.setSecurityManager(null);
 306     }
 307
 308     if (args == null || args.length == 0 || (args.length == 1
 309             && (args[0] == null || args[0].length() == 0)))
 310     {
 311       args = new String[] {};
 312     }
 313
 314     // get args needed before proper ArgParser
 315     bootstrapArgs = BootstrapArgs.getBootstrapArgs(args);
 316
 317     if (!Platform.isJS())
 318     {
 319       // are we being --quiet ?
 320       if (bootstrapArgs.contains(Arg.QUIET))
 321       {
 322         QUIET = true;
 323         OutputStream devNull = new OutputStream()
 324         {
 325
 326           @Override
 327           public void write(int b)
 328           {
 329             // DO NOTHING
 330           }
 331         };
 332         System.setOut(new PrintStream(devNull));
 333         // redirecting stderr not working
 334         if (bootstrapArgs.getList(Arg.QUIET).size() > 1)
 335         {
 336           System.setErr(new PrintStream(devNull));
 337         }
 338       }
 339
 340       if (bootstrapArgs.contains(Arg.HELP)
 341               || bootstrapArgs.contains(Arg.VERSION))
 342       {
 343         QUIET = true;
 344       }
 345     }
 346
 347     // set individual session preferences
 348     if (bootstrapArgs.contains(Arg.P))
 349     {
 350       for (String kev : bootstrapArgs.getValueList(Arg.P))
 351       {
 352         if (kev == null)
 353         {
 354           continue;
 355         }
 356         int equalsIndex = kev.indexOf(ArgParser.EQUALS);
 357         if (equalsIndex > -1)
 358         {
 359           String key = kev.substring(0, equalsIndex);
 360           String val = kev.substring(equalsIndex + 1);
 361           Cache.setSessionProperty(key, val);
 362         }
 363       }
 364     }
 365
 366     // Move any new getdown-launcher-new.jar into place over old
 367     // getdown-launcher.jar
 368     String appdirString = System.getProperty("getdownappdir");
 369     if (appdirString != null && appdirString.length() > 0)
 370     {
 371       final File appdir = new File(appdirString);
 372       new Thread()
 373       {
 374
 375         @Override
 376         public void run()
 377         {
 378           LaunchUtil.upgradeGetdown(
 379                   new File(appdir, "getdown-launcher-old.jar"),
 380                   new File(appdir, "getdown-launcher.jar"),
 381                   new File(appdir, "getdown-launcher-new.jar"));
 382         }
 383       }.start();
 384     }
 385
 386     if (!quiet() || bootstrapArgs.contains(Arg.VERSION))
 387     {
 388       System.out.println(
 389               "Java version: " + System.getProperty("java.version"));
 390       System.out.println("Java home: " + System.getProperty("java.home"));
 391       System.out.println("Java arch: " + System.getProperty("os.arch") + " "
 392               + System.getProperty("os.name") + " "
 393               + System.getProperty("os.version"));
 394
 395       String val = System.getProperty("sys.install4jVersion");
 396       if (val != null)
 397       {
 398         System.out.println("Install4j version: " + val);
 399       }
 400       val = System.getProperty("installer_template_version");
 401       if (val != null)
 402       {
 403         System.out.println("Install4j template version: " + val);
 404       }
 405       val = System.getProperty("launcher_version");
 406       if (val != null)
 407       {
 408         System.out.println("Launcher version: " + val);
 409       }
 410     }
 411
 412     if (Platform.isLinux() && LaunchUtils.getJavaVersion() < 11)
 413     {
 414       System.setProperty("flatlaf.uiScale", "1");
 415     }
 416
 417     // get bootstrap properties (mainly for the logger level)
 418     Properties bootstrapProperties = Cache
 419             .bootstrapProperties(bootstrapArgs.getValue(Arg.PROPS));
 420
 421     // report Jalview version
 422     Cache.loadBuildProperties(
 423             !quiet() || bootstrapArgs.contains(Arg.VERSION));
 424
 425     // stop now if only after --version
 426     if (bootstrapArgs.contains(Arg.VERSION))
 427     {
 428       Jalview.exit(null, 0);
 429     }
 430
 431     // old ArgsParser
 432     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 433
 434     // old
 435     boolean headless = false;
 436     // new
 437     boolean headlessArg = false;
 438
 439     try
 440     {
 441       String logLevel = null;
 442       if (bootstrapArgs.contains(Arg.TRACE))
 443       {
 444         logLevel = "TRACE";
 445       }
 446       else if (bootstrapArgs.contains(Arg.DEBUG))
 447       {
 448         logLevel = "DEBUG";
 449       }
 450       if (logLevel == null && !(bootstrapProperties == null))
 451       {
 452         logLevel = bootstrapProperties.getProperty(Cache.JALVIEWLOGLEVEL);
 453       }
 454       Console.initLogger(logLevel);
 455     } catch (NoClassDefFoundError error)
 456     {
 457       error.printStackTrace();
 458       String message = "\nEssential logging libraries not found."
 459               + "\nUse: java -classpath \"$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$\" jalview.bin.Jalview";
 460       Jalview.exit(message, 0);
 461     }
 462
 463     // register SIGTERM listener
 464     Runtime.getRuntime().addShutdownHook(new Thread()
 465     {
 466       public void run()
 467       {
 468         Console.debug("Running shutdown hook");
 469         QuitHandler.startForceQuit();
 470         boolean closeExternal = Cache
 471                 .getDefault("DEFAULT_CLOSE_EXTERNAL_VIEWERS", false)
 472                 || Cache.getDefault("ALWAYS_CLOSE_EXTERNAL_VIEWERS", false);
 473         StructureViewerBase.setQuitClose(closeExternal);
 474         if (desktop != null)
 475         {
 476           for (JInternalFrame frame : Desktop.desktop.getAllFrames())
 477           {
 478             if (frame instanceof StructureViewerBase)
 479             {
 480               ((StructureViewerBase) frame).closeViewer(closeExternal);
 481             }
 482           }
 483         }
 484
 485         if (QuitHandler.gotQuitResponse() == QResponse.CANCEL_QUIT)
 486         {
 487           // Got to here by a SIGTERM signal.
 488           // Note we will not actually cancel the quit from here -- it's too
 489           // late -- but we can wait for saving files and close external viewers
 490           // if configured.
 491           // Close viewers/Leave viewers open
 492           Console.debug("Checking for saving files");
 493           QuitHandler.getQuitResponse(false);
 494         }
 495         else
 496         {
 497           Console.debug("Nothing more to do");
 498         }
 499         Console.debug("Exiting, bye!");
 500         // shutdownHook cannot be cancelled, JVM will now halt
 501       }
 502     });
 503
 504     String usrPropsFile = bootstrapArgs.contains(Arg.PROPS)
 505             ? bootstrapArgs.getValue(Arg.PROPS)
 506             : aparser.getValue("props");
 507     // if usrPropsFile == null, loadProperties will use the Channel
 508     // preferences.file
 509     Cache.loadProperties(usrPropsFile);
 510     if (usrPropsFile != null)
 511     {
 512       System.out.println(
 513               "CMD [-props " + usrPropsFile + "] executed successfully!");
 514       testoutput(bootstrapArgs, Arg.PROPS,
 515               "test/jalview/bin/testProps.jvprops", usrPropsFile);
 516     }
 517
 518     // --argfile=... -- OVERRIDES ALL NON-BOOTSTRAP ARGS
 519     if (bootstrapArgs.contains(Arg.ARGFILE))
 520     {
 521       argparser = ArgParser.parseArgFiles(
 522               bootstrapArgs.getValueList(Arg.ARGFILE),
 523               bootstrapArgs.getBoolean(Arg.INITSUBSTITUTIONS),
 524               bootstrapArgs);
 525     }
 526     else
 527     {
 528       argparser = new ArgParser(args,
 529               bootstrapArgs.getBoolean(Arg.INITSUBSTITUTIONS),
 530               bootstrapArgs);
 531     }
 532
 533     if (!Platform.isJS())
 534     /**
 535      * Java only
 536      *
 537      * @j2sIgnore
 538      */
 539     {
 540       if (bootstrapArgs.contains(Arg.HELP))
 541       {
 542         List<Map.Entry<Type, String>> helpArgs = bootstrapArgs
 543                 .getList(Arg.HELP);
 544         System.out.println(Arg.usage(helpArgs.stream().map(e -> e.getKey())
 545                 .collect(Collectors.toList())));
 546         Jalview.exit(null, 0);
 547       }
 548       if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 549       {
 550         /*
 551          * Now using new usage statement.
 552         showUsage();
 553         */
 554         System.out.println(Arg.usage());
 555         Jalview.exit(null, 0);
 556       }
 557
 558       // new CLI
 559       headlessArg = bootstrapArgs.isHeadless();
 560       if (headlessArg)
 561       {
 562         System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 563       }
 564       // old CLI
 565       if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 566               || aparser.contains("headless"))
 567       {
 568         System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 569         headless = true;
 570       }
 571       // anything else!
 572
 573       // allow https handshakes to download intermediate certs if necessary
 574       System.setProperty("com.sun.security.enableAIAcaIssuers", "true");
 575
 576       String jabawsUrl = bootstrapArgs.getValue(Arg.JABAWS);
 577       if (jabawsUrl == null)
 578         jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 579       if (jabawsUrl != null)
 580       {
 581         try
 582         {
 583           Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 584           System.out.println(
 585                   "CMD [-jabaws " + jabawsUrl + "] executed successfully!");
 586           testoutput(bootstrapArgs, Arg.JABAWS,
 587                   "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws", jabawsUrl);
 588         } catch (MalformedURLException e)
 589         {
 590           System.err.println(
 591                   "Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl + " ignored");
 592         }
 593       }
 594     }
 595
 596     List<String> setprops = new ArrayList<>();
 597     if (bootstrapArgs.contains(Arg.SETPROP))
 598     {
 599       setprops = bootstrapArgs.getValueList(Arg.SETPROP);
 600     }
 601     else
 602     {
 603       String sp = aparser.getValue("setprop");
 604       while (sp != null)
 605       {
 606         setprops.add(sp);
 607         sp = aparser.getValue("setprop");
 608       }
 609     }
 610     for (String setprop : setprops)
 611     {
 612       int p = setprop.indexOf('=');
 613       if (p == -1)
 614       {
 615         System.err
 616                 .println("Ignoring invalid setprop argument : " + setprop);
 617       }
 618       else
 619       {
 620         System.out.println("Executing setprop argument: " + setprop);
 621         if (Platform.isJS())
 622         {
 623           Cache.setProperty(setprop.substring(0, p),
 624                   setprop.substring(p + 1));
 625         }
 626         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 627         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 628         // Cache.setProperty(setprop.substring(0,p), setprop.substring(p+1));
 629       }
 630     }
 631     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 632             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 633     {
 634       headless = true;
 635     }
 636     System.setProperty("http.agent",
 637             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 638
 639     try
 640     {
 641       Console.initLogger();
 642     } catch (
 643
 644     NoClassDefFoundError error)
 645     {
 646       error.printStackTrace();
 647       String message = "\nEssential logging libraries not found."
 648               + "\nUse: java -classpath \"$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$\" jalview.bin.Jalview";
 649       Jalview.exit(message, 0);
 650     }
 651     desktop = null;
 652
 653     if (!(headless || headlessArg))
 654       setLookAndFeel();
 655
 656     /*
 657      * configure 'full' SO model if preferences say to, else use the default (full SO)
 658      * - as JS currently doesn't have OBO parsing, it must use 'Lite' version
 659      */
 660     boolean soDefault = !Platform.isJS();
 661     if (Cache.getDefault("USE_FULL_SO", soDefault))
 662     {
 663       SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntology());
 664     }
 665
 666     if (!(headless || headlessArg))
 667     {
 668       Desktop.nosplash = "false".equals(bootstrapArgs.getValue(Arg.SPLASH))
 669               || aparser.contains("nosplash")
 670               || Cache.getDefault("SPLASH", "true").equals("false");
 671       desktop = new Desktop();
 672       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 673
 674       try
 675       {
 676         JalviewTaskbar.setTaskbar(this);
 677       } catch (Exception e)
 678       {
 679         Console.info("Cannot set Taskbar");
 680         Console.error(e.getMessage());
 681         // e.printStackTrace();
 682       } catch (Throwable t)
 683       {
 684         Console.info("Cannot set Taskbar");
 685         Console.error(t.getMessage());
 686         // t.printStackTrace();
 687       }
 688
 689       // set Proxy settings before all the internet calls
 690       Cache.setProxyPropertiesFromPreferences();
 691
 692       desktop.setVisible(true);
 693
 694       if (!Platform.isJS())
 695       /**
 696        * Java only
 697        *
 698        * @j2sIgnore
 699        */
 700       {
 701
 702         /**
 703          * Check to see that the JVM version being run is suitable for the Java
 704          * version this Jalview was compiled for. Popup a warning if not.
 705          */
 706         if (!LaunchUtils.checkJavaVersion())
 707         {
 708           Console.warn("The Java version being used (Java "
 709                   + LaunchUtils.getJavaVersion()
 710                   + ") may lead to problems. This installation of Jalview should be used with Java "
 711                   + LaunchUtils.getJavaCompileVersion() + ".");
 712
 713           if (!LaunchUtils
 714                   .getBooleanUserPreference("IGNORE_JVM_WARNING_POPUP"))
 715           {
 716             Object[] options = {
 717                 MessageManager.getString("label.continue") };
 718             JOptionPane.showOptionDialog(null,
 719                     MessageManager.formatMessage(
 720                             "warning.wrong_jvm_version_message",
 721                             LaunchUtils.getJavaVersion(),
 722                             LaunchUtils.getJavaCompileVersion()),
 723                     MessageManager
 724                             .getString("warning.wrong_jvm_version_title"),
 725                     JOptionPane.DEFAULT_OPTION, JOptionPane.WARNING_MESSAGE,
 726                     null, options, options[0]);
 727           }
 728         }
 729
 730         boolean webservicediscovery = bootstrapArgs
 731                 .getBoolean(Arg.WEBSERVICEDISCOVERY);
 732         if (aparser.contains("nowebservicediscovery"))
 733           webservicediscovery = false;
 734         if (webservicediscovery)
 735         {
 736           desktop.startServiceDiscovery();
 737         }
 738         else
 739         {
 740           testoutput(argparser, Arg.WEBSERVICEDISCOVERY);
 741         }
 742
 743         boolean usagestats = !bootstrapArgs.getBoolean(Arg.NOUSAGESTATS);
 744         if (aparser.contains("nousagestats"))
 745           usagestats = false;
 746         if (usagestats)
 747         {
 748           startUsageStats(desktop);
 749           testoutput(argparser, Arg.NOUSAGESTATS);
 750         }
 751         else
 752         {
 753           System.out.println("CMD [-nousagestats] executed successfully!");
 754           testoutput(argparser, Arg.NOUSAGESTATS);
 755         }
 756
 757         boolean questionnaire = bootstrapArgs.getBoolean(Arg.QUESTIONNAIRE);
 758         if (aparser.contains("noquestionnaire"))
 759           questionnaire = false;
 760         if (questionnaire)
 761         {
 762           String url = aparser.getValue("questionnaire");
 763           if (url != null)
 764           {
 765             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 766             // questionnaire
 767             Console.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 768             desktop.checkForQuestionnaire(url);
 769             System.out.println("CMD questionnaire[-" + url
 770                     + "] executed successfully!");
 771           }
 772           else
 773           {
 774             if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 775             {
 776               // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 777               // questionnaire
 778               // String defurl =
 779               // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 780               // //
 781               String defurl = "https://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 782               Console.debug(
 783                       "Starting questionnaire with default url: " + defurl);
 784               desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 785             }
 786           }
 787         }
 788         else
 789         {
 790           System.out
 791                   .println("CMD [-noquestionnaire] executed successfully!");
 792           testoutput(argparser, Arg.QUESTIONNAIRE);
 793         }
 794
 795         if ((!aparser.contains("nonews")
 796                 && Cache.getProperty("NONEWS") == null
 797                 && !"false".equals(bootstrapArgs.getValue(Arg.NEWS)))
 798                 || "true".equals(bootstrapArgs.getValue(Arg.NEWS)))
 799         {
 800           desktop.checkForNews();
 801         }
 802
 803         if (!aparser.contains("nohtmltemplates")
 804                 && Cache.getProperty("NOHTMLTEMPLATES") == null)
 805         {
 806           BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
 807         }
 808       }
 809     }
 810     // Run Commands from cli
 811     cmds = new Commands(argparser, headlessArg);
 812     boolean commandsSuccess = cmds.argsWereParsed();
 813
 814     if (commandsSuccess)
 815     {
 816       if (headlessArg)
 817       {
 818         if (argparser.getBoolean(Arg.NOQUIT))
 819         {
 820           Console.warn(
 821                   "Completed " + Arg.HEADLESS.getName() + " commands, but "
 822                           + Arg.NOQUIT + " is set so not quitting!");
 823         }
 824         else
 825         {
 826           // record usage stats if in headless mode
 827           if (Cache.getDefault("USAGESTATS", false))
 828           {
 829             Cache.initGoogleTracker(headlessArg);
 830           }
 831           Jalview.exit("Successfully completed commands in headless mode",
 832                   0);
 833         }
 834       }
 835       Console.info("Successfully completed commands");
 836     }
 837     else
 838     {
 839       if (headlessArg)
 840       {
 841         Jalview.exit("Error when running Commands in headless mode", 1);
 842       }
 843       Console.warn("Error when running commands");
 844     }
 845
 846     // Check if JVM and compile version might cause problems and log if it
 847     // might.
 848     if (headless && !Platform.isJS() && !LaunchUtils.checkJavaVersion())
 849     {
 850       Console.warn("The Java version being used (Java "
 851               + LaunchUtils.getJavaVersion()
 852               + ") may lead to problems. This installation of Jalview should be used with Java "
 853               + LaunchUtils.getJavaCompileVersion() + ".");
 854     }
 855
 856     String file = null, data = null;
 857
 858     FileFormatI format = null;
 859
 860     DataSourceType protocol = null;
 861
 862     FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 863
 864     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 865     // completed one way or another
 866     // extract groovy argument and execute if necessary
 867     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 868     file = aparser.getValue("open", true);
 869
 870     if (file == null && desktop == null && !commandsSuccess)
 871     {
 872       Jalview.exit("No files to open!", 1);
 873     }
 874
 875     long progress = -1;
 876     // Finally, deal with the remaining input data.
 877     if (file != null)
 878     {
 879       if (!headless)
 880       {
 881         desktop.setProgressBar(
 882                 MessageManager
 883                         .getString("status.processing_commandline_args"),
 884                 progress = System.currentTimeMillis());
 885       }
 886       System.out.println("CMD [-open " + file + "] executed successfully!");
 887
 888       if (!Platform.isJS())
 889       /**
 890        * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 891        *
 892        * @j2sIgnore
 893        */
 894       {
 895         if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(file))
 896         {
 897           if (!(new File(file)).exists())
 898           {
 899             if (headless)
 900             {
 901               Jalview.exit(
 902                       "Can't find file '" + file + "' in headless mode", 1);
 903             }
 904             Console.warn("Can't find file'" + file + "'");
 905           }
 906         }
 907       }
 908
 909       protocol = AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 910
 911       try
 912       {
 913         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 914       } catch (FileFormatException e1)
 915       {
 916         // TODO ?
 917       }
 918
 919       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 920               format);
 921       if (af == null)
 922       {
 923         System.out.println("error");
 924       }
 925       else
 926       {
 927         setCurrentAlignFrame(af);
 928         data = aparser.getValue("colour", true);
 929         if (data != null)
 930         {
 931           data.replaceAll("%20", " ");
 932
 933           ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 934                   af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), data);
 935
 936           if (cs != null)
 937           {
 938             System.out.println(
 939                     "CMD [-colour " + data + "] executed successfully!");
 940           }
 941           af.changeColour(cs);
 942         }
 943
 944         // Must maintain ability to use the groups flag
 945         data = aparser.getValue("groups", true);
 946         if (data != null)
 947         {
 948           af.parseFeaturesFile(data,
 949                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 950           // System.out.println("Added " + data);
 951           System.out.println(
 952                   "CMD groups[-" + data + "]  executed successfully!");
 953         }
 954         data = aparser.getValue("features", true);
 955         if (data != null)
 956         {
 957           af.parseFeaturesFile(data,
 958                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 959           // System.out.println("Added " + data);
 960           System.out.println(
 961                   "CMD [-features " + data + "]  executed successfully!");
 962         }
 963
 964         data = aparser.getValue("annotations", true);
 965         if (data != null)
 966         {
 967           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 968           // System.out.println("Added " + data);
 969           System.out.println(
 970                   "CMD [-annotations " + data + "] executed successfully!");
 971         }
 972         // set or clear the sortbytree flag.
 973         if (aparser.contains("sortbytree"))
 974         {
 975           af.getViewport().setSortByTree(true);
 976           if (af.getViewport().getSortByTree())
 977           {
 978             System.out.println("CMD [-sortbytree] executed successfully!");
 979           }
 980         }
 981         if (aparser.contains("no-annotation"))
 982         {
 983           af.getViewport().setShowAnnotation(false);
 984           if (!af.getViewport().isShowAnnotation())
 985           {
 986             System.out.println("CMD no-annotation executed successfully!");
 987           }
 988         }
 989         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 990         {
 991           af.getViewport().setSortByTree(false);
 992           if (!af.getViewport().getSortByTree())
 993           {
 994             System.out
 995                     .println("CMD [-nosortbytree] executed successfully!");
 996           }
 997         }
 998         data = aparser.getValue("tree", true);
 999         if (data != null)
1000         {
1001           try
1002           {
1003             System.out.println(
1004                     "CMD [-tree " + data + "] executed successfully!");
1005             NewickFile nf = new NewickFile(data,
1006                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
1007             af.getViewport()
1008                     .setCurrentTree(af.showNewickTree(nf, data).getTree());
1009           } catch (IOException ex)
1010           {
1011             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
1012             ex.printStackTrace(System.err);
1013           }
1014         }
1015
1016         if (groovyscript != null)
1017         {
1018           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
1019           // and before any images or figures are generated.
1020           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
1021           executeGroovyScript(groovyscript, af);
1022           System.out.println("CMD groovy[" + groovyscript
1023                   + "] executed successfully!");
1024           groovyscript = null;
1025         }
1026         String imageName = "unnamed.png";
1027         while (aparser.getSize() > 1)
1028         {
1029           try
1030           {
1031             String outputFormat = aparser.nextValue();
1032             file = aparser.nextValue();
1033
1034             if (outputFormat.equalsIgnoreCase("png"))
1035             {
1036               System.out.println("Creating PNG image: " + file);
1037               af.createPNG(new File(file));
1038               imageName = (new File(file)).getName();
1039               continue;
1040             }
1041             else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("svg"))
1042             {
1043               System.out.println("Creating SVG image: " + file);
1044               File imageFile = new File(file);
1045               imageName = imageFile.getName();
1046               af.createSVG(imageFile);
1047               continue;
1048             }
1049             else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("html"))
1050             {
1051               File imageFile = new File(file);
1052               imageName = imageFile.getName();
1053               HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
1054
1055               System.out.println("Creating HTML image: " + file);
1056               htmlSVG.exportHTML(file);
1057               continue;
1058             }
1059             else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("biojsmsa"))
1060             {
1061               if (file == null)
1062               {
1063                 System.err.println("The output html file must not be null");
1064                 return;
1065               }
1066               try
1067               {
1068                 BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
1069                         BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
1070               } catch (URISyntaxException e)
1071               {
1072                 e.printStackTrace();
1073               }
1074               BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
1075               System.out.println(
1076                       "Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + file);
1077               bjs.exportHTML(file);
1078               continue;
1079             }
1080             else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("imgMap"))
1081             {
1082               System.out.println("Creating image map: " + file);
1083               af.createImageMap(new File(file), imageName);
1084               continue;
1085             }
1086             else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("eps"))
1087             {
1088               File outputFile = new File(file);
1089               System.out.println(
1090                       "Creating EPS file: " + outputFile.getAbsolutePath());
1091               af.createEPS(outputFile);
1092               continue;
1093             }
1094
1095             FileFormatI outFormat = null;
1096             try
1097             {
1098               outFormat = FileFormats.getInstance().forName(outputFormat);
1099             } catch (Exception formatP)
1100             {
1101               System.out.println("Couldn't parse " + outFormat
1102                       + " as a valid Jalview format string.");
1103             }
1104             if (outFormat != null)
1105             {
1106               if (!outFormat.isWritable())
1107               {
1108                 System.out.println(
1109                         "This version of Jalview does not support alignment export as "
1110                                 + outputFormat);
1111               }
1112               else
1113               {
1114                 af.saveAlignment(file, outFormat);
1115                 if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
1116                 {
1117                   System.out.println("Written alignment in "
1118                           + outFormat.getName() + " format to " + file);
1119                 }
1120                 else
1121                 {
1122                   System.out.println("Error writing file " + file + " in "
1123                           + outFormat.getName() + " format!!");
1124                 }
1125               }
1126             }
1127           } catch (ImageOutputException ioexc)
1128           {
1129             System.out.println(
1130                     "Unexpected error whilst exporting image to " + file);
1131             ioexc.printStackTrace();
1132           }
1133
1134         }
1135
1136         while (aparser.getSize() > 0)
1137         {
1138           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
1139         }
1140       }
1141     }
1142
1143     AlignFrame startUpAlframe = null;
1144     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
1145     // And the user
1146     // ////////////////////
1147
1148     if (!Platform.isJS() && !headless && file == null
1149             && Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)
1150             && !cmds.commandArgsProvided()
1151             && !bootstrapArgs.getBoolean(Arg.NOSTARTUPFILE))
1152     // don't open the startup file if command line args have been processed
1153     // (&& !Commands.commandArgsProvided())
1154     /**
1155      * Java only
1156      *
1157      * @j2sIgnore
1158      */
1159     {
1160       file = Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
1161               Cache.getDefault("www.jalview.org", "https://www.jalview.org")
1162                       + "/examples/exampleFile_2_7.jvp");
1163       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar")
1164               || file.equals(
1165                       "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jar"))
1166       {
1167         file.replace("http:", "https:");
1168         // hardwire upgrade of the startup file
1169         file.replace("_2_3", "_2_7");
1170         file.replace("2_7.jar", "2_7.jvp");
1171         // and remove the stale setting
1172         Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
1173       }
1174
1175       protocol = AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
1176
1177       if (file.endsWith(".jar"))
1178       {
1179         format = FileFormat.Jalview;
1180       }
1181       else
1182       {
1183         try
1184         {
1185           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1186         } catch (FileFormatException e)
1187         {
1188           // TODO what?
1189         }
1190       }
1191
1192       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
1193               format);
1194       // don't ask to save when quitting if only the startup file has been
1195       // opened
1196       Console.debug("Resetting up-to-date flag for startup file");
1197       startUpAlframe.getViewport().setSavedUpToDate(true);
1198       // extract groovy arguments before anything else.
1199     }
1200
1201     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
1202     if (groovyscript != null)
1203     {
1204       if (Cache.groovyJarsPresent())
1205       {
1206         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
1207         executeGroovyScript(groovyscript, startUpAlframe);
1208       }
1209       else
1210       {
1211         System.err.println(
1212                 "Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
1213                         + groovyscript);
1214       }
1215     }
1216     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
1217     if (desktop != null)
1218     {
1219       if (progress != -1)
1220       {
1221         desktop.setProgressBar(null, progress);
1222       }
1223       desktop.setInBatchMode(false);
1224     }
1225   }
1226
1227   private static void setLookAndFeel()
1228   {
1229     if (!Platform.isJS())
1230     /**
1231      * Java only
1232      *
1233      * @j2sIgnore
1234      */
1235     {
1236       // property laf = "crossplatform", "system", "gtk", "metal", "nimbus",
1237       // "mac" or "flat"
1238       // If not set (or chosen laf fails), use the normal SystemLaF and if on
1239       // Mac,
1240       // try Quaqua/Vaqua.
1241       String lafProp = System.getProperty("laf");
1242       String lafSetting = Cache.getDefault("PREFERRED_LAF", null);
1243       String laf = "none";
1244       if (lafProp != null)
1245       {
1246         laf = lafProp;
1247       }
1248       else if (lafSetting != null)
1249       {
1250         laf = lafSetting;
1251       }
1252       boolean lafSet = false;
1253       switch (laf)
1254       {
1255       case "crossplatform":
1256         lafSet = setCrossPlatformLookAndFeel();
1257         if (!lafSet)
1258         {
1259           Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
1260         }
1261         break;
1262       case "system":
1263         lafSet = setSystemLookAndFeel();
1264         if (!lafSet)
1265         {
1266           Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
1267         }
1268         break;
1269       case "gtk":
1270         lafSet = setGtkLookAndFeel();
1271         if (!lafSet)
1272         {
1273           Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
1274         }
1275         break;
1276       case "metal":
1277         lafSet = setMetalLookAndFeel();
1278         if (!lafSet)
1279         {
1280           Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
1281         }
1282         break;
1283       case "nimbus":
1284         lafSet = setNimbusLookAndFeel();
1285         if (!lafSet)
1286         {
1287           Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
1288         }
1289         break;
1290       case "flat":
1291         lafSet = setFlatLookAndFeel();
1292         if (!lafSet)
1293         {
1294           Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
1295         }
1296         break;
1297       case "mac":
1298         lafSet = setMacLookAndFeel();
1299         if (!lafSet)
1300         {
1301           Console.error("Could not set requested laf=" + laf);
1302         }
1303         break;
1304       case "none":
1305         break;
1306       default:
1307         Console.error("Requested laf=" + laf + " not implemented");
1308       }
1309       if (!lafSet)
1310       {
1311         // Flatlaf default for everyone!
1312         lafSet = setFlatLookAndFeel();
1313         if (!lafSet)
1314         {
1315           setSystemLookAndFeel();
1316         }
1317         if (Platform.isLinux())
1318         {
1319           setLinuxLookAndFeel();
1320         }
1321         if (Platform.isMac())
1322         {
1323           setMacLookAndFeel();
1324         }
1325       }
1326     }
1327   }
1328
1329   private static boolean setCrossPlatformLookAndFeel()
1330   {
1331     boolean set = false;
1332     try
1333     {
1334       UIManager.setLookAndFeel(
1335               UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName());
1336       set = true;
1337     } catch (Exception ex)
1338     {
1339       Console.error("Unexpected Look and Feel Exception");
1340       Console.error(ex.getMessage());
1341       Console.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
1342     }
1343     return set;
1344   }
1345
1346   private static boolean setSystemLookAndFeel()
1347   {
1348     boolean set = false;
1349     try
1350     {
1351       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
1352       set = true;
1353     } catch (Exception ex)
1354     {
1355       Console.error("Unexpected Look and Feel Exception");
1356       Console.error(ex.getMessage());
1357       Console.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
1358     }
1359     return set;
1360   }
1361
1362   private static boolean setSpecificLookAndFeel(String name,
1363           String className, boolean nameStartsWith)
1364   {
1365     boolean set = false;
1366     try
1367     {
1368       for (LookAndFeelInfo info : UIManager.getInstalledLookAndFeels())
1369       {
1370         if (info.getName() != null && nameStartsWith
1371                 ? info.getName().toLowerCase(Locale.ROOT)
1372                         .startsWith(name.toLowerCase(Locale.ROOT))
1373                 : info.getName().toLowerCase(Locale.ROOT)
1374                         .equals(name.toLowerCase(Locale.ROOT)))
1375         {
1376           className = info.getClassName();
1377           break;
1378         }
1379       }
1380       UIManager.setLookAndFeel(className);
1381       set = true;
1382     } catch (Exception ex)
1383     {
1384       Console.error("Unexpected Look and Feel Exception");
1385       Console.error(ex.getMessage());
1386       Console.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
1387     }
1388     return set;
1389   }
1390
1391   private static boolean setGtkLookAndFeel()
1392   {
1393     return setSpecificLookAndFeel("gtk",
1394             "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel", true);
1395   }
1396
1397   private static boolean setMetalLookAndFeel()
1398   {
1399     return setSpecificLookAndFeel("metal",
1400             "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel", false);
1401   }
1402
1403   private static boolean setNimbusLookAndFeel()
1404   {
1405     return setSpecificLookAndFeel("nimbus",
1406             "javax.swing.plaf.nimbus.NimbusLookAndFeel", false);
1407   }
1408
1409   private static boolean setFlatLookAndFeel()
1410   {
1411     boolean set = false;
1412     if (SystemInfo.isMacOS)
1413     {
1414       try
1415       {
1416         UIManager.setLookAndFeel(
1417                 "com.formdev.flatlaf.themes.FlatMacLightLaf");
1418         set = true;
1419         Console.debug("Using FlatMacLightLaf");
1420       } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException
1421               | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException e)
1422       {
1423         Console.debug("Exception loading FlatLightLaf", e);
1424       }
1425       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
1426       System.setProperty("apple.awt.application.name",
1427               ChannelProperties.getProperty("app_name"));
1428       System.setProperty("apple.awt.application.appearance", "system");
1429       if (SystemInfo.isMacFullWindowContentSupported
1430               && Desktop.desktop != null)
1431       {
1432         Console.debug("Setting transparent title bar");
1433         Desktop.desktop.getRootPane()
1434                 .putClientProperty("apple.awt.fullWindowContent", true);
1435         Desktop.desktop.getRootPane()
1436                 .putClientProperty("apple.awt.transparentTitleBar", true);
1437         Desktop.desktop.getRootPane()
1438                 .putClientProperty("apple.awt.fullscreenable", true);
1439       }
1440       SwingUtilities.invokeLater(() -> {
1441         FlatMacLightLaf.setup();
1442       });
1443       Console.debug("Using FlatMacLightLaf");
1444       set = true;
1445     }
1446     if (!set)
1447     {
1448       try
1449       {
1450         UIManager.setLookAndFeel("com.formdev.flatlaf.FlatLightLaf");
1451         set = true;
1452         Console.debug("Using FlatLightLaf");
1453       } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException
1454               | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException e)
1455       {
1456         Console.debug("Exception loading FlatLightLaf", e);
1457       }
1458       // Windows specific properties here
1459       SwingUtilities.invokeLater(() -> {
1460         FlatLightLaf.setup();
1461       });
1462       Console.debug("Using FlatLightLaf");
1463       set = true;
1464     }
1465     else if (SystemInfo.isLinux)
1466     {
1467       try
1468       {
1469         UIManager.setLookAndFeel("com.formdev.flatlaf.FlatLightLaf");
1470         set = true;
1471         Console.debug("Using FlatLightLaf");
1472       } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException
1473               | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException e)
1474       {
1475         Console.debug("Exception loading FlatLightLaf", e);
1476       }
1477       // enable custom window decorations
1478       JFrame.setDefaultLookAndFeelDecorated(true);
1479       JDialog.setDefaultLookAndFeelDecorated(true);
1480       SwingUtilities.invokeLater(() -> {
1481         FlatLightLaf.setup();
1482       });
1483       Console.debug("Using FlatLightLaf");
1484       set = true;
1485     }
1486
1487     if (!set)
1488     {
1489       try
1490       {
1491         UIManager.setLookAndFeel("com.formdev.flatlaf.FlatLightLaf");
1492         set = true;
1493         Console.debug("Using FlatLightLaf");
1494       } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException
1495               | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException e)
1496       {
1497         Console.debug("Exception loading FlatLightLaf", e);
1498       }
1499     }
1500
1501     if (set)
1502     {
1503       UIManager.put("TabbedPane.tabType", "card");
1504       UIManager.put("TabbedPane.showTabSeparators", true);
1505       UIManager.put("TabbedPane.showContentSeparator", true);
1506       UIManager.put("TabbedPane.tabSeparatorsFullHeight", true);
1507       UIManager.put("TabbedPane.tabsOverlapBorder", true);
1508       UIManager.put("TabbedPane.hasFullBorder", true);
1509       UIManager.put("TabbedPane.tabLayoutPolicy", "scroll");
1510       UIManager.put("TabbedPane.scrollButtonsPolicy", "asNeeded");
1511       UIManager.put("TabbedPane.smoothScrolling", true);
1512       UIManager.put("TabbedPane.tabWidthMode", "compact");
1513       UIManager.put("TabbedPane.selectedBackground", Color.white);
1514       UIManager.put("TabbedPane.background", new Color(236, 236, 236));
1515       UIManager.put("TabbedPane.hoverColor", Color.lightGray);
1516     }
1517
1518     Desktop.setLiveDragMode(Cache.getDefault("FLAT_LIVE_DRAG_MODE", true));
1519     return set;
1520   }
1521
1522   private static boolean setMacLookAndFeel()
1523   {
1524     boolean set = false;
1525     System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
1526             ChannelProperties.getProperty("app_name"));
1527     System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
1528     /*
1529      * broken native LAFs on (ARM?) macbooks
1530     set = setQuaquaLookAndFeel();
1531     if ((!set) || !UIManager.getLookAndFeel().getClass().toString()
1532             .toLowerCase(Locale.ROOT).contains("quaqua"))
1533     {
1534       set = setVaquaLookAndFeel();
1535     }
1536      */
1537     set = setFlatLookAndFeel();
1538     return set;
1539   }
1540
1541   private static boolean setLinuxLookAndFeel()
1542   {
1543     boolean set = false;
1544     set = setFlatLookAndFeel();
1545     if (!set)
1546       set = setMetalLookAndFeel();
1547     // avoid GtkLookAndFeel -- not good results especially on HiDPI
1548     if (!set)
1549       set = setNimbusLookAndFeel();
1550     return set;
1551   }
1552
1553   /*
1554   private static void showUsage()
1555   {
1556     System.out.println(
1557             "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
1558                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
1559                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
1560                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
1561                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
1562                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
1563                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
1564                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
1565                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
1566                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
1567                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
1568                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
1569                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
1570                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
1571                     + "-json FILE\tCreate alignment file FILE in JSON format.\n"
1572                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
1573                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
1574                     + "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n"
1575                     + "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n"
1576                     + "-biojsMSA FILE\tCreate BioJS MSA Viewer HTML file from alignment.\n"
1577                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
1578                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
1579                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
1580                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
1581                     + "-nonews\tTurn off check for Jalview news.\n"
1582                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
1583                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
1584                     // +
1585                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property,
1586                     // after all other properties files have been read\n\t
1587                     // (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are
1588                     // passed in correctly)"
1589                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
1590                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
1591                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
1592                     + "-jvmmempc=PERCENT\tOnly available with standalone executable jar or jalview.bin.Launcher. Limit maximum heap size (memory) to PERCENT% of total physical memory detected. This defaults to 90 if total physical memory can be detected. See https://www.jalview.org/help/html/memory.html for more details.\n"
1593                     + "-jvmmemmax=MAXMEMORY\tOnly available with standalone executable jar or jalview.bin.Launcher. Limit maximum heap size (memory) to MAXMEMORY. MAXMEMORY can be specified in bytes, kilobytes(k), megabytes(m), gigabytes(g) or if you're lucky enough, terabytes(t). This defaults to 32g if total physical memory can be detected, or to 8g if total physical memory cannot be detected. See https://www.jalview.org/help/html/memory.html for more details.\n"
1594                     + "\n~Read documentation in Application or visit https://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
1595   }
1596   */
1597
1598   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
1599   {
1600     /**
1601      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
1602      */
1603     PromptUserConfig prompter = new PromptUserConfig(Desktop.desktop,
1604             "USAGESTATS",
1605             MessageManager.getString("prompt.google_analytics_title"),
1606             MessageManager.getString("prompt.google_analytics"),
1607             new Runnable()
1608             {
1609               @Override
1610               public void run()
1611               {
1612                 Console.debug(
1613                         "Initialising googletracker for usage stats.");
1614                 Cache.initGoogleTracker();
1615                 Console.debug("Tracking enabled.");
1616               }
1617             }, new Runnable()
1618             {
1619               @Override
1620               public void run()
1621               {
1622                 Console.debug("Not enabling Google Tracking.");
1623               }
1624             }, null, true);
1625     desktop.addDialogThread(prompter);
1626   }
1627
1628   /**
1629    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
1630    *
1631    * @param groovyscript
1632    *          the script to execute
1633    * @param jalviewContext
1634    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
1635    *          'Jalview' object.
1636    */
1637   protected void executeGroovyScript(String groovyscript, AlignFrame af)
1638   {
1639     /**
1640      * for scripts contained in files
1641      */
1642     File tfile = null;
1643     /**
1644      * script's URI
1645      */
1646     URL sfile = null;
1647     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
1648     {
1649       // read from stdin into a tempfile and execute it
1650       try
1651       {
1652         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
1653         PrintWriter outfile = new PrintWriter(
1654                 new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(tfile)));
1655         BufferedReader br = new BufferedReader(
1656                 new InputStreamReader(System.in));
1657         String line = null;
1658         while ((line = br.readLine()) != null)
1659         {
1660           outfile.write(line + "\n");
1661         }
1662         br.close();
1663         outfile.flush();
1664         outfile.close();
1665
1666       } catch (Exception ex)
1667       {
1668         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
1669                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)"
1670                         : tfile.toString()));
1671         ex.printStackTrace();
1672         return;
1673       }
1674       try
1675       {
1676         sfile = tfile.toURI().toURL();
1677       } catch (Exception x)
1678       {
1679         System.err.println(
1680                 "Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
1681                         + tfile.toURI());
1682         x.printStackTrace();
1683         return;
1684       }
1685     }
1686     else
1687     {
1688       try
1689       {
1690         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
1691       } catch (Exception x)
1692       {
1693         tfile = new File(groovyscript);
1694         if (!tfile.exists())
1695         {
1696           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
1697           return;
1698         }
1699         if (!tfile.canRead())
1700         {
1701           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
1702           return;
1703         }
1704         if (tfile.length() < 1)
1705         {
1706           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
1707           return;
1708         }
1709         try
1710         {
1711           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
1712         } catch (Exception ex)
1713         {
1714           System.err.println("Failed to create a file URL for "
1715                   + tfile.getAbsoluteFile());
1716           return;
1717         }
1718       }
1719     }
1720     try
1721     {
1722       Map<String, java.lang.Object> vbinding = new HashMap<>();
1723       vbinding.put("Jalview", this);
1724       if (af != null)
1725       {
1726         vbinding.put("currentAlFrame", af);
1727       }
1728       Binding gbinding = new Binding(vbinding);
1729       GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(new URL[] { sfile });
1730       gse.run(sfile.toString(), gbinding);
1731       if ("STDIN".equals(groovyscript))
1732       {
1733         // delete temp file that we made -
1734         // only if it was successfully executed
1735         tfile.delete();
1736       }
1737     } catch (Exception e)
1738     {
1739       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
1740               + " as a groovy script.");
1741       e.printStackTrace(System.err);
1742
1743     }
1744   }
1745
1746   public static boolean isHeadlessMode()
1747   {
1748     String isheadless = System.getProperty("java.awt.headless");
1749     if (isheadless != null && isheadless.equalsIgnoreCase("true"))
1750     {
1751       return true;
1752     }
1753     return false;
1754   }
1755
1756   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1757   {
1758     return desktop == null ? new AlignFrame[] { getCurrentAlignFrame() }
1759             : Desktop.getAlignFrames();
1760
1761   }
1762
1763   /**
1764    * jalview.bin.Jalview.quit() will just run the non-GUI shutdownHook and exit
1765    */
1766   public void quit()
1767   {
1768     // System.exit will run the shutdownHook first
1769     Jalview.exit("Quitting now. Bye!", 0);
1770   }
1771
1772   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
1773   {
1774     return Jalview.currentAlignFrame;
1775   }
1776
1777   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
1778   {
1779     Jalview.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
1780   }
1781
1782   protected Commands getCommands()
1783   {
1784     return cmds;
1785   }
1786
1787   public static void exit(String message, int exitcode)
1788   {
1789     if (Console.log == null)
1790     {
1791       // Don't start the logger just to exit!
1792       if (message != null)
1793       {
1794         if (exitcode == 0)
1795         {
1796           System.out.println(message);
1797         }
1798         else
1799         {
1800           System.err.println(message);
1801         }
1802       }
1803     }
1804     else
1805     {
1806       Console.debug("Using Jalview.exit");
1807       if (message != null)
1808       {
1809         if (exitcode == 0)
1810         {
1811           Console.info(message);
1812         }
1813         else
1814         {
1815           Console.error(message);
1816         }
1817       }
1818     }
1819     if (exitcode > -1)
1820     {
1821       System.exit(exitcode);
1822     }
1823   }
1824
1825   /******************************
1826    *
1827    * TEST OUTPUT METHODS
1828    *
1829    ******************************/
1830   /**
1831    * method for reporting string values parsed/processed during tests
1832    *
1833    */
1834   protected static void testoutput(ArgParser ap, Arg a, String s1,
1835           String s2)
1836   {
1837     BootstrapArgs bsa = ap.getBootstrapArgs();
1838     if (!bsa.getBoolean(Arg.TESTOUTPUT))
1839       return;
1840     if (!((s1 == null && s2 == null) || (s1 != null && s1.equals(s2))))
1841     {
1842       Console.debug("testoutput with unmatching values '" + s1 + "' and '"
1843               + s2 + "' for arg " + a.argString());
1844       return;
1845     }
1846     boolean isset = a.hasOption(Opt.BOOTSTRAP) ? bsa.contains(a)
1847             : ap.isSet(a);
1848     if (!isset)
1849     {
1850       Console.warn("Arg '" + a.getName() + "' not set at all");
1851       return;
1852     }
1853     testoutput(true, a, s1, s2);
1854   }
1855
1856   /**
1857    * method for reporting string values parsed/processed during tests
1858    */
1859
1860   protected static void testoutput(BootstrapArgs bsa, Arg a, String s1,
1861           String s2)
1862   {
1863     if (!bsa.getBoolean(Arg.TESTOUTPUT))
1864       return;
1865     if (!((s1 == null && s2 == null) || (s1 != null && s1.equals(s2))))
1866     {
1867       Console.debug("testoutput with unmatching values '" + s1 + "' and '"
1868               + s2 + "' for arg " + a.argString());
1869       return;
1870     }
1871     if (!a.hasOption(Opt.BOOTSTRAP))
1872     {
1873       Console.error("Non-bootstrap Arg '" + a.getName()
1874               + "' given to testoutput(BootstrapArgs bsa, Arg a, String s1, String s2) with only BootstrapArgs");
1875     }
1876     if (!bsa.contains(a))
1877     {
1878       Console.warn("Arg '" + a.getName() + "' not set at all");
1879       return;
1880     }
1881     testoutput(true, a, s1, s2);
1882   }
1883
1884   /**
1885    * report value set for string values parsed/processed during tests
1886    */
1887   private static void testoutput(boolean yes, Arg a, String s1, String s2)
1888   {
1889     if (yes && ((s1 == null && s2 == null)
1890             || (s1 != null && s1.equals(s2))))
1891     {
1892       System.out.println("[TESTOUTPUT] arg " + a.argString() + "='" + s1
1893               + "' was set");
1894     }
1895   }
1896
1897   /*
1898    * testoutput for boolean and unary values
1899    */
1900   protected static void testoutput(ArgParser ap, Arg a)
1901   {
1902     if (ap == null)
1903       return;
1904     BootstrapArgs bsa = ap.getBootstrapArgs();
1905     if (bsa == null)
1906       return;
1907     if (!bsa.getBoolean(Arg.TESTOUTPUT))
1908       return;
1909     boolean val = a.hasOption(Opt.BOOTSTRAP) ? bsa.getBoolean(a)
1910             : ap.getBoolean(a);
1911     boolean isset = a.hasOption(Opt.BOOTSTRAP) ? bsa.contains(a)
1912             : ap.isSet(a);
1913     if (!isset)
1914     {
1915       Console.warn("Arg '" + a.getName() + "' not set at all");
1916       return;
1917     }
1918     testoutput(val, a);
1919   }
1920
1921   protected static void testoutput(BootstrapArgs bsa, Arg a)
1922   {
1923     if (!bsa.getBoolean(Arg.TESTOUTPUT))
1924       return;
1925     if (!a.hasOption(Opt.BOOTSTRAP))
1926     {
1927       Console.warn("Non-bootstrap Arg '" + a.getName()
1928               + "' given to testoutput(BootstrapArgs bsa, Arg a) with only BootstrapArgs");
1929
1930     }
1931     if (!bsa.contains(a))
1932     {
1933       Console.warn("Arg '" + a.getName() + "' not set at all");
1934       return;
1935     }
1936     testoutput(bsa.getBoolean(a), a);
1937   }
1938
1939   private static void testoutput(boolean yes, Arg a)
1940   {
1941     String message = null;
1942     if (a.hasOption(Opt.BOOLEAN))
1943     {
1944       message = (yes ? a.argString() : a.negateArgString()) + " was set";
1945     }
1946     else if (a.hasOption(Opt.UNARY))
1947     {
1948       message = a.argString() + (yes ? " was set" : " was not set");
1949     }
1950     System.out.println("[TESTOUTPUT] arg " + message);
1951   }
1952 }