src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.Vector;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Main class for Jalview Application\r
  30  * <br>\r
  31  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class Jalview\r
  37 {\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * main class for Jalview application\r
  41      *\r
  42      * @param args open <em>filename</em>\r
  43      */\r
  44     public static void main(String[] args)\r
  45     {\r
  46       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));\r
  47       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "\r
  48                          +System.getProperty("os.name")+" "\r
  49                          +System.getProperty("os.version"));\r
  50 \r
  51 \r
  52       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  53       boolean headless = false;\r
  54 \r
  55       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
  56       {\r
  57         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
  58                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
  59                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
  60                            +"-groups FILE\tUse the given file to mark groups on the alignment. \nGroups file is in the following tab delimited format\n"\r
  61                            +"TEXT<tab>SEQUENCE_ID<tab>SEQUENCE_INDEX<tab>START_RESIDUE<tab>END_RESIDUE<tab>COLOUR\n"\r
  62                            +"SequenceID is used in preference to SequenceIndex if both are provided.\n"\r
  63                            +"Enter ID_NOT_SPECIFIED for SEQUENCE_ID or -1 for SEQUENCE_INDEX if unknown.\n"\r
  64                            +"COLOUR can be hexadecimal RGB or 'red', 'blue' etc.\n\n"\r
  65                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
  66                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
  67                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
  68                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
  69                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
  70                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
  71                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
  72                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
  73                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
  74                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
  75                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.");\r
  76         System.exit(0);\r
  77           }\r
  78 \r
  79 \r
  80           if (aparser.contains("nodisplay"))\r
  81           {\r
  82             System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
  83           }\r
  84           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
  85               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
  86           {\r
  87             headless = true;\r
  88           }\r
  89 \r
  90           try\r
  91           {\r
  92             Cache.initLogger();\r
  93           }\r
  94           catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)\r
  95           {\r
  96             error.printStackTrace();\r
  97             System.out.println(\r
  98                 "\nEssential logging libraries not found."\r
  99                 +"\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");\r
 100             System.exit(0);\r
 101           }\r
 102 \r
 103         Cache.loadProperties(aparser.getValue("props"));\r
 104 \r
 105         Desktop desktop = null;\r
 106         if( !headless )\r
 107         {\r
 108           try\r
 109           {\r
 110             UIManager.setLookAndFeel(\r
 111                    UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
 112             //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
 113 //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
 114 //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 115 //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
 116 //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
 117 \r
 118                 );\r
 119           }\r
 120           catch (Exception ex)\r
 121           {\r
 122           }\r
 123 \r
 124           desktop = new Desktop();\r
 125           desktop.setVisible(true);\r
 126           desktop.discoverer.start();\r
 127         }\r
 128 \r
 129 \r
 130          String file = null, protocol = null, format = null, groups=null;\r
 131          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
 132 \r
 133           file = aparser.getValue("open");\r
 134 \r
 135           if (file == null && desktop==null)\r
 136           {\r
 137             System.out.println("No files to open!");\r
 138             System.exit(1);\r
 139           }\r
 140 \r
 141           if(file!=null)\r
 142           {\r
 143 \r
 144             if (!file.startsWith("http://"))\r
 145             {\r
 146               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
 147               {\r
 148                 System.out.println("Can't find " + file);\r
 149                 if(headless)\r
 150                   System.exit(1);\r
 151               }\r
 152             }\r
 153 \r
 154             protocol = "File";\r
 155 \r
 156             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 157             {\r
 158               protocol = "URL";\r
 159             }\r
 160 \r
 161             if (file.endsWith(".jar"))\r
 162               format = "Jalview";\r
 163             else\r
 164               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 165 \r
 166             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
 167 \r
 168             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 169 \r
 170             groups = aparser.getValue("groups");\r
 171             if (groups != null)\r
 172             {\r
 173               af.parseGroupsFile(groups);\r
 174             }\r
 175 \r
 176             String imageName = "unnamed.png";\r
 177             while (aparser.getSize() > 1)\r
 178             {\r
 179               format = aparser.nextValue();\r
 180               file = aparser.nextValue();\r
 181 \r
 182               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 183               {\r
 184                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 185                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 186                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 187                 continue;\r
 188               }\r
 189               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 190               {\r
 191                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 192                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 193                 continue;\r
 194               }\r
 195               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 196               {\r
 197                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 198                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 199                 continue;\r
 200               }\r
 201 \r
 202               if (af.saveAlignment(file, format))\r
 203                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 204                                    " format to " + file);\r
 205               else\r
 206                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 207                                    " format!!");\r
 208 \r
 209             }\r
 210 \r
 211             while (aparser.getSize() > 0)\r
 212             {\r
 213               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 214             }\r
 215           }\r
 216 \r
 217         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
 218         //////////////////////\r
 219           if (\r
 220               !headless &&\r
 221               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))\r
 222           {\r
 223 \r
 224             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",\r
 225                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");\r
 226             protocol = "File";\r
 227 \r
 228             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 229             {\r
 230               protocol = "URL";\r
 231             }\r
 232 \r
 233             if (file.endsWith(".jar"))\r
 234             {\r
 235               Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 236             }\r
 237             else\r
 238             {\r
 239               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 240               desktop.LoadFile(file, protocol, format);\r
 241             }\r
 242           }\r
 243     }\r
 244 }\r
 245 \r
 246  class ArgsParser\r
 247  {\r
 248    Vector vargs = null;\r
 249    public ArgsParser(String [] args)\r
 250    {\r
 251      vargs = new Vector();\r
 252      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 253      {\r
 254        String arg = args[i].trim();\r
 255        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 256          arg = arg.substring(1);\r
 257        vargs.addElement(arg);\r
 258      }\r
 259    }\r
 260 \r
 261    public String getValue(String arg)\r
 262    {\r
 263      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 264      String ret = null;\r
 265      if (index != -1)\r
 266      {\r
 267        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 268        vargs.removeElementAt(index);\r
 269        vargs.removeElementAt(index);\r
 270      }\r
 271      return ret;\r
 272    }\r
 273 \r
 274    public boolean contains(String arg)\r
 275    {\r
 276      if(vargs.contains(arg))\r
 277      {\r
 278        vargs.removeElement(arg);\r
 279        return true;\r
 280      }\r
 281      else\r
 282        return false;\r
 283    }\r
 284 \r
 285    public String nextValue()\r
 286    {\r
 287      return  vargs.remove(0).toString();\r
 288    }\r
 289 \r
 290    public int getSize()\r
 291    {\r
 292      return vargs.size();\r
 293    }\r
 294 \r
 295  }\r