src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import jalview.gui.*;
  22
  23 import javax.swing.*;
  24
  25 import java.util.Vector;
  26
  27
  28 /**
  29  * Main class for Jalview Application
  30  * <br>
  31  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class Jalview
  37 {
  38
  39     /**
  40      * main class for Jalview application
  41      *
  42      * @param args open <em>filename</em>
  43      */
  44     public static void main(String[] args)
  45     {
  46       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));
  47       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "
  48                          +System.getProperty("os.name")+" "
  49                          +System.getProperty("os.version"));
  50
  51
  52       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  53       boolean headless = false;
  54
  55       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )
  56       {
  57         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  58                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  59                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  60                            +"-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  61                            +"-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  62                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  63                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  64                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  65                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  66                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  67                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  68                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  69                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  70                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  71                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
  72                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment."
  73                            +"-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires."
  74             +"\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
  75         System.exit(0);
  76           }
  77
  78           Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before anything else!
  79
  80           if (aparser.contains("nodisplay"))
  81           {
  82             System.setProperty("java.awt.headless", "true");
  83           }
  84           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
  85               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
  86           {
  87             headless = true;
  88           }
  89
  90           try
  91           {
  92             Cache.initLogger();
  93           }
  94           catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
  95           {
  96             error.printStackTrace();
  97             System.out.println(
  98                 "\nEssential logging libraries not found."
  99                 +"\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 100             System.exit(0);
 101           }
 102
 103         Desktop desktop = null;
 104
 105
 106         try
 107         {
 108           UIManager.setLookAndFeel(
 109               UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 110               //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 111       //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 112       //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 113       //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 114       //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 115
 116               );
 117         }
 118         catch (Exception ex)
 119         {}
 120           if (!headless)
 121           {
 122             desktop = new Desktop();
 123             desktop.setVisible(true);
 124             desktop.discoverer.start();
 125             String url = aparser.getValue("questionnaire");
 126             if (url!=null) {
 127                 // Start the desktop questionnaire prompter with the specified questionnaire
 128                 Cache.log.debug("Starting questionnaire url at "+url);
 129                 desktop.checkForQuestionnaire(url);
 130             } else {
 131                 if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES")==null) {
 132                     // Start the desktop questionnaire prompter with the specified questionnaire
 133                     // String defurl = "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl"; //
 134                     String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 135                     Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "+defurl);
 136                     desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 137
 138                 }
 139             }
 140
 141           }
 142
 143          String file = null, protocol = null, format = null, data=null;
 144          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 145
 146           file = aparser.getValue("open");
 147
 148           if (file == null && desktop==null)
 149           {
 150             System.out.println("No files to open!");
 151             System.exit(1);
 152           }
 153
 154           if(file!=null)
 155           {
 156             System.out.println("Opening file: " + file);
 157
 158             if (!file.startsWith("http://"))
 159             {
 160               if (! (new java.io.File(file)).exists())
 161               {
 162                 System.out.println("Can't find " + file);
 163                 if(headless)
 164                   System.exit(1);
 165               }
 166             }
 167
 168             protocol = "File";
 169
 170             if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") >-1)
 171             {
 172               protocol = "URL";
 173             }
 174
 175
 176
 177             if (file.endsWith(".jar"))
 178               format = "Jalview";
 179             else
 180               format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 181
 182
 183
 184             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);
 185
 186             if(af==null)
 187             {
 188               System.out.println("error");
 189               return;
 190             }
 191
 192             data = aparser.getValue("colour");
 193             if(data!=null)
 194             {
 195               data.replaceAll("%20", " ");
 196
 197               jalview.schemes.ColourSchemeI cs =
 198                   jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport().
 199                   getAlignment(), data);
 200
 201               if(cs == null)
 202               {
 203                 jalview.schemes.UserColourScheme ucs
 204                     = new jalview.schemes.UserColourScheme("white");
 205                 ucs.parseAppletParameter(data);
 206                 cs = ucs;
 207               }
 208
 209               System.out.println("colour is " + data);
 210               af.changeColour( cs );
 211             }
 212
 213
 214             // Must maintain ability to use the groups flag
 215             data = aparser.getValue("groups");
 216             if (data != null)
 217             {
 218               af.parseFeaturesFile(data, protocol);
 219               System.out.println("Added "+data);
 220             }
 221             data = aparser.getValue("features");
 222             if (data != null)
 223             {
 224               af.parseFeaturesFile(data, protocol);
 225               System.out.println("Added "+data);
 226             }
 227
 228             data = aparser.getValue("annotations");
 229             if (data != null)
 230             {
 231               af.loadJalviewDataFile(data);
 232               System.out.println("Added "+data);
 233             }
 234
 235
 236             String imageName = "unnamed.png";
 237             while (aparser.getSize() > 1)
 238             {
 239               format = aparser.nextValue();
 240               file = aparser.nextValue();
 241
 242               if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 243               {
 244                 af.createPNG(new java.io.File(file));
 245                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 246                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 247                 continue;
 248               }
 249               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 250               {
 251                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 252                 System.out.println("Creating image map: " + file);
 253                 continue;
 254               }
 255               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 256               {
 257                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 258                 af.createEPS(new java.io.File(file));
 259                 continue;
 260               }
 261
 262               if (af.saveAlignment(file, format))
 263                 System.out.println("Written alignment in " + format +
 264                                    " format to " + file);
 265               else
 266                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +
 267                                    " format!!");
 268
 269             }
 270
 271             while (aparser.getSize() > 0)
 272             {
 273               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 274             }
 275           }
 276
 277         // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 278         // And the user
 279         //////////////////////
 280           if (
 281               !headless
 282           && file==null
 283           && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)
 284                     )
 285           {
 286
 287             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 288                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");
 289
 290             protocol = "File";
 291
 292             if (file.indexOf("http:") > -1)
 293             {
 294               protocol = "URL";
 295             }
 296
 297             if (file.endsWith(".jar"))
 298             {
 299               format = "Jalview";
 300             }
 301             else
 302             {
 303               format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 304             }
 305
 306             fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 307
 308           }
 309     }
 310 }
 311
 312  class ArgsParser
 313  {
 314    Vector vargs = null;
 315    public ArgsParser(String [] args)
 316    {
 317      vargs = new Vector();
 318      for (int i = 0; i < args.length; i++)
 319      {
 320        String arg = args[i].trim();
 321        if (arg.charAt(0) == '-')
 322          arg = arg.substring(1);
 323        vargs.addElement(arg);
 324      }
 325    }
 326
 327    public String getValue(String arg)
 328    {
 329      int index = vargs.indexOf(arg);
 330      String ret = null;
 331      if (index != -1)
 332      {
 333        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 334        vargs.removeElementAt(index);
 335        vargs.removeElementAt(index);
 336      }
 337      return ret;
 338    }
 339
 340    public boolean contains(String arg)
 341    {
 342      if(vargs.contains(arg))
 343      {
 344        vargs.removeElement(arg);
 345        return true;
 346      }
 347      else
 348        return false;
 349    }
 350
 351    public String nextValue()
 352    {
 353      return  vargs.remove(0).toString();
 354    }
 355
 356    public int getSize()
 357    {
 358      return vargs.size();
 359    }
 360
 361  }