src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.BufferedReader;
  22 import java.io.File;
  23 import java.io.FileOutputStream;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.OutputStreamWriter;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.lang.reflect.Constructor;
  28 import java.net.URL;
  29 import java.security.AllPermission;
  30 import java.security.CodeSource;
  31 import java.security.PermissionCollection;
  32 import java.security.Permissions;
  33 import java.security.Policy;
  34 import java.util.*;
  35
  36 import javax.swing.*;
  37
  38 import jalview.gui.*;
  39 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  40
  41 /**
  42  * Main class for Jalview Application <br>
  43  * <br>
  44  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  45  *
  46  * @author $author$
  47  * @version $Revision$
  48  */
  49 public class Jalview
  50 {
  51   static {
  52   // grab all the rights we can the JVM
  53     Policy.setPolicy( new Policy() {
  54     public PermissionCollection
  55     getPermissions(CodeSource codesource) {
  56     Permissions perms = new Permissions();
  57     perms.add(new AllPermission());
  58     return(perms);
  59     }
  60     public void refresh(){
  61     }
  62     });
  63   }
  64   /**
  65    * main class for Jalview application
  66    *
  67    * @param args
  68    *                open <em>filename</em>
  69    */
  70   public static void main(String[] args)
  71   {
  72     System.out.println("Java version: "
  73             + System.getProperty("java.version"));
  74     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  75             + System.getProperty("os.name") + " "
  76             + System.getProperty("os.version"));
  77
  78     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  79     boolean headless = false;
  80
  81     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  82     {
  83       System.out
  84               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  85                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  86                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  87                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  88                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
  89                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  90                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  91                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  92                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  93                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  94                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  95                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  96                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  97                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  98                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  99                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 100                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 101                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 102                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 103                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 104                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 105 //                      + "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 106                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 107                       +"\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 108                       +"\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 109                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 110 //                      + "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 111 //                      + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 112                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 113                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 114       System.exit(0);
 115     }
 116     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 117     // anything else!
 118     String defs = aparser.getValue("setprop");
 119     while (defs!=null)
 120     {
 121       int p = defs.indexOf('=');
 122       if ( p==-1 )
 123       {
 124         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : "+defs);
 125       } else {
 126         System.out.println("Executing setprop argument: "+defs);
 127         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 128         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 129       }
 130       defs = aparser.getValue("setprop");
 131     }
 132     if (aparser.contains("nodisplay"))
 133     {
 134       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 135     }
 136     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 137             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 138     {
 139       headless = true;
 140     }
 141
 142     try
 143     {
 144       Cache.initLogger();
 145     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 146     {
 147       error.printStackTrace();
 148       System.out
 149               .println("\nEssential logging libraries not found."
 150                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 151       System.exit(0);
 152     }
 153
 154     Desktop desktop = null;
 155
 156     try
 157     {
 158       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 159       // UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 160               // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 161               // "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 162               // "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 163               // "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 164
 165
 166               );
 167     } catch (Exception ex)
 168     {
 169     }
 170     if (!headless)
 171     {
 172       desktop = new Desktop();
 173       desktop.setVisible(true);
 174       desktop.discoverer.start();
 175       if (!aparser.contains("nousagestats") && Cache.getDefault("USAGESTATS", true)) {
 176         Cache.log.info("Initialising googletracker for usage stats.");
 177         Cache.initGoogleTracker();
 178         Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 179       } else {
 180         Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 181       }
 182       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 183       {
 184         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 185         if (url != null)
 186         {
 187           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 188           // questionnaire
 189           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 190           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 191         }
 192         else
 193         {
 194           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 195           {
 196             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 197             // questionnaire
 198             // String defurl =
 199             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 200             // //
 201             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 202             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 203                     + defurl);
 204             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 205
 206           }
 207         }
 208       }
 209     }
 210
 211     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 212     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 213     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 214                                 // features from
 215     // loading is done.
 216     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 217                                 // completed one way or another
 218     // extract groovy argument and execute if necessary
 219     groovyscript = aparser.getValue("groovy");
 220     file = aparser.getValue("open");
 221
 222     if (file == null && desktop == null)
 223     {
 224       System.out.println("No files to open!");
 225       System.exit(1);
 226     }
 227     String vamsasImport=aparser.getValue("vdoc"),vamsasSession=aparser.getValue("vsess");
 228     if (vamsasImport!=null || vamsasSession!=null)
 229     {
 230       if (desktop==null || headless)
 231       {
 232         System.out.println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 233         System.exit(1);
 234       }
 235       // if we have a file, start a new session and import it.
 236       boolean inSession = false;
 237       if (vamsasImport!=null)
 238       {
 239           try {
 240             String viprotocol = Jalview.checkProtocol(vamsasImport);
 241             if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE) {
 242               inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 243             } else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL) {
 244               inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 245             }
 246
 247           } catch (Exception e)
 248           {
 249             System.err.println("Exeption when importing "+vamsasImport+" as a vamsas document.");
 250             e.printStackTrace();
 251           }
 252           if (!inSession) {
 253             System.err.println("Failed to import "+vamsasImport+" as a vamsas document.");
 254           } else {
 255             System.out.println("Imported Successfully into new session "+desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 256           }
 257       }
 258       if (vamsasSession!=null) {
 259         if (vamsasImport!=null) {
 260        // close the newly imported session and import the Jalview specific remnants into the new session later on.
 261           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 262         }
 263         // now join the new session
 264         try {
 265           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession)) {
 266             System.out.println("Successfully joined vamsas session "+vamsasSession);
 267           } else {
 268             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "+vamsasSession);
 269           }
 270         } catch (Exception e)
 271         {
 272           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "+vamsasSession);
 273           e.printStackTrace();
 274         }
 275         if (vamsasImport!=null) {
 276           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new session at the user's leisure.
 277           Cache.log.info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO: enable this when debugged
 278           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 279         }
 280       }
 281     }
 282     // Finally, deal with the remaining input data.
 283     if (file != null)
 284     {
 285       System.out.println("Opening file: " + file);
 286
 287       if (!file.startsWith("http://"))
 288       {
 289         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 290         {
 291           System.out.println("Can't find " + file);
 292           if (headless)
 293           {
 294             System.exit(1);
 295           }
 296         }
 297       }
 298
 299       protocol = checkProtocol(file);
 300
 301       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 302
 303       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 304               format);
 305       if (af == null)
 306       {
 307         System.out.println("error");
 308         return;
 309       }
 310
 311       data = aparser.getValue("colour");
 312       if (data != null)
 313       {
 314         data.replaceAll("%20", " ");
 315
 316         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 317                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 318
 319         if (cs == null)
 320         {
 321           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 322                   "white");
 323           ucs.parseAppletParameter(data);
 324           cs = ucs;
 325         }
 326
 327         System.out.println("colour is " + data);
 328         af.changeColour(cs);
 329       }
 330
 331       // Must maintain ability to use the groups flag
 332       data = aparser.getValue("groups");
 333       if (data != null)
 334       {
 335         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 336         System.out.println("Added " + data);
 337       }
 338       data = aparser.getValue("features");
 339       if (data != null)
 340       {
 341         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 342         System.out.println("Added " + data);
 343       }
 344
 345       data = aparser.getValue("annotations");
 346       if (data != null)
 347       {
 348         af.loadJalviewDataFile(data);
 349         System.out.println("Added " + data);
 350       }
 351       // set or clear the sortbytree flag.
 352       if (aparser.contains("sortbytree"))
 353       {
 354         af.getViewport().setSortByTree(true);
 355       }
 356       if (aparser.contains("nosortbytree"))
 357       {
 358         af.getViewport().setSortByTree(false);
 359       }
 360       data = aparser.getValue("tree");
 361       if (data != null)
 362       {
 363         jalview.io.NewickFile fin = null;
 364         try
 365         {
 366           fin = new jalview.io.NewickFile(data, checkProtocol(data));
 367           if (fin != null)
 368           {
 369             af.getViewport().setCurrentTree(
 370                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 371             System.out.println("Added tree " + data);
 372           }
 373         } catch (IOException ex)
 374         {
 375           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 376           ex.printStackTrace(System.err);
 377         }
 378       }
 379       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 380       if (af != null && getFeatures != null)
 381       {
 382         startFeatureFetching(getFeatures);
 383         // need to block until fetching is complete.
 384         while (af.operationInProgress())
 385         {
 386           // wait around until fetching is finished.
 387           try
 388           {
 389             Thread.sleep(10);
 390           } catch (Exception e)
 391           {
 392
 393           }
 394         }
 395       }
 396       if (groovyscript != null)
 397       {
 398         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 399         // and before any images or figures are generated.
 400         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 401         {
 402           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 403           executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 404         }
 405         else
 406         {
 407           System.err
 408                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 409                           + groovyscript);
 410         }
 411         groovyscript = null;
 412       }
 413       String imageName = "unnamed.png";
 414       while (aparser.getSize() > 1)
 415       {
 416         format = aparser.nextValue();
 417         file = aparser.nextValue();
 418
 419         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 420         {
 421           af.createPNG(new java.io.File(file));
 422           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 423           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 424           continue;
 425         }
 426         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 427         {
 428           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 429           System.out.println("Creating image map: " + file);
 430           continue;
 431         }
 432         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 433         {
 434           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 435           af.createEPS(new java.io.File(file));
 436           continue;
 437         }
 438
 439         if (af.saveAlignment(file, format))
 440         {
 441           System.out.println("Written alignment in " + format
 442                   + " format to " + file);
 443         }
 444         else
 445         {
 446           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 447                   + " format!!");
 448         }
 449
 450       }
 451
 452       while (aparser.getSize() > 0)
 453       {
 454         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 455       }
 456     }
 457     AlignFrame startUpAlframe = null;
 458     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 459     // And the user
 460     // ////////////////////
 461     if (!headless && file == null && vamsasImport==null
 462             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 463     {
 464       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 465               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 466
 467       protocol = "File";
 468
 469       if (file.indexOf("http:") > -1)
 470       {
 471         protocol = "URL";
 472       }
 473
 474       if (file.endsWith(".jar"))
 475       {
 476         format = "Jalview";
 477       }
 478       else
 479       {
 480         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 481       }
 482
 483       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 484               format);
 485       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 486       // extract groovy arguments before anything else.
 487     }
 488     // Once all loading is done. Retrieve features.
 489     if (getFeatures != null)
 490     {
 491       if (startUpAlframe != null)
 492       {
 493         startFeatureFetching(getFeatures);
 494       }
 495     }
 496     if (groovyscript != null)
 497     {
 498       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 499       {
 500         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 501         executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 502       }
 503       else
 504       {
 505         System.err
 506                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 507                         + groovyscript);
 508       }
 509     }
 510
 511     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 516    *
 517    * @param groovyscript
 518    *                the script to execute
 519    * @param jalviewContext
 520    *                the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding
 521    *                as the 'Jalview' object.
 522    */
 523   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 524           Object jalviewContext)
 525   {
 526     if (jalviewContext == null)
 527     {
 528       System.err
 529               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 530     }
 531     File sfile = null;
 532     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 533     {
 534       // read from stdin into a tempfile and execute it
 535       try
 536       {
 537         sfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 538         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 539                 new FileOutputStream(sfile)));
 540         BufferedReader br = new BufferedReader(
 541                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 542         String line = null;
 543         while ((line = br.readLine()) != null)
 544         {
 545           outfile.write(line + "\n");
 546         }
 547         br.close();
 548         outfile.flush();
 549         outfile.close();
 550
 551       } catch (Exception ex)
 552       {
 553         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 554                 + ((sfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : sfile
 555                         .toString()));
 556         ex.printStackTrace();
 557         return;
 558       }
 559     }
 560     else
 561     {
 562       sfile = new File(groovyscript);
 563     }
 564     if (!sfile.exists())
 565     {
 566       System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 567       return;
 568     }
 569     if (!sfile.canRead())
 570     {
 571       System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 572       return;
 573     }
 574     if (sfile.length() < 1)
 575     {
 576       System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 577       return;
 578     }
 579     boolean success = false;
 580     try
 581     {
 582       /*
 583        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 584        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 585        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 586        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 587        *
 588        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 589        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding =
 590        * new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 591        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 592        */
 593       ClassLoader cl = jalviewContext.getClass().getClassLoader();
 594       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 595       Constructor gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 596       Object gbinding = gbcons.newInstance(null);
 597       java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod("setVariable",
 598               new Class[]
 599               { String.class, Object.class });
 600       setvar.invoke(gbinding, new Object[]
 601       { "Jalview", jalviewContext });
 602       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 603       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 604       { URL[].class }); // String[].class });
 605       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 606       { new URL[]
 607       { sfile.toURL() } }); // .toString() } });
 608       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 609       { String.class, gbindingc });
 610       run.invoke(gse, new Object[]
 611       { sfile.getName(), gbinding });
 612       success = true;
 613     } catch (Exception e)
 614     {
 615       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 616               + " as a groovy script.");
 617       e.printStackTrace(System.err);
 618
 619     }
 620     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 621     {
 622       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 623       // executed
 624       sfile.delete();
 625     }
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 630    *
 631    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 632    */
 633   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 634   {
 635     Vector source = null;
 636     String data;
 637     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 638     while ((data = aparser.getValue("dasserver")) != null)
 639     {
 640       String nickname = null;
 641       String url = null;
 642       boolean seq=false,feat=true;
 643       int pos = data.indexOf('=');
 644       // determine capabilities
 645       if (pos > 0)
 646       {
 647         nickname = data.substring(0, pos);
 648       }
 649       url = data.substring(pos + 1);
 650       if (url != null && (url.startsWith("http:") || url.startsWith("sequence:http:")))
 651       {
 652         if (nickname == null)
 653         {
 654           nickname = url;
 655         }
 656         if (locsources == null)
 657         {
 658           locsources = "";
 659         }
 660         else
 661         {
 662           locsources += "\t";
 663         }
 664         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 665         System.err
 666                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 667                         + nickname + "|" + url);
 668         if (source == null)
 669         {
 670           source = new Vector();
 671         }
 672         source.addElement(nickname);
 673       }
 674     } // loop until no more server entries are found.
 675     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 676     {
 677       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 678               + locsources);
 679       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 680     }
 681     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom")) != null)
 682     {
 683       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 684       if (source == null)
 685       {
 686         source = new Vector();
 687       }
 688       source.addElement(data);
 689     }
 690     return source;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * start a feature fetcher for every alignment frame
 695    *
 696    * @param dasSources
 697    */
 698   private static void startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 699   {
 700     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 701     if (afs == null || afs.length == 0)
 702     {
 703       return;
 704     }
 705     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 706     {
 707       final AlignFrame af = afs[i];
 708       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 709       {
 710
 711         public void run()
 712         {
 713           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 714           af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources);
 715         }
 716       });
 717     }
 718   }
 719
 720   private static String checkProtocol(String file)
 721   {
 722     String protocol = jalview.io.FormatAdapter.FILE;
 723
 724     if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 725     {
 726       protocol = jalview.io.FormatAdapter.URL;
 727     }
 728     return protocol;
 729   }
 730 }
 731
 732 /**
 733  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 734  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 735  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 736  * prefixing it).
 737  *
 738  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 739  *
 740  */
 741 class ArgsParser
 742 {
 743   Vector vargs = null;
 744
 745   public ArgsParser(String[] args)
 746   {
 747     vargs = new Vector();
 748     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 749     {
 750       String arg = args[i].trim();
 751       if (arg.charAt(0) == '-')
 752       {
 753         arg = arg.substring(1);
 754       }
 755       vargs.addElement(arg);
 756     }
 757   }
 758
 759   /**
 760    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 761    *
 762    * @param arg
 763    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 764    */
 765   public String getValue(String arg)
 766   {
 767     int index = vargs.indexOf(arg);
 768     String ret = null;
 769     if (index != -1)
 770     {
 771       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 772       vargs.removeElementAt(index);
 773       vargs.removeElementAt(index);
 774     }
 775     return ret;
 776   }
 777
 778   /**
 779    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 780    *
 781    * @param arg
 782    * @return true if arg was present in argslist.
 783    */
 784   public boolean contains(String arg)
 785   {
 786     if (vargs.contains(arg))
 787     {
 788       vargs.removeElement(arg);
 789       return true;
 790     }
 791     else
 792     {
 793       return false;
 794     }
 795   }
 796
 797   public String nextValue()
 798   {
 799     return vargs.remove(0).toString();
 800   }
 801
 802   public int getSize()
 803   {
 804     return vargs.size();
 805   }
 806
 807 }