src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.Vector;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Main class for Jalview Application\r
  30  * <br>\r
  31  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class Jalview\r
  37 {\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * main class for Jalview application\r
  41      *\r
  42      * @param args open <em>filename</em>\r
  43      */\r
  44     public static void main(String[] args)\r
  45     {\r
  46       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));\r
  47       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "\r
  48                          +System.getProperty("os.name")+" "\r
  49                          +System.getProperty("os.version"));\r
  50 \r
  51 \r
  52       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  53       boolean headless = false;\r
  54 \r
  55       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
  56       {\r
  57         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
  58                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
  59                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
  60                            +"-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"\r
  61                            +"-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"\r
  62                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
  63                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
  64                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
  65                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
  66                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
  67                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
  68                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
  69                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
  70                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
  71                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
  72                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment."\r
  73             +"\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");\r
  74         System.exit(0);\r
  75           }\r
  76 \r
  77           Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before anything else!\r
  78 \r
  79           if (aparser.contains("nodisplay"))\r
  80           {\r
  81             System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
  82           }\r
  83           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
  84               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
  85           {\r
  86             headless = true;\r
  87           }\r
  88 \r
  89           try\r
  90           {\r
  91             Cache.initLogger();\r
  92           }\r
  93           catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)\r
  94           {\r
  95             error.printStackTrace();\r
  96             System.out.println(\r
  97                 "\nEssential logging libraries not found."\r
  98                 +"\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");\r
  99             System.exit(0);\r
 100           }\r
 101 \r
 102         Desktop desktop = null;\r
 103         if( !headless )\r
 104         {\r
 105           try\r
 106           {\r
 107             UIManager.setLookAndFeel(\r
 108                 UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
 109                 //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
 110 //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
 111 //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 112 //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
 113 //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
 114 \r
 115                 );\r
 116           }\r
 117           catch (Exception ex)\r
 118           {\r
 119           }\r
 120 \r
 121           desktop = new Desktop();\r
 122           desktop.setVisible(true);\r
 123           desktop.discoverer.start();\r
 124         }\r
 125 \r
 126 \r
 127          String file = null, protocol = null, format = null, data=null;\r
 128          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
 129 \r
 130           file = aparser.getValue("open");\r
 131 \r
 132           if (file == null && desktop==null)\r
 133           {\r
 134             System.out.println("No files to open!");\r
 135             System.exit(1);\r
 136           }\r
 137 \r
 138           if(file!=null)\r
 139           {\r
 140 \r
 141             if (!file.startsWith("http://"))\r
 142             {\r
 143               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
 144               {\r
 145                 System.out.println("Can't find " + file);\r
 146                 if(headless)\r
 147                   System.exit(1);\r
 148               }\r
 149             }\r
 150 \r
 151             protocol = "File";\r
 152 \r
 153             if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") >-1)\r
 154             {\r
 155               protocol = "URL";\r
 156             }\r
 157 \r
 158             if (file.endsWith(".jar"))\r
 159               format = "Jalview";\r
 160             else\r
 161               format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 162 \r
 163             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
 164 \r
 165             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 166 \r
 167             data = aparser.getValue("colour");\r
 168             if(data!=null)\r
 169             {\r
 170               data.replaceAll("%20", " ");\r
 171 \r
 172               jalview.schemes.ColourSchemeI cs =\r
 173                   jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport().\r
 174                   getAlignment(), data);\r
 175 \r
 176               if(cs == null)\r
 177               {\r
 178                 jalview.schemes.UserColourScheme ucs\r
 179                     = new jalview.schemes.UserColourScheme("white");\r
 180                 ucs.parseAppletParameter(data);\r
 181                 cs = ucs;\r
 182               }\r
 183 \r
 184               System.out.println("colour is " + data);\r
 185               af.changeColour( cs );\r
 186             }\r
 187 \r
 188 \r
 189             // Must maintain ability to use the groups flag\r
 190             data = aparser.getValue("groups");\r
 191             if (data != null)\r
 192             {\r
 193               af.parseFeaturesFile(data, protocol);\r
 194               System.out.println("Added "+data);\r
 195             }\r
 196             data = aparser.getValue("features");\r
 197             if (data != null)\r
 198             {\r
 199               af.parseFeaturesFile(data, protocol);\r
 200               System.out.println("Added "+data);\r
 201             }\r
 202 \r
 203             data = aparser.getValue("annotations");\r
 204             if (data != null)\r
 205             {\r
 206               af.loadJalviewDataFile(data);\r
 207               System.out.println("Added "+data);\r
 208             }\r
 209 \r
 210 \r
 211             String imageName = "unnamed.png";\r
 212             while (aparser.getSize() > 1)\r
 213             {\r
 214               format = aparser.nextValue();\r
 215               file = aparser.nextValue();\r
 216 \r
 217               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 218               {\r
 219                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 220                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 221                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 222                 continue;\r
 223               }\r
 224               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 225               {\r
 226                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 227                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 228                 continue;\r
 229               }\r
 230               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 231               {\r
 232                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 233                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 234                 continue;\r
 235               }\r
 236 \r
 237               if (af.saveAlignment(file, format))\r
 238                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 239                                    " format to " + file);\r
 240               else\r
 241                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 242                                    " format!!");\r
 243 \r
 244             }\r
 245 \r
 246             while (aparser.getSize() > 0)\r
 247             {\r
 248               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 249             }\r
 250           }\r
 251 \r
 252         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
 253         // And the user\r
 254         //////////////////////\r
 255           if (\r
 256               !headless\r
 257           && file==null\r
 258           && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)\r
 259                     )\r
 260           {\r
 261 \r
 262             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",\r
 263                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");\r
 264 \r
 265             protocol = "File";\r
 266 \r
 267             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 268             {\r
 269               protocol = "URL";\r
 270             }\r
 271 \r
 272             if (file.endsWith(".jar"))\r
 273             {\r
 274               new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(file);\r
 275             }\r
 276             else\r
 277             {\r
 278               format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 279               new jalview.io.FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);\r
 280             }\r
 281           }\r
 282     }\r
 283 }\r
 284 \r
 285  class ArgsParser\r
 286  {\r
 287    Vector vargs = null;\r
 288    public ArgsParser(String [] args)\r
 289    {\r
 290      vargs = new Vector();\r
 291      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 292      {\r
 293        String arg = args[i].trim();\r
 294        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 295          arg = arg.substring(1);\r
 296        vargs.addElement(arg);\r
 297      }\r
 298    }\r
 299 \r
 300    public String getValue(String arg)\r
 301    {\r
 302      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 303      String ret = null;\r
 304      if (index != -1)\r
 305      {\r
 306        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 307        vargs.removeElementAt(index);\r
 308        vargs.removeElementAt(index);\r
 309      }\r
 310      return ret;\r
 311    }\r
 312 \r
 313    public boolean contains(String arg)\r
 314    {\r
 315      if(vargs.contains(arg))\r
 316      {\r
 317        vargs.removeElement(arg);\r
 318        return true;\r
 319      }\r
 320      else\r
 321        return false;\r
 322    }\r
 323 \r
 324    public String nextValue()\r
 325    {\r
 326      return  vargs.remove(0).toString();\r
 327    }\r
 328 \r
 329    public int getSize()\r
 330    {\r
 331      return vargs.size();\r
 332    }\r
 333 \r
 334  }\r