src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.BufferedReader;
  22 import java.io.File;
  23 import java.io.FileOutputStream;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.OutputStreamWriter;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.lang.reflect.Constructor;
  28 import java.net.URL;
  29 import java.security.AllPermission;
  30 import java.security.CodeSource;
  31 import java.security.PermissionCollection;
  32 import java.security.Permissions;
  33 import java.security.Policy;
  34 import java.util.*;
  35
  36 import javax.swing.*;
  37
  38 import jalview.gui.*;
  39 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  40
  41 /**
  42  * Main class for Jalview Application <br>
  43  * <br>
  44  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  45  *
  46  * @author $author$
  47  * @version $Revision$
  48  */
  49 public class Jalview
  50 {
  51   static {
  52   // grab all the rights we can the JVM
  53     Policy.setPolicy( new Policy() {
  54     public PermissionCollection
  55     getPermissions(CodeSource codesource) {
  56     Permissions perms = new Permissions();
  57     perms.add(new AllPermission());
  58     return(perms);
  59     }
  60     public void refresh(){
  61     }
  62     });
  63   }
  64   /**
  65    * main class for Jalview application
  66    *
  67    * @param args
  68    *                open <em>filename</em>
  69    */
  70   public static void main(String[] args)
  71   {
  72     System.out.println("Java version: "
  73             + System.getProperty("java.version"));
  74     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  75             + System.getProperty("os.name") + " "
  76             + System.getProperty("os.version"));
  77
  78     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  79     boolean headless = false;
  80
  81     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  82     {
  83       System.out
  84               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  85                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  86                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  87                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  88                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
  89                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  90                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  91                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  92                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  93                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  94                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  95                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  96                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  97                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  98                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  99                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 100                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 101                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 102                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 103                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 104                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 105 //                      + "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 106                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 107                       +"\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 108                       +"\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 109                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 110 //                      + "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 111 //                      + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 112                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 113                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 114       System.exit(0);
 115     }
 116     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 117     // anything else!
 118     String defs = aparser.getValue("setprop");
 119     while (defs!=null)
 120     {
 121       int p = defs.indexOf('=');
 122       if ( p==-1 )
 123       {
 124         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : "+defs);
 125       } else {
 126         System.out.println("Executing setprop argument: "+defs);
 127         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 128         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 129         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 130       }
 131       defs = aparser.getValue("setprop");
 132     }
 133     if (aparser.contains("nodisplay"))
 134     {
 135       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 136     }
 137     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 138             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 139     {
 140       headless = true;
 141     }
 142
 143     try
 144     {
 145       Cache.initLogger();
 146     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 147     {
 148       error.printStackTrace();
 149       System.out
 150               .println("\nEssential logging libraries not found."
 151                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 152       System.exit(0);
 153     }
 154
 155     Desktop desktop = null;
 156
 157     try
 158     {
 159       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 160       // UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 161               // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 162               // "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 163               // "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 164               // "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 165
 166
 167               );
 168     } catch (Exception ex)
 169     {
 170     }
 171     if (!headless)
 172     {
 173       desktop = new Desktop();
 174       desktop.setVisible(true);
 175       desktop.discoverer.start();
 176       if (!aparser.contains("nousagestats")) {
 177         startUsageStats(desktop);
 178       }
 179       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 180       {
 181         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 182         if (url != null)
 183         {
 184           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 185           // questionnaire
 186           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 187           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 188         }
 189         else
 190         {
 191           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 192           {
 193             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 194             // questionnaire
 195             // String defurl =
 196             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 197             // //
 198             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 199             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 200                     + defurl);
 201             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 202
 203           }
 204         }
 205       }
 206     }
 207
 208     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 209     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 210     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 211                                 // features from
 212     // loading is done.
 213     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 214                                 // completed one way or another
 215     // extract groovy argument and execute if necessary
 216     groovyscript = aparser.getValue("groovy");
 217     file = aparser.getValue("open");
 218
 219     if (file == null && desktop == null)
 220     {
 221       System.out.println("No files to open!");
 222       System.exit(1);
 223     }
 224     String vamsasImport=aparser.getValue("vdoc"),vamsasSession=aparser.getValue("vsess");
 225     if (vamsasImport!=null || vamsasSession!=null)
 226     {
 227       if (desktop==null || headless)
 228       {
 229         System.out.println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 230         System.exit(1);
 231       }
 232       // if we have a file, start a new session and import it.
 233       boolean inSession = false;
 234       if (vamsasImport!=null)
 235       {
 236           try {
 237             String viprotocol = Jalview.checkProtocol(vamsasImport);
 238             if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE) {
 239               inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 240             } else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL) {
 241               inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 242             }
 243
 244           } catch (Exception e)
 245           {
 246             System.err.println("Exeption when importing "+vamsasImport+" as a vamsas document.");
 247             e.printStackTrace();
 248           }
 249           if (!inSession) {
 250             System.err.println("Failed to import "+vamsasImport+" as a vamsas document.");
 251           } else {
 252             System.out.println("Imported Successfully into new session "+desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 253           }
 254       }
 255       if (vamsasSession!=null) {
 256         if (vamsasImport!=null) {
 257        // close the newly imported session and import the Jalview specific remnants into the new session later on.
 258           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 259         }
 260         // now join the new session
 261         try {
 262           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession)) {
 263             System.out.println("Successfully joined vamsas session "+vamsasSession);
 264           } else {
 265             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "+vamsasSession);
 266           }
 267         } catch (Exception e)
 268         {
 269           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "+vamsasSession);
 270           e.printStackTrace();
 271         }
 272         if (vamsasImport!=null) {
 273           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new session at the user's leisure.
 274           Cache.log.info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO: enable this when debugged
 275           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 276         }
 277       }
 278     }
 279     // Finally, deal with the remaining input data.
 280     if (file != null)
 281     {
 282       System.out.println("Opening file: " + file);
 283
 284       if (!file.startsWith("http://"))
 285       {
 286         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 287         {
 288           System.out.println("Can't find " + file);
 289           if (headless)
 290           {
 291             System.exit(1);
 292           }
 293         }
 294       }
 295
 296       protocol = checkProtocol(file);
 297
 298       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 299
 300       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 301               format);
 302       if (af == null)
 303       {
 304         System.out.println("error");
 305         return;
 306       }
 307
 308       data = aparser.getValue("colour");
 309       if (data != null)
 310       {
 311         data.replaceAll("%20", " ");
 312
 313         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 314                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 315
 316         if (cs == null)
 317         {
 318           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 319                   "white");
 320           ucs.parseAppletParameter(data);
 321           cs = ucs;
 322         }
 323
 324         System.out.println("colour is " + data);
 325         af.changeColour(cs);
 326       }
 327
 328       // Must maintain ability to use the groups flag
 329       data = aparser.getValue("groups");
 330       if (data != null)
 331       {
 332         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 333         System.out.println("Added " + data);
 334       }
 335       data = aparser.getValue("features");
 336       if (data != null)
 337       {
 338         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 339         System.out.println("Added " + data);
 340       }
 341
 342       data = aparser.getValue("annotations");
 343       if (data != null)
 344       {
 345         af.loadJalviewDataFile(data);
 346         System.out.println("Added " + data);
 347       }
 348       // set or clear the sortbytree flag.
 349       if (aparser.contains("sortbytree"))
 350       {
 351         af.getViewport().setSortByTree(true);
 352       }
 353       if (aparser.contains("nosortbytree"))
 354       {
 355         af.getViewport().setSortByTree(false);
 356       }
 357       data = aparser.getValue("tree");
 358       if (data != null)
 359       {
 360         jalview.io.NewickFile fin = null;
 361         try
 362         {
 363           fin = new jalview.io.NewickFile(data, checkProtocol(data));
 364           if (fin != null)
 365           {
 366             af.getViewport().setCurrentTree(
 367                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 368             System.out.println("Added tree " + data);
 369           }
 370         } catch (IOException ex)
 371         {
 372           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 373           ex.printStackTrace(System.err);
 374         }
 375       }
 376       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 377       if (af != null && getFeatures != null)
 378       {
 379         startFeatureFetching(getFeatures);
 380         // need to block until fetching is complete.
 381         while (af.operationInProgress())
 382         {
 383           // wait around until fetching is finished.
 384           try
 385           {
 386             Thread.sleep(10);
 387           } catch (Exception e)
 388           {
 389
 390           }
 391         }
 392       }
 393       if (groovyscript != null)
 394       {
 395         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 396         // and before any images or figures are generated.
 397         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 398         {
 399           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 400           executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 401         }
 402         else
 403         {
 404           System.err
 405                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 406                           + groovyscript);
 407         }
 408         groovyscript = null;
 409       }
 410       String imageName = "unnamed.png";
 411       while (aparser.getSize() > 1)
 412       {
 413         format = aparser.nextValue();
 414         file = aparser.nextValue();
 415
 416         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 417         {
 418           af.createPNG(new java.io.File(file));
 419           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 420           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 421           continue;
 422         }
 423         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 424         {
 425           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 426           System.out.println("Creating image map: " + file);
 427           continue;
 428         }
 429         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 430         {
 431           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 432           af.createEPS(new java.io.File(file));
 433           continue;
 434         }
 435
 436         if (af.saveAlignment(file, format))
 437         {
 438           System.out.println("Written alignment in " + format
 439                   + " format to " + file);
 440         }
 441         else
 442         {
 443           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 444                   + " format!!");
 445         }
 446
 447       }
 448
 449       while (aparser.getSize() > 0)
 450       {
 451         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 452       }
 453     }
 454     AlignFrame startUpAlframe = null;
 455     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 456     // And the user
 457     // ////////////////////
 458     if (!headless && file == null && vamsasImport==null
 459             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 460     {
 461       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 462               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 463
 464       protocol = "File";
 465
 466       if (file.indexOf("http:") > -1)
 467       {
 468         protocol = "URL";
 469       }
 470
 471       if (file.endsWith(".jar"))
 472       {
 473         format = "Jalview";
 474       }
 475       else
 476       {
 477         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 478       }
 479
 480       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 481               format);
 482       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 483       // extract groovy arguments before anything else.
 484     }
 485     // Once all loading is done. Retrieve features.
 486     if (getFeatures != null)
 487     {
 488       if (startUpAlframe != null)
 489       {
 490         startFeatureFetching(getFeatures);
 491       }
 492     }
 493     if (groovyscript != null)
 494     {
 495       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 496       {
 497         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 498         executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 499       }
 500       else
 501       {
 502         System.err
 503                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 504                         + groovyscript);
 505       }
 506     }
 507
 508     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 509   }
 510
 511   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 512   {
 513     /**
 514      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 515      */
 516     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(desktop.desktop,"USAGESTATS", "Jalview Usage Statistics", "Jalview uses Google Analytics to report usage statistics.\nDo you want to enable this ?\n\n(if you press cancel, you will be asked again next time)",
 517               new Runnable() {
 518                 public void run()
 519                 {
 520                   Cache.log.info("Initialising googletracker for usage stats.");
 521                   Cache.initGoogleTracker();
 522                   Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 523                 }
 524     },
 525     new Runnable() {
 526       public void run() {
 527         Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 528       }
 529     }, null, true);
 530     SwingUtilities.invokeLater(prompter);
 531   }
 532
 533   /**
 534    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 535    *
 536    * @param groovyscript
 537    *                the script to execute
 538    * @param jalviewContext
 539    *                the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding
 540    *                as the 'Jalview' object.
 541    */
 542   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 543           Object jalviewContext)
 544   {
 545     if (jalviewContext == null)
 546     {
 547       System.err
 548               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 549     }
 550     File sfile = null;
 551     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 552     {
 553       // read from stdin into a tempfile and execute it
 554       try
 555       {
 556         sfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 557         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 558                 new FileOutputStream(sfile)));
 559         BufferedReader br = new BufferedReader(
 560                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 561         String line = null;
 562         while ((line = br.readLine()) != null)
 563         {
 564           outfile.write(line + "\n");
 565         }
 566         br.close();
 567         outfile.flush();
 568         outfile.close();
 569
 570       } catch (Exception ex)
 571       {
 572         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 573                 + ((sfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : sfile
 574                         .toString()));
 575         ex.printStackTrace();
 576         return;
 577       }
 578     }
 579     else
 580     {
 581       sfile = new File(groovyscript);
 582     }
 583     if (!sfile.exists())
 584     {
 585       System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 586       return;
 587     }
 588     if (!sfile.canRead())
 589     {
 590       System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 591       return;
 592     }
 593     if (sfile.length() < 1)
 594     {
 595       System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 596       return;
 597     }
 598     boolean success = false;
 599     try
 600     {
 601       /*
 602        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 603        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 604        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 605        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 606        *
 607        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 608        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding =
 609        * new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 610        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 611        */
 612       ClassLoader cl = jalviewContext.getClass().getClassLoader();
 613       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 614       Constructor gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 615       Object gbinding = gbcons.newInstance(null);
 616       java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod("setVariable",
 617               new Class[]
 618               { String.class, Object.class });
 619       setvar.invoke(gbinding, new Object[]
 620       { "Jalview", jalviewContext });
 621       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 622       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 623       { URL[].class }); // String[].class });
 624       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 625       { new URL[]
 626       { sfile.toURL() } }); // .toString() } });
 627       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 628       { String.class, gbindingc });
 629       run.invoke(gse, new Object[]
 630       { sfile.getName(), gbinding });
 631       success = true;
 632     } catch (Exception e)
 633     {
 634       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 635               + " as a groovy script.");
 636       e.printStackTrace(System.err);
 637
 638     }
 639     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 640     {
 641       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 642       // executed
 643       sfile.delete();
 644     }
 645   }
 646
 647   /**
 648    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 649    *
 650    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 651    */
 652   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 653   {
 654     Vector source = null;
 655     String data;
 656     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 657     while ((data = aparser.getValue("dasserver")) != null)
 658     {
 659       String nickname = null;
 660       String url = null;
 661       boolean seq=false,feat=true;
 662       int pos = data.indexOf('=');
 663       // determine capabilities
 664       if (pos > 0)
 665       {
 666         nickname = data.substring(0, pos);
 667       }
 668       url = data.substring(pos + 1);
 669       if (url != null && (url.startsWith("http:") || url.startsWith("sequence:http:")))
 670       {
 671         if (nickname == null)
 672         {
 673           nickname = url;
 674         }
 675         if (locsources == null)
 676         {
 677           locsources = "";
 678         }
 679         else
 680         {
 681           locsources += "\t";
 682         }
 683         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 684         System.err
 685                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 686                         + nickname + "|" + url);
 687         if (source == null)
 688         {
 689           source = new Vector();
 690         }
 691         source.addElement(nickname);
 692       }
 693     } // loop until no more server entries are found.
 694     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 695     {
 696       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 697               + locsources);
 698       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 699     }
 700     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom")) != null)
 701     {
 702       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 703       if (source == null)
 704       {
 705         source = new Vector();
 706       }
 707       source.addElement(data);
 708     }
 709     return source;
 710   }
 711
 712   /**
 713    * start a feature fetcher for every alignment frame
 714    *
 715    * @param dasSources
 716    */
 717   private static void startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 718   {
 719     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 720     if (afs == null || afs.length == 0)
 721     {
 722       return;
 723     }
 724     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 725     {
 726       final AlignFrame af = afs[i];
 727       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 728       {
 729
 730         public void run()
 731         {
 732           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 733           af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources);
 734         }
 735       });
 736     }
 737   }
 738
 739   private static String checkProtocol(String file)
 740   {
 741     String protocol = jalview.io.FormatAdapter.FILE;
 742
 743     if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 744     {
 745       protocol = jalview.io.FormatAdapter.URL;
 746     }
 747     return protocol;
 748   }
 749 }
 750
 751 /**
 752  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 753  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 754  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 755  * prefixing it).
 756  *
 757  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 758  *
 759  */
 760 class ArgsParser
 761 {
 762   Vector vargs = null;
 763
 764   public ArgsParser(String[] args)
 765   {
 766     vargs = new Vector();
 767     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 768     {
 769       String arg = args[i].trim();
 770       if (arg.charAt(0) == '-')
 771       {
 772         arg = arg.substring(1);
 773       }
 774       vargs.addElement(arg);
 775     }
 776   }
 777
 778   /**
 779    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 780    *
 781    * @param arg
 782    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 783    */
 784   public String getValue(String arg)
 785   {
 786     int index = vargs.indexOf(arg);
 787     String ret = null;
 788     if (index != -1)
 789     {
 790       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 791       vargs.removeElementAt(index);
 792       vargs.removeElementAt(index);
 793     }
 794     return ret;
 795   }
 796
 797   /**
 798    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 799    *
 800    * @param arg
 801    * @return true if arg was present in argslist.
 802    */
 803   public boolean contains(String arg)
 804   {
 805     if (vargs.contains(arg))
 806     {
 807       vargs.removeElement(arg);
 808       return true;
 809     }
 810     else
 811     {
 812       return false;
 813     }
 814   }
 815
 816   public String nextValue()
 817   {
 818     return vargs.remove(0).toString();
 819   }
 820
 821   public int getSize()
 822   {
 823     return vargs.size();
 824   }
 825
 826 }