src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.BufferedReader;
  22 import java.io.File;
  23 import java.io.FileOutputStream;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.OutputStreamWriter;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.lang.reflect.Constructor;
  28 import java.net.URL;
  29 import java.util.*;
  30
  31 import javax.swing.*;
  32
  33 import jalview.gui.*;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35
  36 /**
  37  * Main class for Jalview Application <br>
  38  * <br>
  39  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  40  *
  41  * @author $author$
  42  * @version $Revision$
  43  */
  44 public class Jalview
  45 {
  46
  47   /**
  48    * main class for Jalview application
  49    *
  50    * @param args
  51    *                open <em>filename</em>
  52    */
  53   public static void main(String[] args)
  54   {
  55     System.out.println("Java version: "
  56             + System.getProperty("java.version"));
  57     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  58             + System.getProperty("os.name") + " "
  59             + System.getProperty("os.version"));
  60
  61     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  62     boolean headless = false;
  63
  64     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  65     {
  66       System.out
  67               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  68                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  69                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  70                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  71                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
  72                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  73                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  74                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  75                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  76                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  77                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  78                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  79                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  80                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  81                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  82                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
  83                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
  84                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
  85                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
  86                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
  87                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname \n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
  88                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
  89                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed\n\t\t(if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
  90                       + "\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
  91       System.exit(0);
  92     }
  93
  94     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
  95     // anything else!
  96
  97     if (aparser.contains("nodisplay"))
  98     {
  99       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 100     }
 101     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 102             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 103     {
 104       headless = true;
 105     }
 106
 107     try
 108     {
 109       Cache.initLogger();
 110     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 111     {
 112       error.printStackTrace();
 113       System.out
 114               .println("\nEssential logging libraries not found."
 115                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 116       System.exit(0);
 117     }
 118
 119     Desktop desktop = null;
 120
 121     try
 122     {
 123       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 124       // UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 125               // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 126               // "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 127               // "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 128               // "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 129
 130               );
 131     } catch (Exception ex)
 132     {
 133     }
 134     if (!headless)
 135     {
 136       desktop = new Desktop();
 137       desktop.setVisible(true);
 138       desktop.discoverer.start();
 139       if (!aparser.contains("nousagestats")) {
 140         startUsageStats(desktop);
 141       }
 142       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 143       {
 144         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 145         if (url != null)
 146         {
 147           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 148           // questionnaire
 149           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 150           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 151         }
 152         else
 153         {
 154           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 155           {
 156             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 157             // questionnaire
 158             // String defurl =
 159             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 160             // //
 161             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 162             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 163                     + defurl);
 164             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 165
 166           }
 167         }
 168       }
 169     }
 170
 171     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 172     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 173     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 174                                 // features from
 175     // loading is done.
 176     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 177                                 // completed one way or another
 178     // extract groovy argument and execute if necessary
 179     groovyscript = aparser.getValue("groovy");
 180     file = aparser.getValue("open");
 181
 182     if (file == null && desktop == null)
 183     {
 184       System.out.println("No files to open!");
 185       System.exit(1);
 186     }
 187
 188     if (file != null)
 189     {
 190       System.out.println("Opening file: " + file);
 191
 192       if (!file.startsWith("http://"))
 193       {
 194         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 195         {
 196           System.out.println("Can't find " + file);
 197           if (headless)
 198           {
 199             System.exit(1);
 200           }
 201         }
 202       }
 203
 204       protocol = checkProtocol(file);
 205
 206       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 207
 208       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 209               format);
 210
 211       if (af == null)
 212       {
 213         System.out.println("error");
 214         return;
 215       }
 216
 217       data = aparser.getValue("colour");
 218       if (data != null)
 219       {
 220         data.replaceAll("%20", " ");
 221
 222         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 223                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 224
 225         if (cs == null)
 226         {
 227           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 228                   "white");
 229           ucs.parseAppletParameter(data);
 230           cs = ucs;
 231         }
 232
 233         System.out.println("colour is " + data);
 234         af.changeColour(cs);
 235       }
 236
 237       // Must maintain ability to use the groups flag
 238       data = aparser.getValue("groups");
 239       if (data != null)
 240       {
 241         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 242         System.out.println("Added " + data);
 243       }
 244       data = aparser.getValue("features");
 245       if (data != null)
 246       {
 247         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 248         System.out.println("Added " + data);
 249       }
 250
 251       data = aparser.getValue("annotations");
 252       if (data != null)
 253       {
 254         af.loadJalviewDataFile(data);
 255         System.out.println("Added " + data);
 256       }
 257       data = aparser.getValue("tree");
 258       if (data != null)
 259       {
 260         jalview.io.NewickFile fin = null;
 261         try
 262         {
 263           fin = new jalview.io.NewickFile(data, checkProtocol(data));
 264           if (fin != null)
 265           {
 266             af.getViewport().setCurrentTree(
 267                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 268             System.out.println("Added tree " + data);
 269           }
 270         } catch (IOException ex)
 271         {
 272           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 273           ex.printStackTrace(System.err);
 274         }
 275       }
 276       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 277       if (af != null && getFeatures != null)
 278       {
 279         startFeatureFetching(getFeatures);
 280         // need to block until fetching is complete.
 281         while (af.operationInProgress())
 282         {
 283           // wait around until fetching is finished.
 284           try
 285           {
 286             Thread.sleep(10);
 287           } catch (Exception e)
 288           {
 289
 290           }
 291         }
 292       }
 293       if (groovyscript != null)
 294       {
 295         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 296         // and before any images or figures are generated.
 297         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 298         {
 299           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 300           executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 301         }
 302         else
 303         {
 304           System.err
 305                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 306                           + groovyscript);
 307         }
 308         groovyscript = null;
 309       }
 310       String imageName = "unnamed.png";
 311       while (aparser.getSize() > 1)
 312       {
 313         format = aparser.nextValue();
 314         file = aparser.nextValue();
 315
 316         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 317         {
 318           af.createPNG(new java.io.File(file));
 319           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 320           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 321           continue;
 322         }
 323         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 324         {
 325           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 326           System.out.println("Creating image map: " + file);
 327           continue;
 328         }
 329         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 330         {
 331           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 332           af.createEPS(new java.io.File(file));
 333           continue;
 334         }
 335
 336         if (af.saveAlignment(file, format))
 337         {
 338           System.out.println("Written alignment in " + format
 339                   + " format to " + file);
 340         }
 341         else
 342         {
 343           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 344                   + " format!!");
 345         }
 346
 347       }
 348
 349       while (aparser.getSize() > 0)
 350       {
 351         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 352       }
 353     }
 354     AlignFrame startUpAlframe = null;
 355     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 356     // And the user
 357     // ////////////////////
 358     if (!headless && file == null
 359             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 360     {
 361       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 362               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 363
 364       protocol = "File";
 365
 366       if (file.indexOf("http:") > -1)
 367       {
 368         protocol = "URL";
 369       }
 370
 371       if (file.endsWith(".jar"))
 372       {
 373         format = "Jalview";
 374       }
 375       else
 376       {
 377         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 378       }
 379
 380       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 381               format);
 382       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 383       // extract groovy arguments before anything else.
 384     }
 385     // Once all loading is done. Retrieve features.
 386     if (getFeatures != null)
 387     {
 388       if (startUpAlframe != null)
 389       {
 390         startFeatureFetching(getFeatures);
 391       }
 392     }
 393     if (groovyscript != null)
 394     {
 395       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 396       {
 397         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 398         executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 399       }
 400       else
 401       {
 402         System.err
 403                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 404                         + groovyscript);
 405       }
 406     }
 407
 408     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 409   }
 410
 411   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 412   {
 413     /**
 414      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 415      */
 416     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(desktop.desktop,"USAGESTATS", "Jalview Usage Statistics", "Jalview uses Google Analytics to report usage statistics.\nDo you want to enable this ?\n\n(if you press cancel, you will be asked again next time)",
 417               new Runnable() {
 418                 public void run()
 419                 {
 420                   Cache.log.info("Initialising googletracker for usage stats.");
 421                   Cache.initGoogleTracker();
 422                   Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 423                 }
 424     },
 425     new Runnable() {
 426       public void run() {
 427         Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 428       }
 429     }, null, true);
 430     SwingUtilities.invokeLater(prompter);
 431   }
 432
 433   /**
 434    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 435    *
 436    * @param groovyscript
 437    *                the script to execute
 438    * @param jalviewContext
 439    *                the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding
 440    *                as the 'Jalview' object.
 441    */
 442   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 443           Object jalviewContext)
 444   {
 445     if (jalviewContext == null)
 446     {
 447       System.err
 448               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 449     }
 450     File sfile = null;
 451     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 452     {
 453       // read from stdin into a tempfile and execute it
 454       try
 455       {
 456         sfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 457         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 458                 new FileOutputStream(sfile)));
 459         BufferedReader br = new BufferedReader(
 460                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 461         String line = null;
 462         while ((line = br.readLine()) != null)
 463         {
 464           outfile.write(line + "\n");
 465         }
 466         br.close();
 467         outfile.flush();
 468         outfile.close();
 469
 470       } catch (Exception ex)
 471       {
 472         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 473                 + ((sfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : sfile
 474                         .toString()));
 475         ex.printStackTrace();
 476         return;
 477       }
 478     }
 479     else
 480     {
 481       sfile = new File(groovyscript);
 482     }
 483     if (!sfile.exists())
 484     {
 485       System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 486       return;
 487     }
 488     if (!sfile.canRead())
 489     {
 490       System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 491       return;
 492     }
 493     if (sfile.length() < 1)
 494     {
 495       System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 496       return;
 497     }
 498     boolean success = false;
 499     try
 500     {
 501       /*
 502        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 503        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 504        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 505        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 506        *
 507        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 508        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding =
 509        * new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 510        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 511        */
 512       ClassLoader cl = jalviewContext.getClass().getClassLoader();
 513       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 514       Constructor gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 515       Object gbinding = gbcons.newInstance(null);
 516       java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod("setVariable",
 517               new Class[]
 518               { String.class, Object.class });
 519       setvar.invoke(gbinding, new Object[]
 520       { "Jalview", jalviewContext });
 521       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 522       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 523       { URL[].class }); // String[].class });
 524       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 525       { new URL[]
 526       { sfile.toURL() } }); // .toString() } });
 527       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 528       { String.class, gbindingc });
 529       run.invoke(gse, new Object[]
 530       { sfile.getName(), gbinding });
 531       success = true;
 532     } catch (Exception e)
 533     {
 534       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 535               + " as a groovy script.");
 536       e.printStackTrace(System.err);
 537
 538     }
 539     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 540     {
 541       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 542       // executed
 543       sfile.delete();
 544     }
 545   }
 546
 547   /**
 548    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 549    *
 550    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 551    */
 552   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 553   {
 554     Vector source = null;
 555     String data;
 556     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 557     while ((data = aparser.getValue("dasserver")) != null)
 558     {
 559       String nickname = null;
 560       String url = null;
 561       int pos = data.indexOf('=');
 562       if (pos > 0)
 563       {
 564         nickname = data.substring(0, pos);
 565       }
 566       url = data.substring(pos + 1);
 567       if (url != null && url.startsWith("http:"))
 568       {
 569         if (nickname == null)
 570         {
 571           nickname = url;
 572         }
 573         if (locsources == null)
 574         {
 575           locsources = "";
 576         }
 577         else
 578         {
 579           locsources += "\t";
 580         }
 581         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 582         System.err
 583                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 584                         + nickname + "|" + url);
 585         if (source == null)
 586         {
 587           source = new Vector();
 588         }
 589         source.addElement(nickname);
 590       }
 591     } // loop until no more server entries are found.
 592     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 593     {
 594       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 595               + locsources);
 596       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 597     }
 598     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom")) != null)
 599     {
 600       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 601       if (source == null)
 602       {
 603         source = new Vector();
 604       }
 605       source.addElement(data);
 606     }
 607     return source;
 608   }
 609
 610   /**
 611    * start a feature fetcher for every alignment frame
 612    *
 613    * @param dasSources
 614    */
 615   private static void startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 616   {
 617     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 618     if (afs == null || afs.length == 0)
 619     {
 620       return;
 621     }
 622     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 623     {
 624       final AlignFrame af = afs[i];
 625       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 626       {
 627
 628         public void run()
 629         {
 630           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 631           af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources);
 632         }
 633       });
 634     }
 635   }
 636
 637   private static String checkProtocol(String file)
 638   {
 639     String protocol = jalview.io.FormatAdapter.FILE;
 640
 641     if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 642     {
 643       protocol = jalview.io.FormatAdapter.URL;
 644     }
 645     return protocol;
 646   }
 647 }
 648
 649 /**
 650  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 651  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 652  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 653  * prefixing it).
 654  *
 655  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 656  *
 657  */
 658 class ArgsParser
 659 {
 660   Vector vargs = null;
 661
 662   public ArgsParser(String[] args)
 663   {
 664     vargs = new Vector();
 665     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 666     {
 667       String arg = args[i].trim();
 668       if (arg.charAt(0) == '-')
 669       {
 670         arg = arg.substring(1);
 671       }
 672       vargs.addElement(arg);
 673     }
 674   }
 675
 676   /**
 677    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 678    *
 679    * @param arg
 680    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 681    */
 682   public String getValue(String arg)
 683   {
 684     int index = vargs.indexOf(arg);
 685     String ret = null;
 686     if (index != -1)
 687     {
 688       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 689       vargs.removeElementAt(index);
 690       vargs.removeElementAt(index);
 691     }
 692     return ret;
 693   }
 694
 695   /**
 696    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 697    *
 698    * @param arg
 699    * @return true if arg was present in argslist.
 700    */
 701   public boolean contains(String arg)
 702   {
 703     if (vargs.contains(arg))
 704     {
 705       vargs.removeElement(arg);
 706       return true;
 707     }
 708     else
 709     {
 710       return false;
 711     }
 712   }
 713
 714   public String nextValue()
 715   {
 716     return vargs.remove(0).toString();
 717   }
 718
 719   public int getSize()
 720   {
 721     return vargs.size();
 722   }
 723
 724 }