src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.FlowLayout;
  21 import java.awt.Frame;
  22 import java.awt.event.ActionEvent;
  23 import java.awt.event.ActionListener;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileOutputStream;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.io.OutputStreamWriter;
  29 import java.io.PrintWriter;
  30 import java.lang.reflect.Constructor;
  31 import java.net.URI;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.net.URLDecoder;
  34 import java.security.AllPermission;
  35 import java.security.CodeSource;
  36 import java.security.PermissionCollection;
  37 import java.security.Permissions;
  38 import java.security.Policy;
  39 import java.util.*;
  40
  41 import javax.swing.*;
  42
  43 import jalview.gui.*;
  44 import jalview.util.Platform;
  45
  46 /**
  47  * Main class for Jalview Application <br>
  48  * <br>
  49  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class Jalview
  55 {
  56   static
  57   {
  58     // grab all the rights we can the JVM
  59     Policy.setPolicy(new Policy()
  60     {
  61       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  62       {
  63         Permissions perms = new Permissions();
  64         perms.add(new AllPermission());
  65         return (perms);
  66       }
  67
  68       public void refresh()
  69       {
  70       }
  71     });
  72   }
  73   protected static boolean proteine;
  74
  75   /**
  76    * main class for Jalview application
  77    *
  78    * @param args
  79    *          open <em>filename</em>
  80    */
  81   public static void main(String[] args)
  82   {
  83     System.out.println("Java version: "
  84             + System.getProperty("java.version"));
  85     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  86             + System.getProperty("os.name") + " "
  87             + System.getProperty("os.version"));
  88     if (new Platform().isAMac())
  89     {
  90       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  91               "Jalview");
  92       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
  93     }
  94
  95     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  96     boolean headless = false;
  97
  98     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  99     {
 100       System.out
 101               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 102                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 103                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 104                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 105                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 106                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 107                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 108                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 109                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 110                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 111                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 112                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 113                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 114                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 115                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 116                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 117                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 118                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 119                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 120                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 121                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 122                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 123                       // +
 124                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 125                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 126                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 127                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 128                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 129                       // +
 130                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 131                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 132                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 133                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 134       System.exit(0);
 135     }
 136     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui") || aparser.contains("headless"))
 137     {
 138       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 139       headless=true;
 140     }
 141     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 142     // anything else!
 143     String defs = aparser.getValue("setprop");
 144     while (defs != null)
 145     {
 146       int p = defs.indexOf('=');
 147       if (p == -1)
 148       {
 149         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 150       }
 151       else
 152       {
 153         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 154         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 155         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 156         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 157       }
 158       defs = aparser.getValue("setprop");
 159     }
 160     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 161             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 162     {
 163       headless = true;
 164     }
 165     System.setProperty("http.agent", "Jalview Desktop/"+Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 166     try
 167     {
 168       Cache.initLogger();
 169     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 170     {
 171       error.printStackTrace();
 172       System.out
 173               .println("\nEssential logging libraries not found."
 174                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 175       System.exit(0);
 176     }
 177
 178     Desktop desktop = null;
 179
 180     try
 181     {
 182       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 183     } catch (Exception ex)
 184     {
 185     }
 186
 187     if (!headless)
 188     {
 189       desktop = new Desktop();
 190       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 191       desktop.setVisible(true);
 192       desktop.startServiceDiscovery();
 193       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 194       {
 195         startUsageStats(desktop);
 196       }
 197       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 198       {
 199         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 200         if (url != null)
 201         {
 202           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 203           // questionnaire
 204           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 205           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 206         }
 207         else
 208         {
 209           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 210           {
 211             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 212             // questionnaire
 213             // String defurl =
 214             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 215             // //
 216             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 217             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 218                     + defurl);
 219             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 220
 221           }
 222         }
 223       }
 224       desktop.checkForNews();
 225     }
 226
 227     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 228     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 229     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 230     // features from
 231     // loading is done.
 232     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 233     // completed one way or another
 234     // extract groovy argument and execute if necessary
 235     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 236     file = aparser.getValue("open", true);
 237
 238     if (file == null && desktop == null)
 239     {
 240       System.out.println("No files to open!");
 241       System.exit(1);
 242     }
 243     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 244             .getValue("vsess");
 245     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 246     {
 247       if (desktop == null || headless)
 248       {
 249         System.out
 250                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 251         System.exit(1);
 252       }
 253       // if we have a file, start a new session and import it.
 254       boolean inSession = false;
 255       if (vamsasImport != null)
 256       {
 257         try
 258         {
 259           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 260                   .checkProtocol(vamsasImport);
 261           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 262           {
 263             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 264           }
 265           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 266           {
 267             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 268           }
 269
 270         } catch (Exception e)
 271         {
 272           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 273                   + " as a vamsas document.");
 274           e.printStackTrace();
 275         }
 276         if (!inSession)
 277         {
 278           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 279                   + " as a vamsas document.");
 280         }
 281         else
 282         {
 283           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 284                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 285         }
 286       }
 287       if (vamsasSession != null)
 288       {
 289         if (vamsasImport != null)
 290         {
 291           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 292           // remnants into the new session later on.
 293           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 294         }
 295         // now join the new session
 296         try
 297         {
 298           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 299           {
 300             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 301                     + vamsasSession);
 302           }
 303           else
 304           {
 305             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 306                     + vamsasSession);
 307           }
 308         } catch (Exception e)
 309         {
 310           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 311                   + vamsasSession);
 312           e.printStackTrace();
 313         }
 314         if (vamsasImport != null)
 315         {
 316           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 317           // session at the user's leisure.
 318           Cache.log
 319                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 320           // enable
 321           // this
 322           // when
 323           // debugged
 324           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 325         }
 326       }
 327     }
 328     long progress = -1;
 329     // Finally, deal with the remaining input data.
 330     if (file != null)
 331     {
 332       if (!headless)
 333       {
 334         desktop.setProgressBar("Processing commandline arguments...",
 335                 progress = System.currentTimeMillis());
 336       }
 337       System.out.println("Opening file: " + file);
 338
 339       if (!file.startsWith("http://"))
 340       {
 341         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 342         {
 343           System.out.println("Can't find " + file);
 344           if (headless)
 345           {
 346             System.exit(1);
 347           }
 348         }
 349       }
 350
 351       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 352
 353       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 354
 355       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 356               format);
 357       if (af == null)
 358       {
 359         System.out.println("error");
 360       }
 361       else
 362       {
 363
 364         data = aparser.getValue("colour", true);
 365         if (data != null)
 366         {
 367           data.replaceAll("%20", " ");
 368
 369           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 370                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 371
 372           if (cs == null)
 373           {
 374             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 375                     "white");
 376             ucs.parseAppletParameter(data);
 377             cs = ucs;
 378           }
 379
 380           System.out.println("colour is " + data);
 381           af.changeColour(cs);
 382         }
 383
 384         // Must maintain ability to use the groups flag
 385         data = aparser.getValue("groups", true);
 386         if (data != null)
 387         {
 388           af.parseFeaturesFile(data,
 389                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 390           System.out.println("Added " + data);
 391         }
 392         data = aparser.getValue("features", true);
 393         if (data != null)
 394         {
 395           af.parseFeaturesFile(data,
 396                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 397           System.out.println("Added " + data);
 398         }
 399
 400         data = aparser.getValue("annotations", true);
 401         if (data != null)
 402         {
 403           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 404           System.out.println("Added " + data);
 405         }
 406         // set or clear the sortbytree flag.
 407         if (aparser.contains("sortbytree"))
 408         {
 409           af.getViewport().setSortByTree(true);
 410         }
 411         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 412         {
 413           af.getViewport().setSortByTree(false);
 414         }
 415         data = aparser.getValue("tree", true);
 416         if (data != null)
 417         {
 418           jalview.io.NewickFile fin = null;
 419           try
 420           {
 421             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 422                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 423             if (fin != null)
 424             {
 425               af.getViewport().setCurrentTree(
 426                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 427               System.out.println("Added tree " + data);
 428             }
 429           } catch (IOException ex)
 430           {
 431             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 432             ex.printStackTrace(System.err);
 433           }
 434         }
 435         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 436         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 437         // sequence)
 438
 439         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 440         if (af != null && getFeatures != null)
 441         {
 442           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 443           if (ff != null)
 444             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 445             {
 446               // wait around until fetching is finished.
 447               try
 448               {
 449                 Thread.sleep(100);
 450               } catch (Exception e)
 451               {
 452
 453               }
 454             }
 455           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 456         }
 457         if (groovyscript != null)
 458         {
 459           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 460           // and before any images or figures are generated.
 461           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 462           {
 463             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 464             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 465             { desktop, af });
 466           }
 467           else
 468           {
 469             System.err
 470                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 471                             + groovyscript);
 472           }
 473           groovyscript = null;
 474         }
 475         String imageName = "unnamed.png";
 476         while (aparser.getSize() > 1)
 477         {
 478           format = aparser.nextValue();
 479           file = aparser.nextValue();
 480
 481           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 482           {
 483             af.createPNG(new java.io.File(file));
 484             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 485             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 486             continue;
 487           }
 488           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 489           {
 490             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 491             System.out.println("Creating image map: " + file);
 492             continue;
 493           }
 494           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 495           {
 496             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 497             af.createEPS(new java.io.File(file));
 498             continue;
 499           }
 500
 501           if (af.saveAlignment(file, format))
 502           {
 503             System.out.println("Written alignment in " + format
 504                     + " format to " + file);
 505           }
 506           else
 507           {
 508             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 509                     + format + " format!!");
 510           }
 511
 512         }
 513
 514         while (aparser.getSize() > 0)
 515         {
 516           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 517         }
 518       }
 519     }
 520     AlignFrame startUpAlframe = null;
 521     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 522     // And the user
 523     // ////////////////////
 524
 525     JFrame Typechooser =new JFrame("choose molecule type");
 526     FlowLayout fl = new FlowLayout();
 527     Typechooser.setLayout(fl);
 528     Typechooser.setSize(400,400);
 529     Typechooser.setDefaultCloseOperation(Typechooser.DISPOSE_ON_CLOSE);
 530     JLabel label = new JLabel("What would you open ? ");
 531     JButton rnabutton = new JButton("RNA molecule");
 532     JButton pbutton = new JButton("Proteine molecule");
 533
 534     pbutton.addActionListener(new pbuttonlistener());
 535     rnabutton.addActionListener(new rnabuttonlistener());
 536     Typechooser.getContentPane().add(label);
 537     Typechooser.getContentPane().add(rnabutton);
 538     Typechooser.getContentPane().add(pbutton);
 539     Typechooser.setVisible(true);
 540
 541
 542
 543
 544     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 545             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true) && proteine == true)
 546     {
 547       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 548               "STARTUP_FILE",
 549               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 550                       "http://www.jalview.org")
 551                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 552       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 553       {
 554         // hardwire upgrade of the startup file
 555         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 556         // and remove the stale setting
 557         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 558       }
 559
 560       protocol = "File";
 561
 562       if (file.indexOf("http:") > -1)
 563       {
 564         protocol = "URL";
 565       }
 566
 567       if (file.endsWith(".jar"))
 568       {
 569         format = "Jalview";
 570       }
 571       else
 572       {
 573         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 574       }
 575
 576       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 577               format);
 578       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 579       // extract groovy arguments before anything else.
 580     }
 581     // If the user has specified features to be retrieved,
 582     // or a groovy script to be executed, do them if they
 583     // haven't been done already
 584     // fetch features for the default alignment
 585     if (getFeatures != null)
 586     {
 587       if (startUpAlframe != null)
 588       {
 589         startFeatureFetching(getFeatures);
 590       }
 591     }
 592     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 593     if (groovyscript != null)
 594     {
 595       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 596       {
 597         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 598         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 599         { desktop, startUpAlframe });
 600       }
 601       else
 602       {
 603         System.err
 604                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 605                         + groovyscript);
 606       }
 607     }
 608     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 609     if (desktop != null)
 610     {
 611       if (progress != -1)
 612       {
 613         desktop.setProgressBar(null, progress);
 614       }
 615       desktop.setInBatchMode(false);
 616     }
 617   }
 618
 619
 620   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 621   {
 622     /**
 623      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 624      */
 625     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 626             desktop.desktop,
 627             "USAGESTATS",
 628             "Jalview Usage Statistics",
 629             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 630                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 631                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 632             new Runnable()
 633             {
 634               public void run()
 635               {
 636                 Cache.log
 637                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 638                 Cache.initGoogleTracker();
 639                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 640               }
 641             }, new Runnable()
 642             {
 643               public void run()
 644               {
 645                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 646               }
 647             }, null, true);
 648     desktop.addDialogThread(prompter);
 649   }
 650
 651   /**
 652    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 653    *
 654    * @param groovyscript
 655    *          the script to execute
 656    * @param jalviewContext
 657    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 658    *          'Jalview' object.
 659    */
 660   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 661           Object[] jalviewContext)
 662   {
 663     if (jalviewContext == null)
 664     {
 665       System.err
 666               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 667     }
 668     /**
 669      * for scripts contained in files
 670      */
 671     File tfile = null;
 672     /**
 673      * script's URI
 674      */
 675     URL sfile = null;
 676     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 677     {
 678       // read from stdin into a tempfile and execute it
 679       try
 680       {
 681         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 682         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 683                 new FileOutputStream(tfile)));
 684         BufferedReader br = new BufferedReader(
 685                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 686         String line = null;
 687         while ((line = br.readLine()) != null)
 688         {
 689           outfile.write(line + "\n");
 690         }
 691         br.close();
 692         outfile.flush();
 693         outfile.close();
 694
 695       } catch (Exception ex)
 696       {
 697         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 698                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 699                         .toString()));
 700         ex.printStackTrace();
 701         return;
 702       }
 703       try
 704       {
 705         sfile = tfile.toURI().toURL();
 706       } catch (Exception x)
 707       {
 708         System.err
 709                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 710                         + tfile.toURI());
 711         x.printStackTrace();
 712         return;
 713       }
 714     }
 715     else
 716     {
 717       try
 718       {
 719         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 720       } catch (Exception x)
 721       {
 722         tfile = new File(groovyscript);
 723         if (!tfile.exists())
 724         {
 725           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 726           return;
 727         }
 728         if (!tfile.canRead())
 729         {
 730           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 731           return;
 732         }
 733         if (tfile.length() < 1)
 734         {
 735           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 736           return;
 737         }
 738         try
 739         {
 740           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 741         } catch (Exception ex)
 742         {
 743           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 744                   + tfile.getAbsoluteFile());
 745           return;
 746         }
 747       }
 748     }
 749     boolean success = false;
 750     try
 751     {
 752       /*
 753        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 754        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 755        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 756        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 757        *
 758        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 759        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 760        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 761        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 762        */
 763       Class[] bspec;
 764       Object[] binding;
 765       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 766               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 767       String cnames[] = new String[]
 768       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 769       bspec = new Class[blen * 2];
 770       binding = new Object[blen * 2];
 771       blen = 0;
 772       ClassLoader cl = null;
 773       Map vbinding = new Hashtable();
 774       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 775       {
 776         if (jalviewContext[jc] != null)
 777         {
 778           if (cl == null)
 779           {
 780             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 781           }
 782           bspec[blen * 2] = String.class;
 783           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 784           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 785           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 786           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 787           blen++;
 788         }
 789       }
 790       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 791       Constructor gbcons;
 792       Object gbinding;
 793       try
 794       {
 795         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 796         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 797       } catch (NoSuchMethodException x)
 798       {
 799         // old style binding config - using series of string/object values to
 800         // setVariable.
 801         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 802         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 803         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 804                 "setVariable", bspec);
 805         setvar.invoke(gbinding, binding);
 806       }
 807       ;
 808       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 809       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 810       { URL[].class }); // String[].class });
 811       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 812       { new URL[]
 813       { sfile } }); // .toString() } });
 814       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 815       { String.class, gbindingc });
 816       run.invoke(gse, new Object[]
 817       { sfile.toString(), gbinding });
 818       success = true;
 819     } catch (Exception e)
 820     {
 821       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 822               + " as a groovy script.");
 823       e.printStackTrace(System.err);
 824
 825     }
 826     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 827     {
 828       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 829       // executed
 830       tfile.delete();
 831     }
 832   }
 833
 834   /**
 835    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 836    *
 837    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 838    */
 839   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 840   {
 841     Vector source = null;
 842     String data;
 843     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 844     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 845     {
 846       String nickname = null;
 847       String url = null;
 848       boolean seq = false, feat = true;
 849       int pos = data.indexOf('=');
 850       // determine capabilities
 851       if (pos > 0)
 852       {
 853         nickname = data.substring(0, pos);
 854       }
 855       url = data.substring(pos + 1);
 856       if (url != null
 857               && (url.startsWith("http:") || url
 858                       .startsWith("sequence:http:")))
 859       {
 860         if (nickname == null)
 861         {
 862           nickname = url;
 863         }
 864         if (locsources == null)
 865         {
 866           locsources = "";
 867         }
 868         else
 869         {
 870           locsources += "\t";
 871         }
 872         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 873         System.err
 874                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 875                         + nickname + "|" + url);
 876         if (source == null)
 877         {
 878           source = new Vector();
 879         }
 880         source.addElement(nickname);
 881       }
 882     } // loop until no more server entries are found.
 883     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 884     {
 885       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 886               + locsources);
 887       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 888     }
 889     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 890     {
 891       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 892       if (source == null)
 893       {
 894         source = new Vector();
 895       }
 896       source.addElement(data);
 897     }
 898     return source;
 899   }
 900
 901   /**
 902    * start a feature fetcher for every alignment frame
 903    *
 904    * @param dasSources
 905    */
 906   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 907   {
 908     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 909     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 910     if (afs == null || afs.length == 0)
 911     {
 912       return null;
 913     }
 914     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 915     {
 916       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 917     }
 918     return ff;
 919   }
 920 }
 921
 922 /**
 923  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 924  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 925  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 926  * prefixing it).
 927  *
 928  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 929  *
 930  */
 931
 932 class rnabuttonlistener  implements ActionListener{
 933           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 934                   System.out.println("Good idea ! ");
 935
 936           }
 937 }
 938
 939 class pbuttonlistener  implements ActionListener{
 940           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 941
 942
 943           }
 944 }
 945
 946 class ArgsParser
 947 {
 948   Vector vargs = null;
 949
 950   public ArgsParser(String[] args)
 951   {
 952     vargs = new Vector();
 953     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 954     {
 955       String arg = args[i].trim();
 956       if (arg.charAt(0) == '-')
 957       {
 958         arg = arg.substring(1);
 959       }
 960       vargs.addElement(arg);
 961     }
 962   }
 963
 964   /**
 965    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 966    *
 967    * @param arg
 968    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 969    */
 970   public String getValue(String arg)
 971   {
 972     return getValue(arg, false);
 973   }
 974
 975   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 976   {
 977     int index = vargs.indexOf(arg);
 978     String dc = null, ret = null;
 979     if (index != -1)
 980     {
 981       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 982       vargs.removeElementAt(index);
 983       vargs.removeElementAt(index);
 984       if (utf8decode && ret != null)
 985       {
 986         try
 987         {
 988           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 989           ret = dc;
 990         } catch (Exception e)
 991         {
 992           // TODO: log failure to decode
 993         }
 994       }
 995     }
 996     return ret;
 997   }
 998
 999   /**
1000    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
1001    *
1002    * @param arg
1003    * @return true if arg was present in argslist.
1004    */
1005   public boolean contains(String arg)
1006   {
1007     if (vargs.contains(arg))
1008     {
1009       vargs.removeElement(arg);
1010       return true;
1011     }
1012     else
1013     {
1014       return false;
1015     }
1016   }
1017
1018   public String nextValue()
1019   {
1020     return vargs.remove(0).toString();
1021   }
1022
1023   public int getSize()
1024   {
1025     return vargs.size();
1026   }
1027
1028 }
1029
1030 /**
1031  * keep track of feature fetching tasks.
1032  *
1033  * @author JimP
1034  *
1035  */
1036 class FeatureFetcher
1037 {
1038   /*
1039    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1040    * processing events.
1041    */
1042
1043   private int queued = 0;
1044
1045   private int running = 0;
1046
1047   public FeatureFetcher()
1048   {
1049
1050   }
1051
1052   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1053   {
1054     final long id = System.currentTimeMillis();
1055     queued++;
1056     final FeatureFetcher us = this;
1057     new Thread(new Runnable()
1058     {
1059
1060       public void run()
1061       {
1062         synchronized (us)
1063         {
1064           queued--;
1065           running++;
1066         }
1067
1068         af.setProgressBar("DAS features being retrieved...", id);
1069         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1070         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1071         af.setProgressBar(null, id);
1072         synchronized (us)
1073         {
1074           running--;
1075         }
1076       }
1077     }).start();
1078   }
1079
1080   public synchronized boolean allFinished()
1081   {
1082     return queued == 0 && running == 0;
1083   }
1084
1085
1086
1087 };