Alignment of node labels modified
[jalview.git] / src / jalview / bin / Jalview.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.bin;\r
20 \r
21 import jalview.gui.*;\r
22 \r
23 import org.apache.log4j.*;\r
24 \r
25 import javax.swing.*;\r
26 \r
27 import java.util.Vector;\r
28 \r
29 \r
30 /**\r
31  * Main class for Jalview Application\r
32  * <br>\r
33  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
34  *\r
35  * @author $author$\r
36  * @version $Revision$\r
37  */\r
38 public class Jalview\r
39 {\r
40 \r
41     /**\r
42      * main class for Jalview application\r
43      *\r
44      * @param args open <em>filename</em>\r
45      */\r
46     public static void main(String[] args)\r
47     {\r
48       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));\r
49       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "\r
50                          +System.getProperty("os.name")+" "\r
51                          +System.getProperty("os.version"));\r
52 \r
53 \r
54       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
55       boolean headless = false;\r
56 \r
57       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
58       {\r
59         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
60                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
61                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
62                            +"-groups FILE\tUse the given file to mark groups on the alignment. \nGroups file is in the following tab delimited format\n"\r
63                            +"TEXT<tab>SEQUENCE_ID<tab>SEQUENCE_INDEX<tab>START_RESIDUE<tab>END_RESIDUE<tab>COLOUR\n"\r
64                            +"SequenceID is used in preference to SequenceIndex if both are provided.\n"\r
65                            +"Enter ID_NOT_SPECIFIED for SEQUENCE_ID or -1 for SEQUENCE_INDEX if unknown.\n"\r
66                            +"COLOUR can be hexadecimal RGB or 'red', 'blue' etc.\n\n"\r
67                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
68                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
69                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
70                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
71                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
72                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
73                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
74                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
75                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
76                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
77                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.");\r
78         System.exit(0);\r
79           }\r
80 \r
81 \r
82           if (aparser.contains("nodisplay"))\r
83             System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
84 \r
85           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
86               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
87           {\r
88             headless = true;\r
89           }\r
90 \r
91           try\r
92           {\r
93             Cache.initLogger();\r
94           }\r
95           catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)\r
96           {\r
97             error.printStackTrace();\r
98             System.out.println(\r
99                 "\nEssential logging libraries not found."\r
100                 +"\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");\r
101             System.exit(0);\r
102           }\r
103 \r
104         Cache.loadProperties(aparser.getValue("props"));\r
105 \r
106         Desktop desktop = null;\r
107         if( !headless )\r
108         {\r
109           try\r
110           {\r
111             UIManager.setLookAndFeel(\r
112                    UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
113             //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
114 //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
115 //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
116 //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
117 //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
118 \r
119                 );\r
120           }\r
121           catch (Exception ex)\r
122           {\r
123           }\r
124 \r
125           desktop = new Desktop();\r
126           desktop.setVisible(true);\r
127           desktop.discoverer.start();\r
128         }\r
129 \r
130 \r
131          String file = null, protocol = null, format = null, groups=null;\r
132          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
133 \r
134           file = aparser.getValue("open");\r
135 \r
136           if (file == null && desktop==null)\r
137           {\r
138             System.out.println("No files to open!");\r
139             System.exit(1);\r
140           }\r
141 \r
142           if(file!=null)\r
143           {\r
144 \r
145             if (!file.startsWith("http://"))\r
146             {\r
147               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
148               {\r
149                 System.out.println("Can't find " + file);\r
150                 System.exit(1);\r
151               }\r
152             }\r
153 \r
154             protocol = "File";\r
155 \r
156             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
157             {\r
158               protocol = "URL";\r
159             }\r
160 \r
161             if (file.endsWith(".jar"))\r
162               format = "Jalview";\r
163             else\r
164               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
165 \r
166             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
167 \r
168             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
169 \r
170             groups = aparser.getValue("groups");\r
171             if (groups != null)\r
172             {\r
173               af.parseGroupsFile(groups);\r
174             }\r
175 \r
176             String imageName = "unnamed.png";\r
177             while (aparser.getSize() > 1)\r
178             {\r
179               format = aparser.nextValue();\r
180               file = aparser.nextValue();\r
181 \r
182               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
183               {\r
184                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
185                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
186                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
187                 continue;\r
188               }\r
189               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
190               {\r
191                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
192                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
193                 continue;\r
194               }\r
195               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
196               {\r
197                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
198                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
199                 continue;\r
200               }\r
201 \r
202               if (af.saveAlignment(file, format))\r
203                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
204                                    " format to " + file);\r
205               else\r
206                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
207                                    " format!!");\r
208 \r
209             }\r
210 \r
211             while (aparser.getSize() > 0)\r
212             {\r
213               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
214             }\r
215           }\r
216 \r
217         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
218         //////////////////////\r
219           if (\r
220               !headless &&\r
221               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))\r
222           {\r
223 \r
224             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",\r
225                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");\r
226             protocol = "File";\r
227 \r
228             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
229             {\r
230               protocol = "URL";\r
231             }\r
232 \r
233             if (file.endsWith(".jar"))\r
234             {\r
235               Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
236             }\r
237             else\r
238             {\r
239               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
240               desktop.LoadFile(file, protocol, format);\r
241             }\r
242           }\r
243 \r
244 \r
245           if (desktop==null)\r
246             System.exit(0);\r
247     }\r
248 }\r
249 \r
250  class ArgsParser\r
251  {\r
252    Vector vargs = null;\r
253    public ArgsParser(String [] args)\r
254    {\r
255      vargs = new Vector();\r
256      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
257      {\r
258        String arg = args[i].trim();\r
259        if (arg.charAt(0) == '-')\r
260          arg = arg.substring(1);\r
261        vargs.addElement(arg);\r
262      }\r
263    }\r
264 \r
265    public String getValue(String arg)\r
266    {\r
267      int index = vargs.indexOf(arg);\r
268      String ret = null;\r
269      if (index != -1)\r
270      {\r
271        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
272        vargs.removeElementAt(index);\r
273        vargs.removeElementAt(index);\r
274      }\r
275      return ret;\r
276    }\r
277 \r
278    public boolean contains(String arg)\r
279    {\r
280      if(vargs.contains(arg))\r
281      {\r
282        vargs.removeElement(arg);\r
283        return true;\r
284      }\r
285      else\r
286        return false;\r
287    }\r
288 \r
289    public String nextValue()\r
290    {\r
291      return  vargs.remove(0).toString();\r
292    }\r
293 \r
294    public int getSize()\r
295    {\r
296      return vargs.size();\r
297    }\r
298 \r
299  }\r