src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import jalview.gui.*;
  22
  23 import javax.swing.*;
  24
  25 import java.util.Vector;
  26
  27
  28 /**
  29  * Main class for Jalview Application
  30  * <br>
  31  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class Jalview
  37 {
  38
  39     /**
  40      * main class for Jalview application
  41      *
  42      * @param args open <em>filename</em>
  43      */
  44     public static void main(String[] args)
  45     {
  46       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));
  47       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "
  48                          +System.getProperty("os.name")+" "
  49                          +System.getProperty("os.version"));
  50
  51
  52       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  53       boolean headless = false;
  54
  55       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )
  56       {
  57         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  58                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  59                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  60                            +"-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  61                            +"-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  62                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  63                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  64                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  65                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  66                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  67                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  68                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  69                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  70                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  71                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
  72                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment."
  73             +"\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
  74         System.exit(0);
  75           }
  76
  77           Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before anything else!
  78
  79           if (aparser.contains("nodisplay"))
  80           {
  81             System.setProperty("java.awt.headless", "true");
  82           }
  83           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
  84               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
  85           {
  86             headless = true;
  87           }
  88
  89           try
  90           {
  91             Cache.initLogger();
  92           }
  93           catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
  94           {
  95             error.printStackTrace();
  96             System.out.println(
  97                 "\nEssential logging libraries not found."
  98                 +"\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
  99             System.exit(0);
 100           }
 101
 102         Desktop desktop = null;
 103         if( !headless )
 104         {
 105           try
 106           {
 107             UIManager.setLookAndFeel(
 108                 UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 109                 //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 110 //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 111 //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 112 //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 113 //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 114
 115                 );
 116           }
 117           catch (Exception ex)
 118           {
 119           }
 120
 121           desktop = new Desktop();
 122           desktop.setVisible(true);
 123           desktop.discoverer.start();
 124         }
 125
 126
 127          String file = null, protocol = null, format = null, data=null;
 128          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 129
 130           file = aparser.getValue("open");
 131
 132           if (file == null && desktop==null)
 133           {
 134             System.out.println("No files to open!");
 135             System.exit(1);
 136           }
 137
 138           if(file!=null)
 139           {
 140
 141             if (!file.startsWith("http://"))
 142             {
 143               if (! (new java.io.File(file)).exists())
 144               {
 145                 System.out.println("Can't find " + file);
 146                 if(headless)
 147                   System.exit(1);
 148               }
 149             }
 150
 151             protocol = "File";
 152
 153             if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") >-1)
 154             {
 155               protocol = "URL";
 156             }
 157
 158             if (file.endsWith(".jar"))
 159               format = "Jalview";
 160             else
 161               format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 162
 163             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);
 164
 165             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);
 166
 167             data = aparser.getValue("colour");
 168             if(data!=null)
 169             {
 170               data.replaceAll("%20", " ");
 171
 172               jalview.schemes.ColourSchemeI cs =
 173                   jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport().
 174                   getAlignment(), data);
 175
 176               if(cs == null)
 177               {
 178                 jalview.schemes.UserColourScheme ucs
 179                     = new jalview.schemes.UserColourScheme("white");
 180                 ucs.parseAppletParameter(data);
 181                 cs = ucs;
 182               }
 183
 184               System.out.println("colour is " + data);
 185               af.changeColour( cs );
 186             }
 187
 188
 189             // Must maintain ability to use the groups flag
 190             data = aparser.getValue("groups");
 191             if (data != null)
 192             {
 193               af.parseFeaturesFile(data, protocol);
 194               System.out.println("Added "+data);
 195             }
 196             data = aparser.getValue("features");
 197             if (data != null)
 198             {
 199               af.parseFeaturesFile(data, protocol);
 200               System.out.println("Added "+data);
 201             }
 202
 203             data = aparser.getValue("annotations");
 204             if (data != null)
 205             {
 206               af.loadJalviewDataFile(data);
 207               System.out.println("Added "+data);
 208             }
 209
 210
 211             String imageName = "unnamed.png";
 212             while (aparser.getSize() > 1)
 213             {
 214               format = aparser.nextValue();
 215               file = aparser.nextValue();
 216
 217               if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 218               {
 219                 af.createPNG(new java.io.File(file));
 220                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 221                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 222                 continue;
 223               }
 224               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 225               {
 226                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 227                 System.out.println("Creating image map: " + file);
 228                 continue;
 229               }
 230               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 231               {
 232                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 233                 af.createEPS(new java.io.File(file));
 234                 continue;
 235               }
 236
 237               if (af.saveAlignment(file, format))
 238                 System.out.println("Written alignment in " + format +
 239                                    " format to " + file);
 240               else
 241                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +
 242                                    " format!!");
 243
 244             }
 245
 246             while (aparser.getSize() > 0)
 247             {
 248               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 249             }
 250           }
 251
 252         // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 253         // And the user
 254         //////////////////////
 255           if (
 256               !headless
 257           && file==null
 258           && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)
 259                     )
 260           {
 261
 262             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 263                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");
 264
 265             protocol = "File";
 266
 267             if (file.indexOf("http:") > -1)
 268             {
 269               protocol = "URL";
 270             }
 271
 272             if (file.endsWith(".jar"))
 273             {
 274               new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(file);
 275             }
 276             else
 277             {
 278               format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 279               new jalview.io.FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 280             }
 281           }
 282     }
 283 }
 284
 285  class ArgsParser
 286  {
 287    Vector vargs = null;
 288    public ArgsParser(String [] args)
 289    {
 290      vargs = new Vector();
 291      for (int i = 0; i < args.length; i++)
 292      {
 293        String arg = args[i].trim();
 294        if (arg.charAt(0) == '-')
 295          arg = arg.substring(1);
 296        vargs.addElement(arg);
 297      }
 298    }
 299
 300    public String getValue(String arg)
 301    {
 302      int index = vargs.indexOf(arg);
 303      String ret = null;
 304      if (index != -1)
 305      {
 306        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 307        vargs.removeElementAt(index);
 308        vargs.removeElementAt(index);
 309      }
 310      return ret;
 311    }
 312
 313    public boolean contains(String arg)
 314    {
 315      if(vargs.contains(arg))
 316      {
 317        vargs.removeElement(arg);
 318        return true;
 319      }
 320      else
 321        return false;
 322    }
 323
 324    public String nextValue()
 325    {
 326      return  vargs.remove(0).toString();
 327    }
 328
 329    public int getSize()
 330    {
 331      return vargs.size();
 332    }
 333
 334  }