src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.ext.so.SequenceOntology;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.gui.Desktop;
  26 import jalview.gui.PromptUserConfig;
  27 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  28 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.FileFormat;
  31 import jalview.io.FileFormatException;
  32 import jalview.io.FileFormatI;
  33 import jalview.io.FileLoader;
  34 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  35 import jalview.io.IdentifyFile;
  36 import jalview.io.NewickFile;
  37 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  38 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  39 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  40 import jalview.util.MessageManager;
  41 import jalview.util.Platform;
  42 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  43
  44 import java.io.BufferedReader;
  45 import java.io.File;
  46 import java.io.FileOutputStream;
  47 import java.io.IOException;
  48 import java.io.InputStreamReader;
  49 import java.io.OutputStreamWriter;
  50 import java.io.PrintWriter;
  51 import java.net.MalformedURLException;
  52 import java.net.URI;
  53 import java.net.URISyntaxException;
  54 import java.net.URL;
  55 import java.security.AllPermission;
  56 import java.security.CodeSource;
  57 import java.security.PermissionCollection;
  58 import java.security.Permissions;
  59 import java.security.Policy;
  60 import java.util.HashMap;
  61 import java.util.Map;
  62 import java.util.Vector;
  63
  64 import javax.swing.LookAndFeel;
  65 import javax.swing.UIManager;
  66
  67 import groovy.lang.Binding;
  68 import groovy.util.GroovyScriptEngine;
  69
  70 /**
  71  * Main class for Jalview Application <br>
  72  * <br>
  73  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  74  *
  75  * @author $author$
  76  * @version $Revision$
  77  */
  78 public class Jalview
  79 {
  80
  81   // BH 6/19/2018 starting to work on JS version - just discovering issues
  82
  83   /*
  84    * singleton instance of this class
  85    */
  86   private static Jalview instance;
  87
  88   private Desktop desktop;
  89
  90   public static AlignFrame currentAlignFrame;
  91
  92   public static boolean isJS = /** @j2sNative true || */ // BH 2018
  93           false;
  94
  95   static
  96   {
  97
  98     if (!isJS)
  99     { // BH 2018
 100     // grab all the rights we can the JVM
 101     Policy.setPolicy(new Policy()
 102     {
 103       @Override
 104       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
 105       {
 106         Permissions perms = new Permissions();
 107         perms.add(new AllPermission());
 108         return (perms);
 109       }
 110
 111       @Override
 112       public void refresh()
 113       {
 114       }
 115     });
 116
 117     }
 118   }
 119
 120   /**
 121    * keep track of feature fetching tasks.
 122    *
 123    * @author JimP
 124    *
 125    */
 126   class FeatureFetcher
 127   {
 128     /*
 129      * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
 130      * processing events.
 131      */
 132
 133     private int queued = 0;
 134
 135     private int running = 0;
 136
 137     public FeatureFetcher()
 138     {
 139
 140     }
 141
 142     public void addFetcher(final AlignFrame af,
 143             final Vector<String> dasSources)
 144     {
 145       final long id = System.currentTimeMillis();
 146       queued++;
 147       final FeatureFetcher us = this;
 148       new Thread(new Runnable()
 149       {
 150
 151         @Override
 152         public void run()
 153         {
 154           synchronized (us)
 155           {
 156             queued--;
 157             running++;
 158           }
 159
 160           af.setProgressBar(MessageManager
 161                   .getString("status.das_features_being_retrived"), id);
 162           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 163           af.setProgressBar(null, id);
 164           synchronized (us)
 165           {
 166             running--;
 167           }
 168         }
 169       }).start();
 170     }
 171
 172     public synchronized boolean allFinished()
 173     {
 174       return queued == 0 && running == 0;
 175     }
 176
 177   }
 178
 179   public static Jalview getInstance()
 180   {
 181     return instance;
 182   }
 183
 184   /**
 185    * main class for Jalview application
 186    *
 187    * @param args
 188    *          open <em>filename</em>
 189    */
 190   public static void main(String[] args)
 191   {
 192     instance = new Jalview();
 193     instance.doMain(args);
 194   }
 195
 196   /**
 197    * @param args
 198    */
 199   void doMain(String[] args)
 200   {
 201
 202     if (!isJS)
 203     {
 204       System.setSecurityManager(null);
 205     }
 206
 207     System.out
 208             .println("Java version: " + System.getProperty("java.version"));
 209     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
 210             + System.getProperty("os.name") + " "
 211             + System.getProperty("os.version"));
 212
 213     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 214     boolean headless = false;
 215
 216     String usrPropsFile = aparser.getValue("props");
 217     Cache.loadProperties(usrPropsFile); // must do this before
 218     if (usrPropsFile != null)
 219     {
 220       System.out.println(
 221               "CMD [-props " + usrPropsFile + "] executed successfully!");
 222     }
 223
 224     /**
 225      * BH 2018 ignoring this section for JS
 226      *
 227      * @j2sNative
 228      */
 229     {
 230       if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 231       {
 232         showUsage();
 233         System.exit(0);
 234       }
 235       if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 236               || aparser.contains("headless"))
 237       {
 238         System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 239         headless = true;
 240       }
 241       // anything else!
 242
 243       final String jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 244       if (jabawsUrl != null)
 245       {
 246         try
 247         {
 248           Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 249           System.out.println(
 250                   "CMD [-jabaws " + jabawsUrl + "] executed successfully!");
 251         } catch (MalformedURLException e)
 252         {
 253           System.err.println(
 254                   "Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl + " ignored");
 255         }
 256       }
 257
 258     }
 259     String defs = aparser.getValue("setprop");
 260     while (defs != null)
 261     {
 262       int p = defs.indexOf('=');
 263       if (p == -1)
 264       {
 265         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 266       }
 267       else
 268       {
 269         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 270         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 271         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 272         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 273       }
 274       defs = aparser.getValue("setprop");
 275     }
 276     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 277             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 278     {
 279       headless = true;
 280     }
 281     System.setProperty("http.agent",
 282             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 283     try
 284     {
 285       Cache.initLogger();
 286     } catch (NoClassDefFoundError error)
 287     {
 288       error.printStackTrace();
 289       System.out.println("\nEssential logging libraries not found."
 290               + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 291       System.exit(0);
 292     }
 293
 294     desktop = null;
 295
 296     try
 297     {
 298       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 299     } catch (Exception ex)
 300     {
 301       System.err.println("Unexpected Look and Feel Exception");
 302       ex.printStackTrace();
 303     }
 304     if (Platform.isAMac())
 305     {
 306
 307       LookAndFeel lookAndFeel = ch.randelshofer.quaqua.QuaquaManager
 308               .getLookAndFeel();
 309       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
 310               "Jalview");
 311       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 312       if (lookAndFeel != null)
 313       {
 314         try
 315         {
 316           UIManager.setLookAndFeel(lookAndFeel);
 317         } catch (Throwable e)
 318         {
 319           System.err.println(
 320                   "Failed to set QuaQua look and feel: " + e.toString());
 321         }
 322       }
 323       if (lookAndFeel == null || !(lookAndFeel.getClass()
 324               .isAssignableFrom(UIManager.getLookAndFeel().getClass()))
 325               || !UIManager.getLookAndFeel().getClass().toString()
 326                       .toLowerCase().contains("quaqua"))
 327       {
 328         try
 329         {
 330           System.err.println(
 331                   "Quaqua LaF not available on this plaform. Using VAqua(4).\nSee https://issues.jalview.org/browse/JAL-2976");
 332           UIManager.setLookAndFeel("org.violetlib.aqua.AquaLookAndFeel");
 333         } catch (Throwable e)
 334         {
 335           System.err.println(
 336                   "Failed to reset look and feel: " + e.toString());
 337         }
 338       }
 339     }
 340
 341     /*
 342      * configure 'full' SO model if preferences say to,
 343      * else use the default (SO Lite)
 344      */
 345     if (Cache.getDefault("USE_FULL_SO", false))
 346     {
 347       SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntology());
 348     }
 349
 350     if (!headless)
 351     {
 352       desktop = new Desktop();
 353       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 354       desktop.setVisible(true);
 355
 356       /**
 357        * BH 2018 JS bypass this section
 358        *
 359        * @j2sNative
 360        *
 361        */
 362       {
 363         desktop.startServiceDiscovery();
 364         if (!aparser.contains("nousagestats"))
 365         {
 366           startUsageStats(desktop);
 367         }
 368         else
 369         {
 370           System.err.println("CMD [-nousagestats] executed successfully!");
 371         }
 372
 373         if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 374         {
 375           String url = aparser.getValue("questionnaire");
 376           if (url != null)
 377           {
 378             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 379             // questionnaire
 380             Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 381             desktop.checkForQuestionnaire(url);
 382             System.out.println("CMD questionnaire[-" + url
 383                     + "] executed successfully!");
 384           }
 385           else
 386           {
 387             if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 388             {
 389               // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 390               // questionnaire
 391               // String defurl =
 392               // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 393               // //
 394               String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 395               Cache.log.debug(
 396                       "Starting questionnaire with default url: " + defurl);
 397               desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 398             }
 399           }
 400         }
 401         else
 402         {
 403           System.err
 404                   .println("CMD [-noquestionnaire] executed successfully!");
 405         }
 406
 407         if (!aparser.contains("nonews"))
 408         {
 409           desktop.checkForNews();
 410         }
 411
 412         BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
 413       }
 414     }
 415
 416     String file = null, data = null;
 417     FileFormatI format = null;
 418     DataSourceType protocol = null;
 419     FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 420     Vector<String> getFeatures = null; // vector of das source nicknames to
 421                                        // fetch
 422     // features from
 423     // loading is done.
 424     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 425     // completed one way or another
 426     // extract groovy argument and execute if necessary
 427     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 428     file = aparser.getValue("open", true);
 429
 430     if (file == null && desktop == null)
 431     {
 432       System.out.println("No files to open!");
 433       System.exit(1);
 434     }
 435     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc");
 436     String vamsasSession = aparser.getValue("vsess");
 437     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 438     {
 439       if (desktop == null || headless)
 440       {
 441         System.out.println(
 442                 "Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 443         System.exit(1);
 444       }
 445       // if we have a file, start a new session and import it.
 446       boolean inSession = false;
 447       if (vamsasImport != null)
 448       {
 449         try
 450         {
 451           DataSourceType viprotocol = AppletFormatAdapter
 452                   .checkProtocol(vamsasImport);
 453           if (viprotocol == DataSourceType.FILE)
 454           {
 455             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 456           }
 457           else if (viprotocol == DataSourceType.URL)
 458           {
 459             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 460           }
 461
 462         } catch (Exception e)
 463         {
 464           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 465                   + " as a vamsas document.");
 466           e.printStackTrace();
 467         }
 468         if (!inSession)
 469         {
 470           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 471                   + " as a vamsas document.");
 472         }
 473         else
 474         {
 475           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 476                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 477         }
 478       }
 479       if (vamsasSession != null)
 480       {
 481         if (vamsasImport != null)
 482         {
 483           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 484           // remnants into the new session later on.
 485           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 486         }
 487         // now join the new session
 488         try
 489         {
 490           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 491           {
 492             System.out.println(
 493                     "Successfully joined vamsas session " + vamsasSession);
 494           }
 495           else
 496           {
 497             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 498                     + vamsasSession);
 499           }
 500         } catch (Exception e)
 501         {
 502           System.err.println(
 503                   "ERROR: Failed to join vamsas session " + vamsasSession);
 504           e.printStackTrace();
 505         }
 506         if (vamsasImport != null)
 507         {
 508           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 509           // session at the user's leisure.
 510           Cache.log.info(
 511                   "Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 512           // enable
 513           // this
 514           // when
 515           // debugged
 516           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 517         }
 518       }
 519     }
 520     long progress = -1;
 521     // Finally, deal with the remaining input data.
 522     if (file != null)
 523     {
 524       if (!headless)
 525       {
 526         desktop.setProgressBar(
 527                 MessageManager
 528                         .getString("status.processing_commandline_args"),
 529                 progress = System.currentTimeMillis());
 530       }
 531       System.out.println("CMD [-open " + file + "] executed successfully!");
 532
 533       if (!isJS && !file.startsWith("http://"))
 534       {
 535         if (!(new File(file)).exists())
 536         {
 537           System.out.println("Can't find " + file);
 538           if (headless)
 539           {
 540             System.exit(1);
 541           }
 542         }
 543       }
 544
 545         protocol = AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 546
 547       try
 548       {
 549         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 550       } catch (FileFormatException e1)
 551       {
 552         // TODO ?
 553       }
 554
 555       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 556               format);
 557       if (af == null)
 558       {
 559         System.out.println("error");
 560       }
 561       else
 562       {
 563         setCurrentAlignFrame(af);
 564         data = aparser.getValue("colour", true);
 565         if (data != null)
 566         {
 567           data.replaceAll("%20", " ");
 568
 569           ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty
 570                   .getColourScheme(af.getViewport().getAlignment(), data);
 571
 572           if (cs != null)
 573           {
 574             System.out.println(
 575                     "CMD [-color " + data + "] executed successfully!");
 576           }
 577           af.changeColour(cs);
 578         }
 579
 580         // Must maintain ability to use the groups flag
 581         data = aparser.getValue("groups", true);
 582         if (data != null)
 583         {
 584           af.parseFeaturesFile(data,
 585                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 586           // System.out.println("Added " + data);
 587           System.out.println(
 588                   "CMD groups[-" + data + "]  executed successfully!");
 589         }
 590         data = aparser.getValue("features", true);
 591         if (data != null)
 592         {
 593           af.parseFeaturesFile(data,
 594                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 595           // System.out.println("Added " + data);
 596           System.out.println(
 597                   "CMD [-features " + data + "]  executed successfully!");
 598         }
 599
 600         data = aparser.getValue("annotations", true);
 601         if (data != null)
 602         {
 603           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 604           // System.out.println("Added " + data);
 605           System.out.println(
 606                   "CMD [-annotations " + data + "] executed successfully!");
 607         }
 608         // set or clear the sortbytree flag.
 609         if (aparser.contains("sortbytree"))
 610         {
 611           af.getViewport().setSortByTree(true);
 612           if (af.getViewport().getSortByTree())
 613           {
 614             System.out.println("CMD [-sortbytree] executed successfully!");
 615           }
 616         }
 617         if (aparser.contains("no-annotation"))
 618         {
 619           af.getViewport().setShowAnnotation(false);
 620           if (!af.getViewport().isShowAnnotation())
 621           {
 622             System.out.println("CMD no-annotation executed successfully!");
 623           }
 624         }
 625         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 626         {
 627           af.getViewport().setSortByTree(false);
 628           if (!af.getViewport().getSortByTree())
 629           {
 630             System.out
 631                     .println("CMD [-nosortbytree] executed successfully!");
 632           }
 633         }
 634         data = aparser.getValue("tree", true);
 635         if (data != null)
 636         {
 637           try
 638           {
 639             System.out.println(
 640                     "CMD [-tree " + data + "] executed successfully!");
 641             NewickFile nf = new NewickFile(data,
 642                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 643             af.getViewport()
 644                     .setCurrentTree(af.showNewickTree(nf, data).getTree());
 645           } catch (IOException ex)
 646           {
 647             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 648             ex.printStackTrace(System.err);
 649           }
 650         }
 651         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 652         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 653         // sequence)
 654
 655         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 656         if (af != null && getFeatures != null)
 657         {
 658           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 659           if (ff != null)
 660           {
 661             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 662             {
 663               // wait around until fetching is finished.
 664               try
 665               {
 666                 Thread.sleep(100);
 667               } catch (Exception e)
 668               {
 669
 670               }
 671             }
 672           }
 673           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 674         }
 675         if (groovyscript != null)
 676         {
 677           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 678           // and before any images or figures are generated.
 679           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 680           executeGroovyScript(groovyscript, af);
 681           System.out.println("CMD groovy[" + groovyscript
 682                   + "] executed successfully!");
 683           groovyscript = null;
 684         }
 685         String imageName = "unnamed.png";
 686         while (aparser.getSize() > 1)
 687         {
 688           String outputFormat = aparser.nextValue();
 689           file = aparser.nextValue();
 690
 691           if (outputFormat.equalsIgnoreCase("png"))
 692           {
 693             af.createPNG(new File(file));
 694             imageName = (new File(file)).getName();
 695             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 696             continue;
 697           }
 698           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("svg"))
 699           {
 700             File imageFile = new File(file);
 701             imageName = imageFile.getName();
 702             af.createSVG(imageFile);
 703             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 704             continue;
 705           }
 706           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("html"))
 707           {
 708             File imageFile = new File(file);
 709             imageName = imageFile.getName();
 710             HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 711             htmlSVG.exportHTML(file);
 712
 713             System.out.println("Creating HTML image: " + file);
 714             continue;
 715           }
 716           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("biojsmsa"))
 717           {
 718             if (file == null)
 719             {
 720               System.err.println("The output html file must not be null");
 721               return;
 722             }
 723             try
 724             {
 725               BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 726                       BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 727             } catch (URISyntaxException e)
 728             {
 729               e.printStackTrace();
 730             }
 731             BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 732             bjs.exportHTML(file);
 733             System.out
 734                     .println("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + file);
 735             continue;
 736           }
 737           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 738           {
 739             af.createImageMap(new File(file), imageName);
 740             System.out.println("Creating image map: " + file);
 741             continue;
 742           }
 743           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("eps"))
 744           {
 745             File outputFile = new File(file);
 746             System.out.println(
 747                     "Creating EPS file: " + outputFile.getAbsolutePath());
 748             af.createEPS(outputFile);
 749             continue;
 750           }
 751
 752           af.saveAlignment(file, format);
 753           if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
 754           {
 755             System.out.println("Written alignment in " + format
 756                     + " format to " + file);
 757           }
 758           else
 759           {
 760             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 761                     + format + " format!!");
 762           }
 763
 764         }
 765
 766         while (aparser.getSize() > 0)
 767         {
 768           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 769         }
 770       }
 771     }
 772     AlignFrame startUpAlframe = null;
 773     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 774     // And the user
 775     // ////////////////////
 776
 777     if (/** @j2sNative false && */ // BH 2018
 778     !headless && file == null && vamsasImport == null
 779             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 780     {
 781       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 782               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 783                       "http://www.jalview.org")
 784                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 785       if (file.equals(
 786               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 787       {
 788         // hardwire upgrade of the startup file
 789         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 790         // and remove the stale setting
 791         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 792       }
 793
 794       protocol = DataSourceType.FILE;
 795
 796       if (file.indexOf("http:") > -1)
 797       {
 798         protocol = DataSourceType.URL;
 799       }
 800
 801       if (file.endsWith(".jar"))
 802       {
 803         format = FileFormat.Jalview;
 804       }
 805       else
 806       {
 807         try
 808         {
 809           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 810         } catch (FileFormatException e)
 811         {
 812           // TODO what?
 813         }
 814       }
 815
 816       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 817               format);
 818       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 819       // extract groovy arguments before anything else.
 820     }
 821     // If the user has specified features to be retrieved,
 822     // or a groovy script to be executed, do them if they
 823     // haven't been done already
 824     // fetch features for the default alignment
 825     if (getFeatures != null)
 826     {
 827       if (startUpAlframe != null)
 828       {
 829         startFeatureFetching(getFeatures);
 830       }
 831     }
 832     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 833     if (groovyscript != null)
 834     {
 835       if (Cache.groovyJarsPresent())
 836       {
 837         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 838         executeGroovyScript(groovyscript, startUpAlframe);
 839       }
 840       else
 841       {
 842         System.err.println(
 843                 "Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 844                         + groovyscript);
 845       }
 846     }
 847     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 848     if (desktop != null)
 849     {
 850       if (progress != -1)
 851       {
 852         desktop.setProgressBar(null, progress);
 853       }
 854       desktop.setInBatchMode(false);
 855     }
 856   }
 857
 858   private static void showUsage()
 859   {
 860     System.out.println(
 861             "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 862                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 863                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 864                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 865                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 866                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 867                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 868                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 869                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 870                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 871                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 872                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 873                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 874                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 875                     + "-json FILE\tCreate alignment file FILE in JSON format.\n"
 876                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 877                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 878                     + "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n"
 879                     + "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n"
 880                     + "-biojsMSA FILE\tCreate BioJS MSA Viewer HTML file from alignment.\n"
 881                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 882                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 883                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 884                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 885                     + "-nonews\tTurn off check for Jalview news.\n"
 886                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 887                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 888                     // +
 889                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property,
 890                     // after all other properties files have been read\n\t
 891                     // (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are
 892                     // passed in correctly)"
 893                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
 894                     + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 895                     + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 896                     + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 897                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 898                     // +
 899                     // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new
 900                     // session or join existing session with same URN\n"
 901                     // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 902                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 903                     + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 904   }
 905
 906   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 907   {
 908     /**
 909      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 910      */
 911     PromptUserConfig prompter = new PromptUserConfig(Desktop.desktop,
 912             "USAGESTATS", "Jalview Usage Statistics",
 913             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 914                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 915                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 916             new Runnable()
 917             {
 918               @Override
 919               public void run()
 920               {
 921                 Cache.log.debug(
 922                         "Initialising googletracker for usage stats.");
 923                 Cache.initGoogleTracker();
 924                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 925               }
 926             }, new Runnable()
 927             {
 928               @Override
 929               public void run()
 930               {
 931                 Cache.log.debug("Not enabling Google Tracking.");
 932               }
 933             }, null, true);
 934     desktop.addDialogThread(prompter);
 935   }
 936
 937   /**
 938    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 939    *
 940    * @param groovyscript
 941    *          the script to execute
 942    * @param jalviewContext
 943    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 944    *          'Jalview' object.
 945    */
 946   private void executeGroovyScript(String groovyscript, AlignFrame af)
 947   {
 948     /**
 949      * for scripts contained in files
 950      */
 951     File tfile = null;
 952     /**
 953      * script's URI
 954      */
 955     URL sfile = null;
 956     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 957     {
 958       // read from stdin into a tempfile and execute it
 959       try
 960       {
 961         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 962         PrintWriter outfile = new PrintWriter(
 963                 new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(tfile)));
 964         BufferedReader br = new BufferedReader(
 965                 new InputStreamReader(System.in));
 966         String line = null;
 967         while ((line = br.readLine()) != null)
 968         {
 969           outfile.write(line + "\n");
 970         }
 971         br.close();
 972         outfile.flush();
 973         outfile.close();
 974
 975       } catch (Exception ex)
 976       {
 977         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 978                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)"
 979                         : tfile.toString()));
 980         ex.printStackTrace();
 981         return;
 982       }
 983       try
 984       {
 985         sfile = tfile.toURI().toURL();
 986       } catch (Exception x)
 987       {
 988         System.err.println(
 989                 "Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 990                         + tfile.toURI());
 991         x.printStackTrace();
 992         return;
 993       }
 994     }
 995     else
 996     {
 997       try
 998       {
 999         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
1000       } catch (Exception x)
1001       {
1002         tfile = new File(groovyscript);
1003         if (!tfile.exists())
1004         {
1005           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
1006           return;
1007         }
1008         if (!tfile.canRead())
1009         {
1010           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
1011           return;
1012         }
1013         if (tfile.length() < 1)
1014         {
1015           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
1016           return;
1017         }
1018         try
1019         {
1020           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
1021         } catch (Exception ex)
1022         {
1023           System.err.println("Failed to create a file URL for "
1024                   + tfile.getAbsoluteFile());
1025           return;
1026         }
1027       }
1028     }
1029     try
1030     {
1031       Map<String, Object> vbinding = new HashMap<>();
1032       vbinding.put("Jalview", this);
1033       if (af != null)
1034       {
1035         vbinding.put("currentAlFrame", af);
1036       }
1037       Binding gbinding = new Binding(vbinding);
1038       GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(new URL[] { sfile });
1039       gse.run(sfile.toString(), gbinding);
1040       if ("STDIN".equals(groovyscript))
1041       {
1042         // delete temp file that we made -
1043         // only if it was successfully executed
1044         tfile.delete();
1045       }
1046     } catch (Exception e)
1047     {
1048       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
1049               + " as a groovy script.");
1050       e.printStackTrace(System.err);
1051
1052     }
1053   }
1054
1055   /**
1056    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
1057    *
1058    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
1059    */
1060   private static Vector<String> checkDasArguments(ArgsParser aparser)
1061   {
1062     Vector<String> source = null;
1063     String data;
1064     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
1065     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
1066     {
1067       String nickname = null;
1068       String url = null;
1069       int pos = data.indexOf('=');
1070       // determine capabilities
1071       if (pos > 0)
1072       {
1073         nickname = data.substring(0, pos);
1074       }
1075       url = data.substring(pos + 1);
1076       if (url != null && (url.startsWith("http:")
1077               || url.startsWith("sequence:http:")))
1078       {
1079         if (nickname == null)
1080         {
1081           nickname = url;
1082         }
1083         if (locsources == null)
1084         {
1085           locsources = "";
1086         }
1087         else
1088         {
1089           locsources += "\t";
1090         }
1091         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
1092         System.err.println(
1093                 "NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
1094                         + nickname + "|" + url);
1095         if (source == null)
1096         {
1097           source = new Vector<>();
1098         }
1099         source.addElement(nickname);
1100       }
1101       System.out.println(
1102               "CMD [-dasserver " + data + "] executed successfully!");
1103     } // loop until no more server entries are found.
1104     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
1105     {
1106       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
1107               + locsources);
1108       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
1109     }
1110     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
1111     {
1112       System.out.println("adding source '" + data + "'");
1113       if (source == null)
1114       {
1115         source = new Vector<>();
1116       }
1117       source.addElement(data);
1118     }
1119     return source;
1120   }
1121
1122   /**
1123    * start a feature fetcher for every alignment frame
1124    *
1125    * @param dasSources
1126    */
1127   private FeatureFetcher startFeatureFetching(
1128           final Vector<String> dasSources)
1129   {
1130     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
1131     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignFrames();
1132     if (afs == null || afs.length == 0)
1133     {
1134       return null;
1135     }
1136     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
1137     {
1138       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
1139     }
1140     return ff;
1141   }
1142
1143   public static boolean isHeadlessMode()
1144   {
1145     String isheadless = System.getProperty("java.awt.headless");
1146     if (isheadless != null && isheadless.equalsIgnoreCase("true"))
1147     {
1148       return true;
1149     }
1150     return false;
1151   }
1152
1153   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1154   {
1155     return desktop == null ? new AlignFrame[] { getCurrentAlignFrame() }
1156             : Desktop.getAlignFrames();
1157
1158   }
1159
1160   /**
1161    * Quit method delegates to Desktop.quit - unless running in headless mode
1162    * when it just ends the JVM
1163    */
1164   public void quit()
1165   {
1166     if (desktop != null)
1167     {
1168       desktop.quit();
1169     }
1170     else
1171     {
1172       System.exit(0);
1173     }
1174   }
1175
1176   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
1177   {
1178     return Jalview.currentAlignFrame;
1179   }
1180
1181   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
1182   {
1183     Jalview.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
1184   }
1185 }