src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import javax.swing.*;
  24
  25 import jalview.gui.*;
  26
  27 /**
  28  * Main class for Jalview Application
  29  * <br>
  30  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class Jalview
  36 {
  37
  38   /**
  39    * main class for Jalview application
  40    *
  41    * @param args open <em>filename</em>
  42    */
  43   public static void main(String[] args)
  44   {
  45     System.out.println("Java version: " + System.getProperty("java.version"));
  46     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  47                        + System.getProperty("os.name") + " "
  48                        + System.getProperty("os.version"));
  49
  50     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  51     boolean headless = false;
  52
  53     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  54     {
  55       System.out.println(
  56           "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  57           + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  58           +
  59           "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  60           +
  61           "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  62           +
  63           "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  64           + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  65           + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  66           + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  67           + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  68           + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  69           + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  70           + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  71           + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  72           + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  73           +
  74           "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
  75           + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment."
  76           + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires."
  77           + "\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
  78       System.exit(0);
  79     }
  80
  81     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before anything else!
  82
  83     if (aparser.contains("nodisplay"))
  84     {
  85       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
  86     }
  87     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
  88         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
  89     {
  90       headless = true;
  91     }
  92
  93     try
  94     {
  95       Cache.initLogger();
  96     }
  97     catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
  98     {
  99       error.printStackTrace();
 100       System.out.println(
 101           "\nEssential logging libraries not found."
 102           + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 103       System.exit(0);
 104     }
 105
 106     Desktop desktop = null;
 107
 108     try
 109     {
 110       UIManager.setLookAndFeel(
 111           UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 112           //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 113           //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 114           //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 115           //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 116           //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 117
 118           );
 119     }
 120     catch (Exception ex)
 121     {}
 122     if (!headless)
 123     {
 124       desktop = new Desktop();
 125       desktop.setVisible(true);
 126       desktop.discoverer.start();
 127       String url = aparser.getValue("questionnaire");
 128       if (url != null)
 129       {
 130         // Start the desktop questionnaire prompter with the specified questionnaire
 131         Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 132         desktop.checkForQuestionnaire(url);
 133       }
 134       else
 135       {
 136         if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 137         {
 138           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified questionnaire
 139           // String defurl = "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl"; //
 140           String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 141           Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: " + defurl);
 142           desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 143
 144         }
 145       }
 146
 147     }
 148
 149     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 150     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 151
 152     file = aparser.getValue("open");
 153
 154     if (file == null && desktop == null)
 155     {
 156       System.out.println("No files to open!");
 157       System.exit(1);
 158     }
 159
 160     if (file != null)
 161     {
 162       System.out.println("Opening file: " + file);
 163
 164       if (!file.startsWith("http://"))
 165       {
 166         if (! (new java.io.File(file)).exists())
 167         {
 168           System.out.println("Can't find " + file);
 169           if (headless)
 170           {
 171             System.exit(1);
 172           }
 173         }
 174       }
 175
 176       protocol = "File";
 177
 178       if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 179       {
 180         protocol = "URL";
 181       }
 182
 183       if (file.endsWith(".jar"))
 184       {
 185         format = "Jalview";
 186       }
 187       else
 188       {
 189         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 190       }
 191
 192       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);
 193
 194       if (af == null)
 195       {
 196         System.out.println("error");
 197         return;
 198       }
 199
 200       data = aparser.getValue("colour");
 201       if (data != null)
 202       {
 203         data.replaceAll("%20", " ");
 204
 205         jalview.schemes.ColourSchemeI cs =
 206             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport().
 207             getAlignment(), data);
 208
 209         if (cs == null)
 210         {
 211           jalview.schemes.UserColourScheme ucs
 212               = new jalview.schemes.UserColourScheme("white");
 213           ucs.parseAppletParameter(data);
 214           cs = ucs;
 215         }
 216
 217         System.out.println("colour is " + data);
 218         af.changeColour(cs);
 219       }
 220
 221       // Must maintain ability to use the groups flag
 222       data = aparser.getValue("groups");
 223       if (data != null)
 224       {
 225         af.parseFeaturesFile(data, protocol);
 226         System.out.println("Added " + data);
 227       }
 228       data = aparser.getValue("features");
 229       if (data != null)
 230       {
 231         af.parseFeaturesFile(data, protocol);
 232         System.out.println("Added " + data);
 233       }
 234
 235       data = aparser.getValue("annotations");
 236       if (data != null)
 237       {
 238         af.loadJalviewDataFile(data);
 239         System.out.println("Added " + data);
 240       }
 241
 242       String imageName = "unnamed.png";
 243       while (aparser.getSize() > 1)
 244       {
 245         format = aparser.nextValue();
 246         file = aparser.nextValue();
 247
 248         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 249         {
 250           af.createPNG(new java.io.File(file));
 251           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 252           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 253           continue;
 254         }
 255         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 256         {
 257           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 258           System.out.println("Creating image map: " + file);
 259           continue;
 260         }
 261         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 262         {
 263           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 264           af.createEPS(new java.io.File(file));
 265           continue;
 266         }
 267
 268         if (af.saveAlignment(file, format))
 269         {
 270           System.out.println("Written alignment in " + format +
 271                              " format to " + file);
 272         }
 273         else
 274         {
 275           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +
 276                              " format!!");
 277         }
 278
 279       }
 280
 281       while (aparser.getSize() > 0)
 282       {
 283         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 284       }
 285     }
 286
 287     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 288     // And the user
 289     //////////////////////
 290     if (
 291         !headless
 292         && file == null
 293         && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)
 294         )
 295     {
 296
 297       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 298                                           "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 299
 300       protocol = "File";
 301
 302       if (file.indexOf("http:") > -1)
 303       {
 304         protocol = "URL";
 305       }
 306
 307       if (file.endsWith(".jar"))
 308       {
 309         format = "Jalview";
 310       }
 311       else
 312       {
 313         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 314       }
 315
 316       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 317
 318     }
 319   }
 320 }
 321
 322 class ArgsParser
 323 {
 324   Vector vargs = null;
 325   public ArgsParser(String[] args)
 326   {
 327     vargs = new Vector();
 328     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 329     {
 330       String arg = args[i].trim();
 331       if (arg.charAt(0) == '-')
 332       {
 333         arg = arg.substring(1);
 334       }
 335       vargs.addElement(arg);
 336     }
 337   }
 338
 339   public String getValue(String arg)
 340   {
 341     int index = vargs.indexOf(arg);
 342     String ret = null;
 343     if (index != -1)
 344     {
 345       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 346       vargs.removeElementAt(index);
 347       vargs.removeElementAt(index);
 348     }
 349     return ret;
 350   }
 351
 352   public boolean contains(String arg)
 353   {
 354     if (vargs.contains(arg))
 355     {
 356       vargs.removeElement(arg);
 357       return true;
 358     }
 359     else
 360     {
 361       return false;
 362     }
 363   }
 364
 365   public String nextValue()
 366   {
 367     return vargs.remove(0).toString();
 368   }
 369
 370   public int getSize()
 371   {
 372     return vargs.size();
 373   }
 374
 375 }