src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.Vector;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * Main class for Jalview Application\r
  32  * <br>\r
  33  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class Jalview\r
  39 {\r
  40     /**\r
  41      * Initialises the Apache Axis logger\r
  42      */\r
  43     private static void initLogger()\r
  44     {\r
  45         Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");\r
  46         Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");\r
  47 \r
  48         if (Cache.getProperty("logs.Axis.Level") == null)\r
  49         {\r
  50             Cache.setProperty("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString());\r
  51         }\r
  52 \r
  53         if (Cache.getProperty("logs.Castor.Level") == null)\r
  54         {\r
  55             Cache.setProperty("logs.Castor.Level", Level.INFO.toString());\r
  56         }\r
  57 \r
  58         laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Axis.Level")));\r
  59         lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Castor.Level")));\r
  60 \r
  61         ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),\r
  62                 "System.err");\r
  63         ap.setName("JalviewLogger");\r
  64         laxis.addAppender(ap);\r
  65         lcastor.addAppender(ap);\r
  66     }\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * main class for Jalview application\r
  70      *\r
  71      * @param args open <em>filename</em>\r
  72      */\r
  73     public static void main(String[] args)\r
  74     {\r
  75       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));\r
  76       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "\r
  77                          +System.getProperty("os.name")+" "\r
  78                          +System.getProperty("os.version"));\r
  79 \r
  80 \r
  81       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  82       boolean headless = false;\r
  83 \r
  84       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
  85       {\r
  86         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
  87                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
  88                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
  89                            +"-groups FILE\tUse the given file to mark groups on the alignment. \nGroups file is in the following tab delimited format\n"\r
  90                            +"TEXT<tab>SEQUENCE_ID<tab>SEQUENCE_INDEX<tab>START_RESIDUE<tab>END_RESIDUE<tab>COLOUR\n"\r
  91                            +"SequenceID is used in preference to SequenceIndex if both are provided.\n"\r
  92                            +"Enter ID_NOT_SPECIFIED for SEQUENCE_ID or -1 for SEQUENCE_INDEX if unknown.\n"\r
  93                            +"COLOUR can be hexadecimal RGB or 'red', 'blue' etc.\n\n"\r
  94                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
  95                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
  96                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
  97                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
  98                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
  99                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
 100                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
 101                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
 102                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
 103                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
 104                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.");\r
 105         System.exit(0);\r
 106           }\r
 107 \r
 108 \r
 109           if (aparser.contains("nodisplay"))\r
 110             System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
 111 \r
 112           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 113               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 114           {\r
 115             headless = true;\r
 116           }\r
 117 \r
 118         Cache.loadProperties(aparser.getValue("props"));\r
 119 \r
 120         try\r
 121         {\r
 122           initLogger();\r
 123         }\r
 124         catch (Exception e)\r
 125         {\r
 126           System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");\r
 127         }\r
 128 \r
 129 \r
 130         Desktop desktop = null;\r
 131         if( !headless )\r
 132         {\r
 133           try\r
 134           {\r
 135             UIManager.setLookAndFeel(\r
 136                    UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
 137             //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
 138 //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
 139 //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 140 //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
 141 //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
 142 \r
 143                 );\r
 144           }\r
 145           catch (Exception ex)\r
 146           {\r
 147           }\r
 148 \r
 149           desktop = new Desktop();\r
 150           desktop.setVisible(true);\r
 151         }\r
 152 \r
 153 \r
 154          String file = null, protocol = null, format = null, groups=null;\r
 155          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
 156 \r
 157           file = aparser.getValue("open");\r
 158 \r
 159           if (file == null && desktop==null)\r
 160           {\r
 161             System.out.println("No files to open!");\r
 162             System.exit(1);\r
 163           }\r
 164 \r
 165           if(file!=null)\r
 166           {\r
 167 \r
 168             if (!file.startsWith("http://"))\r
 169             {\r
 170               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
 171               {\r
 172                 System.out.println("Can't find " + file);\r
 173                 System.exit(1);\r
 174               }\r
 175             }\r
 176 \r
 177             protocol = "File";\r
 178 \r
 179             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 180             {\r
 181               protocol = "URL";\r
 182             }\r
 183 \r
 184             if (file.endsWith(".jar"))\r
 185               format = "Jalview";\r
 186             else\r
 187               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 188 \r
 189             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
 190 \r
 191             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 192 \r
 193             groups = aparser.getValue("groups");\r
 194             if (groups != null)\r
 195             {\r
 196               af.parseGroupsFile(groups);\r
 197             }\r
 198 \r
 199             String imageName = "unnamed.png";\r
 200             while (aparser.getSize() > 1)\r
 201             {\r
 202               format = aparser.nextValue();\r
 203               file = aparser.nextValue();\r
 204 \r
 205               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 206               {\r
 207                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 208                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 209                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 210                 continue;\r
 211               }\r
 212               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 213               {\r
 214                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 215                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 216                 continue;\r
 217               }\r
 218               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 219               {\r
 220                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 221                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 222                 continue;\r
 223               }\r
 224 \r
 225               if (af.saveAlignment(file, format))\r
 226                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 227                                    " format to " + file);\r
 228               else\r
 229                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 230                                    " format!!");\r
 231 \r
 232             }\r
 233 \r
 234             while (aparser.getSize() > 0)\r
 235             {\r
 236               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 237             }\r
 238           }\r
 239 \r
 240         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
 241         //////////////////////\r
 242           if (\r
 243               !headless &&\r
 244               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true) &&\r
 245               jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",\r
 246                                          "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar")!= null)\r
 247           {\r
 248 \r
 249             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",\r
 250                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");\r
 251             protocol = "File";\r
 252 \r
 253             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 254             {\r
 255               protocol = "URL";\r
 256             }\r
 257 \r
 258             if (file.endsWith(".jar"))\r
 259             {\r
 260               Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 261             }\r
 262             else\r
 263             {\r
 264               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 265               desktop.LoadFile(file, protocol, format);\r
 266             }\r
 267           }\r
 268 \r
 269 \r
 270           if (desktop==null)\r
 271             System.exit(0);\r
 272     }\r
 273 }\r
 274 \r
 275  class ArgsParser\r
 276  {\r
 277    Vector vargs = null;\r
 278    public ArgsParser(String [] args)\r
 279    {\r
 280      vargs = new Vector();\r
 281      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 282      {\r
 283        String arg = args[i].trim();\r
 284        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 285          arg = arg.substring(1);\r
 286        vargs.addElement(arg);\r
 287      }\r
 288    }\r
 289 \r
 290    public String getValue(String arg)\r
 291    {\r
 292      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 293      String ret = null;\r
 294      if (index != -1)\r
 295      {\r
 296        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 297        vargs.removeElementAt(index);\r
 298        vargs.removeElementAt(index);\r
 299      }\r
 300      return ret;\r
 301    }\r
 302 \r
 303    public boolean contains(String arg)\r
 304    {\r
 305      if(vargs.contains(arg))\r
 306      {\r
 307        vargs.removeElement(arg);\r
 308        return true;\r
 309      }\r
 310      else\r
 311        return false;\r
 312    }\r
 313 \r
 314    public String nextValue()\r
 315    {\r
 316      return  vargs.remove(0).toString();\r
 317    }\r
 318 \r
 319    public int getSize()\r
 320    {\r
 321      return vargs.size();\r
 322    }\r
 323 \r
 324  }\r