src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     static Applet applet;\r
  44     boolean fileFound = true;\r
  45     String file = "No file";\r
  46     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * init method for Jalview Applet\r
  50      */\r
  51     public void init()\r
  52     {\r
  53         applet = this;\r
  54 \r
  55         int r = 255;\r
  56         int g = 255;\r
  57         int b = 255;\r
  58         String param = getParameter("RGB");\r
  59 \r
  60         if (param != null)\r
  61         {\r
  62             try\r
  63             {\r
  64                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  65                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  66                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  67             }\r
  68             catch (Exception ex)\r
  69             {\r
  70                 r = 255;\r
  71                 g = 255;\r
  72                 b = 255;\r
  73             }\r
  74         }\r
  75 \r
  76         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  77 \r
  78         file = getParameter("file");\r
  79 \r
  80         if (file != null)\r
  81         {\r
  82             add(launcher);\r
  83             file = applet.getCodeBase() + file;\r
  84             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
  85                 {\r
  86                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  87                     {\r
  88                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
  89                                 "URL");\r
  90                         LoadFile(file, "URL", format);\r
  91                     }\r
  92                 });\r
  93         }\r
  94         else\r
  95         {\r
  96             file = "NO FILE";\r
  97             fileFound = false;\r
  98         }\r
  99     }\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * Displays the given URL in a new browser window\r
 103      *\r
 104      * @param url URL to display in browser window.\r
 105      * <br>New window will be named "HELP_WINDOW"\r
 106      */\r
 107     public static void showURL(String url)\r
 108     {\r
 109         try\r
 110         {\r
 111             applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),\r
 112                 "HELP_WINDOW");\r
 113         }\r
 114         catch (Exception ex)\r
 115         {\r
 116         }\r
 117     }\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Starts a new LoadingThread for loading an alignment file\r
 121      *\r
 122      * @param file file name including full path to file\r
 123      * @param protocol file or URL or paste\r
 124      * @param format Fasta, Clustal, PFAM, MSF, PIR, BLC, Jalview\r
 125      */\r
 126     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
 127     {\r
 128         LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format, this);\r
 129         loader.start();\r
 130     }\r
 131 \r
 132     /**\r
 133      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 134      *\r
 135      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 136      * @param title title of new frame\r
 137      * @param width width if new frame\r
 138      * @param height height of new frame\r
 139      */\r
 140     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 141         int height)\r
 142     {\r
 143         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 144         lastFrameX += 40;\r
 145         lastFrameY += 40;\r
 146         frame.setSize(width, height);\r
 147         frame.setTitle(title);\r
 148         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 149             {\r
 150                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 151                 {\r
 152                     frame.dispose();\r
 153                 }\r
 154             });\r
 155         frame.setVisible(true);\r
 156     }\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 160      * <br>\r
 161      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 162      *\r
 163      * @param g graphics context\r
 164      */\r
 165     public void paint(Graphics g)\r
 166     {\r
 167         if (!fileFound)\r
 168         {\r
 169             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 170             g.setColor(Color.cyan);\r
 171             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 172             g.setColor(Color.red);\r
 173             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 174             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 175         }\r
 176     }\r
 177 \r
 178     class LoadingThread extends Thread\r
 179     {\r
 180         String file;\r
 181         String protocol;\r
 182         String format;\r
 183         JalviewLite jlapplet;\r
 184 \r
 185         public LoadingThread(String file, String protocol, String format,\r
 186             JalviewLite applet)\r
 187         {\r
 188             this.file = file;\r
 189             this.protocol = protocol;\r
 190             this.format = format;\r
 191             this.jlapplet = applet;\r
 192         }\r
 193 \r
 194         public void run()\r
 195         {\r
 196             SequenceI[] sequences = null;\r
 197             sequences = FormatAdapter.readFile(file, protocol, format);\r
 198 \r
 199             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 200             {\r
 201                 AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 202                         jlapplet);\r
 203                 addFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 204                     AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 205                 af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 206             }\r
 207             else\r
 208             {\r
 209                 fileFound = false;\r
 210                 remove(launcher);\r
 211                 repaint();\r
 212             }\r
 213         }\r
 214     }\r
 215 }\r