Graphical bits moved into files to save jar size
[jalview.git] / src / jalview / bin / JalviewLite.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package jalview.bin;\r
20 \r
21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
22 \r
23 import jalview.datamodel.*;\r
24 \r
25 import jalview.io.*;\r
26 \r
27 import java.applet.*;\r
28 \r
29 import java.awt.*;\r
30 import java.awt.event.*;\r
31 \r
32 \r
33 /**\r
34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
35  *\r
36  * @author $author$\r
37  * @version $Revision$\r
38  */\r
39 public class JalviewLite extends Applet\r
40 {\r
41     static int lastFrameX = 200;\r
42     static int lastFrameY = 200;\r
43     boolean fileFound = true;\r
44     String file = "No file";\r
45     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
46     public static boolean AWT1 = false;\r
47 \r
48     AlignFrame currentAlignFrame;\r
49 \r
50 \r
51     /**\r
52      * init method for Jalview Applet\r
53      */\r
54     public void init()\r
55     {\r
56         String version = System.getProperty("java.version");\r
57         if (version.indexOf("1.1") == 0)\r
58           AWT1 = true;\r
59 \r
60         int r = 255;\r
61         int g = 255;\r
62         int b = 255;\r
63         String param = getParameter("RGB");\r
64 \r
65         if (param != null)\r
66         {\r
67             try\r
68             {\r
69                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
70                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
71                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
72             }\r
73             catch (Exception ex)\r
74             {\r
75                 r = 255;\r
76                 g = 255;\r
77                 b = 255;\r
78             }\r
79         }\r
80 \r
81         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
82 \r
83 \r
84         param = getParameter("features");\r
85         if(param!=null)\r
86         {\r
87           if(param.indexOf("://")==-1)\r
88                param = getCodeBase() + param;\r
89         }\r
90         final String featuresFile = param;\r
91 \r
92         file = getParameter("file");\r
93         final JalviewLite applet = this;\r
94         if (file != null)\r
95         {\r
96             add(launcher);\r
97             if(file.indexOf("://")==-1)\r
98                file = getCodeBase() + file;\r
99 \r
100             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
101                 {\r
102                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
103                     {\r
104                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
105                                 "URL");\r
106                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
107                             "URL",\r
108                             format,\r
109                             featuresFile,\r
110                             applet);\r
111                         loader.start();\r
112                       }\r
113                 });\r
114         }\r
115         else\r
116         {\r
117             file = "NO FILE";\r
118             fileFound = false;\r
119         }\r
120     }\r
121 \r
122     public static void main(String [] args)\r
123     {\r
124       if(args.length!=1)\r
125       {\r
126         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
127         System.exit(1);\r
128       }\r
129 \r
130       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(args[0],"File");\r
131       SequenceI[] sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], "File", format);\r
132 \r
133       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
134       {\r
135         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0]);\r
136         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
137       }\r
138     }\r
139 \r
140 \r
141     /**\r
142      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
143      *\r
144      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
145      * @param title title of new frame\r
146      * @param width width if new frame\r
147      * @param height height of new frame\r
148      */\r
149     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
150         int height)\r
151     {\r
152         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
153         lastFrameX += 40;\r
154         lastFrameY += 40;\r
155         frame.setSize(width, height);\r
156         frame.setTitle(title);\r
157         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
158             {\r
159                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
160                 {\r
161                     frame.dispose();\r
162                 }\r
163             });\r
164         frame.setVisible(true);\r
165     }\r
166 \r
167     public String getAlignment(String format)\r
168     {\r
169       return getAlignment(format, "true");\r
170     }\r
171 \r
172     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
173     {\r
174       try\r
175       {\r
176         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
177 \r
178         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
179             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(),\r
180             true, seqlimits);\r
181         return reply;\r
182       }\r
183       catch (Exception ex)\r
184       {ex.printStackTrace();\r
185         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
186 \r
187       }\r
188     }\r
189 \r
190     /**\r
191      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
192      * <br>\r
193      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
194      *\r
195      * @param g graphics context\r
196      */\r
197     public void paint(Graphics g)\r
198     {\r
199         if (!fileFound)\r
200         {\r
201             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
202             g.setColor(Color.cyan);\r
203             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
204             g.setColor(Color.red);\r
205             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
206             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
207         }\r
208     }\r
209 \r
210     class LoadingThread extends Thread\r
211     {\r
212         String file;\r
213         String protocol;\r
214         String format;\r
215         String featuresFile;\r
216         JalviewLite applet;\r
217 \r
218         public LoadingThread(String file,\r
219                              String protocol,\r
220                              String format,\r
221                              String features,\r
222                              JalviewLite applet)\r
223         {\r
224             this.file = file;\r
225             this.protocol = protocol;\r
226             this.format = format;\r
227             featuresFile = features;\r
228             this.applet = applet;\r
229         }\r
230 \r
231         public void run()\r
232         {\r
233             SequenceI[] sequences = null;\r
234             sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
235 \r
236             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
237             {\r
238                 currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
239                         applet, file);\r
240                 currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
241 \r
242                 if(featuresFile!=null)\r
243                   currentAlignFrame.parseFeaturesFile(featuresFile);\r
244             }\r
245             else\r
246             {\r
247                 fileFound = false;\r
248                 remove(launcher);\r
249                 repaint();\r
250             }\r
251         }\r
252     }\r
253 }\r