src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     boolean fileFound = true;\r
  44     String file = "No file";\r
  45     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  46     public static boolean AWT1 = false;\r
  47 \r
  48     AlignFrame currentAlignFrame;\r
  49 \r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * init method for Jalview Applet\r
  53      */\r
  54     public void init()\r
  55     {\r
  56         String version = System.getProperty("java.version");\r
  57         if (version.indexOf("1.1") == 0)\r
  58           AWT1 = true;\r
  59 \r
  60         int r = 255;\r
  61         int g = 255;\r
  62         int b = 255;\r
  63         String param = getParameter("RGB");\r
  64 \r
  65         if (param != null)\r
  66         {\r
  67             try\r
  68             {\r
  69                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  70                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  71                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  72             }\r
  73             catch (Exception ex)\r
  74             {\r
  75                 r = 255;\r
  76                 g = 255;\r
  77                 b = 255;\r
  78             }\r
  79         }\r
  80 \r
  81         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  82 \r
  83 \r
  84         param = getParameter("features");\r
  85         if(param!=null)\r
  86         {\r
  87           if(param.indexOf("://")==-1)\r
  88                param = getCodeBase() + param;\r
  89         }\r
  90         final String featuresFile = param;\r
  91 \r
  92         file = getParameter("file");\r
  93         final JalviewLite applet = this;\r
  94         if (file != null)\r
  95         {\r
  96             add(launcher);\r
  97             if(file.indexOf("://")==-1)\r
  98                file = getCodeBase() + file;\r
  99 \r
 100             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 101                 {\r
 102                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 103                     {\r
 104                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 105                                 "URL");\r
 106                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 107                             "URL",\r
 108                             format,\r
 109                             featuresFile,\r
 110                             applet);\r
 111                         loader.start();\r
 112                       }\r
 113                 });\r
 114         }\r
 115         else\r
 116         {\r
 117             file = "NO FILE";\r
 118             fileFound = false;\r
 119         }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     public static void main(String [] args)\r
 123     {\r
 124       if(args.length!=1)\r
 125       {\r
 126         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 127         System.exit(1);\r
 128       }\r
 129 \r
 130       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(args[0],"File");\r
 131       SequenceI[] sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], "File", format);\r
 132 \r
 133       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 134       {\r
 135         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0]);\r
 136         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 137       }\r
 138     }\r
 139 \r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 143      *\r
 144      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 145      * @param title title of new frame\r
 146      * @param width width if new frame\r
 147      * @param height height of new frame\r
 148      */\r
 149     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 150         int height)\r
 151     {\r
 152         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 153         lastFrameX += 40;\r
 154         lastFrameY += 40;\r
 155         frame.setSize(width, height);\r
 156         frame.setTitle(title);\r
 157         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 158             {\r
 159                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 160                 {\r
 161                     frame.dispose();\r
 162                 }\r
 163             });\r
 164         frame.setVisible(true);\r
 165     }\r
 166 \r
 167     public String getAlignment(String format)\r
 168     {\r
 169       return getAlignment(format, "true");\r
 170     }\r
 171 \r
 172     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 173     {\r
 174       try\r
 175       {\r
 176         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 177 \r
 178         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 179             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(),\r
 180             true, seqlimits);\r
 181         return reply;\r
 182       }\r
 183       catch (Exception ex)\r
 184       {ex.printStackTrace();\r
 185         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 186 \r
 187       }\r
 188     }\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 192      * <br>\r
 193      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 194      *\r
 195      * @param g graphics context\r
 196      */\r
 197     public void paint(Graphics g)\r
 198     {\r
 199         if (!fileFound)\r
 200         {\r
 201             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 202             g.setColor(Color.cyan);\r
 203             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 204             g.setColor(Color.red);\r
 205             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 206             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 207         }\r
 208     }\r
 209 \r
 210     class LoadingThread extends Thread\r
 211     {\r
 212         String file;\r
 213         String protocol;\r
 214         String format;\r
 215         String featuresFile;\r
 216         JalviewLite applet;\r
 217 \r
 218         public LoadingThread(String file,\r
 219                              String protocol,\r
 220                              String format,\r
 221                              String features,\r
 222                              JalviewLite applet)\r
 223         {\r
 224             this.file = file;\r
 225             this.protocol = protocol;\r
 226             this.format = format;\r
 227             featuresFile = features;\r
 228             this.applet = applet;\r
 229         }\r
 230 \r
 231         public void run()\r
 232         {\r
 233             SequenceI[] sequences = null;\r
 234             sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 235 \r
 236             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 237             {\r
 238                 currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 239                         applet, file);\r
 240                 currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 241 \r
 242                 if(featuresFile!=null)\r
 243                   currentAlignFrame.parseFeaturesFile(featuresFile);\r
 244             }\r
 245             else\r
 246             {\r
 247                 fileFound = false;\r
 248                 remove(launcher);\r
 249                 repaint();\r
 250             }\r
 251         }\r
 252     }\r
 253 }\r