src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     boolean fileFound = true;\r
  44     String file = "No file";\r
  45     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  46     public static boolean AWT1 = false;\r
  47 \r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * init method for Jalview Applet\r
  51      */\r
  52     public void init()\r
  53     {\r
  54         String version = System.getProperty("java.version");\r
  55         if (version.indexOf("1.1") == 0)\r
  56           AWT1 = true;\r
  57 \r
  58         int r = 255;\r
  59         int g = 255;\r
  60         int b = 255;\r
  61         String param = getParameter("RGB");\r
  62 \r
  63         if (param != null)\r
  64         {\r
  65             try\r
  66             {\r
  67                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  68                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  69                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  70             }\r
  71             catch (Exception ex)\r
  72             {\r
  73                 r = 255;\r
  74                 g = 255;\r
  75                 b = 255;\r
  76             }\r
  77         }\r
  78 \r
  79         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  80 \r
  81 \r
  82         param = getParameter("features");\r
  83         if(param!=null)\r
  84         {\r
  85           if(param.indexOf("://")==-1)\r
  86                param = getCodeBase() + param;\r
  87         }\r
  88         final String featuresFile = param;\r
  89 \r
  90         file = getParameter("file");\r
  91         final JalviewLite applet = this;\r
  92         if (file != null)\r
  93         {\r
  94             add(launcher);\r
  95             if(file.indexOf("://")==-1)\r
  96                file = getCodeBase() + file;\r
  97 \r
  98             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
  99                 {\r
 100                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 101                     {\r
 102                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 103                                 "URL");\r
 104                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 105                             "URL",\r
 106                             format,\r
 107                             featuresFile,\r
 108                             applet);\r
 109                         loader.start();\r
 110                       }\r
 111                 });\r
 112         }\r
 113         else\r
 114         {\r
 115             file = "NO FILE";\r
 116             fileFound = false;\r
 117         }\r
 118     }\r
 119 \r
 120     public static void main(String [] args)\r
 121     {\r
 122       if(args.length!=1)\r
 123       {\r
 124         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 125         System.exit(1);\r
 126       }\r
 127 \r
 128       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(args[0],"File");\r
 129       SequenceI[] sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], "File", format);\r
 130 \r
 131       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 132       {\r
 133         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0]);\r
 134         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 135       }\r
 136     }\r
 137 \r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 141      *\r
 142      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 143      * @param title title of new frame\r
 144      * @param width width if new frame\r
 145      * @param height height of new frame\r
 146      */\r
 147     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 148         int height)\r
 149     {\r
 150         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 151         lastFrameX += 40;\r
 152         lastFrameY += 40;\r
 153         frame.setSize(width, height);\r
 154         frame.setTitle(title);\r
 155         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 156             {\r
 157                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 158                 {\r
 159                     frame.dispose();\r
 160                 }\r
 161             });\r
 162         frame.setVisible(true);\r
 163     }\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 167      * <br>\r
 168      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 169      *\r
 170      * @param g graphics context\r
 171      */\r
 172     public void paint(Graphics g)\r
 173     {\r
 174         if (!fileFound)\r
 175         {\r
 176             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 177             g.setColor(Color.cyan);\r
 178             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 179             g.setColor(Color.red);\r
 180             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 181             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 182         }\r
 183     }\r
 184 \r
 185     class LoadingThread extends Thread\r
 186     {\r
 187         String file;\r
 188         String protocol;\r
 189         String format;\r
 190         String featuresFile;\r
 191         JalviewLite applet;\r
 192 \r
 193         public LoadingThread(String file,\r
 194                              String protocol,\r
 195                              String format,\r
 196                              String features,\r
 197                              JalviewLite applet)\r
 198         {\r
 199             this.file = file;\r
 200             this.protocol = protocol;\r
 201             this.format = format;\r
 202             featuresFile = features;\r
 203             this.applet = applet;\r
 204         }\r
 205 \r
 206         public void run()\r
 207         {\r
 208             SequenceI[] sequences = null;\r
 209             sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 210 \r
 211             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 212             {\r
 213                 AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 214                         applet, file);\r
 215                 af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 216 \r
 217                 if(featuresFile!=null)\r
 218                   af.parseFeaturesFile(featuresFile);\r
 219             }\r
 220             else\r
 221             {\r
 222                 fileFound = false;\r
 223                 remove(launcher);\r
 224                 repaint();\r
 225             }\r
 226         }\r
 227     }\r
 228 }\r