src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     boolean fileFound = true;\r
  44     String file = "No file";\r
  45     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  46 \r
  47     //The currentAlignFrame is static, it will change\r
  48     //if and when the user selects a new window\r
  49     static AlignFrame currentAlignFrame;\r
  50 \r
  51     //This is the first frame to be displayed, and does not change\r
  52     AlignFrame initialAlignFrame;\r
  53 \r
  54     boolean embedded = false;\r
  55 \r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * init method for Jalview Applet\r
  59      */\r
  60     public void init()\r
  61     {\r
  62         int r = 255;\r
  63         int g = 255;\r
  64         int b = 255;\r
  65         String param = getParameter("RGB");\r
  66 \r
  67         if (param != null)\r
  68         {\r
  69             try\r
  70             {\r
  71                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  72                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  73                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  74             }\r
  75             catch (Exception ex)\r
  76             {\r
  77                 r = 255;\r
  78                 g = 255;\r
  79                 b = 255;\r
  80             }\r
  81         }\r
  82 \r
  83         param = getParameter("label");\r
  84         if(param != null)\r
  85           launcher.setLabel(param);\r
  86 \r
  87         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  88 \r
  89         file = getParameter("file");\r
  90 \r
  91         final JalviewLite applet = this;\r
  92         if(getParameter("embedded")!=null\r
  93            && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))\r
  94         {\r
  95           embedded = true;\r
  96           LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);\r
  97           loader.start();\r
  98         }\r
  99         else if (file != null)\r
 100         {\r
 101             add(launcher);\r
 102 \r
 103             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 104                 {\r
 105                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 106                     {\r
 107                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 108                             applet);\r
 109                         loader.start();\r
 110                       }\r
 111                 });\r
 112         }\r
 113         else\r
 114         {\r
 115             file = "NO FILE";\r
 116             fileFound = false;\r
 117         }\r
 118     }\r
 119 \r
 120 \r
 121     public static void main(String [] args)\r
 122     {\r
 123       if(args.length!=1)\r
 124       {\r
 125         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 126         System.exit(1);\r
 127       }\r
 128 \r
 129       String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(args[0],AppletFormatAdapter.FILE);\r
 130 \r
 131       SequenceI[] sequences = null;\r
 132      try{\r
 133        sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], AppletFormatAdapter.FILE, format);\r
 134      }catch(java.io.IOException ex)\r
 135      {\r
 136        ex.printStackTrace();\r
 137      }\r
 138       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 139       {\r
 140         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0], false);\r
 141         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 142       }\r
 143     }\r
 144 \r
 145 \r
 146     /**\r
 147      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 148      *\r
 149      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 150      * @param title title of new frame\r
 151      * @param width width if new frame\r
 152      * @param height height of new frame\r
 153      */\r
 154     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 155         int height)\r
 156     {\r
 157         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 158         lastFrameX += 40;\r
 159         lastFrameY += 40;\r
 160         frame.setSize(width, height);\r
 161         frame.setTitle(title);\r
 162         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 163             {\r
 164                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 165                 {\r
 166                     if(currentAlignFrame == frame)\r
 167                     {\r
 168                       currentAlignFrame = null;\r
 169                     }\r
 170                     lastFrameX -=40;\r
 171                     lastFrameY -=40;\r
 172                     frame.setMenuBar(null);\r
 173                     frame.dispose();\r
 174                 }\r
 175                 public void windowActivated(WindowEvent e)\r
 176                 {\r
 177                   if(frame instanceof AlignFrame)\r
 178                     currentAlignFrame = (AlignFrame)frame;\r
 179                 }\r
 180 \r
 181             });\r
 182         frame.setVisible(true);\r
 183     }\r
 184 \r
 185     public String getSelectedSequences()\r
 186     {\r
 187       StringBuffer result = new StringBuffer("");\r
 188 \r
 189       if(initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup()!=null)\r
 190       {\r
 191         SequenceI[] seqs = initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup().\r
 192             getSequencesInOrder(\r
 193                 initialAlignFrame.viewport.getAlignment());\r
 194 \r
 195         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 196           result.append(seqs[i].getName() + "¬");\r
 197       }\r
 198 \r
 199       return result.toString();\r
 200     }\r
 201 \r
 202     public String getAlignment(String format)\r
 203     {\r
 204       return getAlignment(format, "true");\r
 205     }\r
 206 \r
 207     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 208     {\r
 209       try\r
 210       {\r
 211         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 212 \r
 213         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 214             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(), seqlimits);\r
 215         return reply;\r
 216       }\r
 217       catch (Exception ex)\r
 218       {\r
 219         ex.printStackTrace();\r
 220         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 221       }\r
 222     }\r
 223 \r
 224     /**\r
 225      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 226      * <br>\r
 227      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 228      *\r
 229      * @param g graphics context\r
 230      */\r
 231     public void paint(Graphics g)\r
 232     {\r
 233         if (!fileFound)\r
 234         {\r
 235             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 236             g.setColor(Color.cyan);\r
 237             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 238             g.setColor(Color.red);\r
 239             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 240             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 241         }\r
 242         else if(embedded)\r
 243         {\r
 244           g.setColor(Color.black);\r
 245           g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));\r
 246           g.drawString("Jalview Applet", 50, this.size().height/2 -30);\r
 247           g.drawString("Loading Data...", 50, this.size().height/2);\r
 248         }\r
 249 \r
 250 \r
 251     }\r
 252 \r
 253     class LoadingThread extends Thread\r
 254     {\r
 255         String file;\r
 256         String protocol;\r
 257         String format;\r
 258         JalviewLite applet;\r
 259 \r
 260         public LoadingThread(String _file,\r
 261                              JalviewLite _applet)\r
 262         {\r
 263             file = _file;\r
 264             if(inArchive(file))\r
 265               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 266             else\r
 267             {\r
 268               file = addProtocol(file);\r
 269               protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 270             }\r
 271             format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 272             applet = _applet;\r
 273         }\r
 274 \r
 275         public void run()\r
 276         {\r
 277             SequenceI[] sequences = null;\r
 278             try{\r
 279               sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol,\r
 280                   format);\r
 281             }catch(java.io.IOException ex)\r
 282             {\r
 283               ex.printStackTrace();\r
 284             }\r
 285             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 286             {\r
 287               currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 288                                                  applet,\r
 289                                                  file,\r
 290                                                  embedded);\r
 291 \r
 292 \r
 293               initialAlignFrame = currentAlignFrame;\r
 294 \r
 295               currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 296 \r
 297 \r
 298                 String treeFile = applet.getParameter("treeFile");\r
 299                 if (treeFile != null)\r
 300                 {\r
 301                   try\r
 302                   {\r
 303                     if(inArchive(treeFile))\r
 304                       protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 305                     else\r
 306                     {\r
 307                       protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 308                       treeFile = addProtocol(treeFile);\r
 309                     }\r
 310 \r
 311                     jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile, protocol);\r
 312 \r
 313                     fin.parse();\r
 314 \r
 315                     if (fin.getTree() != null)\r
 316                     {\r
 317                       currentAlignFrame.loadTree(fin, treeFile);\r
 318                     }\r
 319                   }\r
 320                   catch (Exception ex)\r
 321                   {\r
 322                     ex.printStackTrace();\r
 323                   }\r
 324               }\r
 325 \r
 326               String param = getParameter("features");\r
 327               if (param != null)\r
 328               {\r
 329                 if( !inArchive(param) )\r
 330                   param = addProtocol( param );\r
 331 \r
 332                 currentAlignFrame.parseFeaturesFile(param);\r
 333               }\r
 334 \r
 335               param = getParameter("showFeatureSettings");\r
 336               if(param !=null && param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 337               {\r
 338                 currentAlignFrame.featureSettings_actionPerformed();\r
 339               }\r
 340 \r
 341              param = getParameter("annotations");\r
 342              if (param != null)\r
 343              {\r
 344                if( !inArchive(param) )\r
 345                   param = addProtocol( param );\r
 346 \r
 347                new AnnotationFile().readAnnotationFile(\r
 348                    currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),\r
 349                    param);\r
 350 \r
 351                currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 352                currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0,0);\r
 353 \r
 354              }\r
 355 \r
 356              param = getParameter("jnetfile");\r
 357              if (param != null)\r
 358              {\r
 359                try\r
 360                {\r
 361                  if (inArchive(param))\r
 362                    protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 363                  else\r
 364                  {\r
 365                    protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 366                    param = addProtocol(param);\r
 367                  }\r
 368 \r
 369                  jalview.io.JPredFile predictions = new jalview.io.JPredFile(\r
 370                      param, protocol);\r
 371                  new JnetAnnotationMaker().add_annotation(predictions,\r
 372                      currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),\r
 373                      0,false); // do not add sequence profile from concise output\r
 374                  currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 375                  currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);\r
 376                } catch (Exception ex) {\r
 377                  ex.printStackTrace();\r
 378                }\r
 379              }\r
 380 \r
 381 \r
 382                 String pdbfile = applet.getParameter("PDBFILE");\r
 383                 if(pdbfile!=null)\r
 384                 {\r
 385                   if( inArchive(pdbfile) )\r
 386                     protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 387                   else\r
 388                   {\r
 389                     protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 390                     pdbfile = addProtocol(pdbfile);\r
 391                   }\r
 392 \r
 393                   String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");\r
 394 \r
 395                   if(sequence!=null)\r
 396                   {\r
 397                     new MCview.AppletPDBViewer(pdbfile, protocol,\r
 398                                                (Sequence)currentAlignFrame.getAlignViewport().getAlignment().findName(sequence),\r
 399                                                currentAlignFrame.getSeqcanvas());\r
 400                   }\r
 401 \r
 402                 }\r
 403             }\r
 404             else\r
 405             {\r
 406                 fileFound = false;\r
 407                 remove(launcher);\r
 408                 repaint();\r
 409             }\r
 410         }\r
 411 \r
 412         /**\r
 413          * Discovers whether the given file is in the Applet Archive\r
 414          * @param file String\r
 415          * @return boolean\r
 416          */\r
 417         boolean inArchive(String file)\r
 418         {\r
 419           //This might throw a security exception in certain browsers\r
 420           //Netscape Communicator for instance.\r
 421           try{\r
 422             return (getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null);\r
 423           }catch(Exception ex)\r
 424           {\r
 425             System.out.println("Exception checking resources: "+file+" "+ex);\r
 426             return false;\r
 427           }\r
 428         }\r
 429 \r
 430         String addProtocol(String file)\r
 431         {\r
 432           if (file.indexOf("://") == -1)\r
 433              file = getCodeBase() + file;\r
 434 \r
 435           return file;\r
 436         }\r
 437 \r
 438     }\r
 439 }\r