src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.applet.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import java.util.*;
  26
  27 import jalview.appletgui.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30
  31 /**
  32  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class JalviewLite
  38     extends Applet
  39 {
  40
  41
  42
  43   ///////////////////////////////////////////
  44   //The following public methods maybe called
  45   //externally, eg via javascript in HTML page
  46   /**
  47    * @return list of selected sequences separated by "¬"
  48    */
  49   public String getSelectedSequences()
  50   {
  51     return getSelectedSequencesFrom(getDefaultTargetFrame());
  52   }
  53   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf)
  54   {
  55     StringBuffer result = new StringBuffer("");
  56
  57     if (alf.viewport.getSelectionGroup() != null)
  58     {
  59       SequenceI[] seqs = alf.viewport.getSelectionGroup().
  60           getSequencesInOrder(
  61                   alf.viewport.getAlignment());
  62
  63       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  64       {
  65         result.append(seqs[i].getName() + "¬");
  66       }
  67     }
  68
  69     return result.toString();
  70   }
  71
  72   public String getAlignment(String format)
  73   {
  74     return getAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(), format, "true");
  75   }
  76   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format)
  77   {
  78     return getAlignmentFrom(alf, format, "true");
  79   }
  80   public String getAlignment(String format, String suffix)
  81   {
  82     return getAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(), format, suffix);
  83   }
  84   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format, String suffix)
  85   {
  86     try
  87     {
  88       boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");
  89
  90       String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,
  91           alf.viewport.getAlignment(), seqlimits);
  92       return reply;
  93     }
  94     catch (Exception ex)
  95     {
  96       ex.printStackTrace();
  97       return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";
  98     }
  99   }
 100
 101   public void loadAnnotation(String annotation)
 102   {
 103     loadAnnotationFrom(getDefaultTargetFrame(), annotation);
 104   }
 105   public void loadAnnotationFrom(AlignFrame alf, String annotation)
 106   {
 107     if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 108         alf.getAlignViewport().getAlignment(), annotation,
 109         AppletFormatAdapter.PASTE))
 110     {
 111       alf.alignPanel.fontChanged();
 112       alf.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 113     }
 114     else
 115     {
 116       alf.parseFeaturesFile(annotation, AppletFormatAdapter.PASTE);
 117     }
 118   }
 119
 120   public String getFeatures(String format)
 121   {
 122     return getFeaturesFrom(getDefaultTargetFrame(), format);
 123   }
 124   public String getFeaturesFrom(AlignFrame alf, String format)
 125   {
 126     return alf.outputFeatures(false, format);
 127   }
 128   public String getAnnotation()
 129   {
 130     return getAnnotationFrom(getDefaultTargetFrame());
 131   }
 132   public String getAnnotationFrom(AlignFrame alf)
 133   {
 134     return alf.outputAnnotations(false);
 135   }
 136   public AlignFrame newView()
 137   {
 138     return newViewFrom(getDefaultTargetFrame());
 139   }
 140   public AlignFrame newView(String name)
 141   {
 142     return newViewFrom(getDefaultTargetFrame(), name);
 143   }
 144
 145   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf)
 146   {
 147     return alf.newView(null);
 148   }
 149   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf, String name)
 150   {
 151     return alf.newView(name);
 152   }
 153   /**
 154    *
 155    * @param text alignment file as a string
 156    * @param title window title
 157    * @return null or new alignment frame
 158    */
 159   public AlignFrame loadAlignment(String text, String title)
 160   {
 161     Alignment al = null;
 162     String format = new IdentifyFile().Identify(text, AppletFormatAdapter.PASTE);
 163     try
 164     {
 165       al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 166                                               AppletFormatAdapter.PASTE,
 167                                               format);
 168       if (al.getHeight() > 0)
 169       {
 170         return new AlignFrame(al, this, title, false);
 171       }
 172     }
 173     catch (java.io.IOException ex)
 174     {
 175       ex.printStackTrace();
 176     }
 177     return null;
 178   }
 179
 180   ////////////////////////////////////////////////
 181   ////////////////////////////////////////////////
 182
 183
 184
 185   static int lastFrameX = 200;
 186   static int lastFrameY = 200;
 187   boolean fileFound = true;
 188   String file = "No file";
 189   Button launcher = new Button("Start Jalview");
 190
 191   /**
 192    * The currentAlignFrame is static, it will change
 193    * if and when the user selects a new window.
 194    * Note that it will *never* point back to the embedded AlignFrame
 195    * if the applet is started as embedded on the page and then afterwards a new view is created.
 196    */
 197   public static AlignFrame currentAlignFrame;
 198
 199   /**
 200    * This is the first frame to be displayed, and does not change.
 201    * API calls will default to this instance if currentAlignFrame is null.
 202    */
 203   AlignFrame initialAlignFrame;
 204
 205   boolean embedded = false;
 206
 207   public boolean jmolAvailable = false;
 208   public static boolean debug;
 209
 210   /**
 211    * init method for Jalview Applet
 212    */
 213   public void init()
 214   {
 215     String dbg = getParameter("debug");
 216     if (dbg!=null)
 217     {
 218       debug = dbg.toLowerCase().equals("true");
 219     }
 220     /**
 221      * get the separator parameter if present
 222      */
 223     String sep = getParameter("separator");
 224     if (sep!=null)
 225     {
 226       if (sep.length()>0)
 227       {      separator = sep;
 228         if (debug)
 229         {
 230           System.err.println("Separator set to '"+separator+"'");
 231         }
 232       } else {
 233         throw new Error("Invalid separator parameter - must be non-zero length");
 234       }
 235     }
 236     int r = 255;
 237     int g = 255;
 238     int b = 255;
 239     String param = getParameter("RGB");
 240
 241     if (param != null)
 242     {
 243       try
 244       {
 245         r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);
 246         g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);
 247         b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);
 248       }
 249       catch (Exception ex)
 250       {
 251         r = 255;
 252         g = 255;
 253         b = 255;
 254       }
 255     }
 256
 257     param = getParameter("label");
 258     if (param != null)
 259     {
 260       launcher.setLabel(param);
 261     }
 262
 263     this.setBackground(new Color(r, g, b));
 264
 265     file = getParameter("file");
 266
 267     if (file == null)
 268     {
 269       //Maybe the sequences are added as parameters
 270       StringBuffer data = new StringBuffer("PASTE");
 271       int i = 1;
 272       while ( (file = getParameter("sequence" + i)) != null)
 273       {
 274         data.append(file.toString() + "\n");
 275         i++;
 276       }
 277       if (data.length() > 5)
 278       {
 279         file = data.toString();
 280       }
 281     }
 282
 283     LoadJmolThread jmolAvailable = new LoadJmolThread();
 284     jmolAvailable.start();
 285
 286     final JalviewLite applet = this;
 287     if (getParameter("embedded") != null
 288         && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))
 289     {
 290       embedded = true;
 291       LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);
 292       loader.start();
 293     }
 294     else if (file != null)
 295     {
 296       add(launcher);
 297
 298       launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 299       {
 300         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 301         {
 302           LoadingThread loader = new LoadingThread(file,
 303               applet);
 304           loader.start();
 305         }
 306       });
 307     }
 308     else
 309     {
 310       file = "NO FILE";
 311       fileFound = false;
 312     }
 313   }
 314
 315
 316   /**
 317    * Initialises and displays a new java.awt.Frame
 318    *
 319    * @param frame java.awt.Frame to be displayed
 320    * @param title title of new frame
 321    * @param width width if new frame
 322    * @param height height of new frame
 323    */
 324   public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,
 325                               int height)
 326   {
 327     frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);
 328     lastFrameX += 40;
 329     lastFrameY += 40;
 330     frame.setSize(width, height);
 331     frame.setTitle(title);
 332     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
 333     {
 334       public void windowClosing(WindowEvent e)
 335       {
 336         if (frame instanceof AlignFrame)
 337         {
 338           ( (AlignFrame) frame).closeMenuItem_actionPerformed();
 339         }
 340         if (currentAlignFrame == frame)
 341         {
 342           currentAlignFrame = null;
 343         }
 344         lastFrameX -= 40;
 345         lastFrameY -= 40;
 346         frame.setMenuBar(null);
 347         frame.dispose();
 348       }
 349
 350       public void windowActivated(WindowEvent e)
 351       {
 352         if (frame instanceof AlignFrame)
 353         {
 354           currentAlignFrame = (AlignFrame) frame;
 355           if (debug)
 356           {
 357             System.err.println("Activated window "+frame);
 358           }
 359         }
 360         // be good.
 361         super.windowActivated(e);
 362       }
 363       /* Probably not necessary to do this - see TODO above.
 364        * (non-Javadoc)
 365        * @see java.awt.event.WindowAdapter#windowDeactivated(java.awt.event.WindowEvent)
 366        *
 367       public void windowDeactivated(WindowEvent e)
 368       {
 369         if (currentAlignFrame == frame)
 370         {
 371           currentAlignFrame = null;
 372           if (debug)
 373           {
 374             System.err.println("Deactivated window "+frame);
 375           }
 376         }
 377         super.windowDeactivated(e);
 378       }
 379        */
 380     });
 381     frame.setVisible(true);
 382   }
 383
 384   /**
 385    * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"
 386    * <br>
 387    * <br>If file given in parameter not found, displays error message
 388    *
 389    * @param g graphics context
 390    */
 391   public void paint(Graphics g)
 392   {
 393     if (!fileFound)
 394     {
 395       g.setColor(new Color(200, 200, 200));
 396       g.setColor(Color.cyan);
 397       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 398       g.setColor(Color.red);
 399       g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);
 400       g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);
 401     }
 402     else if (embedded)
 403     {
 404       g.setColor(Color.black);
 405       g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));
 406       g.drawString("Jalview Applet", 50, this.getSize().height / 2 - 30);
 407       g.drawString("Loading Data...", 50, this.getSize().height / 2);
 408     }
 409   }
 410
 411
 412   class LoadJmolThread extends Thread
 413   {
 414     public void run()
 415     {
 416       try
 417       {
 418         if (!System.getProperty("java.version").startsWith("1.1"))
 419         {
 420           Class.forName("org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter");
 421           jmolAvailable = true;
 422         }
 423       }
 424       catch (java.lang.ClassNotFoundException ex)
 425       {
 426         System.out.println("Jmol not available - Using MCview for structures");
 427       }
 428     }
 429   }
 430
 431
 432   class LoadingThread
 433       extends Thread
 434   {
 435     String file;
 436     String protocol;
 437     String format;
 438     JalviewLite applet;
 439
 440     public LoadingThread(String _file,
 441                          JalviewLite _applet)
 442     {
 443       if (applet.debug)
 444       {
 445         System.err.println("Loading thread started with:\n>>file\n"+_file+">>endfile");
 446       }
 447       file = _file;
 448       if (file.startsWith("PASTE"))
 449       {
 450         file = file.substring(5);
 451         protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 452       }
 453       else if (inArchive(file))
 454       {
 455         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 456       }
 457       else
 458       {
 459         file = addProtocol(file);
 460         protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 461       }
 462       if (applet.debug)
 463       {
 464         System.err.println("Protocol identified as '"+protocol+"'");
 465       }
 466       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 467       if (applet.debug)
 468       {
 469         System.err.println("File identified as '"+format+"'");
 470       }
 471       applet = _applet;
 472     }
 473
 474     public void run()
 475     {
 476       startLoading();
 477     }
 478
 479     private void startLoading()
 480     {
 481       Alignment al = null;
 482       try
 483       {
 484         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol,
 485                                                 format);
 486       }
 487       catch (java.io.IOException ex)
 488       {
 489         ex.printStackTrace();
 490       }
 491       if ( (al != null) && (al.getHeight() > 0))
 492       {
 493         initialAlignFrame =  new AlignFrame(al,
 494                                            applet,
 495                                            file,
 496                                            embedded);
 497         // update the focus.
 498         currentAlignFrame = initialAlignFrame;
 499
 500         if (protocol == jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)
 501         {
 502           currentAlignFrame.setTitle("Sequences from " + getDocumentBase());
 503         }
 504
 505         currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);
 506
 507         String treeFile = applet.getParameter("tree");
 508         if (treeFile == null)
 509         {
 510           treeFile = applet.getParameter("treeFile");
 511         }
 512
 513         if (treeFile != null)
 514         {
 515           try
 516           {
 517             if (inArchive(treeFile))
 518             {
 519               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 520             }
 521             else
 522             {
 523               protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 524               treeFile = addProtocol(treeFile);
 525             }
 526
 527             jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile,
 528                 protocol);
 529
 530             fin.parse();
 531
 532             if (fin.getTree() != null)
 533             {
 534               currentAlignFrame.loadTree(fin, treeFile);
 535             }
 536           }
 537           catch (Exception ex)
 538           {
 539             ex.printStackTrace();
 540           }
 541         }
 542
 543         String param = getParameter("features");
 544         if (param != null)
 545         {
 546           if (!inArchive(param))
 547           {
 548             param = addProtocol(param);
 549           }
 550
 551           currentAlignFrame.parseFeaturesFile(param, protocol);
 552         }
 553
 554         param = getParameter("showFeatureSettings");
 555         if (param != null && param.equalsIgnoreCase("true"))
 556         {
 557           currentAlignFrame.viewport.showSequenceFeatures(true);
 558           new FeatureSettings(currentAlignFrame.alignPanel);
 559         }
 560
 561         param = getParameter("annotations");
 562         if (param != null)
 563         {
 564           if (!inArchive(param))
 565           {
 566             param = addProtocol(param);
 567           }
 568
 569           new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 570               currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),
 571               param,
 572               protocol);
 573
 574           currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();
 575           currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 576
 577         }
 578
 579         param = getParameter("jnetfile");
 580         if (param != null)
 581         {
 582           try
 583           {
 584             if (inArchive(param))
 585             {
 586               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 587             }
 588             else
 589             {
 590               protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 591               param = addProtocol(param);
 592             }
 593
 594             jalview.io.JPredFile predictions = new jalview.io.JPredFile(
 595                 param, protocol);
 596             new JnetAnnotationMaker().add_annotation(predictions,
 597                 currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),
 598                 0, false); // do not add sequence profile from concise output
 599             currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();
 600             currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 601           }
 602           catch (Exception ex)
 603           {
 604             ex.printStackTrace();
 605           }
 606         }
 607
 608         /*
 609          <param name="PDBfile" value="1gaq.txt PDB|1GAQ|1GAQ|A PDB|1GAQ|1GAQ|B PDB|1GAQ|1GAQ|C">
 610
 611          <param name="PDBfile2" value="1gaq.txt A=SEQA B=SEQB C=SEQB">
 612
 613          <param name="PDBfile3" value="1q0o Q45135_9MICO">
 614         */
 615
 616
 617         int pdbFileCount = 0;
 618         do{
 619           if (pdbFileCount > 0)
 620             param = getParameter("PDBFILE" + pdbFileCount);
 621           else
 622             param = getParameter("PDBFILE");
 623
 624           if (param != null)
 625           {
 626             PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 627
 628             String seqstring;
 629             SequenceI[] seqs = null;
 630             String [] chains = null;
 631
 632             StringTokenizer st = new StringTokenizer(param, " ");
 633
 634             if (st.countTokens() < 2)
 635             {
 636               String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");
 637               if (sequence != null)
 638                 seqs = new SequenceI[]
 639                     {
 640                     (Sequence) currentAlignFrame.
 641                     getAlignViewport().getAlignment().
 642                     findName(sequence)};
 643
 644             }
 645             else
 646             {
 647               param = st.nextToken();
 648               Vector tmp = new Vector();
 649               Vector tmp2 = new Vector();
 650
 651               while (st.hasMoreTokens())
 652               {
 653                 seqstring = st.nextToken();
 654                 StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(seqstring,"=");
 655                 if(st2.countTokens()>1)
 656                 {
 657                   //This is the chain
 658                   tmp2.addElement(st2.nextToken());
 659                   seqstring = st2.nextToken();
 660                 }
 661                 tmp.addElement( (Sequence) currentAlignFrame.
 662                                  getAlignViewport().getAlignment().
 663                                  findName(seqstring));
 664               }
 665
 666               seqs = new SequenceI[tmp.size()];
 667               tmp.copyInto(seqs);
 668               if(tmp2.size()==tmp.size())
 669               {
 670                 chains = new String[tmp2.size()];
 671                 tmp2.copyInto(chains);
 672               }
 673             }
 674
 675             if (inArchive(param) && !jmolAvailable)
 676             {
 677               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 678             }
 679             else
 680             {
 681               protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 682               param = addProtocol(param);
 683             }
 684
 685             pdb.setFile(param);
 686
 687             if(seqs!=null)
 688             {
 689               for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 690               {
 691                 ( (Sequence) seqs[i]).addPDBId(pdb);
 692               }
 693
 694               if (jmolAvailable)
 695               {
 696                 new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb,
 697                                                  seqs,
 698                                                  chains,
 699                                                  currentAlignFrame.alignPanel,
 700                                                  protocol);
 701                 lastFrameX += 40;
 702                 lastFrameY+=40;
 703               }
 704               else
 705                     new MCview.AppletPDBViewer(pdb,
 706                                            seqs,
 707                                            chains,
 708                                            currentAlignFrame.alignPanel,
 709                                            protocol);
 710             }
 711           }
 712
 713           pdbFileCount++;
 714         }
 715         while(pdbFileCount < 10);
 716
 717         /////////////////////////////
 718         // modify display of features
 719         //
 720         // hide specific groups
 721         param = getParameter("hidefeaturegroups");
 722         if (param != null)
 723         {
 724           applet.setFeatureGroupState(param, false);
 725         }
 726         // show specific groups
 727         param = getParameter("showfeaturegroups");
 728         if (param != null)
 729         {
 730           applet.setFeatureGroupState(param, true);
 731         }
 732       }
 733       else
 734       {
 735         fileFound = false;
 736         remove(launcher);
 737         repaint();
 738       }
 739     }
 740
 741     /**
 742      * Discovers whether the given file is in the Applet Archive
 743      * @param file String
 744      * @return boolean
 745      */
 746     boolean inArchive(String file)
 747     {
 748       //This might throw a security exception in certain browsers
 749       //Netscape Communicator for instance.
 750       try
 751       {
 752         return (getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null);
 753       }
 754       catch (Exception ex)
 755       {
 756         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 757         return false;
 758       }
 759     }
 760
 761     String addProtocol(String file)
 762     {
 763       if (file.indexOf("://") == -1)
 764       {
 765         file = getCodeBase() + file;
 766       }
 767
 768       return file;
 769     }
 770   }
 771   /**
 772    * @return the default alignFrame acted on by the public applet methods.
 773    * May return null with an error message on System.err indicating the fact.
 774    */
 775   protected AlignFrame getDefaultTargetFrame()
 776   {
 777     if (currentAlignFrame!=null)
 778     {
 779       return currentAlignFrame;
 780     }
 781     if (initialAlignFrame!=null)
 782     {
 783       return initialAlignFrame;
 784     }
 785     System.err.println("Implementation error: Jalview Applet API cannot work out which AlignFrame to use.");
 786     return null;
 787   }
 788   /**
 789    * separator used for separatorList
 790    */
 791   protected String separator = "|"; // this is a safe(ish) separator - tabs don't work for firefox
 792   /**
 793    * parse the string into a list
 794    * @param list
 795    * @return elements separated by separator
 796    */
 797   public String[] separatorListToArray(String list)
 798   {
 799     int seplen = separator.length();
 800     if (list==null || list.equals(""))
 801       return null;
 802     java.util.Vector jv = new Vector();
 803     int cp=0,pos;
 804     while ((pos=list.indexOf(separator,cp))>cp)
 805     {
 806       jv.addElement(list.substring(cp,pos));
 807       cp = pos+seplen;
 808     }
 809     if (cp<list.length())
 810     {
 811       jv.addElement(list.substring(cp));
 812     }
 813     if (jv.size()>0)
 814     { String[] v = new String[jv.size()];
 815       for (int i=0; i<v.length; i++)
 816       {
 817         v[i] = (String) jv.elementAt(i);
 818       }
 819       jv.removeAllElements();
 820       if (debug)
 821       {
 822         System.err.println("Array from '"+separator+"' separated List:\n"+v.length);
 823         for (int i=0; i<v.length;i++)
 824         {
 825           System.err.println("item "+i+" '"+v[i]+"'");
 826         }
 827       }
 828       return v;
 829     }
 830     if (debug)
 831     {
 832       System.err.println("Empty Array from '"+separator+"' separated List");
 833     }
 834     return null;
 835   }
 836   /**
 837    * concatenate the list with separator
 838    * @param list
 839    * @return concatenated string
 840    */
 841   public String arrayToSeparatorList(String[] list)
 842   {
 843     StringBuffer v = new StringBuffer();
 844     if (list!=null)
 845     {
 846       for (int i=0,iSize=list.length-1;i<iSize;i++)
 847       {
 848         if (list[i]!=null)
 849         {
 850           v.append(list[i]);
 851         }
 852         v.append(separator);
 853       }
 854       if (list[list.length-1]!=null)
 855       { v.append(list[list.length-1]);
 856       }
 857       if (debug)
 858       {
 859         System.err.println("Returning '"+separator+"' separated List:\n");
 860         System.err.println(v);
 861       }
 862       return v.toString();
 863     }
 864     if (debug)
 865     {
 866       System.err.println("Returning empty '"+separator+"' separated List\n");
 867     }
 868     return "";
 869   }
 870   /**
 871    * @return
 872    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroups()
 873    */
 874   public String getFeatureGroups()
 875   {
 876     String lst = arrayToSeparatorList(getDefaultTargetFrame().getFeatureGroups());
 877     return lst;
 878   }
 879   /**
 880    * @param alf alignframe to get feature groups on
 881    * @return
 882    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroups()
 883    */
 884   public String getFeatureGroupsOn(AlignFrame alf)
 885   {
 886     String lst = arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroups());
 887     return lst;
 888   }
 889   /**
 890    * @param visible
 891    * @return
 892    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroupsOfState(boolean)
 893    */
 894   public String getFeatureGroupsOfState(boolean visible)
 895   {
 896     return arrayToSeparatorList(getDefaultTargetFrame().getFeatureGroupsOfState(visible));
 897   }
 898   /**
 899    * @param alf align frame to get groups of state visible
 900    * @param visible
 901    * @return
 902    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroupsOfState(boolean)
 903    */
 904   public String getFeatureGroupsOfStateOn(AlignFrame alf, boolean visible)
 905   {
 906     return arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroupsOfState(visible));
 907   }  /**
 908    * @param groups tab separated list of group names
 909    * @param state true or false
 910    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#setFeatureGroupState(java.lang.String[], boolean)
 911    */
 912   public void setFeatureGroupStateOn(AlignFrame alf, String groups, boolean state)
 913   {
 914     boolean st = state;//!(state==null || state.equals("") || state.toLowerCase().equals("false"));
 915     alf.setFeatureGroupState(separatorListToArray(groups), st);
 916   }
 917   public void setFeatureGroupState(String groups, boolean state)
 918   {
 919     setFeatureGroupStateOn(getDefaultTargetFrame(), groups, state);
 920   }
 921   /**
 922    * List separator string
 923    * @return the separator
 924    */
 925   public String getSeparator()
 926   {
 927     return separator;
 928   }
 929   /**
 930    * List separator string
 931    * @param separator the separator to set
 932    */
 933   public void setSeparator(String separator)
 934   {
 935     this.separator = separator;
 936   }
 937 }