Alignment of node labels modified
[jalview.git] / src / jalview / bin / JalviewLite.java
1 /*\r
2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4 *\r
5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
9 *\r
10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13 * GNU General Public License for more details.\r
14 *\r
15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18 */\r
19 package jalview.bin;\r
20 \r
21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
22 \r
23 import jalview.datamodel.*;\r
24 \r
25 import jalview.io.*;\r
26 \r
27 import java.applet.*;\r
28 \r
29 import java.awt.*;\r
30 import java.awt.event.*;\r
31 \r
32 \r
33 /**\r
34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
35  *\r
36  * @author $author$\r
37  * @version $Revision$\r
38  */\r
39 public class JalviewLite extends Applet\r
40 {\r
41     static int lastFrameX = 200;\r
42     static int lastFrameY = 200;\r
43     static Applet applet;\r
44     boolean fileFound = true;\r
45     String file = "No file";\r
46     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
47 \r
48     /**\r
49      * init method for Jalview Applet\r
50      */\r
51     public void init()\r
52     {\r
53         applet = this;\r
54 \r
55         int r = 255;\r
56         int g = 255;\r
57         int b = 255;\r
58         String param = getParameter("RGB");\r
59 \r
60         if (param != null)\r
61         {\r
62             try\r
63             {\r
64                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
65                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
66                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
67             }\r
68             catch (Exception ex)\r
69             {\r
70                 r = 255;\r
71                 g = 255;\r
72                 b = 255;\r
73             }\r
74         }\r
75 \r
76         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
77 \r
78         file = getParameter("file");\r
79 \r
80         if (file != null)\r
81         {\r
82             add(launcher);\r
83             file = applet.getCodeBase() + file;\r
84             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
85                 {\r
86                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
87                     {\r
88                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
89                                 "URL");\r
90                         LoadFile(file, "URL", format);\r
91                     }\r
92                 });\r
93         }\r
94         else\r
95         {\r
96             file = "NO FILE";\r
97             fileFound = false;\r
98         }\r
99     }\r
100 \r
101     public static void main(String [] args)\r
102     {\r
103       if(args.length!=1)\r
104       {\r
105         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
106         System.exit(1);\r
107       }\r
108 \r
109       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(args[0],"File");\r
110       SequenceI[] sequences = FormatAdapter.readFile(args[0], "File", format);\r
111 \r
112       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
113       {\r
114         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null);\r
115         addFrame(af, args[0], AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
116                  AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
117         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
118       }\r
119     }\r
120 \r
121     /**\r
122      * Displays the given URL in a new browser window\r
123      *\r
124      * @param url URL to display in browser window.\r
125      * <br>New window will be named "HELP_WINDOW"\r
126      */\r
127     public static void showURL(String url)\r
128     {\r
129       showURL(url, "HELP");\r
130     }\r
131 \r
132       public static void showURL(String url, String target)\r
133       {\r
134         if(applet==null)\r
135         {\r
136           System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
137         }\r
138         else\r
139         {\r
140           try\r
141           {\r
142             applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),\r
143                 target);\r
144           }\r
145           catch (Exception ex)\r
146           {\r
147             ex.printStackTrace();\r
148           }\r
149         }\r
150       }\r
151 \r
152 \r
153     /**\r
154      * Starts a new LoadingThread for loading an alignment file\r
155      *\r
156      * @param file file name including full path to file\r
157      * @param protocol file or URL or paste\r
158      * @param format Fasta, Clustal, PFAM, MSF, PIR, BLC, Jalview\r
159      */\r
160     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
161     {\r
162         LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format, this);\r
163         loader.start();\r
164     }\r
165 \r
166     /**\r
167      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
168      *\r
169      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
170      * @param title title of new frame\r
171      * @param width width if new frame\r
172      * @param height height of new frame\r
173      */\r
174     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
175         int height)\r
176     {\r
177         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
178         lastFrameX += 40;\r
179         lastFrameY += 40;\r
180         frame.setSize(width, height);\r
181         frame.setTitle(title);\r
182         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
183             {\r
184                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
185                 {\r
186                     frame.dispose();\r
187                 }\r
188             });\r
189         frame.setVisible(true);\r
190     }\r
191 \r
192     /**\r
193      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
194      * <br>\r
195      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
196      *\r
197      * @param g graphics context\r
198      */\r
199     public void paint(Graphics g)\r
200     {\r
201         if (!fileFound)\r
202         {\r
203             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
204             g.setColor(Color.cyan);\r
205             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
206             g.setColor(Color.red);\r
207             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
208             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
209         }\r
210     }\r
211 \r
212     class LoadingThread extends Thread\r
213     {\r
214         String file;\r
215         String protocol;\r
216         String format;\r
217         JalviewLite jlapplet;\r
218 \r
219         public LoadingThread(String file, String protocol, String format,\r
220             JalviewLite applet)\r
221         {\r
222             this.file = file;\r
223             this.protocol = protocol;\r
224             this.format = format;\r
225             this.jlapplet = applet;\r
226         }\r
227 \r
228         public void run()\r
229         {\r
230             SequenceI[] sequences = null;\r
231             sequences = FormatAdapter.readFile(file, protocol, format);\r
232 \r
233             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
234             {\r
235                 AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
236                         jlapplet);\r
237                 addFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
238                     AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
239                 af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
240             }\r
241             else\r
242             {\r
243                 fileFound = false;\r
244                 remove(launcher);\r
245                 repaint();\r
246             }\r
247         }\r
248     }\r
249 }\r