src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.applet.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import java.util.*;
  26
  27 import jalview.appletgui.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30
  31 /**
  32  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class JalviewLite extends Applet
  38 {
  39
  40   // /////////////////////////////////////////
  41   // The following public methods maybe called
  42   // externally, eg via javascript in HTML page
  43   /**
  44    * @return String list of selected sequence IDs, each terminated by "¬"
  45    *         (&#172;)
  46    */
  47   public String getSelectedSequences()
  48   {
  49     return getSelectedSequencesFrom(getDefaultTargetFrame());
  50   }
  51
  52   /**
  53    * @param sep
  54    *                separator string or null for default
  55    * @return String list of selected sequence IDs, each terminated by sep or
  56    *         ("¬" as default)
  57    */
  58   public String getSelectedSequences(String sep)
  59   {
  60     return getSelectedSequencesFrom(getDefaultTargetFrame(), sep);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * @param alf
  65    *                alignframe containing selection
  66    * @return String list of selected sequence IDs, each terminated by "¬"
  67    *
  68    */
  69   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf)
  70   {
  71     return getSelectedSequencesFrom(alf, "¬");
  72   }
  73
  74   /**
  75    * get list of selected sequence IDs separated by given separator
  76    *
  77    * @param alf
  78    *                window containing selection
  79    * @param sep
  80    *                separator string to use - default is "¬"
  81    * @return String list of selected sequence IDs, each terminated by the given
  82    *         separator
  83    */
  84   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf, String sep)
  85   {
  86     StringBuffer result = new StringBuffer("");
  87     if (sep == null || sep.length() == 0)
  88     {
  89       sep = "¬";
  90     }
  91     if (alf.viewport.getSelectionGroup() != null)
  92     {
  93       SequenceI[] seqs = alf.viewport.getSelectionGroup()
  94               .getSequencesInOrder(alf.viewport.getAlignment());
  95
  96       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  97       {
  98         result.append(seqs[i].getName());
  99         result.append(sep);
 100       }
 101     }
 102
 103     return result.toString();
 104   }
 105
 106   /**
 107    * get sequences selected in current alignFrame and return their alignment in
 108    * format 'format' either with or without suffix
 109    *
 110    * @param alf -
 111    *                where selection is
 112    * @param format -
 113    *                format of alignment file
 114    * @param suffix -
 115    *                "true" to append /start-end string to each sequence ID
 116    * @return selected sequences as flat file or empty string if there was no
 117    *         current selection
 118    */
 119   public String getSelectedSequencesAsAlignment(String format, String suffix)
 120   {
 121     return getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(currentAlignFrame, format,
 122             suffix);
 123   }
 124
 125   /**
 126    * get sequences selected in alf and return their alignment in format 'format'
 127    * either with or without suffix
 128    *
 129    * @param alf -
 130    *                where selection is
 131    * @param format -
 132    *                format of alignment file
 133    * @param suffix -
 134    *                "true" to append /start-end string to each sequence ID
 135    * @return selected sequences as flat file or empty string if there was no
 136    *         current selection
 137    */
 138   public String getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(AlignFrame alf,
 139           String format, String suffix)
 140   {
 141     try
 142     {
 143       boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");
 144       if (alf.viewport.getSelectionGroup() != null)
 145       {
 146         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,
 147                 new Alignment(alf.viewport.getSelectionAsNewSequence()),
 148                 seqlimits);
 149         return reply;
 150       }
 151     } catch (Exception ex)
 152     {
 153       ex.printStackTrace();
 154       return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";
 155     }
 156     return "";
 157   }
 158
 159   public String getAlignment(String format)
 160   {
 161     return getAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(), format, "true");
 162   }
 163
 164   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format)
 165   {
 166     return getAlignmentFrom(alf, format, "true");
 167   }
 168
 169   public String getAlignment(String format, String suffix)
 170   {
 171     return getAlignmentFrom(getDefaultTargetFrame(), format, suffix);
 172   }
 173
 174   public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format,
 175           String suffix)
 176   {
 177     try
 178     {
 179       boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");
 180
 181       String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,
 182               alf.viewport.getAlignment(), seqlimits);
 183       return reply;
 184     } catch (Exception ex)
 185     {
 186       ex.printStackTrace();
 187       return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";
 188     }
 189   }
 190
 191   public void loadAnnotation(String annotation)
 192   {
 193     loadAnnotationFrom(getDefaultTargetFrame(), annotation);
 194   }
 195
 196   public void loadAnnotationFrom(AlignFrame alf, String annotation)
 197   {
 198     if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(alf.getAlignViewport()
 199             .getAlignment(), annotation, AppletFormatAdapter.PASTE))
 200     {
 201       alf.alignPanel.fontChanged();
 202       alf.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 203     }
 204     else
 205     {
 206       alf.parseFeaturesFile(annotation, AppletFormatAdapter.PASTE);
 207     }
 208   }
 209
 210   public String getFeatures(String format)
 211   {
 212     return getFeaturesFrom(getDefaultTargetFrame(), format);
 213   }
 214
 215   public String getFeaturesFrom(AlignFrame alf, String format)
 216   {
 217     return alf.outputFeatures(false, format);
 218   }
 219
 220   public String getAnnotation()
 221   {
 222     return getAnnotationFrom(getDefaultTargetFrame());
 223   }
 224
 225   public String getAnnotationFrom(AlignFrame alf)
 226   {
 227     return alf.outputAnnotations(false);
 228   }
 229
 230   public AlignFrame newView()
 231   {
 232     return newViewFrom(getDefaultTargetFrame());
 233   }
 234
 235   public AlignFrame newView(String name)
 236   {
 237     return newViewFrom(getDefaultTargetFrame(), name);
 238   }
 239
 240   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf)
 241   {
 242     return alf.newView(null);
 243   }
 244
 245   public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf, String name)
 246   {
 247     return alf.newView(name);
 248   }
 249
 250   /**
 251    *
 252    * @param text
 253    *                alignment file as a string
 254    * @param title
 255    *                window title
 256    * @return null or new alignment frame
 257    */
 258   public AlignFrame loadAlignment(String text, String title)
 259   {
 260     Alignment al = null;
 261
 262     String format = new IdentifyFile().Identify(text,
 263             AppletFormatAdapter.PASTE);
 264     try
 265     {
 266       al = new AppletFormatAdapter().readFile(text,
 267               AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 268       if (al.getHeight() > 0)
 269       {
 270         return new AlignFrame(al, this, title, false);
 271       }
 272     } catch (java.io.IOException ex)
 273     {
 274       ex.printStackTrace();
 275     }
 276     return null;
 277   }
 278
 279   // //////////////////////////////////////////////
 280   // //////////////////////////////////////////////
 281
 282   static int lastFrameX = 200;
 283
 284   static int lastFrameY = 200;
 285
 286   boolean fileFound = true;
 287
 288   String file = "No file";
 289
 290   Button launcher = new Button("Start Jalview");
 291
 292   /**
 293    * The currentAlignFrame is static, it will change if and when the user
 294    * selects a new window. Note that it will *never* point back to the embedded
 295    * AlignFrame if the applet is started as embedded on the page and then
 296    * afterwards a new view is created.
 297    */
 298   public static AlignFrame currentAlignFrame;
 299
 300   /**
 301    * This is the first frame to be displayed, and does not change. API calls
 302    * will default to this instance if currentAlignFrame is null.
 303    */
 304   AlignFrame initialAlignFrame;
 305
 306   boolean embedded = false;
 307
 308   private boolean checkForJmol = true;
 309   private boolean checkedForJmol = false; // ensure we don't check for jmol every time the app is re-inited
 310
 311   public boolean jmolAvailable = false;
 312
 313   public static boolean debug;
 314
 315   /**
 316    * init method for Jalview Applet
 317    */
 318   public void init()
 319   {
 320     /**
 321      * turn on extra applet debugging
 322      */
 323     String dbg = getParameter("debug");
 324     if (dbg != null)
 325     {
 326       debug = dbg.toLowerCase().equals("true");
 327     }
 328     /**
 329      * if true disable the check for jmol
 330      */
 331     String chkforJmol = getParameter("nojmol");
 332     if (chkforJmol != null)
 333     {
 334       checkForJmol = !chkforJmol.equals("true");
 335     }
 336     /**
 337      * get the separator parameter if present
 338      */
 339     String sep = getParameter("separator");
 340     if (sep != null)
 341     {
 342       if (sep.length() > 0)
 343       {
 344         separator = sep;
 345         if (debug)
 346         {
 347           System.err.println("Separator set to '" + separator + "'");
 348         }
 349       }
 350       else
 351       {
 352         throw new Error(
 353                 "Invalid separator parameter - must be non-zero length");
 354       }
 355     }
 356     int r = 255;
 357     int g = 255;
 358     int b = 255;
 359     String param = getParameter("RGB");
 360
 361     if (param != null)
 362     {
 363       try
 364       {
 365         r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);
 366         g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);
 367         b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);
 368       } catch (Exception ex)
 369       {
 370         r = 255;
 371         g = 255;
 372         b = 255;
 373       }
 374     }
 375
 376     param = getParameter("label");
 377     if (param != null)
 378     {
 379       launcher.setLabel(param);
 380     }
 381
 382     this.setBackground(new Color(r, g, b));
 383
 384     file = getParameter("file");
 385
 386     if (file == null)
 387     {
 388       // Maybe the sequences are added as parameters
 389       StringBuffer data = new StringBuffer("PASTE");
 390       int i = 1;
 391       while ((file = getParameter("sequence" + i)) != null)
 392       {
 393         data.append(file.toString() + "\n");
 394         i++;
 395       }
 396       if (data.length() > 5)
 397       {
 398         file = data.toString();
 399       }
 400     }
 401
 402     final JalviewLite applet = this;
 403     if (getParameter("embedded") != null
 404             && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))
 405     {
 406       // Launch as embedded applet in page
 407       embedded = true;
 408       LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);
 409       loader.start();
 410     }
 411     else if (file != null)
 412     {
 413       if (getParameter("showbutton") == null
 414               || !getParameter("showbutton").equalsIgnoreCase("false"))
 415       {
 416         // Add the JalviewLite 'Button' to the page
 417         add(launcher);
 418         launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 419         {
 420           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 421           {
 422             LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);
 423             loader.start();
 424           }
 425         });
 426       }
 427       else
 428       {
 429         // Open jalviewLite immediately.
 430         LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);
 431         loader.start();
 432       }
 433     }
 434     else
 435     {
 436       // jalview initialisation with no alignment. loadAlignment() method can
 437       // still be called to open new alignments.
 438       file = "NO FILE";
 439       fileFound = false;
 440     }
 441   }
 442
 443   /**
 444    * Initialises and displays a new java.awt.Frame
 445    *
 446    * @param frame
 447    *                java.awt.Frame to be displayed
 448    * @param title
 449    *                title of new frame
 450    * @param width
 451    *                width if new frame
 452    * @param height
 453    *                height of new frame
 454    */
 455   public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,
 456           int height)
 457   {
 458     frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);
 459     lastFrameX += 40;
 460     lastFrameY += 40;
 461     frame.setSize(width, height);
 462     frame.setTitle(title);
 463     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
 464     {
 465       public void windowClosing(WindowEvent e)
 466       {
 467         if (frame instanceof AlignFrame)
 468         {
 469           ((AlignFrame) frame).closeMenuItem_actionPerformed();
 470         }
 471         if (currentAlignFrame == frame)
 472         {
 473           currentAlignFrame = null;
 474         }
 475         lastFrameX -= 40;
 476         lastFrameY -= 40;
 477         if (frame instanceof EmbmenuFrame)
 478         {
 479           ((EmbmenuFrame) frame).destroyMenus();
 480         }
 481         frame.setMenuBar(null);
 482         frame.dispose();
 483       }
 484
 485       public void windowActivated(WindowEvent e)
 486       {
 487         if (frame instanceof AlignFrame)
 488         {
 489           currentAlignFrame = (AlignFrame) frame;
 490           if (debug)
 491           {
 492             System.err.println("Activated window " + frame);
 493           }
 494         }
 495         // be good.
 496         super.windowActivated(e);
 497       }
 498       /*
 499        * Probably not necessary to do this - see TODO above. (non-Javadoc)
 500        *
 501        * @see java.awt.event.WindowAdapter#windowDeactivated(java.awt.event.WindowEvent)
 502        *
 503        * public void windowDeactivated(WindowEvent e) { if (currentAlignFrame ==
 504        * frame) { currentAlignFrame = null; if (debug) {
 505        * System.err.println("Deactivated window "+frame); } }
 506        * super.windowDeactivated(e); }
 507        */
 508     });
 509     frame.setVisible(true);
 510   }
 511
 512   /**
 513    * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button" <br>
 514    * <br>
 515    * If file given in parameter not found, displays error message
 516    *
 517    * @param g
 518    *                graphics context
 519    */
 520   public void paint(Graphics g)
 521   {
 522     if (!fileFound)
 523     {
 524       g.setColor(new Color(200, 200, 200));
 525       g.setColor(Color.cyan);
 526       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 527       g.setColor(Color.red);
 528       g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);
 529       g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);
 530     }
 531     else if (embedded)
 532     {
 533       g.setColor(Color.black);
 534       g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));
 535       g.drawString("Jalview Applet", 50, this.getSize().height / 2 - 30);
 536       g.drawString("Loading Data...", 50, this.getSize().height / 2);
 537     }
 538   }
 539
 540   class LoadJmolThread extends Thread
 541   {
 542     private boolean running=false;
 543
 544     public void run()
 545     {
 546       if (running || checkedForJmol) {
 547         return;
 548       }
 549       running=true;
 550       if (checkForJmol)
 551       {
 552         try
 553         {
 554           if (!System.getProperty("java.version").startsWith("1.1"))
 555           {
 556             Class.forName("org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter");
 557             jmolAvailable = true;
 558           }
 559           if (!jmolAvailable)
 560           {
 561             System.out
 562                     .println("Jmol not available - Using MCview for structures");
 563           }
 564         } catch (java.lang.ClassNotFoundException ex)
 565         {
 566         }
 567       }
 568       else
 569       {
 570         jmolAvailable = false;
 571         if (debug)
 572         {
 573           System.err
 574                   .println("Skipping Jmol check. Will use MCView (probably)");
 575         }
 576       }
 577       checkedForJmol=true;
 578       running=false;
 579     }
 580
 581     public boolean notFinished()
 582     {
 583       return running || !checkedForJmol;
 584     }
 585   }
 586
 587   class LoadingThread extends Thread
 588   {
 589     /**
 590      * State variable: File source
 591      */
 592     String file;
 593
 594     /**
 595      * State variable: protocol for access to file source
 596      */
 597     String protocol;
 598
 599     /**
 600      * State variable: format of file source
 601      */
 602     String format;
 603     String _file;
 604     JalviewLite applet;
 605     private void dbgMsg(String msg)
 606     {
 607       if (applet.debug)
 608       {
 609         System.err.println(msg);
 610       }
 611     }
 612
 613     /**
 614      * update the protocol state variable for accessing the datasource located
 615      * by file.
 616      *
 617      * @param file
 618      * @return possibly updated datasource string
 619      */
 620     public String setProtocolState(String file)
 621     {
 622       if (file.startsWith("PASTE"))
 623       {
 624         file = file.substring(5);
 625         protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 626       }
 627       else if (inArchive(file))
 628       {
 629         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 630       }
 631       else
 632       {
 633         file = addProtocol(file);
 634         protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 635       }
 636       dbgMsg("Protocol identified as '" + protocol + "'");
 637       return file;
 638     }
 639
 640     public LoadingThread(String _file, JalviewLite _applet)
 641     {
 642       this._file=_file;
 643       applet = _applet;
 644     }
 645
 646     public void run()
 647     {
 648       LoadJmolThread jmolchecker = new LoadJmolThread();
 649       jmolchecker.start();
 650       while (jmolchecker.notFinished())
 651       {
 652         // wait around until the Jmol check is complete.
 653         try { Thread.sleep(2); } catch (Exception e) {};
 654       }
 655       startLoading();
 656     }
 657
 658     private void startLoading()
 659     {
 660       AlignFrame newAlignFrame;
 661       dbgMsg("Loading thread started with:\n>>file\n" + _file + ">>endfile");
 662       file = setProtocolState(_file);
 663
 664       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 665       dbgMsg("File identified as '" + format + "'");
 666       dbgMsg("Loading started.");
 667       Alignment al = null;
 668       try
 669       {
 670         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 671       } catch (java.io.IOException ex)
 672       {
 673         dbgMsg("File load exception.");
 674         ex.printStackTrace();
 675         if (debug) {
 676           try {
 677             FileParse fp = new FileParse(file, protocol);
 678             String ln = null;
 679             dbgMsg(">>>Dumping contents of '"+file+"' "+"("+protocol+")");
 680             while ((ln=fp.nextLine())!=null) {
 681               dbgMsg(ln);
 682             }
 683             dbgMsg(">>>Dump finished.");
 684           } catch (Exception e)
 685           {
 686             System.err.println("Exception when trying to dump the content of the file parameter.");
 687             e.printStackTrace();
 688           }
 689         }
 690       }
 691       if ((al != null) && (al.getHeight() > 0))
 692       {
 693         dbgMsg("Successfully loaded file.");
 694         newAlignFrame = new AlignFrame(al, applet, file, embedded);
 695         if (initialAlignFrame==null)
 696         {
 697           initialAlignFrame = newAlignFrame;
 698         }
 699         // update the focus.
 700         currentAlignFrame = newAlignFrame;
 701
 702         if (protocol == jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)
 703         {
 704           newAlignFrame.setTitle("Sequences from " + getDocumentBase());
 705         }
 706
 707         newAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file "
 708                 + file);
 709
 710         String treeFile = applet.getParameter("tree");
 711         if (treeFile == null)
 712         {
 713           treeFile = applet.getParameter("treeFile");
 714         }
 715
 716         if (treeFile != null)
 717         {
 718           try
 719           {
 720             treeFile = setProtocolState(treeFile);
 721             /*
 722              * if (inArchive(treeFile)) { protocol =
 723              * AppletFormatAdapter.CLASSLOADER; } else { protocol =
 724              * AppletFormatAdapter.URL; treeFile = addProtocol(treeFile); }
 725              */
 726             jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile,
 727                     protocol);
 728
 729             fin.parse();
 730
 731             if (fin.getTree() != null)
 732             {
 733               newAlignFrame.loadTree(fin, treeFile);
 734               dbgMsg("Successfuly imported tree.");
 735             }
 736             else
 737             {
 738               dbgMsg("Tree parameter did not resolve to a valid tree.");
 739             }
 740           } catch (Exception ex)
 741           {
 742             ex.printStackTrace();
 743           }
 744         }
 745
 746         String param = getParameter("features");
 747         if (param != null)
 748         {
 749           param = setProtocolState(param);
 750
 751           newAlignFrame.parseFeaturesFile(param, protocol);
 752         }
 753
 754         param = getParameter("showFeatureSettings");
 755         if (param != null && param.equalsIgnoreCase("true"))
 756         {
 757           newAlignFrame.viewport.showSequenceFeatures(true);
 758           new FeatureSettings(newAlignFrame.alignPanel);
 759         }
 760
 761         param = getParameter("annotations");
 762         if (param != null)
 763         {
 764           param = setProtocolState(param);
 765
 766           if (new AnnotationFile().readAnnotationFile(
 767                   newAlignFrame.viewport.getAlignment(), param,
 768                   protocol))
 769           {
 770             newAlignFrame.alignPanel.fontChanged();
 771             newAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 772           }
 773           else
 774           {
 775             System.err
 776                     .println("Annotations were not added from annotation file '"
 777                             + param + "'");
 778           }
 779
 780         }
 781
 782         param = getParameter("jnetfile");
 783         if (param != null)
 784         {
 785           try
 786           {
 787             param = setProtocolState(param);
 788             jalview.io.JPredFile predictions = new jalview.io.JPredFile(
 789                     param, protocol);
 790             JnetAnnotationMaker.add_annotation(predictions,
 791                     newAlignFrame.viewport.getAlignment(), 0, false); // false==do
 792             // not
 793             // add
 794             // sequence
 795             // profile
 796             // from
 797             // concise
 798             // output
 799             newAlignFrame.alignPanel.fontChanged();
 800             newAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 801           } catch (Exception ex)
 802           {
 803             ex.printStackTrace();
 804           }
 805         }
 806
 807         /*
 808          * <param name="PDBfile" value="1gaq.txt PDB|1GAQ|1GAQ|A PDB|1GAQ|1GAQ|B
 809          * PDB|1GAQ|1GAQ|C">
 810          *
 811          * <param name="PDBfile2" value="1gaq.txt A=SEQA B=SEQB C=SEQB">
 812          *
 813          * <param name="PDBfile3" value="1q0o Q45135_9MICO">
 814          */
 815
 816         int pdbFileCount = 0;
 817         do
 818         {
 819           if (pdbFileCount > 0)
 820             param = getParameter("PDBFILE" + pdbFileCount);
 821           else
 822             param = getParameter("PDBFILE");
 823
 824           if (param != null)
 825           {
 826             PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 827
 828             String seqstring;
 829             SequenceI[] seqs = null;
 830             String[] chains = null;
 831
 832             StringTokenizer st = new StringTokenizer(param, " ");
 833
 834             if (st.countTokens() < 2)
 835             {
 836               String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");
 837               if (sequence != null)
 838                 seqs = new SequenceI[]
 839                 { (Sequence) newAlignFrame.getAlignViewport()
 840                         .getAlignment().findName(sequence) };
 841
 842             }
 843             else
 844             {
 845               param = st.nextToken();
 846               Vector tmp = new Vector();
 847               Vector tmp2 = new Vector();
 848
 849               while (st.hasMoreTokens())
 850               {
 851                 seqstring = st.nextToken();
 852                 StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(seqstring, "=");
 853                 if (st2.countTokens() > 1)
 854                 {
 855                   // This is the chain
 856                   tmp2.addElement(st2.nextToken());
 857                   seqstring = st2.nextToken();
 858                 }
 859                 tmp.addElement((Sequence) newAlignFrame
 860                         .getAlignViewport().getAlignment().findName(
 861                                 seqstring));
 862               }
 863
 864               seqs = new SequenceI[tmp.size()];
 865               tmp.copyInto(seqs);
 866               if (tmp2.size() == tmp.size())
 867               {
 868                 chains = new String[tmp2.size()];
 869                 tmp2.copyInto(chains);
 870               }
 871             }
 872             param = setProtocolState(param);
 873
 874             if (// !jmolAvailable
 875             // &&
 876             protocol == AppletFormatAdapter.CLASSLOADER)
 877             {
 878               // TODO: verify this Re:
 879               // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36605
 880               // This exception preserves the current behaviour where, even if
 881               // the local pdb file was identified in the class loader
 882               protocol = AppletFormatAdapter.URL; // this is probably NOT
 883               // CORRECT!
 884               param = addProtocol(param); //
 885             }
 886
 887             pdb.setFile(param);
 888
 889             if (seqs != null)
 890             {
 891               for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 892               {
 893                 if (seqs[i] != null)
 894                 {
 895                   ((Sequence) seqs[i]).addPDBId(pdb);
 896                 }
 897                 else
 898                 {
 899                   if (JalviewLite.debug)
 900                   {
 901                     // this may not really be a problem but we give a warning
 902                     // anyway
 903                     System.err
 904                             .println("Warning: Possible input parsing error: Null sequence for attachment of PDB (sequence "
 905                                     + i + ")");
 906                   }
 907                 }
 908               }
 909
 910               if (jmolAvailable)
 911               {
 912                 new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains,
 913                         newAlignFrame.alignPanel, protocol);
 914                 lastFrameX += 40;
 915                 lastFrameY += 40;
 916               }
 917               else
 918                 new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains,
 919                         newAlignFrame.alignPanel, protocol);
 920             }
 921           }
 922
 923           pdbFileCount++;
 924         } while (pdbFileCount < 10);
 925
 926         // ///////////////////////////
 927         // modify display of features
 928         //
 929         // hide specific groups
 930         param = getParameter("hidefeaturegroups");
 931         if (param != null)
 932         {
 933           applet.setFeatureGroupStateOn(newAlignFrame,param, false);
 934         }
 935         // show specific groups
 936         param = getParameter("showfeaturegroups");
 937         if (param != null)
 938         {
 939           applet.setFeatureGroupStateOn(newAlignFrame,param, true);
 940         }
 941       }
 942       else
 943       {
 944         fileFound = false;
 945         remove(launcher);
 946         repaint();
 947       }
 948     }
 949
 950     /**
 951      * Discovers whether the given file is in the Applet Archive
 952      *
 953      * @param file
 954      *                String
 955      * @return boolean
 956      */
 957     boolean inArchive(String file)
 958     {
 959       // This might throw a security exception in certain browsers
 960       // Netscape Communicator for instance.
 961       try
 962       {
 963         boolean rtn = (getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null);
 964         if (debug)
 965         {
 966           System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 967                   + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 968         }
 969         return rtn;
 970       } catch (Exception ex)
 971       {
 972         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " "
 973                 + ex);
 974         return false;
 975       }
 976     }
 977
 978     String addProtocol(String file)
 979     {
 980       if (file.indexOf("://") == -1)
 981       {
 982         file = getCodeBase() + file;
 983         if (debug)
 984         {
 985           System.err.println("Prepended codebase for resource: '" + file
 986                   + "'");
 987         }
 988       }
 989
 990       return file;
 991     }
 992   }
 993
 994   /**
 995    * @return the default alignFrame acted on by the public applet methods. May
 996    *         return null with an error message on System.err indicating the
 997    *         fact.
 998    */
 999   protected AlignFrame getDefaultTargetFrame()
1000   {
1001     if (currentAlignFrame != null)
1002     {
1003       return currentAlignFrame;
1004     }
1005     if (initialAlignFrame != null)
1006     {
1007       return initialAlignFrame;
1008     }
1009     System.err
1010             .println("Implementation error: Jalview Applet API cannot work out which AlignFrame to use.");
1011     return null;
1012   }
1013
1014   /**
1015    * separator used for separatorList
1016    */
1017   protected String separator = "|"; // this is a safe(ish) separator - tabs
1018
1019   // don't work for firefox
1020
1021   /**
1022    * parse the string into a list
1023    *
1024    * @param list
1025    * @return elements separated by separator
1026    */
1027   public String[] separatorListToArray(String list)
1028   {
1029     int seplen = separator.length();
1030     if (list == null || list.equals(""))
1031       return null;
1032     java.util.Vector jv = new Vector();
1033     int cp = 0, pos;
1034     while ((pos = list.indexOf(separator, cp)) > cp)
1035     {
1036       jv.addElement(list.substring(cp, pos));
1037       cp = pos + seplen;
1038     }
1039     if (cp < list.length())
1040     {
1041       jv.addElement(list.substring(cp));
1042     }
1043     if (jv.size() > 0)
1044     {
1045       String[] v = new String[jv.size()];
1046       for (int i = 0; i < v.length; i++)
1047       {
1048         v[i] = (String) jv.elementAt(i);
1049       }
1050       jv.removeAllElements();
1051       if (debug)
1052       {
1053         System.err.println("Array from '" + separator
1054                 + "' separated List:\n" + v.length);
1055         for (int i = 0; i < v.length; i++)
1056         {
1057           System.err.println("item " + i + " '" + v[i] + "'");
1058         }
1059       }
1060       return v;
1061     }
1062     if (debug)
1063     {
1064       System.err.println("Empty Array from '" + separator
1065               + "' separated List");
1066     }
1067     return null;
1068   }
1069
1070   /**
1071    * concatenate the list with separator
1072    *
1073    * @param list
1074    * @return concatenated string
1075    */
1076   public String arrayToSeparatorList(String[] list)
1077   {
1078     StringBuffer v = new StringBuffer();
1079     if (list != null)
1080     {
1081       for (int i = 0, iSize = list.length - 1; i < iSize; i++)
1082       {
1083         if (list[i] != null)
1084         {
1085           v.append(list[i]);
1086         }
1087         v.append(separator);
1088       }
1089       if (list[list.length - 1] != null)
1090       {
1091         v.append(list[list.length - 1]);
1092       }
1093       if (debug)
1094       {
1095         System.err.println("Returning '" + separator
1096                 + "' separated List:\n");
1097         System.err.println(v);
1098       }
1099       return v.toString();
1100     }
1101     if (debug)
1102     {
1103       System.err.println("Returning empty '" + separator
1104               + "' separated List\n");
1105     }
1106     return "";
1107   }
1108
1109   /**
1110    * @return
1111    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroups()
1112    */
1113   public String getFeatureGroups()
1114   {
1115     String lst = arrayToSeparatorList(getDefaultTargetFrame()
1116             .getFeatureGroups());
1117     return lst;
1118   }
1119
1120   /**
1121    * @param alf
1122    *                alignframe to get feature groups on
1123    * @return
1124    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroups()
1125    */
1126   public String getFeatureGroupsOn(AlignFrame alf)
1127   {
1128     String lst = arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroups());
1129     return lst;
1130   }
1131
1132   /**
1133    * @param visible
1134    * @return
1135    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroupsOfState(boolean)
1136    */
1137   public String getFeatureGroupsOfState(boolean visible)
1138   {
1139     return arrayToSeparatorList(getDefaultTargetFrame()
1140             .getFeatureGroupsOfState(visible));
1141   }
1142
1143   /**
1144    * @param alf
1145    *                align frame to get groups of state visible
1146    * @param visible
1147    * @return
1148    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#getFeatureGroupsOfState(boolean)
1149    */
1150   public String getFeatureGroupsOfStateOn(AlignFrame alf, boolean visible)
1151   {
1152     return arrayToSeparatorList(alf.getFeatureGroupsOfState(visible));
1153   }
1154
1155   /**
1156    * @param groups
1157    *                tab separated list of group names
1158    * @param state
1159    *                true or false
1160    * @see jalview.appletgui.AlignFrame#setFeatureGroupState(java.lang.String[],
1161    *      boolean)
1162    */
1163   public void setFeatureGroupStateOn(AlignFrame alf, String groups,
1164           boolean state)
1165   {
1166     boolean st = state;// !(state==null || state.equals("") ||
1167     // state.toLowerCase().equals("false"));
1168     alf.setFeatureGroupState(separatorListToArray(groups), st);
1169   }
1170
1171   public void setFeatureGroupState(String groups, boolean state)
1172   {
1173     setFeatureGroupStateOn(getDefaultTargetFrame(), groups, state);
1174   }
1175
1176   /**
1177    * List separator string
1178    *
1179    * @return the separator
1180    */
1181   public String getSeparator()
1182   {
1183     return separator;
1184   }
1185
1186   /**
1187    * List separator string
1188    *
1189    * @param separator
1190    *                the separator to set
1191    */
1192   public void setSeparator(String separator)
1193   {
1194     this.separator = separator;
1195   }
1196 }