src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 public class JalviewLite extends Applet {\r
  34     static int lastFrameX = 200;\r
  35     static int lastFrameY = 200;\r
  36     static Applet applet;\r
  37     boolean fileFound = true;\r
  38     String file = "No file";\r
  39     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  40 \r
  41     public void init() {\r
  42         applet = this;\r
  43 \r
  44         int r=255,g=255,b=255;\r
  45         String param = getParameter("RGB");\r
  46         if(param!=null)\r
  47         {\r
  48           try\r
  49           {\r
  50             r = Integer.parseInt(param.substring(0,2),16);\r
  51             g = Integer.parseInt(param.substring(2,4),16);\r
  52             b = Integer.parseInt(param.substring(4,6),16);\r
  53           }\r
  54           catch (Exception ex)\r
  55           { r=255;g=255;b=255; }\r
  56         }\r
  57 \r
  58         this.setBackground(new Color(r,g,b));\r
  59 \r
  60         file = getParameter("file");\r
  61 \r
  62         if (file != null) {\r
  63             add(launcher);\r
  64             file = applet.getCodeBase() + file;\r
  65             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {\r
  66                     public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
  67                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
  68                                 "URL");\r
  69                         LoadFile(file, "URL", format);\r
  70                     }\r
  71                 });\r
  72         } else {\r
  73             file = "NO FILE";\r
  74             fileFound = false;\r
  75         }\r
  76     }\r
  77 \r
  78     public static void showURL(String url) {\r
  79         try {\r
  80             applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),\r
  81                 "HELP_WINDOW");\r
  82         } catch (Exception ex) {\r
  83         }\r
  84     }\r
  85 \r
  86     public void LoadFile(String file, String protocol, String format) {\r
  87         LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format, this);\r
  88         loader.start();\r
  89     }\r
  90 \r
  91     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
  92         int height) {\r
  93         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
  94         lastFrameX += 40;\r
  95         lastFrameY += 40;\r
  96         frame.setSize(width, height);\r
  97         frame.setTitle(title);\r
  98         frame.addWindowListener(new WindowAdapter() {\r
  99                 public void windowClosing(WindowEvent e) {\r
 100                     frame.dispose();\r
 101                 }\r
 102             });\r
 103         frame.setVisible(true);\r
 104     }\r
 105 \r
 106     public void paint(Graphics g) {\r
 107         if (!fileFound) {\r
 108             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 109             g.setColor(Color.cyan);\r
 110             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 111             g.setColor(Color.red);\r
 112             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 113             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 114         }\r
 115     }\r
 116 \r
 117     class LoadingThread extends Thread {\r
 118         String file;\r
 119         String protocol;\r
 120         String format;\r
 121         JalviewLite jlapplet;\r
 122 \r
 123         public LoadingThread(String file, String protocol, String format,\r
 124             JalviewLite applet) {\r
 125             this.file = file;\r
 126             this.protocol = protocol;\r
 127             this.format = format;\r
 128             this.jlapplet = applet;\r
 129         }\r
 130 \r
 131         public void run() {\r
 132             SequenceI[] sequences = null;\r
 133             sequences = FormatAdapter.readFile(file, protocol, format);\r
 134 \r
 135             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0)) {\r
 136                 AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 137                         jlapplet);\r
 138                 addFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 139                     AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 140                 af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 141             } else {\r
 142                 fileFound = false;\r
 143                 remove(launcher);\r
 144                 repaint();\r
 145             }\r
 146         }\r
 147     }\r
 148 }\r