src/jalview/bin/argparser/Arg.java

   1 package jalview.bin.argparser;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.Arrays;
   5 import java.util.EnumSet;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Locale;
   8 import java.util.stream.Collectors;
   9
  10 public enum Arg
  11 {
  12   HELP("h"), CALCULATION, MENUBAR, STATUS, SHOWOVERVIEW, ANNOTATIONS,
  13   COLOUR, FEATURES, GROOVY, GROUPS, HEADLESS, JABAWS, DISPLAY, GUI, NEWS,
  14   SORTBYTREE, USAGESTATS, APPEND, OPEN, PROPS, QUESTIONNAIRE, SETPROP, TREE,
  15   VDOC, VSESS, OUTPUT, SSANNOTATIONS, NOTEMPFAC, TEMPFAC, TITLE, PAEMATRIX,
  16   WRAP, NOSTRUCTURE, STRUCTURE, STRUCTUREVIEWER, IMAGE, TYPE, RENDERER,
  17   QUIT, CLOSE, DEBUG("d"), QUIET("q"), ARGFILE, NEWFRAME, NPP("n++"),
  18   SUBSTITUTIONS, INITSUBSTITUTIONS, NIL, SPLASH, SETARGFILE, UNSETARGFILE,
  19   WEBSERVICEDISCOVERY, ALLFRAMES;
  20
  21   protected static enum Opt
  22   {
  23     BOOLEAN, // This Arg can be specified as --arg or --noarg to give true or
  24              // false. A default can be given with setOptions(bool, Opt....).
  25              // Use ArgParser.isSet(Arg) to see if this arg was not specified.
  26     STRING, // This Arg can accept a value either through --arg=value or --arg
  27             // value.
  28     UNARY, // This Arg is a boolean value, true if present, false if not. Like
  29            // BOOLEAN but without the --noarg option.
  30     MULTI, // This Arg can be specified multiple times. Multiple values are
  31            // stored in the ArgValuesMap (along with their positional index) for
  32            // each linkedId.
  33     LINKED, // This Arg can be linked to others through a --arg[linkedId] or
  34             // --arg[linkedId]=value. If no linkedId is specified then the
  35             // current default linkedId will be used.
  36     NODUPLICATEVALUES, // This Arg can only have one value (per linkedId). The
  37                        // first value will be used and subsequent values ignored
  38                        // with a warning.
  39     BOOTSTRAP, // This Arg value(s) can be determined at an earlier stage than
  40                // non-BOOTSTRAP Args. Substitutions do not happen in BOOTSTRAP
  41                // Args and they cannot be linked or contain SubVals. See
  42                // jalview.bin.argparser.BootstrapArgs.
  43     GLOB, // This Arg can expand wildcard filename "globs" (e.g.
  44           // path/*/filename*). If the Arg value is given as --arg filename*
  45           // then the shell will have expanded the glob already, but if
  46           // specified as --arg=filename* then the Java glob expansion method
  47           // will be used (see FileUtils.getFilenamesFromGlob()). Note that this
  48           // might be different from the shell expansion rules.
  49     NOACTION, // This Arg does not perform a data task, usually used to control
  50               // flow in ArgParser.parse(args).
  51     ALLOWSUBSTITUTIONS, // This Arg allows substitutions in its linkedId,
  52                         // SubVals and values.
  53     PRIVATE, // This Arg is used internally, and cannot be specified by the
  54              // user.
  55     ALLOWALL, // This Arg can use the '*' linkedId to apply to all known
  56               // linkedIds
  57     INCREMENTDEFAULTCOUNTER, // If an Arg has this option and the default
  58                              // linkedId is used, the defaultLinkedIdCounter is
  59                              // incremented *first*.
  60     INPUT, // This Arg counts as an input for REQUIREINPUT
  61     REQUIREINPUT, // This Arg can only be applied via --allframes if there is an
  62                   // input (i.e. --open or --append)
  63   }
  64
  65   static
  66   {
  67     HELP.setOptions("Display this help message", Opt.UNARY, Opt.BOOTSTRAP);
  68     CALCULATION.setOptions(true, Opt.BOOLEAN); // default "true" implies only
  69                                                // expecting "--nocalculation"
  70     MENUBAR.setOptions(true, Opt.BOOLEAN);
  71     STATUS.setOptions(true, Opt.BOOLEAN);
  72     SHOWOVERVIEW.setOptions(Opt.UNARY, Opt.LINKED);
  73     ANNOTATIONS.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.LINKED);
  74     COLOUR.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED);
  75     FEATURES.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.MULTI,
  76             Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS);
  77     GROOVY.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.MULTI,
  78             Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS);
  79     GROUPS.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED);
  80     HEADLESS.setOptions(Opt.UNARY, Opt.BOOTSTRAP);
  81     JABAWS.setOptions(Opt.STRING);
  82     DISPLAY.setOptions(true, Opt.BOOLEAN);
  83     GUI.setOptions(true, Opt.BOOLEAN);
  84     NEWS.setOptions(true, Opt.BOOLEAN, Opt.BOOTSTRAP);
  85     SPLASH.setOptions(true, Opt.BOOLEAN, Opt.BOOTSTRAP);
  86     // expects a string value
  87     SORTBYTREE.setOptions(true, Opt.BOOLEAN);
  88     USAGESTATS.setOptions(true, Opt.BOOLEAN);
  89     APPEND.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.MULTI, Opt.GLOB,
  90             Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS, Opt.INPUT);
  91     OPEN.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.INCREMENTDEFAULTCOUNTER,
  92             Opt.MULTI, Opt.GLOB, Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS, Opt.INPUT);
  93     PROPS.setOptions(Opt.STRING, Opt.BOOTSTRAP);
  94     QUESTIONNAIRE.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.BOOTSTRAP);
  95     SETPROP.setOptions(Opt.STRING, Opt.MULTI, Opt.BOOTSTRAP);
  96     TREE.setOptions(Opt.STRING);
  97
  98     VDOC.setOptions(Opt.UNARY);
  99     VSESS.setOptions(Opt.UNARY);
 100
 101     OUTPUT.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS,
 102             Opt.ALLOWALL, Opt.REQUIREINPUT);
 103
 104     SSANNOTATIONS.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.LINKED);
 105     NOTEMPFAC.setOptions(Opt.UNARY, Opt.LINKED);
 106     TEMPFAC.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED);
 107     TITLE.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED);
 108     PAEMATRIX.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.MULTI,
 109             Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS);
 110     NOSTRUCTURE.setOptions(Opt.UNARY, Opt.LINKED);
 111     STRUCTURE.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.MULTI,
 112             Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS);
 113     STRUCTUREVIEWER.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.MULTI);
 114     WRAP.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.LINKED);
 115     IMAGE.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS,
 116             Opt.ALLOWALL, Opt.REQUIREINPUT);
 117     TYPE.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);
 118     RENDERER.setOptions(Opt.STRING, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);
 119     QUIT.setOptions(Opt.UNARY);
 120     CLOSE.setOptions(Opt.UNARY, Opt.LINKED, Opt.ALLOWALL);
 121     DEBUG.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.BOOTSTRAP);
 122     QUIET.setOptions(Opt.UNARY, Opt.MULTI, Opt.BOOTSTRAP);
 123     ARGFILE.setOptions(Opt.STRING, Opt.MULTI, Opt.BOOTSTRAP, Opt.GLOB,
 124             Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS);
 125     NEWFRAME.setOptions(Opt.UNARY, Opt.MULTI, Opt.NOACTION);
 126     NPP.setOptions(Opt.UNARY, Opt.MULTI, Opt.NOACTION);
 127     SUBSTITUTIONS.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.MULTI, Opt.NOACTION);
 128     INITSUBSTITUTIONS.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.BOOTSTRAP, Opt.NOACTION);
 129     NIL.setOptions(Opt.UNARY, Opt.LINKED, Opt.MULTI, Opt.NOACTION);
 130     SETARGFILE.setOptions(Opt.STRING, Opt.MULTI, Opt.PRIVATE, Opt.NOACTION);
 131     UNSETARGFILE.setOptions(Opt.MULTI, Opt.PRIVATE, Opt.NOACTION);
 132     WEBSERVICEDISCOVERY.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.BOOTSTRAP);
 133     ALLFRAMES.setOptions(Opt.BOOLEAN, Opt.MULTI, Opt.NOACTION);
 134
 135   }
 136
 137   private final String[] argNames;
 138
 139   private Opt[] argOptions;
 140
 141   private boolean defaultBoolValue = false;
 142
 143   private String description = null;
 144
 145   private Arg()
 146   {
 147     this(new String[0]);
 148   }
 149
 150   private Arg(String... names)
 151   {
 152     int length = (names == null || names.length == 0
 153             || (names.length == 1 && names[0] == null)) ? 1
 154                     : names.length + 1;
 155     this.argNames = new String[length];
 156     this.argNames[0] = this.getName();
 157     if (length > 1)
 158       System.arraycopy(names, 0, this.argNames, 1, names.length);
 159   }
 160
 161   public String argString()
 162   {
 163     return argString(false);
 164   }
 165
 166   public String negateArgString()
 167   {
 168     return argString(true);
 169   }
 170
 171   private String argString(boolean negate)
 172   {
 173     StringBuilder sb = new StringBuilder(ArgParser.DOUBLEDASH);
 174     if (negate && hasOption(Opt.BOOLEAN))
 175       sb.append(ArgParser.NEGATESTRING);
 176     sb.append(getName());
 177     return sb.toString();
 178   }
 179
 180   public String toLongString()
 181   {
 182     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 183     sb.append(this.getClass().getName()).append('.').append(this.name());
 184     sb.append('(');
 185     if (getNames().length > 0)
 186       sb.append('"');
 187     sb.append(String.join("\", \"", getNames()));
 188     if (getNames().length > 0)
 189       sb.append('"');
 190     sb.append(")\n");
 191     sb.append("\nOpt: ");
 192     // map List<Opt> to List<String> for the String.join
 193     List<String> optList = Arrays.asList(argOptions).stream()
 194             .map(opt -> opt.name()).collect(Collectors.toList());
 195     sb.append(String.join(", ", optList));
 196     sb.append("\n");
 197     return sb.toString();
 198   }
 199
 200   public String[] getNames()
 201   {
 202     return argNames;
 203   }
 204
 205   public String getName()
 206   {
 207     return this.name().toLowerCase(Locale.ROOT).replace('_', '-');
 208   }
 209
 210   @Override
 211   public final String toString()
 212   {
 213     return getName();
 214   }
 215
 216   public boolean hasOption(Opt o)
 217   {
 218     if (argOptions == null)
 219       return false;
 220     for (Opt option : argOptions)
 221     {
 222       if (o == option)
 223         return true;
 224     }
 225     return false;
 226   }
 227
 228   protected void setOptions(Opt... options)
 229   {
 230     setOptions("", false, options);
 231   }
 232
 233   protected void setOptions(String desc, Opt... options)
 234   {
 235     setOptions(desc, false, options);
 236   }
 237
 238   protected void setOptions(boolean defaultBoolValue, Opt... options)
 239   {
 240     setOptions("", defaultBoolValue, options);
 241   }
 242
 243   protected void setOptions(String desc, boolean defaultBoolValue,
 244           Opt... options)
 245   {
 246     this.description = desc;
 247     this.defaultBoolValue = defaultBoolValue;
 248     this.argOptions = options;
 249   }
 250
 251   protected boolean getDefaultBoolValue()
 252   {
 253     return defaultBoolValue;
 254   }
 255
 256   private void setDescription(String d)
 257   {
 258     description = d;
 259   }
 260
 261   protected String getDescription()
 262   {
 263     return description;
 264   }
 265
 266   public static String booleanArgString(Arg a)
 267   {
 268     StringBuilder sb = new StringBuilder(a.argString());
 269     if (a.hasOption(Opt.BOOLEAN))
 270     {
 271       sb.append('/');
 272       sb.append(a.negateArgString());
 273     }
 274     return sb.toString();
 275   }
 276
 277   public static final String usage()
 278   {
 279     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 280
 281     sb.append("Usage: jalview [args]");
 282     sb.append(System.lineSeparator());
 283
 284     int maxArgLength = 0;
 285     for (Arg a : EnumSet.allOf(Arg.class))
 286     {
 287       if (a.hasOption(Opt.PRIVATE))
 288         continue;
 289       StringBuilder argSb = new StringBuilder();
 290       argSb.append(a.hasOption(Opt.BOOLEAN) ? booleanArgString(a)
 291               : a.argString());
 292       if (a.hasOption(Opt.STRING))
 293         argSb.append("=value");
 294       if (argSb.length() > maxArgLength)
 295         maxArgLength = argSb.length();
 296     }
 297
 298     // might want to sort these
 299     for (Arg a : EnumSet.allOf(Arg.class))
 300     {
 301       if (a.hasOption(Opt.PRIVATE))
 302         continue;
 303       StringBuilder argSb = new StringBuilder();
 304       argSb.append(a.hasOption(Opt.BOOLEAN) ? booleanArgString(a)
 305               : a.argString());
 306       if (a.hasOption(Opt.STRING))
 307         argSb.append("=value");
 308       sb.append(String.format("%-" + maxArgLength + "s  - %s",
 309               argSb.toString(), a.getDescription()));
 310
 311       List<String> options = new ArrayList<>();
 312
 313       if (a.hasOption(Opt.BOOLEAN))
 314       {
 315         options.add("default " + (a.getDefaultBoolValue() ? a.argString()
 316                 : a.negateArgString()));
 317       }
 318
 319       if (a.hasOption(Opt.MULTI))
 320       {
 321         options.add("multiple");
 322       }
 323
 324       if (a.hasOption(Opt.LINKED))
 325       {
 326         options.add("can be linked");
 327       }
 328
 329       if (a.hasOption(Opt.GLOB))
 330       {
 331         options.add("allows file globs");
 332       }
 333
 334       if (a.hasOption(Opt.ALLOWSUBSTITUTIONS))
 335       {
 336         options.add("allows substitutions");
 337       }
 338
 339       if (options.size() > 0)
 340       {
 341         sb.append(" (");
 342         sb.append(String.join("; ", options));
 343         sb.append(')');
 344       }
 345       sb.append(System.lineSeparator());
 346     }
 347     return sb.toString();
 348   }
 349 }