src/jalview/binding/Alignment.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 package jalview.binding;\r
   8 \r
   9 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  10 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  11 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  12 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  13 \r
  14 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  15 \r
  16 //---------------------------------/\r
  17 //- Imported classes and packages -/\r
  18 //---------------------------------/\r
  19 import java.io.IOException;\r
  20 import java.io.Reader;\r
  21 import java.io.Serializable;\r
  22 import java.io.Writer;\r
  23 \r
  24 \r
  25 /**\r
  26  * Class Alignment.\r
  27  *\r
  28  * @version $Revision$ $Date$\r
  29  */\r
  30 public class Alignment implements java.io.Serializable\r
  31 {\r
  32     //--------------------------/\r
  33     //- Class/Member Variables -/\r
  34     //--------------------------/\r
  35 \r
  36     /**\r
  37      * Field _annotation\r
  38      */\r
  39     private jalview.binding.Annotation _annotation;\r
  40 \r
  41     /**\r
  42      * Field _sequenceSet\r
  43      */\r
  44     private jalview.binding.SequenceSet _sequenceSet;\r
  45 \r
  46     //----------------/\r
  47     //- Constructors -/\r
  48     //----------------/\r
  49     public Alignment()\r
  50     {\r
  51         super();\r
  52     }\r
  53 \r
  54     //-- jalview.binding.Alignment()\r
  55     //-----------/\r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * DOCUMENT ME!\r
  59      *\r
  60      * @return DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public jalview.binding.Annotation getAnnotation()\r
  63     {\r
  64         return this._annotation;\r
  65     }\r
  66 \r
  67     //-- jalview.binding.Annotation getAnnotation() \r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Returns the value of field 'sequenceSet'.\r
  71      *\r
  72      * @return SequenceSet\r
  73      * @return the value of field 'sequenceSet'.\r
  74      */\r
  75     public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet()\r
  76     {\r
  77         return this._sequenceSet;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     //-- jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet() \r
  81 \r
  82     /**\r
  83      * Method isValid\r
  84      *\r
  85      *\r
  86      *\r
  87      * @return boolean\r
  88      */\r
  89     public boolean isValid()\r
  90     {\r
  91         try\r
  92         {\r
  93             validate();\r
  94         }\r
  95         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
  96         {\r
  97             return false;\r
  98         }\r
  99 \r
 100         return true;\r
 101     }\r
 102 \r
 103     //-- boolean isValid() \r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * Method marshal\r
 107      *\r
 108      *\r
 109      *\r
 110      * @param out\r
 111      */\r
 112     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 113         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 114             org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 115     {\r
 116         Marshaller.marshal(this, out);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 120 \r
 121     /**\r
 122      * Method marshal\r
 123      *\r
 124      *\r
 125      *\r
 126      * @param handler\r
 127      */\r
 128     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 129         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 130             org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 131     {\r
 132         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 133     }\r
 134 \r
 135     //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 136 \r
 137     /**\r
 138      * Sets the value of field 'annotation'.\r
 139      *\r
 140      * @param annotation the value of field 'annotation'.\r
 141      */\r
 142     public void setAnnotation(jalview.binding.Annotation annotation)\r
 143     {\r
 144         this._annotation = annotation;\r
 145     }\r
 146 \r
 147     //-- void setAnnotation(jalview.binding.Annotation) \r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Sets the value of field 'sequenceSet'.\r
 151      *\r
 152      * @param sequenceSet the value of field 'sequenceSet'.\r
 153      */\r
 154     public void setSequenceSet(jalview.binding.SequenceSet sequenceSet)\r
 155     {\r
 156         this._sequenceSet = sequenceSet;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     //-- void setSequenceSet(jalview.binding.SequenceSet) \r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * Method unmarshal\r
 163      *\r
 164      *\r
 165      *\r
 166      * @param reader\r
 167      * @return Object\r
 168      */\r
 169     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 170         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 171             org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 172     {\r
 173         return (jalview.binding.Alignment) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Alignment.class,\r
 174             reader);\r
 175     }\r
 176 \r
 177     //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * Method validate\r
 181      *\r
 182      */\r
 183     public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 184     {\r
 185         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 186         validator.validate(this);\r
 187     }\r
 188 \r
 189     //-- void validate() \r
 190 }\r