src/jalview/binding/Alignment.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.binding;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  19 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  22 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * Class Alignment.\r
  26  * \r
  27  * @version $Revision$ $Date$\r
  28  */\r
  29 public class Alignment implements java.io.Serializable {\r
  30 \r
  31 \r
  32       //--------------------------/\r
  33      //- Class/Member Variables -/\r
  34     //--------------------------/\r
  35 \r
  36     /**\r
  37      * Field _annotation\r
  38      */\r
  39     private jalview.binding.Annotation _annotation;\r
  40 \r
  41     /**\r
  42      * Field _sequenceSet\r
  43      */\r
  44     private jalview.binding.SequenceSet _sequenceSet;\r
  45 \r
  46 \r
  47       //----------------/\r
  48      //- Constructors -/\r
  49     //----------------/\r
  50 \r
  51     public Alignment() {\r
  52         super();\r
  53     } //-- jalview.binding.Alignment()\r
  54 \r
  55 \r
  56       //-----------/\r
  57      //- Methods -/\r
  58     //-----------/\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Returns the value of field 'annotation'.\r
  62      * \r
  63      * @return Annotation\r
  64      * @return the value of field 'annotation'.\r
  65      */\r
  66     public jalview.binding.Annotation getAnnotation()\r
  67     {\r
  68         return this._annotation;\r
  69     } //-- jalview.binding.Annotation getAnnotation() \r
  70 \r
  71     /**\r
  72      * Returns the value of field 'sequenceSet'.\r
  73      * \r
  74      * @return SequenceSet\r
  75      * @return the value of field 'sequenceSet'.\r
  76      */\r
  77     public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet()\r
  78     {\r
  79         return this._sequenceSet;\r
  80     } //-- jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet() \r
  81 \r
  82     /**\r
  83      * Method isValid\r
  84      * \r
  85      * \r
  86      * \r
  87      * @return boolean\r
  88      */\r
  89     public boolean isValid()\r
  90     {\r
  91         try {\r
  92             validate();\r
  93         }\r
  94         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
  95             return false;\r
  96         }\r
  97         return true;\r
  98     } //-- boolean isValid() \r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * Method marshal\r
 102      * \r
 103      * \r
 104      * \r
 105      * @param out\r
 106      */\r
 107     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 108         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 109     {\r
 110         \r
 111         Marshaller.marshal(this, out);\r
 112     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * Method marshal\r
 116      * \r
 117      * \r
 118      * \r
 119      * @param handler\r
 120      */\r
 121     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 122         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 123     {\r
 124         \r
 125         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 126     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * Sets the value of field 'annotation'.\r
 130      * \r
 131      * @param annotation the value of field 'annotation'.\r
 132      */\r
 133     public void setAnnotation(jalview.binding.Annotation annotation)\r
 134     {\r
 135         this._annotation = annotation;\r
 136     } //-- void setAnnotation(jalview.binding.Annotation) \r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * Sets the value of field 'sequenceSet'.\r
 140      * \r
 141      * @param sequenceSet the value of field 'sequenceSet'.\r
 142      */\r
 143     public void setSequenceSet(jalview.binding.SequenceSet sequenceSet)\r
 144     {\r
 145         this._sequenceSet = sequenceSet;\r
 146     } //-- void setSequenceSet(jalview.binding.SequenceSet) \r
 147 \r
 148     /**\r
 149      * Method unmarshal\r
 150      * \r
 151      * \r
 152      * \r
 153      * @param reader\r
 154      * @return Object\r
 155      */\r
 156     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 157         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 158     {\r
 159         return (jalview.binding.Alignment) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Alignment.class, reader);\r
 160     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * Method validate\r
 164      * \r
 165      */\r
 166     public void validate()\r
 167         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 168     {\r
 169         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 170         validator.validate(this);\r
 171     } //-- void validate() \r
 172 \r
 173 }\r