JAL-2587 prevented double overview recalc on opening overview
[jalview.git] / src / jalview / binding / Alignment.java
1 /*
2  * This class was automatically generated with 
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
4  * Schema.
5  * $Id$
6  */
7
8 package jalview.binding;
9
10 //---------------------------------/
11 //- Imported classes and packages -/
12 //---------------------------------/
13
14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
16
17 /**
18  * Class Alignment.
19  * 
20  * @version $Revision$ $Date$
21  */
22 public class Alignment implements java.io.Serializable
23 {
24
25   // --------------------------/
26   // - Class/Member Variables -/
27   // --------------------------/
28
29   /**
30    * Field _annotation.
31    */
32   private jalview.binding.Annotation _annotation;
33
34   /**
35    * Field _sequenceSet.
36    */
37   private jalview.binding.SequenceSet _sequenceSet;
38
39   // ----------------/
40   // - Constructors -/
41   // ----------------/
42
43   public Alignment()
44   {
45     super();
46   }
47
48   // -----------/
49   // - Methods -/
50   // -----------/
51
52   /**
53    * Returns the value of field 'annotation'.
54    * 
55    * @return the value of field 'Annotation'.
56    */
57   public jalview.binding.Annotation getAnnotation()
58   {
59     return this._annotation;
60   }
61
62   /**
63    * Returns the value of field 'sequenceSet'.
64    * 
65    * @return the value of field 'SequenceSet'.
66    */
67   public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet()
68   {
69     return this._sequenceSet;
70   }
71
72   /**
73    * Method isValid.
74    * 
75    * @return true if this object is valid according to the schema
76    */
77   public boolean isValid()
78   {
79     try
80     {
81       validate();
82     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
83     {
84       return false;
85     }
86     return true;
87   }
88
89   /**
90    * 
91    * 
92    * @param out
93    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
94    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
95    *           marshaling
96    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
97    *           if this object is an invalid instance according to the schema
98    */
99   public void marshal(final java.io.Writer out)
100           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
101           org.exolab.castor.xml.ValidationException
102   {
103     Marshaller.marshal(this, out);
104   }
105
106   /**
107    * 
108    * 
109    * @param handler
110    * @throws java.io.IOException
111    *           if an IOException occurs during marshaling
112    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
113    *           if this object is an invalid instance according to the schema
114    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
115    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
116    *           marshaling
117    */
118   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
119           throws java.io.IOException,
120           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
121           org.exolab.castor.xml.ValidationException
122   {
123     Marshaller.marshal(this, handler);
124   }
125
126   /**
127    * Sets the value of field 'annotation'.
128    * 
129    * @param annotation
130    *          the value of field 'annotation'.
131    */
132   public void setAnnotation(final jalview.binding.Annotation annotation)
133   {
134     this._annotation = annotation;
135   }
136
137   /**
138    * Sets the value of field 'sequenceSet'.
139    * 
140    * @param sequenceSet
141    *          the value of field 'sequenceSet'.
142    */
143   public void setSequenceSet(final jalview.binding.SequenceSet sequenceSet)
144   {
145     this._sequenceSet = sequenceSet;
146   }
147
148   /**
149    * Method unmarshal.
150    * 
151    * @param reader
152    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
153    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
154    *           marshaling
155    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
156    *           if this object is an invalid instance according to the schema
157    * @return the unmarshaled jalview.binding.Alignment
158    */
159   public static jalview.binding.Alignment unmarshal(
160           final java.io.Reader reader)
161           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
162           org.exolab.castor.xml.ValidationException
163   {
164     return (jalview.binding.Alignment) Unmarshaller.unmarshal(
165             jalview.binding.Alignment.class, reader);
166   }
167
168   /**
169    * 
170    * 
171    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
172    *           if this object is an invalid instance according to the schema
173    */
174   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
175   {
176     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
177     validator.validate(this);
178   }
179
180 }