src/jalview/binding/AnnotationElement.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.binding;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class AnnotationElement.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class AnnotationElement implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _position.
  31    */
  32   private int _position;
  33
  34   /**
  35    * keeps track of state for field: _position
  36    */
  37   private boolean _has_position;
  38
  39   /**
  40    * Field _displayCharacter.
  41    */
  42   private java.lang.String _displayCharacter;
  43
  44   /**
  45    * Field _description.
  46    */
  47   private java.lang.String _description;
  48
  49   /**
  50    * Field _secondaryStructure.
  51    */
  52   private java.lang.String _secondaryStructure;
  53
  54   /**
  55    * Field _value.
  56    */
  57   private float _value;
  58
  59   /**
  60    * keeps track of state for field: _value
  61    */
  62   private boolean _has_value;
  63
  64   // ----------------/
  65   // - Constructors -/
  66   // ----------------/
  67
  68   public AnnotationElement()
  69   {
  70     super();
  71   }
  72
  73   // -----------/
  74   // - Methods -/
  75   // -----------/
  76
  77   /**
  78      */
  79   public void deletePosition()
  80   {
  81     this._has_position = false;
  82   }
  83
  84   /**
  85      */
  86   public void deleteValue()
  87   {
  88     this._has_value = false;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Returns the value of field 'description'.
  93    *
  94    * @return the value of field 'Description'.
  95    */
  96   public java.lang.String getDescription()
  97   {
  98     return this._description;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * Returns the value of field 'displayCharacter'.
 103    *
 104    * @return the value of field 'DisplayCharacter'.
 105    */
 106   public java.lang.String getDisplayCharacter()
 107   {
 108     return this._displayCharacter;
 109   }
 110
 111   /**
 112    * Returns the value of field 'position'.
 113    *
 114    * @return the value of field 'Position'.
 115    */
 116   public int getPosition()
 117   {
 118     return this._position;
 119   }
 120
 121   /**
 122    * Returns the value of field 'secondaryStructure'.
 123    *
 124    * @return the value of field 'SecondaryStructure'.
 125    */
 126   public java.lang.String getSecondaryStructure()
 127   {
 128     return this._secondaryStructure;
 129   }
 130
 131   /**
 132    * Returns the value of field 'value'.
 133    *
 134    * @return the value of field 'Value'.
 135    */
 136   public float getValue()
 137   {
 138     return this._value;
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Method hasPosition.
 143    *
 144    * @return true if at least one Position has been added
 145    */
 146   public boolean hasPosition()
 147   {
 148     return this._has_position;
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Method hasValue.
 153    *
 154    * @return true if at least one Value has been added
 155    */
 156   public boolean hasValue()
 157   {
 158     return this._has_value;
 159   }
 160
 161   /**
 162    * Method isValid.
 163    *
 164    * @return true if this object is valid according to the schema
 165    */
 166   public boolean isValid()
 167   {
 168     try
 169     {
 170       validate();
 171     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 172     {
 173       return false;
 174     }
 175     return true;
 176   }
 177
 178   /**
 179    *
 180    *
 181    * @param out
 182    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 183    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 184    *           marshaling
 185    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 186    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 187    */
 188   public void marshal(final java.io.Writer out)
 189           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 190           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 191   {
 192     Marshaller.marshal(this, out);
 193   }
 194
 195   /**
 196    *
 197    *
 198    * @param handler
 199    * @throws java.io.IOException
 200    *           if an IOException occurs during marshaling
 201    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 202    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 203    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 204    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 205    *           marshaling
 206    */
 207   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 208           throws java.io.IOException,
 209           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 210           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 211   {
 212     Marshaller.marshal(this, handler);
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Sets the value of field 'description'.
 217    *
 218    * @param description
 219    *          the value of field 'description'.
 220    */
 221   public void setDescription(final java.lang.String description)
 222   {
 223     this._description = description;
 224   }
 225
 226   /**
 227    * Sets the value of field 'displayCharacter'.
 228    *
 229    * @param displayCharacter
 230    *          the value of field 'displayCharacter'
 231    */
 232   public void setDisplayCharacter(final java.lang.String displayCharacter)
 233   {
 234     this._displayCharacter = displayCharacter;
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Sets the value of field 'position'.
 239    *
 240    * @param position
 241    *          the value of field 'position'.
 242    */
 243   public void setPosition(final int position)
 244   {
 245     this._position = position;
 246     this._has_position = true;
 247   }
 248
 249   /**
 250    * Sets the value of field 'secondaryStructure'.
 251    *
 252    * @param secondaryStructure
 253    *          the value of field 'secondaryStructure'.
 254    */
 255   public void setSecondaryStructure(
 256           final java.lang.String secondaryStructure)
 257   {
 258     this._secondaryStructure = secondaryStructure;
 259   }
 260
 261   /**
 262    * Sets the value of field 'value'.
 263    *
 264    * @param value
 265    *          the value of field 'value'.
 266    */
 267   public void setValue(final float value)
 268   {
 269     this._value = value;
 270     this._has_value = true;
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Method unmarshal.
 275    *
 276    * @param reader
 277    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 278    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 279    *           marshaling
 280    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 281    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 282    * @return the unmarshaled jalview.binding.AnnotationElement
 283    */
 284   public static jalview.binding.AnnotationElement unmarshal(
 285           final java.io.Reader reader)
 286           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 287           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 288   {
 289     return (jalview.binding.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(
 290             jalview.binding.AnnotationElement.class, reader);
 291   }
 292
 293   /**
 294    *
 295    *
 296    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 297    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 298    */
 299   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 300   {
 301     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 302     validator.validate(this);
 303   }
 304
 305 }